کمپ بیوانفورماتیک

📢 آشنایی با Europe PMC 🔹 در این پست می‌خواهیم با Europe PMC، یکی از بزرگ‌ترین پایگاه‌های دسترسی آزاد به مقالات و پیش‌چاپ‌های علوم زیستی و پزشکی، آشنا شویم. 🔹 تیم توسعه Europe PMC در حال افزودن قابلیت‌های مبتنی بر هوش مصنوعی مانند جستجوی معنایی (Semantic Search) و خلاصه‌سازی خودکار مقالات است تا پژوهشگران بتوانند سریع‌تر مقالات مرتبط را پیدا کرده و اطلاعات علمی را با دقت بیشتری مرور کنند. 🔗 https://europepmc.org/ #پایگاه_داده #مقاله ---------- 🆔 @BioinfCamp

📢 آشنایی با پایگاه داده DECIPHER 🔹 یکی از مهم‌ترین پایگاه‌های داده ژنومیک برای تفسیر واریانت‌های ژنتیکی و تشخیص بیماری‌های نادر. 🔗 https://www.deciphergenomics.org/ #ژنتیک ---------- 🆔 @BioinfCamp

🧬 مونتاژ ژنوم با داده‌های Nanopore 🔹 توالی‌یابی Oxford Nanopore امکان تولید داده‌های Long-read را فراهم کرده، اما رسیدن به یک مونتاژ دقیق نیازمند انتخاب صحیح ابزارها و مراحل پردازش است. 🔹 یکی از جریان‌های کاری پیشنهادی را در زیر ببینید: ▫️استفاده از Guppy برای Basecalling ▫️ استفاده از Flye برای مونتاژ ▫️ استفاده از Racon و Medaka برای پولیش ژنوم ▫️ انجام Hybrid Assembly با SPAdes و Pilon 🔹 این ترکیب می‌تواند دقت مونتاژ ژنوم‌های باکتریایی را به بیش از 99.95٪ برساند. 🔹 برای علاقه‌مندان به ژنومیک و بیوانفورماتیک، آشنایی با این Pipeline می‌تواند بسیار مفید باشد. #ژنتیک ---------- 🆔 @BioinfCamp

🧬 ردیابی تکامل پاتوژن‌ها در زمان واقعی 🔹 امروز با Nextstrain آشنا میشویم. یک پلتفرم متن‌باز و تعاملی برای تحلیل و نمایش تکامل ژنتیکی ویروس‌ها و سایر پاتوژن‌ها. 🔹 این ابزار با استفاده از داده‌های توالی‌یابی، درخت‌های فیلوژنتیکی، الگوهای انتشار جغرافیایی و روند ظهور سویه‌های جدید را به‌صورت پویا نمایش می‌دهد و یکی از پرکاربردترین منابع در اپیدمیولوژی ژنومی به شمار می‌رود. 🔹 اگر به حوزه بیوانفورماتیک، ژنومیک و پایش تکامل ویروس‌ها علاقه‌مند هستید، حتماً نگاهی به آن بیندازید. #تکامل #ژنتیک ---------- 🆔 @BioinfCamp

📚 From Database to Knowledge Catalog 🔹 قبلاً دیتابیس‌هامون Passive Catalog بودند، یعنی فقط مشخص میشد داده‌ها کجا هستند و چه ویژگی‌هایی دارند. 🔹 اما این روزها رویه‌ی Knowledge Catalog معرفی شده است که در آن علاوه بر ذخیره داده‌ها، ارتباط بین داده‌ها، قوانین، مفاهیم و Context را نیز باید مشخص کنیم. 🔹 یعنی عبور از محدودیتی که در آن AI فقط به داده خام دسترسی دارد و حرکت به سمت هوش مبتنی بر دانش و ارتباطات. 🔹 به نظر می‌رسد آینده سیستم‌های داده، تنها ذخیره اطلاعات نیست؛ بلکه تبدیل داده به دانش قابل فهم برای هوش مصنوعی است. #هوش_مصنوعی ---------- 🆔 @BioinfCamp

🔬 Research is me-search 🔹 آیا تاکنون این جمله‌ی معروف را شنیده‌اید؟ این عبارت را می‌توان این‌گونه تعبیر کرد: «پژوهش، جست‌وجوی خودِ انسان است.» 🔹 یعنی پژوهش فقط کشف جهان نیست؛ بلکه تلاشی برای شناخت بهتر خود، دغدغه‌ها، تجربه‌ها و پرسش‌هایی است که برای پژوهشگر معنای شخصی دارند. 🔹 وقتی کنجکاوی علمی با انگیزه‌ای درونی همراه می‌شود، پژوهش عمق و معنا پیدا می‌کند. البته این انگیزه باید همواره در کنار صداقت علمی، شفافیت و بی‌طرفی پژوهشی حفظ شود. #پژوهش ---------- 🆔 @BioinfCamp

آیا میدانید Translational Research چیست؟ 🔹 نوعی پژوهش علمی که هدف آن پل زدن بین علوم پایه و پزشکی بالینی است! یعنی نتایج تحقیقات آزمایشگاهی، به سرعت وارد مراحل کاربردی شود تا به داروها، روش‌های درمانی یا ابزارهای تشخیصی جدید منجر شود. 🔹 مراحل مهم این نوع پژوهش: 1️⃣ آزمایشگاه و کشف علمی 2️⃣ آزمایش‌های بالینی و آزمایش روی بیماران 3️⃣ کاربرد در جامعه و درمان واقعی و بهبود سلامت 🔹 هدف اصلی این نوع تحقیقات این است که دانش علمی به سرعت به زندگی واقعی مردم تبدیل شود و فاصله بین علم و درمان کوتاه شود. #پژوهش ---------- 🆔 @BioinfCamp

🧬 شاید فکر کنید MHCها فقط دو کلاس دارند: MHC I & MHC II ولی باید بگم کلاس سومی هم داریم. MHC III این کلاس برخلاف دو کلاس دیگر، مستقیماً آنتی‌ژن ارائه نمی‌دهد، بلکه در فرآیندهای مهمی مثل تولید پروتئین‌های مکمل، تنظیم التهاب و هماهنگی پاسخ ایمنی نقش کلیدی دارد. کلاس ۳، قهرمان پشت‌صحنه سیستم ایمنی! #سیستم_ایمنی ---------- 🆔 @BioinfCamp

برای کارهای دانشگاهی‌تون، رایگان، نامحدود، بدونِ نیاز به ثبت‌نام و با مدل FLUX.1-Dev تصویر تولید کنید: 💎 https://raphael.app/ #معرفی_سایت ---------- 🆔 @BioinfCamp

🔹 اخیراً سورس کد Claude Code لیک شده، ولی نکته جالب اینه که خیلی‌ها وقتی کد رو دیدن، گفتن «خیلی هم تمیز و حرفه‌ای نیست!» 😐 🔹 اما این اتفاق یه پیام مهم داشت: ارزش واقعی محصول، خودِ کد نیست! چی مهمه؟ 🔹 اینکه محصول واقعاً کار کنه 🔹 اینکه مشکل کاربر رو حل کنه 🔹 اینکه تجربه‌ی خوبی بده حتی اگه کد پشتش خیلی عالی نباشه! 😉 #هوش_مصنوعی ---------- 🆔 @BioinfCamp

📢 در این پست با ۴ روش اصلی یکپارچه‌سازی (Integration) داده‌های Multi-omics آشنا می‌شویم. 🧬 Vertical Integration ادغام داده‌های چندین اُمیک مختلف که از یک نمونه یا یک سلول به‌دست آمده‌اند. 🧬 Diagonal Integration ادغام داده‌های اُمیکس مختلف که از سلول‌ها یا نمونه‌های متفاوت جمع‌آوری شده‌اند و برای یافتن ارتباط بین آن‌ها از روش‌های محاسباتی پیشرفته استفاده می‌شود. 🧬 Mosaic Integration ترکیب مجموعه‌ای از داده‌ها که هر کدام بخشی از لایه‌های اُمیک را پوشش می‌دهند و از طریق داده‌های مشترک به یکدیگر متصل می‌شوند. 🧬 Spatial Integration ادغام داده‌های Multi-omics همراه با اطلاعات مکانی سلول‌ها و بافت‌ها، با هدف بررسی ارتباط بین ساختار، موقعیت و عملکرد سلول‌ها در محیط طبیعی بافت. #بیوانفورماتیک #مولتی_اومیکس ---------- 🆔 @BioinfCamp

📢 در این پست می‌خواهیم با برخی از ابزارهای پرکاربرد در تحلیل داده‌های Multi-omics آشنا شویم. 🧬 TrackViewer ابزاری برای نمایش و تجسم داده‌های چنداُمیک و ایجاد انواع نمودارهای تخصصی 🧬 MotifStack ابزاری برای تحلیل موتیف‌های زیستی و بررسی ارتباط بین موتیف‌های شناسایی‌شده 🧬 ChIPpeakAnno یک ابزار محبوب برای تحلیل داده‌های ChIP-seq 🧬 scATACpipe یک پایپ‌لاین جامع برای تحلیل داده‌های تک‌سلولی scATAC-seq #بیوانفورماتیک #مولتی_اومیکس ---------- 🆔 @BioinfCamp

📚 امروز می‌خواهیم با مهم‌ترین فرمت‌های فایل در بیوانفورماتیک آشنا شویم. 🔹 FASTQ (.fastq) ذخیره توالی‌ها به همراه کیفیت خوانش (Quality Score) حاصل از دستگاه‌های توالی‌یابی. 🔹 SAM / BAM (.sam/.bam) فایل‌های همترازی (Alignment) توالی‌ها با ژنوم مرجع. 🔹 VCF (.vcf) ذخیره واریانت‌های ژنتیکی مانند SNP و Indel. 🔹 GFF (.gff) نمایش موقعیت ژن‌ها، اگزون‌ها، اینترون‌ها و سایر ویژگی‌های ژنومی. 🔹 BED / BigWig (.bed/.bw) ذخیره نواحی ژنومی و داده‌های اپی‌ژنتیکی مانند متیلاسیون و سیگنال‌های ژنومی. 🔹 MGF / mzXML ذخیره داده‌های طیف‌سنجی جرمی در مطالعات پروتئومیکس و متابولومیکس. #بیوانفورماتیک ---------- 🆔 @BioinfCamp

🎓 موقعیت استادیار در دانشگاه گوتنبرگ، سوئد 🇸🇪 🧬 حوزه: گلیکوبیولوژی شیمیایی، با امکان همکاری در هوش مصنوعی و مدل‌سازی مولکولی 💰 حمایت مالی برای تشکیل گروه پژوهشی 💻 مناسب دارندگان دکتری مرتبط و سابقه پژوهشی در گلیکوبیولوژی یا حوزه‌های نزدیک 📅 مهلت درخواست: ۳۰ اکتبر ۲۰۲۶ 🔗 اطلاعات بیشتر و شرایط درخواست #اپلای ---------- 🆔 @BioinfCamp

🎓 موقعیت پسادکتری در دانشگاه اسلو، نروژ 🇳🇴 🧬 حوزه: بیوانفورماتیک و زیست‌شناسی محاسباتی؛ توسعه مدل‌های یادگیری ماشین برای مطالعه تنظیم ژن و جهش‌های غیرکدکننده در سرطان با داده‌های چنداُمیکی تک‌سلولی و ساختار سه‌بعدی ژنوم 💰 قرارداد ۳ ساله با حقوق 💻 مناسب دارندگان دکتری در رشته‌های مرتبط، با تجربه برنامه‌نویسی و یادگیری ماشین 🔗 اطلاعات بیشتر و نحوه درخواست #اپلای ---------- 🆔 @BioinfCamp

🎓 معرفی دو موقعیت دکتری در سوئد و نروژ ۱. دانشگاه اوپسالا، سوئد 🇸🇪 🦠 میکروبیولوژی تکاملی با تمرکز بر تکامل باکتری‌های داخل‌سلولی 💰 تأمین مالی کامل برای ۴ سال 🔗 اطلاعات بیشتر و نحوه درخواست ۲. دانشگاه اسلو، نروژ 🇳🇴 🧬 بیوانفورماتیک و زیست‌شناسی محاسباتی؛ توسعه مدل‌های یادگیری ماشین برای مطالعه تنظیم ژن و جهش‌های غیرکدکننده در سرطان 💰 دوره ۳ ساله با حقوق، بدون تعهد تدریس 🔗 اطلاعات بیشتر و نحوه درخواست #اپلای ---------- 🆔 @BioinfCamp

سلام همراهان گرامی 🌱 امروز دو موقعیت دکتری در سوئد و نروژ معرفی می‌کنیم؛ فردا یک موقعیت پست‌داک در نروژ و پس‌فردا یک موقعیت هیئت علمی در سوئد. با ما همراه باشید!

💰 سرمایه‌گذاری‌های بزرگ اخیر در حوزه زیست‌فناوری و سلامت 🔹 NewLimit جذب ۴۳۵ میلیون دلار برای توسعه درمان بازبرنامه‌ریزی اپی‌ژنتیکی سلول‌های کبد. 🔹 cAMPfield Therapeutics: جذب ۱۸۰ میلیون دلار برای توسعه داروی خوراکی بیماری‌های التهابی روده (IBD). 🔹 SonoThera: جذب ۱۲۵ میلیون دلار برای توسعه درمان‌های ژنتیکی مبتنی بر RNA و DNA. 🔹 Ona Therapeutics: جذب ۸۶.۶ میلیون دلار برای توسعه نسل جدید داروهای آنتی‌بادی-دارو (ADC) علیه سرطان پستان و سرطان کولورکتال. 🔹 Waypoint Bio: جذب ۲۰ میلیون دلار برای توسعه درمان‌های سلولی طراحی‌شده با هوش مصنوعی. این سرمایه‌گذاری‌ها نشان می‌دهد که حوزه‌هایی مانند ژن‌درمانی، RNA، هوش مصنوعی، اپی‌ژنتیک و درمان‌های سرطان همچنان در کانون توجه سرمایه‌گذاران زیست‌فناوری قرار دارند. #بیوانفورماتیک #زیست_فناوری ---------- 🆔 @BioinfCamp

حس خنکی و تازگی نعنا! 🙄 🌿 منتول (Menthol) یک ترکیب طبیعی از نعناع فلفلی است که حس خنکی و تازگی ایجاد می‌کند. 💊 استفاده‌ها: داروهای ضدسرفه، کرم‌های موضعی، خمیردندان و دهان‌شویه‌ها. 🍬 در صنایع غذایی و شیرینی هم به عنوان طعم‌دهنده به کار می‌رود. 🧪 فرمول شیمیایی: C₁₀H₂₀O #دانستنی‌ها ---------- 🆔 @BioinfCamp

معرفی Paper Banana 🍌 🔹 یک ابزار هوش مصنوعی برای ایجاد تصویرسازی علمی و شکل‌های آکادمیک. 🔹 با Paper Banana می‌تونی از توضیحات متنی نمودارها، دیاگرام‌ها و اشکال علمی با کیفیت انتشار بسازی، بدون نیاز به طراحی دستی! https://paperbanana.studio/?utm_source=chatgpt.com #معرفی_ابزار ---------- 🆔 @BioinfCamp