Докторские байки

Нормальные детские игрушки, почему так люди возмущаются!?

Трудности перевода Когда к нам в Казанский универ приехала группа китайских студентов, я вел у них курс по очистке белков. На одно из занятий я попросил их принести ноутбуки: нам предстоял базовый анализ последовательностей. Они и принесли notebooks. Блокноты, по-нашему.

Пептон и ртуть против сифилиса! Наткнулся тут случайно на старую медицинскую заметку Irving C. Rosse в журнале Weekly Medical Review (1884 год, том 9) о лечении сифилиса препаратами ртути. Все как мы любим, в общем! Автор описывает растворимый комплекс ртути с пептоном, предназначенный для инъекционного введения. Рецепт инъекционного препарата простой: 3 части порошкового пептона, 3 части хлорида аммония NH₄Cl, 2 части сулемы HgCl₂, 50 частей глицерина и 150 частей воды. Автор рекламирует преимущества новой лекарственной формы: раствор нейтральный, хорошо хранится и, по его утверждению, редко вызывает местные повреждения при правильном введении. А вводить надо как можно глубже, предпочтительно в ягодичную область! Под термином "пептон" сегодня обычно понимают продукты гидролиза молочных белков пепсином, которые чаще всего используются, например, при приготовлении питательных сред. Но в XIX веке этот термин имел более широкое значение. Под пептоном понимали растворимую смесь продуктов частичного гидролиза различных белков, выпускавшуюся в том числе как фармацевтический продукт. В XIX веке был популярен Catillon peptone , разработанный французским фармацевтом A. Catillon, продукт гидролиза постной говядины пепсином в кислых условиях. То есть, при необходимости пептон для лекарства можно приготовить и самому! В ртутном препарате пептон использовали не ради питательной ценности, а для получения растворимой и более стабильной формы Hg(II). Название "peptonate of mercury" не обозначало чистое соединение с единственной структурой. Это была неоднородная смесь комплексов ртути с пептидами и другими компонентами белкового гидролизата. Как видите, рецепт простой, а реагенты легко достать в любой лаборатории. Теперь вы знаете, как лечить сифилис в постапокалипсисе! Даже в пустоши можно энжоить, а потом подлечиться!

Лучшая пасхалка в истории биоинформатики В 1990 году Майкл Крайтон опубликовал книгу «Парк Юрского периода», посвященную воскрешению динозавров с помощью ДНК, выделенной из крови в желудках насекомых, застывших в янтаре. В книге биолог доктор Генри Ву показывает структуру небольшого фрагмента ДНК динозавра. После выхода книги ученый из NCBI Марк Богуцки (Mark Boguski) решил проверить: а что же за сиквенс приведен в книге? НО В СИКВЕНСЕ, КОНЕЧНО ЖЕ, НИКАКИХ ДИНОЗАВРОВ НЕ БЫЛО. Оказалось, это был фрагмент плазмиды pBR322, популярной в 1980х и ставшей родоначальницей многих современных плазмид. Поэтому Марк опубликовал в журнале «BioTechniques» ироничную статью о своем анализе и задался вопросом: почему же Крайтон не придумал более оригинальную последовательность? А затем написал Крайтону и предложил для следующей книги использовать настоящую последовательность, с которой он работал, ген куриного транскрипционного фактора. Все же ближе к динозаврам, чем плазмида для клонирования в E. coli! А Крайтон взял да и согласился. Так эта последовательность попала в следующую книгу, «Затерянный мир». Только Богуцки предварительно спрятал внутри нее маленькую пасхалку: при трансляции в аминокислотной последовательности появлялось его послание: MARK WAS HERE NIH А сейчас эту последовательность используют для обучения студентов. Классная же история!? Энжойте!

Протокол печенек рабочий!

Передержал на 2 минуты. Рецепт рабочий

Ссылка на макет мышиного штатива А вот и она! Коллеги из КФУ прислали.

Мама купи напечатай!

Приготовил буфер, приготовь и печеньки! Очень круто, когда, в серьезные книги по лабораторным методам включают и шутки. Я считаю это признаком высокого профессионализма автора. Когда ученый крут, он может себе позволит и пошутить. Это раздел приготовления разных растворов из книги Practical Methods in Molecular Biology Schleif, Robert F., Wensink, Pieter C. 1981. Среди разных протоколов приготовления рабочих растворов внезапно появлятся рецепт для шоколадных печенек. Классно же!

А вообще, ученые думаю о еде и при написании протоколов!

Питательные среды в ваших лабораториях Когда я работал в Швеции, коллеги подарили мне легендарную шведскую армейскую мазь Försvarets Hudsalva. Изначально бальзам разрабатывался для защиты солдат от обморожений, трещин и натираний на холоде, но получил культовый статус благодаря своей универсальности. По словам моих коллег, на этом бальзаме можно было даже жарить еду! Состав, по крайней мере, вполне съедобный: говяжий жир, рафинированное арахисовое масло, пчелиный воск, всякие витамины. А вот представьте, что апокалипсис застал вас в лабе. Что съедобного вы могли бы там найти? Конечно, это умозрительная конструкция, гипотетическое рассуждение. В нормальных условиях употребление в пищу лабораторных реагентов мы гневно порицаем! Я из лабораторного пробовал только дистиллят. Когда я делал курсовую в универе, мы готовили чай исключительно на нем, потому что обычная вода была непригодна для питья. На дистилляте чай как будто даже лучше заваривался. А на Reddit есть чел, который проводил дегустацию культуральных сред. Вот его отзыв о вкусе распространенной среды DMEM:

Taste: Yes, you can actually taste the glucose, although you have to search for it a little bit. It's definitely an improvement, albeit a subtle one. I mean, it's culturing medium, I still wouldn't drink it for fun (only for science), but this is really not that bad. Vaguely reminds me of ham and watermelon. 9/10 Mouth feel: Nothing special just like with the RPMI1640. I only included this category at the start because the Neurobasal had something funky going on but I'm now regretting it, because I'm guessing that was actually a fluke and they'll all pan out the same from this point on. But whatever, 8/10 I guess. Price point: €24,64 from the catalogue, pretty good, and actually one of the cheapest DMEM variations out there. 8/10 Overall: I wish the packaging was nicer but otherwise the best one so far. The slightly higher price compared to the RPMI1640 is definitely worth it. 8.5/10.

Что же войдет в наше постапокалиптическое лабораторное меню? Какие есть предложения?

У меня лапки! Озон привез и всего 500 руб/шт - есть толк от китайских продавцов!

Старшее поколение в 2026 году: «Стало слишком много эмодзи в текстах». Тем временем люди в 1950х.

Компактный ТЭМ 1950х В начале 1950х американская компания RCA выпустила компактный электронный микроскоп RCA EMT Tabletop. Линзы на постоянных магнитах вместо обычных электромагнитных или электростатических линз. Это позволяло упростить конструкцию. Образец можно было вводить в колонну и извлекать из нее без нарушения вакуума. При смене фотопластинки в колонну попадало лишь небольшое количество воздуха, поэтому повторная откачка занимала всего около 90 секунд. Управление было настолько упрощено, что RCA утверждала: человеку, знакомому с оптическим микроскопом, достаточно примерно часа обучения, чтобы устанавливать образцы и получать сфокусированные изображения. Непосредственное увеличение достигало 6000×, фотографическое увеличение снимков до 30 000×. Нижняя часть диапазона увеличений специально перекрывалась с оптической микроскопией Ну и дизайн - настоящий атомпанк!

В сосуд с большой концентрацией акриламида/бис можно добавить бромфеноловый синий. Это удобно для отслеживания смешивания. И для контроля градиента в геле. Но нужно добавлять больше - на геле БФС был не виден. Здесь еще что улучшать: 1) В резервуар “heavy” можно добавить еще один мпшальник, чтобы выровнять объемы 2) В “light” раствор можно добавить сахарозу для повышения плотности и чтобы градиент был более ровный 3) Оптимизировать концентрацию персульфата аммония и темеда

Электрофорез действительно больших белков Всем привычный электрофорез по Лэммли позволяет отлично разделять смеси белков в диапазоне примерно 10-250 кДа. А вот для электрофореза крупных белков, в том числе таких, как mTOR и Ki-67, эта система подходит уже хуже. Для электрофоретического разделения высокомолекулярных белков вплоть до 500 кДа используют другую буферную систему: в геле не трис-глицин-SDS, а трис-ацетат-SDS, а в электродном буфере трис-трицин-SDS. Это позволяет «растянуть» верхний диапазон и лучше разделять крупные белки. Для еще большего разрешения гели делают градиентными. В самом геле используется трис-ацетат-SDS с pH около 7, а в электродном буфере трис-трицин-SDS с pH 8,2. Поскольку pH геля близок к нейтральному, для поддержания восстановительных условий добавляют бисульфит натрия. На неделе помогал коллегам заливать градиентные гели 3-15% в трис-ацетат-SDS-системе. Градиент-формер и кассета древние, биорадовские, но работают. При заливке много тонкостей: нужно подобрать объемы растворов, концентрации персульфата аммония и ТЕМЕДа, скорость подачи. Важно добиться, чтобы гель застывал достаточно быстро, примерно за 15 минут, но не настолько быстро, чтобы полимеризация началась до того, как насос успеет все закачать. Со второй попытки все получилось: гели залились как надо, а тестовые дорожки со стандартами хорошо разошлись. Теперь осталось протестировать их на реальных образцах.

Криповый советский нейминг, или накорми ребенка Чебурашкой Мясные консервы «Чебурашка» из свинины, «Конек-Горбунок» из конины и «Винни-Пух» из смеси свинины и конины. И подрастающее поколение будет полно сил для строительства коммунизма!

Protein A сорбент своими руками Нашел тут в кладовых диагностический лиофилизат штамма стафилококка с повышенным содержанием белка А. Интересен принцип работы этого олдскульного кита. Клетки стафилококка нагружаются лабораторными антителами или диагностической сывороткой. Белок А связывает Fc-области антител, оставляя их антигенсвязывающие участки доступными. Если в исследуемом материале пациента присутствует соответствующий антиген, например антиген возбудителя инфекции, он связывается с антителами и вызывает склеивание клеток стафилококка. Образуются хлопья, видимые невооруженным глазом. Но у этой системы есть и другое интересное применение. Клетки стафилококка с белком А на поверхности фактически представляют собой природный носитель для связывания иммуноглобулинов. Поэтому из такой суспензии потенциально можно приготовить сорбент для очистки антител, предварительно стабилизировав клетки и поверхностные белки, например с помощью глутарового альдегида. Набор был произведен в 1989 году, но даже спустя 37 лет он все еще может быть полезен.