کمپ بیوانفورماتیک

🧠 امیدی تازه برای ترمیم آسیب نخاعی با کمک سینگل‌سل 🔹 پژوهشگران با استفاده از scRNA-seq و Spatial Transcriptomics موفق شدند مسیر مولکولی c-Jun–Irf8–CD36 را به‌عنوان یکی از عوامل اصلی ایجاد بافت اسکار فیبروتیک پس از آسیب نخاعی شناسایی کنند. 🔹 نتایج این مطالعه نشان داد که مهار پروتئین CD36 یا تنظیم‌کننده بالادستی آن c-Jun می‌تواند تشکیل بافت اسکار را کاهش داده، بازسازی عروق و رشد مجدد آکسون‌ها را تقویت کند و در نهایت باعث بهبود عملکرد حرکتی در مدل‌های حیوانی شود. 🔹 این پژوهش نشان می‌دهد که فناوری‌های scRNA-seq و Spatial Transcriptomics تنها برای شناسایی سلول‌ها نیستند، بلکه می‌توانند محل حضور، نقش و تغییرات آن‌ها در پاسخ به درمان را نیز آشکار کنند و مسیر را برای توسعه درمان‌های دقیق‌تر آسیب نخاعی هموار سازند. 🔹 مطالعه‌ی بیشتر 👇 https://doi.org/10.1093/burnst/tkag020 #سینگل_سل ---------- 🆔 @BioinfCamp

🚀 من عقبم و مهم نیست! دنیا‌ی هوش مصنوعی خیلی سریع حرکت می‌کنه؛ هر روز مدل‌ها و ابزارهای جدید، جریان‌های کاری تازه، پس حس عقب‌موندگی راحت به سراغ آدم میاد. 😅 اما یادت باشه: 🔹 تو برنامه‌نویس شدی چون ساختن و خلق کردن لذت‌بخش بود، نه دنبال کردن هر ابزار تازه. 🔹 ابزارها می‌آیند و می‌روند، اون‌هایی که ارزش دارن، می‌مونن. 🔹 یک جریان کاری پایدار و مطمئن پیدا کن و روی ساختن چیزهای مفید تمرکز کن، نه رقابت با هر چیز تازه. 🔹 پس، کمی عقب بودن اشکالی نداره. تو هنوز جلوتر از جای قبلی خودتی. 😉 #هوش_مصنوعی ---------- 🆔 @BioinfCamp

با 🛡 TLRها نگهبانان سیستم ایمنی بدن آشنا شویم 🔹 در واقع TLR (Toll-like Receptors) گیرنده‌هایی هستند که سلول‌های ایمنی را نسبت به مهاجمان میکروبی حساس می‌کنند. 🔹 وقتی TLR یک مولکول میکروبی (مثل باکتری یا ویروس) را شناسایی کند، پیام می‌دهد تا پاسخ ایمنی فعال شود و بدن آماده مقابله با عفونت می‌شود. 🔹 بعضی TLRها روی سطح سلول‌اند، بعضی داخل اندوزوم تا ویروس‌ها و RNA/DNA بیگانه را شناسایی کنند. #سیستم_ایمنی #طراحی_واکسن ---------- 🆔 @BioinfCamp

دکتری! دقیقا 👌 #تحقیق #پژوهش ---------- 🆔 @BioinfCamp

لیست ابزارهای هوش مصنوعی رایگان برای ریسرچ 🔹 دستیار مطالعه مقاله: typeset.io 🔹 دسته‌بندی مقالات: researchrabbit.ai 🔹 یادداشت برداری از مقالات: glasp.co 🔹 پیدا کردن مقالات مشابه: semanticscholar.org 🔹 پاسخ به سوال براساس مقاله: consensus.app 🔹 استخراج اطلاعات از مقالات: elicit.com 🔹 استناد جملات به مقالات: scite.ai 🔹 پیدا کردن مقالات مشابه: connectedpapers.com 🔹 خلاصه‌سازی مقاله: scholarcy.com 🔹 کمک به نوشتار مقاله: paperpal.com #پژوهش #هوش_مصنوعی ---------- 🆔 @BioinfCamp

اگر دنبال مرکزی جامع برای یافتن، مرور و دانلود توالی‌های ژنومی، انوتیشن‌ها و متادیتا هستید، حتماً به سرویسِ زیر سر بزنید: 🔹 National Center for Biotechnology Information (NCBI Datasets) پی‌نوشت: این عکس جالب که نمی‌دونیم مارمولکه چیه (هرچی که هست بامزه‌س!) روی صفحه اول این دیتاست قرار داشت؛ ما هم چون قشنگ بود اینجا گذاشتیم 😄 #دیتابیس ---------- 🆔 @BioinfCamp

شش مرحله برای چرخه عمر داده‌ها وجود دارد. 🔹 برنامه‌ریزی: تصمیم بگیرید چه نوع داده‌ای مورد نیاز است، چگونه مدیریت خواهد شد و چه کسی مسئول آن خواهد بود. 🔹 جمع‌آوری: داده‌ها را از منابع مختلف جمع‌آوری یا وارد کنید. 🔹 مدیریت: از داده‌ها مراقبت و نگهداری کنید. این شامل تعیین نحوه و محل ذخیره‌سازی و ابزارهای مورد استفاده است. 🔹 تحلیل: از داده‌ها برای حل مسائل، گرفتن تصمیمات و پشتیبانی از اهداف کسب‌وکار استفاده کنید. 🔹 بایگانی: داده‌های مرتبط را برای نگهداری بلندمدت و مراجعه‌ی آینده ذخیره کنید. 🔹 حذف: داده‌ها را از ذخیره‌سازی حذف کرده و هر نسخه‌ی اشتراکی از آن را پاک کنید. #تحلیل_داده ---------- 🆔 @BioinfCamp

استرالیا

کی از Box Plot استفاده کنیم؟ ✔️ وقتی توزیع داده‌هات نرمال یا Skewed هست ✔️ وقتی تعداد نمونه‌ها متوسط تا زیاده ✔️ وقتی می‌خوای داده‌های پرت رو واضح نشون بدی ✔️ وقتی خلاصهٔ سریع از میانه و پراکندگی لازم داری کی از Box Plot استفاده نکنیم؟ 🚫 وقتی داده‌هات چند‌پیکی (Multimodal) هستن 🚫 وقتی مخاطب‌ات افراد غیرمتخصص هست. 🚫 وقتی می‌خوای جزییات دقیق‌تر توزیع رو نشون بدی #آنالیز_داده ---------- 🆔 @BioinfCamp

معرفی سرور HawkDock 🔹 اگر در زمینه بیوانفورماتیک و مدل‌سازی تعاملات پروتئینی فعالیت می‌کنید، سرور HawkDock می‌تواند ابزار قدرتمندی برای شما باشد! 🔹 این ابزار یک سرور تحت وب است که برای پیش‌بینی و تحلیل کمپلکس‌های پروتئین–پروتئین طراحی شده است. 🔹 ابزار یاد شده با ترکیب روش‌های داکینگ محاسباتی و تحلیل انرژی به کمک الگوریتم MM/GBSA امکان بررسی دقیق‌تر تعاملات مولکولی را فراهم می‌کند. #داکینگ #بیوانفورماتیک_ساختاری ---------- 🆔 @BioinfCamp

🧬 چرخه زندگی و انواع سلول‌های T 1️⃣ Naïve هنوز با پاتوژن روبه‌رو نشدن، در خون گردش می‌کنن و آماده فعال شدن هستن. 2️⃣ Effector بعد از شناسایی آنتی‌ژن فعال می‌شن و با عفونت یا سلول‌های سرطانی مقابله می‌کنن. شامل دو نوعِ CD4 و CD8 3️⃣ Memory بخشی از Effector که زنده می‌مونه تا دفعه بعد سریع‌تر واکنش نشون بده و ایمنی طولانی ایجاد کنه. #سیستم_ایمنی ---------- 🆔 @BioinfCamp

ابزارهایی برای Graphical Abstract مناسب مقالات علمی 1. Mindthegraph.com 2. BioRender.com 3. Infogram.com 4. SmartDraw.com 5. SciDraw.io 6. BioIcons.com #معرفی_سایت #مقاله ---------- 🆔 @BioinfCamp

🧬 آشنایی با TSNAdb 🔹 اگر در حوزه طراحی واکسن‌های سرطان، یا نئوآنتی‌ژن‌ها فعالیت می‌کنید، پایگاه داده TSNAdb یکی از منابع ارزشمند برای شماست. 🔹 این پایگاه بیش از 520 هزار نئوآنتی‌ژن پیش‌بینی‌شده را گردآوری کرده است. 🔹 یکی از ویژگی‌های جالب TSNAdb اتصال نئوآنتی‌ژن‌ها به ژن‌ها و جایگاه‌های محرک سرطان (Driver Mutations) است که می‌تواند در شناسایی اهداف مناسب برای ایمونوتراپی سرطان بسیار مفید باشد. 🔗 https://pgx.zju.edu.cn/tsnadb/ #طراحی_واکسن ---------- 🆔 @BioinfCamp

آنتروپی شانون یا Shannon Entropy چیست؟ 🔹 یکی از شاخص‌های معروف در ریاضیات و زیست‌محیطی، و به‌ویژه در زیست‌شناسی محاسباتی و ایمونولوژی برای اندازه‌گیری تنوع (diversity) استفاده می‌شود. مثلاً برای اندازه‌گیری تنوع کلون‌ها در یک نمونه. 🔹 آنتروپی شانون میزان عدم قطعیت یا تنوع را در یک مجموعه نشان می‌دهد. هر چه مقدار آنتروپی بیشتر باشد، تنوع هم بیشتر است. 🔹 فرض کنید دارید تنوع گیرنده‌های سلول‌های T یا B را بررسی می‌کنید. اگر فقط یک کلون غالب باشد: آنتروپی پایین و تنوع کم، و اگر کلون‌ها با فراوانی تقریباً برابر باشند، در این صورت آنتروپی بالا و تنوع زیاد خواهد بود #آنالیز_داده ---------- 🆔 @BioinfCamp