Структурный анализ и белковая инженерия
Open in Telegram
Новости структурной биологии Контакты: ivan.gushchin@phystech.edu
Show more533
Subscribers
No data24 hours
+37 days
+7630 days
Data loading in progress...
Similar Channels
No data
Any problems? Please refresh the page or contact our support manager.
Tags Cloud
Incoming and Outgoing Mentions
---
---
---
---
---
---
Attracting Subscribers
July '26
July '26
+36
in 0 channels
June '26
+48
in 2 channels
Get PRO
May '26
+22
in 0 channels
Get PRO
April '26
+15
in 0 channels
Get PRO
March '26
+17
in 0 channels
Get PRO
February '26
+54
in 0 channels
Get PRO
January '26
+19
in 0 channels
Get PRO
December '25
+21
in 1 channels
Get PRO
November '25
+12
in 0 channels
Get PRO
October '25
+26
in 0 channels
Get PRO
September '25
+44
in 0 channels
Get PRO
August '25
+114
in 0 channels
Get PRO
July '250
in 0 channels
Get PRO
June '25
+117
in 0 channels
| Date | Subscriber Growth | Mentions | Channels | |
| 30 July | 0 | |||
| 29 July | 0 | |||
| 28 July | 0 | |||
| 27 July | 0 | |||
| 26 July | 0 | |||
| 25 July | 0 | |||
| 24 July | 0 | |||
| 23 July | 0 | |||
| 22 July | 0 | |||
| 21 July | +1 | |||
| 20 July | 0 | |||
| 19 July | +1 | |||
| 18 July | +1 | |||
| 17 July | +16 | |||
| 16 July | 0 | |||
| 15 July | 0 | |||
| 14 July | +7 | |||
| 13 July | +1 | |||
| 12 July | 0 | |||
| 11 July | 0 | |||
| 10 July | +1 | |||
| 09 July | 0 | |||
| 08 July | 0 | |||
| 07 July | 0 | |||
| 06 July | +2 | |||
| 05 July | +1 | |||
| 04 July | +2 | |||
| 03 July | +2 | |||
| 02 July | 0 | |||
| 01 July | +1 |
Channel Posts
+1
@Wehg_and_wehg делится скриншотами своей био-игры
Что-то такое я имел ввиду в посте выше - для студентов и синтетических биологов / инженеров метаболизма наверняка было бы увлекательно, да и всем остальным - для лучшего понимания, с какими сложностями сталкивается клетка
| 2 | Интересная работа в Nature Communications от исследователей из Revel Pharmaceuticals, Calico Life Sciences (биотех от гугла!) и Университета Колорадо:
В отличие от внутриклеточных белков, некоторые белки внеклеточного матрикса находятся в нашем теле годами и десятилетиями, и за это время накапливают химические повреждения. Одно из них - карбоксиметилирование лизинов. Помимо прямого влияния на функционирование поврежденных белков, карбоксиметил-лизины (КМЛ) активируют рецептор RAGE и приводят к выбросу провоспалительных цитокинов.
Авторы работы решили разработать фермент, который возвращал бы лизины белков в первоначальный вид. В литературе такие не описаны, и тогда был придуман очень интересный подход: сначала нашли оксидазу глицина, которая также была активна в отношении КМЛ. Далее, поизучали ее гомологи и поняли, что такая активность довольно часто встречается. К сожалению, ни один из них не расщеплял КМЛ в контексте пептидов.
Чтобы найти нужный аналог, авторы построили структурные модели 44'783 похожих белков, выбирая такие, у которых активный сайт был бы наиболее открыт. Среди них нашли вариант из другой бактерии, который был заметно активен и в отношении пептидов.
Но, на этом все не закончилось: авторы сделали хитрую бактерию, скорость роста которой зависела бы от активности фермента, и дальше поделали сайт-направленный мутагенез, чтобы найти более активные варианты. Конечный белок проверили на BSA, коллагене, гемоглобине, казеине и экстракте белков глаза, а потом и человеческих тканях, и везде обнаружили значимое уменьшение количества поврежденных белков.
Не могу экспертно оценить, насколько такой белок сам по себе поможет бороться со старением, но как case study выглядит замечательно: сложным и умным путем разработали не имеющий аналогов в природе фермент, с помощью которого напрямую и измеримо можно починить накапливаемые с возрастом повреждения. И потенциал для новых подобных примеров огромный. | 263 |
| 3 |  No text... | 256 |
| 4 |  Красную окраску могут давать не только каротиноиды 😉
In other news, на днях лаборатория Bruno Correia выложила препринт, в котором продемонстрировано превращение еще трех родопсинов в растворимые белки - спустя полтора года после нашей работы
В статье про WRAPS оказывается тоже упомянут родопсин (гелиородопсин), хотя и вскользь - картинок и спектров нет (h/t KK)
Дэвид Бейкер продолжает улетать в космос - кроме работы про искусственные флуоресцентные белки с аналогами ретиналя опубликовалась работа про маленькие таги, связывающиеся с разными интересными красками
Другие люди переделывают билин-связывающие белки
Видимо, теперь будет все больше очень необычных примеров - в том числе и от Андрея/нас - подписывайтесь на апдейты! | 295 |
| 5 |  А вы знали, что "крепкость" мембранного белка можно померять, вытягивая его за один из концов с помощью атомно-силового микроскопа?
Если отдельные кривые растяжение-сила выглядят может не очень наглядно (справа сверху), то при усреднении по многим экспериментам начинает замечательно прослеживаться поочередное выдергивание разных спиралей (слева снизу), а из значений нужной для этого силы можно сделать много биофизических выводов.
Обзор в Chemical Reviews с бесплатным доступом | 760 |
| 6 |  Любителям молекулярной динамики будет приятно узнать, что разработан новый метод расчета кулоновских взаимодействий (самый вычислительно дорогой шаг), применение которого значимо ускоряет моделирование
Статья
Популярное изложение на phys.org | 876 |
| 7 |  И, чтобы люди из Стэнфорда не расслаблялись, люди из Университета Виргинии тут же пересобрали Germinal на открытых кодах, и утверждают, что получившийся OpenGerminal хоть и работает чуть медленнее, зато дает даже более хорошие метрики кофолдинга, чем первоначальный Germinal | 980 |
| 8 |  На самом деле, много кто пытается сделать антитела с помощью компьютера - пару недель назад в Nature Biotechnology опубликован алгоритм Germinal от команды из Стэнфорда, с неплохими успехами против нескольких мишеней. | 771 |
| 9 |  Интересные результаты от компании Nabla Bio: разработаны антитела, которые избирательно узнают пептиды мутированных форм K-Ras (G12C и G12V) в презентационном комплексе, и не узнают пептиды дикого типа - и все это подтверждено и в клеточных тестах, и с помощью Cryo-EM.
K-Ras - внутриклеточная ГТФаза и протоонкоген, долго считавшаяся "undruggable" - не способной связывать малые молекулы (потенциальные лекарства) из-за отсутствия явных карманов для связывания.
Новые антитела от Nabla Bio позволяют направить клетки иммунитета на клетки опухоли. По-видимому, это первый пример разработки антител к комплексам гистосовместимости с помощью вычислительных методов, первый пример разработки антитела, настолько чувствительного к одной замене в мишени, и просто красивый пример таргетирования внутриклеточной мишени с помощью антител. | 668 |
| 10 |  Многообразие четвертичных структур коротких РНК (!) в новом препринте "Structural assemblies for an RNA world" | 507 |
| 11 |  Красивая визуализация динамики нуклеосом - расширение Molecular Nodes для Blender от Brady Johnston, траектория из свежей статьи "Molecular architecture of heterochromatin at the nuclear periphery of primary human cells" | 580 |
| 12 |  У команды из Японии может быть самое низкое разрешение, зато найдены ключевые мутации, меняющие чувствительность рецепторов к тому или иному свету.
Было бы конечно любопытнее наэволюционировать родопсин, поглощающий где-нибудь за пределами видимой области спектра, и потом кого-то генетически заинжинирить. Полицейская собака, которая видит преступников в инфракрасном диапазоне?) | 729 |
| 13 |  Журнал Science объявил неделю структур родопсинов - сразу три статьи о механизмах цветного зрения у человека (и макак):
https://www.science.org/doi/10.1126/science.adz8141
https://www.science.org/doi/10.1126/science.adz3624
https://www.science.org/doi/10.1126/science.adz3996
Сами структуры вероятно будут более интересны специалистам (потому что в общем устройстве - семи спиралях и связанном ретинале - никто не сомневался), но какие-то уроки можно извлечь. В том числе, как всегда в структурной биологии, "доверяй, но проверяй" - авторы могут поместить в PDB очень красивые и логичные координаты, а экспериментальная реальность (плотности) могут быть и не такими однозначными - см. правую нижнюю часть иллюстрации, есть пример получше и есть пример явно похуже. | 586 |
| 14 |  Было бы не очень хорошо рассказать об игре, не попробовав ее самому. И... выражаясь политкорректно, тут есть, куда развиваться.
Чтобы играть было чуть легче, надо в опциях убирать все, кроме переднего плана, регулярно обращаться к карте, и регулярно перезагружаться.
Молекулы пока служат в основном антуражем, а кот все время срывается в пропасть в самый низ клетки. Но, если пофантазировать, то потенциал у задумки большой: белочки могли бы шевелиться, вокруг бы могли летать маленькие молекулы, знакомство с каждым новым ферментом могло бы быть историей и приключением само по себе, кот бы лазал по актину в любом направлении и т.д. и т.п.
Одновременно с этим возникла еще мысль об игре про метаболизм наподобие Factorio (в которую не играл), где надо бы было потихоньку выстраивать технологические метаболические цепочки, следить за "ресурсами", их пропорциями, скоростями реакции и всеми этими оптимизационными моментами.
Может, с развитием вайбкодинга, что-то такое когда-то в ближайшем времени и случится. | 526 |
| 15 |  Meowtabolism - новая игра в Steam про структурную биологию 🧬🐈
Immerse yourself in a hand crafted microscopic world built using experimental data from cryogenic electron microscopy/tomography, volume electron microscopy, X-ray crystallography, and sequence based structure prediction.
https://store.steampowered.com/app/4045010/Meowtabolism__Examining_Feline_Behavior_within_Unicellular_Algae/
У игры есть бесплатная демка. Не является рекламой) | 3 901 |
| 16 |  Наконец, хочется поделиться записями замечательно проиллюстрированного и сопровожденного видео-вставками курса от Антона Чугунова (основателя biomolecula.ru) «Новости компьютерного моделирования биосистем», который он читает в МФТИ.
Курс обновился: появился рассказ о современных методах расчета энергий связывания в молекулярной динамике, рассказ про предсказание структур белков стал более системным и последовательным, а лекция про белковый дизайн обрела необходимую четкость и теоретическую базу.
Лекции доступны на ютубе и ВКонтакте:
1. Моделирование рецепторов (ВК)
2. Моделирование ионных каналов (ВК)
3. Моделирование больших и сверхбольших систем (ВК)
4. Фолдинг и взаимодействие молекул (ВК)
5. Расчеты свободных энергий связывания и улучшенное семплирование МД (ВК)
6. Новые технологии молекулярной динамики (ВК)
7. Предсказание структуры белков на базе искусственного интеллекта (ВК)
8. Белковый дизайн — технология будущего (ВК) | 719 |
| 17 |  На канале давно не было собственных результатов, но тут надо подождать несколько месяцев - в работе есть очень интересные проекты)
Несколько недель назад в выпуске памяти А.С. Арсеньева вышел наш обзор про ProteinMPNN и близкие методы, с основным упором на возможные применения. В лучших традициях, обзор тут же устарел, потому что одновременно вышел обзор от Бейкера про инженерию в целом и обзор от Martin Pacesa (разработчик BindCraft) про инженерию байндеров, не считая других работ и обзоров.
В нашем обзоре есть иллюстрация, которая возможно ранее не фигурировала в статьях - для аминокислот в каждом положении белка, сравнение разнообразия в природе среди гомологов, и предсказаний ProteinMPNN для одиночных замен. Есть примеры, где и то, и другое совпадает с аминокислотой в конкретном представителе, использовавшемся для предсказания, но есть и все остальные возможные комбинации. Предсказания одиночных мутаций от ProteinMPNN тоже хорошо работают. | 521 |
| 18 |  Команда Дэвида Бейкера сделала улучшенные самособирающиеся частицы настраиваемого размера. Сборка как всегда подтверждена экспериментальными данными, и как всегда частицы по-видимому получаются довольно "мягкие", в отличие от вирусных капсидов, где положение отдельных аминокислот можно было определять даже еще до появления новых детекторов для электронной микроскопии.
Ссылка на статью: https://doi.org/10.1038/s41586-026-10464-0
Тексты всех статей Бейкера: https://www.bakerlab.org/publications/ | 376 |
| 19 |  Не биология, но тоже интересно: ученые из University of California Davis смогли застабилизировать оксониевый катион - хитрую электрофильную химическую группу, которая обычно очень быстро реагирует с водой или спиртами, но в новой молекуле остается стабильной несмотря на три гидроксила.
Ссылка на статью: https://doi.org/10.1002/anie.2727232 | 331 |
| 20 |  Пятничный пост: высокие стандарты качества научных публикаций от Scientific Reports (или, как некоторые называют журнал, Nature Scientific Reports)
https://doi.org/10.1038/s41598-025-10168-x
(то, что статья висит в таком виде уже год, и процитирована 9 раз 🙈, тоже о чем-то говорит) | 536 |
