Сфероиды и ствижженое

Я уже пару раз приносил статьи, где использовалось DISCO - метод просветления органов, тканей или цельных организмов. Одно дело как это выглядит на микроскопии - и совсем другое - как реально выглядит обработанная мышка. #Ствижжено у Danielle Beckman

Сфероиды из МСК здоровых доноров и доноров с Альцгеймером. Окраска на митохондрии с потенциал-чувствительным зондом JC-1. Красный - поляризованные митохондрии, зеленый - деполяризованные. Свежая статья в которой изучались #сфероиды - органоиды из пациентов с нейродегенеративными заболеваниями. Во первых - сфероиды получились, во вторых - анализируя в них митохондрии можно изучать развитие этих самых заболеваний. И да, ямки для формирования этих сфероидов делались печатными штампами.

Finally shared what I've been working on! We obtained the highest-resolution 3D images of the human brain ever taken from outside the skull. We did that using ultrasound and injected microbubbles as a contrast agent. Read more here: https://x.com/levchizhov/status/2070185887238066482

Листва орторомбическая Во второй половине XX века металловеды задались вопросом: «А можно ли титановые сплавы сделать ещё легче, ещё прочнее и выдерживающими температуру на 200-300 °С больше. И для этого они решили добавить в них… алюминий! Один из самых легкоплавких конструкционных материалов, будучи добавленный в нужной пропорции к титану, делает сплав значительно прочнее и выдерживающим жару авиационных двигателей. Но есть и обратная сторона – хрупкость. При резком увеличении нагрузки такой сплав может неожиданно для всех разрушиться, что повлечёт большую беду. Со временем металловеды нашли оптимальные составы сплавов, которые уже применяются в составе современных авиационных двигателей. Такие сплавы могут работать при температурах до 800 °С, обладая меньшим удельным весом и предсказуемым поведением. В данном случае, кроме алюминия добавили ещё и ниобий (Nb): сплав стал потяжелее, но зато не такой хрупкий и спокойно выдерживающий 700-градусную жару в течение долгих полётов истребителей. Залог прочности и в то же время пластичности таких сплавов лежит в двух составляющих: прочных интерметаллидах (тёмные листочки Ti2AlNb) и вязкой связке (светлые прожилки, β матрица). Но для того, чтобы получить такую структуру, металловед должен хорошенько сплав продеформировать, потом правильно охладить, потом подержать в печи при строго заданной (и порой одному ему известной) температуре, и тогда наш сплав отрастит вот такие интерметаллидные листочки и будет успешно нести нагрузку, которую на него возложили инженеры. На снимке: интерметаллидный титановый сплав системы Ti-Al-Nb

#ствижженое у Аквариума Киото Если верить автопереводу - это типичный конфликт между угрями Heteroconger hassi

Кольцоид из клеток HEK-293t, z-контраст (разные цвета по высоте). Изначальный диаметр около 800 мкм. Чтобы получить эту картинку пришлось использовать множество магических практик. Во первых изначально он, как и сфероиды, слишком толстый, чтобы его просветить моим конфокальником, поэтому я использовал экспансионную микроскопию как способ просветления. Во вторых после экспансии он стал слишком большой (порядка 3 мм в диаметре), поэтому снимал я его 9 кусочками, которые потом склеивал при помощи BigStitcher в ImageJ. А в третьих он ещё и в геле лежал под углом, поэтому в том же ImageJ его пришлось поворачивать. Муторно, но результат мне нравится, когда разберусь с текущими делами поколдую с тем, чтобы из этих картинок поизвлекать какие-нибудь умные данные: расстояние между клетками, зернистость хроматина, все такое. В комментах ещё картинки и сравнение с непросветленным сфероидом.

Редкая и неприятная история 🧐 Nature Medicine отозвал статью о III фазе клиники онкопрепарата. Т.е. речь не лабораторном результате - а об уровне, на котором предполагают менять медицинскую практику. Статья вышла менее полугода назад и утверждала очень эффектный (и якобы эффективный) трюк: если давать пациентам иммунотерапию в определённое время дня, результаты лечения резко улучшаются. Дескать, иммунная система живёт по внутренним "биологическим часам" - значит, лекарство тоже лучше сработает "по расписанию". Врачи получают по сути бесплатный способ улучшить терапию - поменяв время инфузии. Но вскоре после публикации появились серьёзные вопросы к минимумвсему: редакторы указали на расхождения между регистрацией испытаний, протоколом, описанием endpoints, критериями включения пациентов, финальной статьёй - а объяснения авторов не убедили ⬅️ (сугубое имхо - цифры и графики там реально удивительно кхм "гладкие") Историю сию, уже называют претендентом на "главное научное разочарование года". Почему так срезонировало? На исследованиях III фазы строятся клинические рекомендации, инвестиционные решения, новые исследования, да попросту доверие к БиоМеду. Когда рушится работа такого уровня, это не просто "ошибка в статье" - а удар по всей цепочке доказательной медицины. Есть и специфический политико-научный слой. Исследование было проведено в Китае - история наверняка станет аргументом для тех, кто скептически относится к китайским клиническим результатам. Это не значит, что "китайскому биомеду нельзя доверять" - но теперь к тамошним исследованиям с очень "громкими" эффектами будут относиться жёстче: повышать прозрачность протоколов, требовать независимый аудит, и ждать подтверждения в разных институциях и странах.

Meowtabolism - новая игра в Steam про структурную биологию 🧬🐈

Immerse yourself in a hand crafted microscopic world built using experimental data from cryogenic electron microscopy/tomography, volume electron microscopy, X-ray crystallography, and sequence based structure prediction.

https://store.steampowered.com/app/4045010/Meowtabolism__Examining_Feline_Behavior_within_Unicellular_Algae/ У игры есть бесплатная демка. Не является рекламой)

Котлетоиды лёгких! Сейчас уже куча протоколов к выращиванию органоидов самых различных органов: кишки, сердца, даже мозга и глаз. Однако лёгкие долго и упорно сопротивлялись. Делать нечто похожее из соответствующих тканей научились-то давно, однако такие органоиды напрочь отказывались образовывать правильную ветвистую структуру, с бронхиолами и всем прочим. Наконец авторы из Китая подобрали сложный компот из малых молекул позволяющих добиться правильной дифференцировки стоволовых клеток извлеченных из мышиного эмбрирона (на очень конкретный момент развития) в красивые и ветвистые лёгкие.

Дизентерийная амёба, кушающая меченные флуорофором частицы. Маджента - актин в клетках. Амёбы - красивые! Шикарная видяшка. А в статье что-то про сигналинг, RhoGEF, пиноцитоз и миграцию. Честно я просто восхищен иллюстрацией выше. #microscopy

Халатность в очистке, или первый в мире Ni-IDA халат Всем известны методы очистки рекомбинантных белков с гис-тэгом на IMAC-сорбентах на основе сефарозы или полиметакрилата. А как вам такое - чистить белки с помощью лабораторного халата? Конечно, сам по себе халат не сильно поможет в очистке, а вот если его модифицировать металлохелатными лигандами - это другое дело. Меня впечатлила история Руслана про использование для активации сефарозы обычного советского разбавителя эпоксидного клея с Ozon. Для активации нужен правильный русхимовский разбавитель - будьте внимательны, не все разбавители подходят. Нужен 1,4-диглицидиловый эфир бутандиола. Халат подходит строго из хлопчатобумажной ткани. По природе это целлюлоза, гидроксильные группы есть, можно активировать. Протокол получения халатного сорбента: 1. Найти хлопчатобумажный халат. 2. Отрезать лоскуток (~0,5 г) и прокипятить 15 мин в растворе карбоната натрия для удаления загрязнений. 3. Поместить лоскуток в раствор для активации: 20 мл 0,6 М NaOH, 2 мг/мл боргидрида натрия, 20 мл разбавителя для эпоксидного клея и 10 мл ДМСО. Это удобно делать в фальконе на 50 мл. 4. Хорошо встряхнуть и инкубировать на качалке 8 ч при комнатной температуре. 5. Слить раствор и тщательно промыть водой (5-6 смен воды). 6. Добавить 40 мл 0,5 М карбонат-бикарбонатного буфера pH 10 с 250 мг иминодиуксусной кислоты (IDA). Я довел pH раствора карбоната натрия башкирской содой, но можно и не доводить - будет pH ~11, что, вероятно, даже лучше. 7. Инкубировать на качалке 24 ч. 8. Тщательно отмыть водой. 9. Зарядить IDA-халат никелем или медью (подойдут любые водорастворимые соли, можно растворить на глаз). 10. Затем отмыть водой, 0,5 М NaCl и снова водой. 11. Вы великолепны - получили IDA-халат для IMAC! Для теста почистил GFP - Ni-IDA-халат работает! Емкость пока не очень высокая, есть что оптимизировать. Но начало хорошее. Еще один протокол для энциклопедии юных постапокалиптических сурков готов! Энжойте!

Халатность в очистке, или первый в мире Ni-IDA халат Всем известны методы очистки рекомбинантных белков с гис-тэгом на IMAC-сорбентах на основе сефарозы или полиметакрилата. А как вам такое - чистить белки с помощью лабораторного халата? Конечно, сам по себе халат не сильно поможет в очистке, а вот если его модифицировать металлохелатными лигандами - это другое дело. Меня впечатлила история Руслана про использование для активации сефарозы обычного советского разбавителя эпоксидного клея с Ozon. Для активации нужен правильный русхимовский разбавитель - будьте внимательны, не все разбавители подходят. Нужен 1,4-диглицидиловый эфир бутандиола. Халат подходит строго из хлопчатобумажной ткани. По природе это целлюлоза, гидроксильные группы есть, можно активировать. Протокол получения халатного сорбента: 1. Найти хлопчатобумажный халат. 2. Отрезать лоскуток (~0,5 г) и прокипятить 15 мин в растворе карбоната натрия для удаления загрязнений. 3. Поместить лоскуток в раствор для активации: 20 мл 0,6 М NaOH, 2 мг/мл боргидрида натрия, 20 мл разбавителя для эпоксидного клея и 10 мл ДМСО. Это удобно делать в фальконе на 50 мл. 4. Хорошо встряхнуть и инкубировать на качалке 8 ч при комнатной температуре. 5. Слить раствор и тщательно промыть водой (5-6 смен воды). 6. Добавить 40 мл 0,5 М карбонат-бикарбонатного буфера pH 10 с 250 мг иминодиуксусной кислоты (IDA). Я довел pH раствора карбоната натрия башкирской содой, но можно и не доводить - будет pH ~11, что, вероятно, даже лучше. 7. Инкубировать на качалке 24 ч. 8. Тщательно отмыть водой. 9. Зарядить IDA-халат никелем или медью (подойдут любые водорастворимые соли, можно растворить на глаз). 10. Затем отмыть водой, 0,5 М NaCl и снова водой. 11. Вы великолепны - получили IDA-халат для IMAC! Для теста почистил GFP - Ni-IDA-халат работает! Емкость пока не очень высокая, есть что оптимизировать. Но начало хорошее. Еще один протокол для энциклопедии юных постапокалиптических сурков готов! Энжойте!

#фотожаб "the Editor does not have sufficient evidence to retract the article" Найдено Elisabeth Bik

А ручки-то вот они! Одна большая компания указала на странице к своим антителам ссылку на статью. Только вот незадача - авторы в этой статье их антитела не использовали. Конфуз!

#microscopy #ствижжено у Ian Wong Lab at Brown Не каждый день ты видишь как появляется новый вид микроскопии! Можно подумать нам их и до этого было мало>< Представляю вам емкостную микроскопию (capacitance microscopy). Не то, чтобы авторы препринта предлагали такой термин, но напрашивается. Идея в том, что мы выращиваем клетки на CMOS емкостном сенсоре (1024x1024 на 1 см) и в реальном времени мониторим изменение емкости каждого отдельного пикселя. Потом из этого можно извлечь данные о форме и миграции клеток. Применение пока, конечно, сомнительное. Авторы пишут про label-free микроскопию.. Но оптический микроскоп которому 200 лет тоже бы с этим справился. А тут нужен одноразовый кастомный CMOS-чип (боюсь представить ценник), да ещё и считывание кадра занимает минуту. Но все равно красиво.

#microscopy #expansion Рылся в архивах - случайно нашёл. Ядро A549 клетки после экспансионной микроскопии в z-контрасте. Красивенькое. В комментах ещё.

В школе учат наивному представлению, что органическая химия это химия соединений четырехвалентного углерода. Разумеется это было бы слишком, потому органики издавна запихивают всякие другие атомы. Например азот. Они любят азот, чем больше азота в молекуле тем вещество веселее. Нате вам 1,1’-azobis-3,3’-dimethyl-5,5’-diamino-tetrazol-3,3’-ium dinitrate. Десять азотов подряд! Насколько оно весёлое? "Caution! Compounds 2–6 in this work are sensitive energetic materials. When working with the dried material, Kevlar body armor, gloves, and a neck guard are worn in addition to a face shield. Dry materials are stored in plastic beakers and manipulated with plastic spatulas only when necessary. "

А вот и долгожданное фото розовой TL24 в редком варианте с блёстками! Перед нами - артикул bq-3A1A-1P1 - розовая TL24 с палладиевыми блёстками. А есть ещё bq-3A1A-1P2 - розовая с золотыми блёстками! И совершенно прекрасно то, что ставить эти TL24 на учёт в пробирную палату даже и не надо - ведь это всего лишь цвета Конечно же, фото не передаёт всего совершенства, и поэтому лучше смотреть вживую. Например, в ближайшее время это можно сделать (и пообщаться с нашими ребятами) с 29 июня по 3 июля 2026 на нашем стенде на симпозиуме «Нековалентные взаимодействия в синтезе, катализе и кристаллохимическом дизайне» (NCI-2026) в СПбГУ. Ждём всех! Блестящего всем дня, дорогие коллеги!

Митохондрии и РНК в нейронах Название научной статьи - очень важная штука, которую не так легко придумать. Оно должно быть цепким, интересующим, ярким, так чтобы схватывало интерес и не отпускала до самого конца! Обычно, разумеется, выходит не так и большая часть статьей (особенно в биологии) называется в стиле "Влияние DAKSJ# на KLKR1". Даже если ты знаешь кто это - все равно тоскливо. Но вот мне попалось два препринта с абсолютно потрясающими названиями! Первый так вообще шедевр. The majority of axonal mitochondria in mammalian neurons lack mitochondrial DNA and do not produce ATP Robust mammalian RNA localization elements are complex and multipartite Серьезно, ты читаешь название и уже все понятно! Первая так вообще шедевр, статью нужно открывать только ради деталей.

Пробник штампов для изготовления сфероидов в агарозных микроячейках уехал в Пермь. Новая, более компактная коробочка с visual guide по использованию 48 луночных (не очевидно).