Сфероиды и ствижженое

Друзья, у меня новость, прошу вас максимальный репост! Наш многолетний труд по разбору укоренившихся сомнительных статистических практик перешел в очередную фазу! В журнале "Альманах клинической медицины" вышла наша первая программная публикация - "Мифологизация статистики в биомедицинских исследованиях". Нашей основной задачей было создание прецедента в русскоязычной научной среде, приглашение сообщества к широкому обсуждению проблемы, а также создание корпуса официально опубликованных материалов, на которые можно было бы ссылаться при дискуссиях с рецензентами и авторами статей. Если вас заставляют тестировать на нормальность и проверять "достоверность" результатов - знайте, что теперь вы не одиноки и вам есть на что сослаться :) Большое спасибо моим соавторам, взявшим на себя этот большой труд - @slavenkofm @o_mironenko @bqmaks ❤️ Ссылка на статью: https://almclinmed.ru/jour/article/view/17669/1789 P.S. В настоящее время готовяться к публикации следующие статьи из данной серии. Не переключайтесь! :)

Друзья, у меня новость, прошу вас максимальный репост! Наш многолетний труд по разбору укоренившихся сомнительных статистических практик перешел в очередную фазу! В журнале "Альманах клинической медицины" вышла наша первая программная публикация - "Мифологизация статистики в биомедицинских исследованиях". Нашей основной задачей было создание прецедента в русскоязычной научной среде, приглашение сообщества к широкому обсуждению проблемы, а также создание корпуса официально опубликованных материалов, на которые можно было бы ссылаться при дискуссиях с рецензентами и авторами статей. Если вас заставляют тестировать на нормальность и проверять "достоверность" результатов - знайте, что теперь вы не одиноки и вам есть на что сослаться :) Большое спасибо моим соавторам, взявшим на себя этот большой труд - @slavenkofm @o_mironenko @bqmaks ❤️ Ссылка на статью: https://almclinmed.ru/jour/article/view/17669/1789 P.S. В настоящее время готовяться к публикации следующие статьи из данной серии. Не переключайтесь! :)

Не устаю напоминать, что #фотожаб это не только продукт работы нечестных авторов статьи, но и редакции журнала, который её пассивно принимает. А в этом случае даже и активно. Копипаст на гистологии был замечен аж в 2022 году, а недавно к статье вышла коррекция, где один фотожаб был заменен на другой, чуть более убедительный. С комментарием "performed to enhance the visual appearance of the images".

Все, кто работают с антителами знают это неизбывное чувство лотереи: сработает оно или не сработает. Или у тебя кривые руки? И вот когда начинался скандал с фейковыми иллюстрациями блотов антител Термо у многих возникло ощущение, что это только вишенка на хтоническом какашечном торте. Так и оказалось. Глобальный поиск по сайтам производителей ввыдал 16000 #фотожаб. И это только в блотах, в ИГХ/ИЦХ наверняка ситуация не лучше. Разумеется, то что блот сфотожаблен не значит, что антитело 100% нерабочее, но.. Для удобства поиска есть репозиторий, можно сыграть в сомнительную игру "О, а я этим красил".

Коллеги, натурный эксперимент (n=1) показал, что семилетний ребёнок успешно может работать в ламинаре, в том числе расставлять носики и пересаживать клетки.

#microscopy Как много микроскопических штук можно сделать с одним мозгом? Намного больше, чем я ожидал. Сначала в мозг мыши ввели вирусы, которые заставили её экспрессировать белки - зонды на кальций, что позволило изучить там как распространяется сигнал. Другой вирус - и нейроны начали экспрессировать GFP, который позволил изучить структуру мозга, как живьём маленького кусочка, так и после оптического просветления уже целиком (вне мыши). И наконец при помощи пространственной транскриптомики был изучен профиль РНК в нейронах. Конечно подробно был изучен всего 141 нейрон, но зато эта методика позволяет изучать и структуру и активность и генетику!

83% радиологов не нашли в лёгких гориллу. Не то, чтобы это было частым явлением в клинической практике, просто в статье 2013 года ученые изучали насколько человек готов к ВНЕЗАПНОМУ. Как оказалось - не очень. Не только радиологи, разумеется. Причем судя по трекингу взгляда люди прямо смотрели на неё, но не увидели. PS. Да, она есть на этом КТ.

Смотрите, юмапозавр

Понимание механизмов "созревания" наноструктур крайне важно для углублённого изучения роста и потенциальных областей применения наноматериалов. Однако атомарные процессы созревания наноструктур в растворе редко наблюдаются непосредственно. Превалирует мнение, что в основе этих механизмов лежит растворение мелких частиц и их переосаждение на поверхность более крупных; а крупные частицы продолжают расти до тех пор, пока все мелкие частицы не растворятся. Однако на деле рост наночастиц в таких системах определяется в большей степени не разницей в размерах, а дефектами. На видео ниже показано, как с использованием просвечивающей электронной микроскопии высокого разрешения с жидкостной ячейкой (LC - Hi-res - TEM) фиксируется в реальном времени на атомарно-разрешающей видеозаписи LC-TEM процесс созревания наночастиц Cd-CdCl₂ с ядром-оболочкой (CSNPs) в растворе.

Нашел очень полезную статью про то, как исопльзовать цвет и градиенты в научной коммуникации. В ней рассказывается, как "красивые" градиенты могут менять смысл данных из-за особенностей восприятия цветов глазом. Ну и, конечно, какие градиенты остаются видны для людей с особенностями восприятия цвета. The misuse of colour in science communication by F. Crameri et. al.: https://www.nature.com/articles/s41467-020-19160-7 Там много полезных советов, в частности гайд по выбору правильного градиента в зависимости от типа данных. Некоторые вещи мне были совсем не очевидны! Кстати, последнюю нашу статью я проверял специально, что все иллюстрации доступны людям с дальтонизмом и прочими особенностями цветового восприятия: https://mariechatfield.com/simple-pdf-viewer/ Было сложно! Пришлось поменять довольно много цветов, чтобы оно было как-то видно. Но в конечном итоге получилось более или менее, хотя где-то пришлось пойти на компромисс между затратами времени и доступностью.

Удивительно, в наш век генеративного ИИ люди ещё делают старый добрый #фотожаб с копипастой данных! Причем в настоящем Nature. Найдено Sholto David

#их_нравы #дорогая_редакция В научных журналах Elsevier при отправке рукописи часто надо выбрать классификаторы - тематики по ключевым словам. В редакции Журнал "Radiation Physics and Chemistry" кто-то решил пошутить (или просто облажался) и добавил к разным batteries (батареям) ещё и sexual battery (сексуальная батарея насильственные действия сексуального характера). "Покажи редактору, за какой электрод тебя трогал рецензент"

#Body_horror #ствижжено у Keith Slay From an extraordinary tale in 2017, surgeons in GuangZhou, China, operated on a 49 year old who had self-treated his constipation by inserting an eel up his back passage. This led to perforation which required surgical extraction. A number of such cases have now been published in the literature to the point that there is now a unhealthy case series.

Окончательное решение научного вопроса https://pubpeer.com/publications/B9A4ACD51DC24C453DF4F8229C71CE

@Betankor , в копилку одинаковых названий антител: A2B5 - номер клона антитела, которое распознает липид: https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/PMC9103745/ При этом есть антитела "Anti-A2B5", которые распознают белок PPP2R5B: https://www.abcam.com/en-us/products/primary-antibodies/a2b5-antibody-105-ab53521 Вишенка на торте - оба антигена специфичны для мозга

Называть открытия именами любимых женщин уже давно не в моде 🥺 Вот подборка статей, где описываются белки и инструменты, названные в честь некоторых героев "Властелина колец". Именами Фродо и Бильбо названы белки. В честь Арагорна - программа для идентификации генов. Именами Гимли и Леголаса названы модель машинного обучения и инструмент для построения гипотез. И это только по одному варианту - а их гораздо больше 😄 Если собрать все, можно выявить самых любимых героев в каждой области наук 😁

#microscopy Бактериальное порно подьехало! Ученые из Израиля и США описали новую бактериальную органеллу - тубеосому, нанотрубку через которую бактерии устанавливают контакт. В том числе и сексуальный (с обменом генной информацией). "Ultimately, nanotubes penetrate through the recipient cell wall to establish an intercellular bridge." Причем работает, в том числе, и между видами.

#datavis Надо попробовать так же протоколы писать

Клеточные #сфероиды это относительно простые ребята, просто шарик из клеток. Конечно там есть градиенты газов, питательных веществ, но практически нет механических сил, которые влияют на развитие клеток. А вот когда форма более сложная - все меняется. Шарик - идеальная форма, а вот колечки из клеток постоянно пытаются порваться на отдельные кусочки, в результате растягивая друг друга. Кольцоиды из некоторых культур в итоге просто не формируются (CaCo2), из других получается нормально. А вот глиобластома U87 пошла дальше других. Клетки настолько сильно стягивают кольцо, что у них хватает сил вскарабкаться по стенкам молда и убежать из него! Вчера получилось заснять это на конфокале, сейчас вот жалею, что не посидел ещё часа три. Я несколько раз видел, что колечки из этой культуры плавают свободно, причем выглядят невероятно плотными и дырка у них маленькая. Вот видимо поэтому. Картинки в комментах. PS. Если кто-то понимает и хочет механобиологию и может меня просветить - пишите. Коллаб?