Сфероиды и ствижженое

И все таки мы презираем Scientific Reports недостаточно. Да, это скриншот из статьи. Да, это скриншот скриншота. Может даже не #фотожаб. Найдено RIN

От глухой фундаментальщины до производства вкусняшек и вакцин - везде нужна генная инженерия и одна из ключевых её задач - засовывание в клетку куска ДНК. Есть разные способы это сделать: обмазать клетку липофектамином (набор хитрых липидов, делающих мембраны проницаемыми), генная пушка (да, именно так как и звучит - в клетку стреляют микропулями с ДНК), наконец всяческие вирусы, которые миллиарды лет этим и занимаются. Один из самых популярных методов - электропорация. Помещаем клетку в электрическое поле, которое насильно открывает в мембранах каналы. Весело и, если параметры неправильные, делает громкий бах. А ЕЩЁ ЕЁ МОЖНО ДЕЛАТЬ УГРЁМ! Да, электрическим. Я не знаю, как эта идея пришла в голову авторам из Японии. Берем Данио Рерио, перемешиваем её с ДНК и воздействуем угрём. Угорь хочет её сьесть и фигачит током, зебрафиша пермеабилизируется и ДНК заходит в клетку. Рыбка светится. Главное убедится, что никто никого не сьел и покормить всех участников

Сфероидная тусовка любит придумывать новые термины. Сначала были #сфероиды, потом органоиды, потом ассемблоиды. Теперь вот коннектоиды. Хотя препринт (скорее короткая заметка) не про сами клеточные конструкции, а про хитрый пептидный гель, в котором органоиды хорошо образуют связи и взаимодействуют. Авторы делали коннектоиды из нервных клеток и из кардиомиоцитов. В том числе и довольно впечатляющие конструкции из сотен микромозгов.

Scientific Reports это журнал, на который натыкались абсолютно все. Это дойная корова Nature: платишь денюжки и тебя публикуют. У многих издательств, конечно, есть подобные: ACS Omega, Heylion и другие, но этот самый большой. Стандарты редактуры и рецензирования настолько низкие, что можно пропихнуть абсолютно любой хлам. И пропихивают. Наверное четверть всех #фотожаб где-то там. Не, безусловно там есть и хорошие публикации, я знаю людей которые писали туда умные вещи и сам ссылался, но в какой-то момент ложка меда перестала справлятся. И вот свершилось, на днях PubMed перестал индексировать статьи из Scientific Reports. Есть этому примеру последуют Scopus и WoS, то на журнале надо будет ставить давно заслуженный крест.

Моя лекция с Молекулярной Онкологии 2026 с ответами на вопросы. Качество не очень, вопросов не слышно, но в целом нормально. И презентация, там ссылки, кому надо

Они могли сделать аппарат абсолютно любого цвета. Но выбрали розовый. Уважаю. #ствижженое у Gabriel Ocana-Santero

Оказывается для моего доклада сохранилось все таки веселое название. Сам доклад будет в шесть, с трансляцией кажется не получается, но записи обещали выложить сюда

Постер 36 на Молекулярной Онкологии, Полина, моя студентка и я где-то рядом болтаемся

Голосом Крокодила Данди: "Это поле зрения? Нет, вот ЭТО поле зрения". Запихивать микроскоп в голову крысомышам - давняя идея, потому что это довольно удобный способ мониторить активность нейронов (после соответствующей генетической модификации), однако это требует фиксации животного к микроскопу. Следующий шаг - наоборот, крепить компактный микроскопик к голове свободно передвигающейся мыши, но само собой добыть из такой штучки качественную картинку невозможно. Или?.. Авторы из Китая сконструировали крохотный (3.75 грамма) флуоресцентный микроскоп с адаптивной оптикой и очень впечатляющим полем зрения и разрешением, достаточным для фиксации активности отдельных нейронов. Назвали COMET (Cortex-wide Observational Miniature Epifluorescence Technique)

В четверг-пятницу буду на Молекулярной Онкологии в Москве (почему клеточки и ищу). Вообще буду в Москве завтра. Если кто-то хочет пробник штампиков для изготовления сфероидов - буду раздавать.

#ствижжено у Alex Ritter #microscopy T-cell engager это биспецифические антитела, которые убеждают иммунные клетки в том, что эту дрянь все таки надо атаковать. Даже если не хочется.

#wanted Коллеги, кто по культурам клеток в Москве. Ищу клетки, конститутивно экспрессирующие что нибудь флуоресцентное. GFP, RFP и все такое прочее, что не жалко. Хочу устроить БИТВЫ РАКОВ*. Ну точнее spheroid invasion assay, а для этого удобно, когда все светятся. Если получится что-то умное - благодарность, соавторвство и все такое. Не получится - по крайней мере красивые картинки. *Может даже с тотализатором

Клеточки глиобластомы G87 шебуршащиеся на CellSCAFLD3D. Зеленое GFP в клеточках, красное - нити мембраны. Дали поиграться со штукой для 3d культивирования клеток от Jet-Biofill. По сути это многослойная сетка из cell treated полистирола, такого же как другая клеточная посуда. Выглядит прикольно, клеточки вроде бы растут с удовольствием, однако есть ощущение, что получается не 3d культура, а 2d культура, распределенная по трехмерной плоскости нитей. Сама мембрана толщиной миллиметра два, однако на конфокальнике удаётся пробить где-то около миллиметра, потому что RI пластика мешает. Не представляю как такую штуку просветлять, если что. Впрочем и так получилось красиво. В комментах ещё фоточки. #microscopy

Искусственный интеллект и псевдонаука Учёные решили проверить, насколько LLM устойчивы к псевдонауке. Оказалось, совсем не устойчивы. Им на вход давали выдержки из псевдонаучных статей, но так, чтобы не сразу было понятно, что за статья, и просили построить дальнейшую программу исследований или посчитать что-то дополнительно. В редких случаях LLM вообще отказывалась что-то делать, причём иногда немотивированно (как в случае со статьей Уэйкфилда про связь вакцин и аутизма) — видимо, срабатывали какие-то встроенные guardrails. Иногда модель предупреждала, что статья отозвана или содержит сомнительные утверждения, но выполняла указания. А в большинстве случаев — радостно, не моргнув глазом, делала то, что просят: хочешь биополя, хочешь холодный термояд или анти-ДНК из параллельной вселенной. Самая дичь, это когда на основе статьи Маккиарини LLM строила программу исследований, очень похожую на ту, которую и воплотил в жизнь сам Маккиарини, и которая привела к смерти ряда пациентов и тюремному сроку для доктора (если кто не знает, это такой хирург-нарцисс, который долго подделывал данные по пересадке искусственных трахей в Испании, Швеции и России, я когда-то переводил материал о нем). Причём сделала это LLM Mistral, которая позиционируется как автономная система для научных исследований. Рановато пока им доверять важные вопросы, а между тем за прошлый год вышло 8.5 млн статей, и бог весть сколько среди них как подложных, так и мусорных.

Две статьи [1] и [2] с полноценным протоколом щекотания крыс (по первой ссылке есть даже видео-гайд), ради их позитивного настроя в лабе и снижения страха перед людьми. Доброжелательные крысы генерируют короткие ультразвуковые вокализации, если их правильно щекотать: надо быстро поглаживать загривок и непродолжительно переворачивать на спину (последнее самки любят меньше, чем самцы)

"So the authors tried to western blot with the wrong antibody, PCR with the wrong primers, in a cell line that has entirely lost the gene…" Культуры клеток - незаменимый инструмент биологии, от глубин фундаментальных исследований до производства лекарств. Было бы очень грустно, если бы в исследованиях с ними регулярно встречались тупые ошибки... Ну да, разумеется. Индустриальный стандарт - перепутать клеточные линии (и использовать HeLa, вместо той, которую нужно). Поймать такую ошибку непросто, однако, как заметил в свежем расследовании Sholto David, возможно. Линии часто отличаются тем, какие белки они экспрессируют, у многих культур сломано производство одного или другого белка, например у MCF-7 нет caspase-3. А на неё регулярно красят (успешно) в статьях. В коротком литературном поиске Sholto нашёл десятки таких ошибок. И все это накладывается на неспецифичные антитела (привет, Термо и ко) и на #фотожаб. Поэтому если у вас что-то не воспроизводится.. Ну.. Упс. Ну и забавный эффект: ИИшка воспринимает все эти статьи за чистую монету, что ещё больше усугубляет проблему. Препринт Пост на субстак

#WUT Сегодня я узнал, что если змею достаточно сильно напугать она укатывается в ужосе. Очень быстро (2.3 м/с). По крайней мере dwarf reed snake с острова Борнео.

Я узнаю её по трём атомам Как вы думаете, сколько вещества нужно микроскописту, чтобы определить его состав и кристаллическую решетку? Ещё несколько лет назад я бы сказал: «Ну на частице в 20 нанометров (смотри маркер на снимке для сравнения) я бы такое сделать смог". И, собственно, делал. Сейчас я смело говорю: «Дайте мне 10 атомов и я скажу что это за атомы и в какую кристаллическую они выстроились.» И прежде чем я смог это сделать, мне самому потребовалось в какой-то мере сломать внутренний шаблон: «Да разве по кучке атомов можно что-то сказать? Да тут что угодно можно нарисовать!» На этой неделе вышла статья моих коллег из университета МИСИС, в которой мне довелось выполнять исследовательскую часть по электронной микроскопии высокого разрешения. Эта статья со смелым названием, начинающимся «The Danger of One-Sided Structural Study of Spinel Ferrite…» буквально сметает устоявшиеся представления об идеальности материалов для катализа, получающихся термическим методом разложения. Мы попытались довести до читателей простую мысль: «Используя спектральные методы исследований, характеризующие материал лишь косвенно, но не смотря на него в упор с увеличением в пару миллионов, вы рискуете ввести себя и других в заблуждение». И эта идея мне очень близка, как исследователю, который постоянно видит материалы изнутри, а потом сравнивает это с тем мнимым идеалом, что показывают в статьях. Что же на этом снимке? Здесь край небольшой частицы оксида железа, на поверхности которого образовался некий слой с другой кристаллической решеткой. По задумке вся частица должна быть соединением MnFe2O4, но из-за особенностей процесса синтеза это получается далеко не всегда. Иногда марганец вступает в реакцию слишком поздно и вначале формируется частица оксида железа Fe3O4, а марганец уже покрывает её сверху. Понять, что на поверхности и в каком состоянии, и было моей целью. И лишь когда я это сделал, то поверил, что такое вообще возможно – определить структуру вещества по трём атомным плоскостям! Для меня это до сих пор выглядит какой-то фантастикой. Я получаю огромное удовольствие, когда из хорошего красивого снимка ещё и получается извлечь полезные изначально скрытые от глаз данные, помогающие химикам, металловедам, инженерам понять причину поведения своего материала. А ещё приятнее видеть эти снимки опубликованными в научном журнале, который читают тысячи других исследователей по всему миру. На снимке: HAADF STEM изображение высокого разрешения наночастицы Fe3O4 с оксидом марганца на поверхности Ссылка на статью: https://kwnsfk27.r.eu-west-1.awstrack.me/L0/https:%2F%2Fauthors.elsevier.com%2Fc%2F1nxp7926gzJh7Y/1/010201a13d8e6289-23a91b2e-f9d0-4519-a682-3e86f3219c0c-000000/rI2T7iQ8Qp5lePYkQ_sA6H1f4gY=473

https://lektorij-vdnh.timepad.ru/event/4252197/ Жир, эпигенетика, метаболизм и котики 🐈, рекомендую 25 октября 15:00–16:30 Проспект Мира, 119, стр. 30, музей БИОТЕХ, ВДНХ