Докторские байки

Краситель для гелей из аптечки Какие только удивительные рецепты не встретишь в старых книгах! Оказывается, антибиотик тетрациклин можно использовать для флуоресцентной детекции липопротеинов в гелях. Всего-то нужны немного тетрациклина, щепотка сульфата цинка - и липопротеины не останутся незамеченными. Кстати, у тетрациклина есть еще одно интересное свойство: он обладает высокой способностью связывать ионы кальция. Если тетрациклин попадает в организм во время формирования зубов, он включается в минерализующиеся ткани, образуя комплекс «тетрациклин-кальций-фосфат». В результате молекулы тетрациклина оказываются встроенными в дентин и эмаль. Сразу после включения в ткани тетрациклин обладает яркой желто-зеленой флуоресценцией под УФ-светом. А со временем под действием света и окисления происходит фотоокисление молекул, и окраска становится более темной - желтой, коричневой, серой или сине-серой. Именно поэтому тетрациклин не рекомендуют применять во время беременности и у детей младше 7–8 лет. Гугл и различные ИИ про возможность окраски липопротеинов в гелях практически ничего не знают. Иногда полезно заглядывать в старые книги - там порой встречаются весьма неожиданные и интересные методики! Энжойте! P.S. Еще один красителей для гелей из аптечки - зеленка. Но красить ей неудобно - нестойкая!

Будильник для сборщика фракций Какие только девайсы не придумывали до широкого распространения коллекторов фракций! На фото - устройство для того, чтобы будить студента при сборе фракции после колонки. Из книги Otakar Mikeš, Robert Alexander Chalmers Laboratory Handbook of Chromatographic Methods(1966). Оно состоит из коромысла на котором подвешен приемный сосуд, оттарированный на требуемый объем жидкости. По мере наполнения сосуда до этого объема коромысло наклоняется и замыкает электрический контакт. Включается сигнал - лампочка, звонок или удар током. Ни капли мимо!

Надо в Пущино запилить особую рюмочную, где целый день наливают бесплатно, если опубликуете статью в журнале "Природа".

Халатность в очистке, или первый в мире Ni-IDA халат Всем известны методы очистки рекомбинантных белков с гис-тэгом на IMAC-сорбентах на основе сефарозы или полиметакрилата. А как вам такое - чистить белки с помощью лабораторного халата? Конечно, сам по себе халат не сильно поможет в очистке, а вот если его модифицировать металлохелатными лигандами - это другое дело. Меня впечатлила история Руслана про использование для активации сефарозы обычного советского разбавителя эпоксидного клея с Ozon. Для активации нужен правильный русхимовский разбавитель - будьте внимательны, не все разбавители подходят. Нужен 1,4-диглицидиловый эфир бутандиола. Халат подходит строго из хлопчатобумажной ткани. По природе это целлюлоза, гидроксильные группы есть, можно активировать. Протокол получения халатного сорбента: 1. Найти хлопчатобумажный халат. 2. Отрезать лоскуток (~0,5 г) и прокипятить 15 мин в растворе карбоната натрия для удаления загрязнений. 3. Поместить лоскуток в раствор для активации: 20 мл 0,6 М NaOH, 2 мг/мл боргидрида натрия, 20 мл разбавителя для эпоксидного клея и 10 мл ДМСО. Это удобно делать в фальконе на 50 мл. 4. Хорошо встряхнуть и инкубировать на качалке 8 ч при комнатной температуре. 5. Слить раствор и тщательно промыть водой (5-6 смен воды). 6. Добавить 40 мл 0,5 М карбонат-бикарбонатного буфера pH 10 с 250 мг иминодиуксусной кислоты (IDA). Я довел pH раствора карбоната натрия башкирской содой, но можно и не доводить - будет pH ~11, что, вероятно, даже лучше. 7. Инкубировать на качалке 24 ч. 8. Тщательно отмыть водой. 9. Зарядить IDA-халат никелем или медью (подойдут любые водорастворимые соли, можно растворить на глаз). 10. Затем отмыть водой, 0,5 М NaCl и снова водой. 11. Вы великолепны - получили IDA-халат для IMAC! Для теста почистил GFP - Ni-IDA-халат работает! Емкость пока не очень высокая, есть что оптимизировать. Но начало хорошее. Еще один протокол для энциклопедии юных постапокалиптических сурков готов! Энжойте!

А ручки-то вот они! Одна большая компания указала на странице к своим антителам ссылку на статью. Только вот незадача - авторы в этой статье их антитела не использовали. Конфуз!

Презерватив 19 века это не только средство контрацепции Если вы поищите в PubMed статью, где впервые упоминается “condom”, вы найдете статью не о главном предназначении презерватива, а о том, что полезного можно из него сделать. В статье 1875 года американского врача H. Olis Hyatt «Fifteen Uses for the Indiarubber Condom» автор рассматривал его не как средство контрацепции, а как универсальный медицинский инструмент. Среди предложенных применений: -холодный или горячий компресс -остановка носовых кровотечений -ледяной мешок или грелка вдоль позвоночника -расширение уретры -влагалищный тампон -охлаждение влагалища -введение льда в матку при кровотечении -баллон для остановки послеродового кровотечения -расширитель шейки матки -охлаждение прямой кишки -остановка ректальных кровотечений -расширение стриктур прямой кишки -компрессионная терапия орхита -импровизированный шприц -расширитель хирургических ран Какие же крепкие презервативы были в 19 веке! Судя по описанию, прочность была на уровне резиновой грелки, богатыри - не мы! Причем в 1875 их еще производили вулканизацией листовой заготовки, то есть изделия были со швом. Бесшовная технология погружением стеклянной формы в жидкий латекс появилась только в 1880 в Германии. Самое интересное, что некоторые идеи автора опередили свое время. Современные баллонные катетеры, маточные баллоны для остановки кровотечений и дилататоры работают по тому же принципу: эластичная оболочка, которую можно раздуть жидкостью и использовать для давления на ткани.

Иммунодиффузия на форсаже! На фото не ядерный грибочек, а результат реакции иммунодиффузии, ускоренной электрическим полем - электроиммунодиффузии (EID). На фото - результат двумерной электроиммунодиффузии, когда антигены человеческой сыворотки разгоняются в агарозе вначале в одном направлении. Потом полоска вырезается и разгоняется во втором направлении в геле с лошадиной антисывороткой к человеческой сыворотке. Как пишет автор книги: The result is two-dimensional single EID, which can be as pleasing esthetically as scientifically. Понимаете, привлекательно не только с научной точки зрения, но и с эстетической! Куда без эстетики в нашем деле!

Когда резко понадобилось довести pH карбонатно-бикарбонатного буфера на помощь приходит простая советская сода из пятерочки.

Стабильный поток для хроматографии без насоса Когда нет насоса, буфер через колонку можно прокачивать самотеком. Нужно налить буфер в емкость, поместить ее над колонкой и соединить трубочкой со входом колонки. Одна проблема: по мере снижения уровня жидкости скорость потока уменьшается, потому что уменьшается гидростатический столб. Но это не проблема - на помощь придет сосуд Мариотта! Сосуд (или сифон) Мариотта - это герметично закрытая емкость с отводом на дне и длинной трубкой, соединенной с атмосферой и опущенной в жидкость. Когда жидкость начинает вытекать из емкости через выход, внутри создается разрежение. Воздух может попасть в систему только через длинную трубку, конец которой находится на определенной глубине в жидкости. Пока уровень жидкости выше конца этой трубки, давление в системе компенсируется таким образом, что гидростатический напор остается постоянным. Этот же принцип используется в некоторых устройствах для автополива растений. Стабильный поток - это воспроизводимое время удерживания и меньшее расплывание зон. А при работе с мягкими сорбентами колба Мариотта позволяет поддерживать постоянное давление без риска сжатия сорбента. Рекомендуется устанавливать трубочку так, чтобы ее конец находился на 2-3 см ниже поверхности жидкости. Если трубка опущена глубоко, скорость потока будет высокой, а если расположена почти у поверхности, вода может быстро вытечь и обнажить кончик трубки - система выйдет из режима постоянного гидростатического напора. Этот ныне почти забытый в хроматографии девайс можно сколхозить самостоятельно. Но раньше были и готовые решения. На фото - колба Мариотта из каталога легендарной фирмы Pharmacia. Причем интересно, что этот девайс два в одном: и упаковочная воронка, и устройство для прокачки при постоянном давлении. Если вам достался упаковочный адаптер Pharmacia, не спешите выбрасывать стеклянную трубку - это очень полезная деталь! Энжойте! Теперь вы знаете, как обеспечивать равномерный поток при хроматографии без электричества и насосов.

Шмерососы для молекулярных биологов Москвы Московские власти решили усилить борьбу со шмерами на агарозных гелях и разработали "шмерососы". Маленькие помощники помогут московским ученым получать чистые гели и получать результаты достойные журналов из белого списка ВАКа.

Будь со мной нежен vs да ладно, что ты Обычно при очистке белков ученые вынуждены быть особенно внимательными к условиям очистки для того, чтобы избежать денатурации белков. Очистку проводят при охлаждении, подбирают pH и добавляют стабилизирующие растворы. Но мир белков потрясающе разнообразен - и некоторые белки спокойно выдерживают жесткие условия, которые для большинства их полипептидных собратьев смертельны. Так и в случае адгезивных белков из моллюсков - в статье ученые используют для экстракции разбавленную хлорную кислоту, а для осаждения подкисленный ацетон. И ничего, белок живее всех живых! Этот класс полифенольных белков (mussel adhesive proteins, MAPs) интересный пример природного клея - с помощью них мидии и прочие моллюски способны приклеиваться наже на мокрых поверхностях в море. А все дело в модификациях аминокислот, они богаты катехольными (полифенольными) группами, в первую очередь за счёт аминокислоты DOPA (3,4‑дигидроксифенилаланин). Эти модификации работают на трех уровнях: начальные нековалентные взаимодействия (адгезия), затем окисление до хинона и образование ковалентной сетки, и одновременно формирование металл‑катехольных координационных связей. Теперь вы знаете, как в условиях пост-апокалипсиса получить клей для влажных поверхностей! Вам понадобятся мидии, хлорая кислота, ацетон и солянка. Энжойте!

Как синтезировать аффинный сорбент. Эпокси активация матрицы Продолжение постов про получение аффинных сорбентов (начало - тут). Эпокси активация сефарозы - это классический способ активации , при котором на поверхности матрицы формируются эпоксигруппы, способные к ковалентному связыванию лигандов. Я активировал эпихлогидрином, простым и доступным эпокси-реагентом. Еще круче - активировать бис-оксиранами (1,4 -бутандиол диглицидиловый эфир), но он дороже. Руслан @Biophyschem рассказывал, что успешно использовал для активации технический 1,4 -бутандиол диглицидиловый эфир купленный на озоне - она используется как разбавитель эпоксидной смолы. После активации на сефарозе появляются эпоксигруппы, которые могут реагировать с аминными, тиольными и гидроксильными группами лигандов, что делает метод универсальным по сравнению с CNBr. Если вы беспокоитесь о токсичности BrCN - эпоксиактивация отличная альтернатива. Преимущества этого метода: 1. Менее токсичные реагенты, по сравнению с BrCN 2. Можно связывать не только по аминогруппам, но и по тиолам и даже гидроксилам (всего-то нужно поменять pH конъюгации) 3. По сравнению с BrCN активацией связь гораздо прочнее, практически отсутствует утечка лиганда. Проще повторно использовать. 4. Связь образуется через гидрофильный спейсер, в случае эпихлоргидрина это три атома углерода, если брать диглицидиловые эфиры -от 6 до 12! 5. Активированный сорбент можно хранить и использовать позднее. 6. Не остается заряженных групп. Недостатки тоже есть: 1. Реакция иммобилизации происходит в щелочных условиях, не всем белкам может подойти 2. Активация проходит дольше 3. По моему опыту - как будто бы емкость получается ниже, чем в случае BrCN 4. Эпокси реагент помимо активациии сорбента может и участвует в кросс-сшивке, с уменьшением пористости микросфер. Для проведения эпоксиактивации я использовал метод, описанный в статье Matsumoto (1979). В замечательной книге Hermanson на стр. 691 также есть протокол (но без DMSO и более долгий). Если кратко - сефарозу ресуспендируют в смеси 0,4M NaOH и DMSO, добавляют эпихлоргидрин и оставляют активироваться на 2 ч при температуре 40С. Потом остается только отмыть, добавить белок в щелочном буфере и проинкубировать. После конъюгации сорбент нужно отмыть и заблокировать оставшиеся эпокси группы и снова отмыть. Неиспользованный активированный сорбент можно хранить в воде с консервантами в холодильнике. Энжойте и получайте аффинный сорбент просто!

Самый первый гель Слюнявчик с гелем - чтобы не облиться буфером!

Не храните долго раствор SDS! Додецильсульфат натрия, или SDS, широко применяется в молекулярной биологии, особенно в электрофорезе в денатурирующих условиях (SDS‑PAGE). Молекула SDS - это производное алифатического спирта (додеканола), в котором гидроксильная группа заменена на сульфатную через эфирную связь. Со временем эта эфирная связь может разрываться. В результате образуются спирт додеканол, который плохо растворим в воде, и серная кислота или сульфат‑ион (в зависимости от pH). Раствор при этом закисляется, может выпасть осадок. В целом SDS при нейтральном pH довольно стабилен, но в кислых или основных условиях и при нагреве распад ускоряется. С сухим порошком, кстати, гидролиз также может происходить - из‑за гигроскопичности сульфатной группы. Эта реакция является автокаталитической: при гидролизе выделяются ионы водорода, которые ускоряют дальнейший гидролиз. Отсюда важные выводы: 1. При сомнениях в свежести проверяйте pH - свежеприготовленный 1% раствор SDS имеет pH ~6.5. Если раствор хранился несколько лет, pH может упасть до 3.5-2.5. 2. Сухой порошок храните герметично закрытым, желательно запарафильмить. Очень старый SDS, с советских времен, перед использованием лучше проверить. Энжойте и следите за своим SDS!

С международным днем химика! "Нельзя смотреть на лабораторию, все равно какую, учебную ли, производственную ли или экспериментальную, как на какое-то временное местопребывание. Всякая лаборатория — пусть даже химик находится в ней временно — должна быть близкой, родной" Из "Техники лабораторных работ" Воскресенского, второе издание, 1937 год. В более поздних изданиях эта нежность была потеряна, сплошной канцеляризм.

Когда лень гонять реальный блот Ну что все так ополчились на Термо. Фотошопные картинки не обязательно свидетельствуют, что антитела не работают. Может термовцем было просто лень блот гонять? Как у Даниила Хармса: “…Выходит маленькая девочка. М а л е н ь к а я д е в о ч к а: - Папа просил передать вам всем, что театр закрывается. Нас всех тошнит”