Сабина в поисках смысла жизни
Closed channel
Привет, я Сабина! Совмещала стажировку в фарме, работу в лабе и проект по LLM в химии Здесь рассказываю о 🤍 научной работе в области биотехнологий и LLM 🤍учебе на химфаке МГУ 🤍своих успехах и неудачах 🤍осознанном тренировочном процессе
Show more640
Subscribers
No data24 hours
-57 days
-1930 days
Posts Archive
В общем, я тут поразмыслила и пришла к выводу, что канал надо удалять.
Последние полгода я почти ни с кем не общаюсь, кроме самых близких. И то даже с ними особо мне не хочется обсуждать свои дела. Потому что ничего хорошего и приятного я сказать не могу.
Потому что то, что происходит и будет происходить ближайшие 1,5 года в МГУ ничем положительным не окрашивается. А я слишком часто выхожу из себя и в такие моменты могу написать сюда какие-нибудь вещи, которые саму меня могут подставить. Вот, да и честно сказать, что я думаю, я вряд ли могу без последствий говорить то, что я думаю.
Мои родные мне сказали вчера, что я слишком много стала ругаться матом. А потом послушали, что происходит, и такие:
Мда, тут сложно не начать материться.
Можно ли не удалять канал? Можно. Только соблазн здесь бомбануть у меня всегда очень велик. А делать вид: «Ой как все классно, как хорошо» и не комментировать ничего я не могу.
В общем, я хочу придерживаться принципа « Тише едешь — дальше будешь». Спасибо всем, кто был неравнодушен к моим историям!😳
+1
Сегодня в полной мере "преисполнилась" в своем познании. Чтобы закрыть хвост, нужно было зайти вечером и сдать вопрос.
Далее диалог.
П:
Какая длина генома человека?
Я: примерно 3 млрд пар оснований
П: неправильно, 10.
*я думаю про себя: я, конечно, полгода как перестала самостоятельно ботать молбиол, но не могу я в таких базовых вопросах ошибаться*
Далее
П: Почему ВИЧ в организме невозможно нейтрализовать антителами?
Я: Он сидит внутри лимфоцита, антитело туда залезть не может.
*я опять не понимаю, что происходит*
Это все было после сдачи 2 праков, 1 контрольной, и бегов между 3мя корпусами МГУ. Я пришла домой, провела занятие и все-таки решила загуглить.
Я не знаю, смотрите сами, я не знаю, как еще на этот сюр реагировать.
Обычно в таких ситуациях говорят относиться проще. Но у меня это не выходит из головы, слишком вне рамок моего понимания.А итогов года не будет, автор мечтает уже выпуститься и законно отдыхать с 31 по 9, а не херачить, как черт, перед сессией в течение 5 лет
Repost from Химия в бутылочке🧪
когда научрук, сидящий на 2,5 ставке с надбавками за публикации в Q1 и включённый в четыре ГЗ (из них три по дружбе в других лабах), а так же имеющий пассивный доход от сдачи в аренду лишней квартиры в Москве, просит аспиранта посидеть ещё один годик без ЗП, так как пока нет гранта, в который бы его можно было бы включить
Это коротко о том, почему я больше не хочу повторять свой опыт работать все дни недели без выходных в лаборатории за бесплатно
Не дать химикам, которые делали доклады в течение семестра, 4 и 3 автоматом — это, конечно, сильно.
Боже, как я это все ненавижу.
Иногда это все кажется бредом в плохом сне, а не явью.
Автор сегодня благополучно закрыла праки по ВМСам и радуется жизни чуть больше
Источник мема
Repost from Институт AIRI
Совместно со Сбером открываем центр разработки лекарств с помощью искусственного интеллекта 💊
Начиная со следующего года, исследователи будут работать над поиском биомишеней вместе с фармацевтическими партнерами, а также создавать новые молекулы и проводить доклинические исследования🔬
Первоначальные направления работы центра AIDD: терапия онкологии, болезни Альцгеймера, ожирения и диабета.
📎Подробнее читайте в материале ТАСС.
каких-то подробностей пока не видно. Мне интересно с какими компаниями они будут коллабится. Пока я знаю только то, что Сбер в этом направлении сотрудничал с Р-Фармом
Никогда не забывай, ради чего ты сдавала 5 экзаменов и ботала олимпиады:
Чтобы на 5 курсе в 11 ночи редактировать перевод статьи о женщине-кристаллографе. Это мое третье доп.задание по ☝️истории химии❤️. До этого мне дали перевод текста 12 века про Хильдегарду фон Бинген. А еще до этого — текст 17 века об алхимике А.Ди. Можно ли не делать эту дурость? Можно. И с большой вероятностью пойти на зачет🥰
Каждый перевод — файл на 15 страниц с офомленными сносками + эссе.
Зачем работать/заниматься наукой/учить что-то еще, когда можно делать домашки по истории химии?
+2
Хочу сказать, что
❤️мы с одногруппницей защитили кейсы по биохимии сегодня. Поскольку участвовала не вся команда, было принято решение частично лепить презу с помощью ИИ. Это было видно, нас слегка поругали, но это был тотальный РЖЕКИЧ. Фото с колбасой у ученого и метаболитической схемой на неизвестном науке языке прилагается. Короче, все настолько закринжевали и угорали, что нас толком не смогли оппонировать и мы счастливые взяли 2 место
❤️сегодня ходила на лекцию от MSU.AI по применению RAG в LLM. В целом было очень полезно, но уж слишком много речи шло про то, как писать промты, что мне и так знакомо
❤️сегодня открылось право выбора трека в Школе 21. Об этом подробнее расскажу завтра. Это просто безумная радость для меня!
Я, кстати, забыла уточнить:
парень лектор закончил мехмат МГУ. Вот так вот заканчивай МГУ, а тебя даже не пустят знаниями поделиться со студентами нынешними
+1
История из разряда «Классика МГУ»❤️
Я сегодня приехала в коворкинг 1 ГУМа, чтобы послушать доклады лекторов из Сбера и WB про ML.
Так вот, лектор из Сбера не может уже 15 минут начать лекцию, т.к. его банально не пускают в МГУ. Я причем не 1 раз сталкиваюсь с таким, когда на мероприятия зовут лекторов не из МГУ
Некоторые люди заметили, что я ничего не публикую. И это не потому, что публиковать нечего и ничего интересного не происходит. Это потому, что напубликовать что-то, за что мне потом по башке настучат и будут проблемы, я не хочу.
Я еще потому что говорить о том, что я на самом деле вижу каждый день и ощущаю, просто не хочется. Признавать, что все последние 7 лет жизни, потраченные на упорный труд, никак не окупились, не хочется. Что все, что было главными ценностями и интересами не несет мне перспектив. Все это разбитые розовые очки и суета. Что поменять ничего нельзя и надо заканчивать начатое. Ну и осознание того, что я сама виновата, что убедила себя, будто упорный труд в учебе и работа за бесплатно в лабораториях мне предоставит билет в светлое будущее.
Когда выпускники смежных направлений с красным дипломом, конфами, Сириусами и всем прочим говорили мне, что в итоге самый оптимальный вариант для выживания — это репетиторство, я смотрела на них косо и с недоверием. А теперь сама понимаю, что они были правы.
У меня одна надежда лишь на то, что мне хватит мозгов и силы воли, чтобы выкарабкаться из того, во что меня занесло по своей же глупости 5 лет назад.
А еще одно из немногого, что я
могу, это рассказать что-то, чтобы они не совершили те же ошибки, что и я.
Тут вывод один:
прежде чем ввязываться в какую-то историю на несколько лет, поговорите хоть с кем-то, кто это все прошел и что он достиг. А не доверяйте своим иллюзиям: Ммм, звучит хайпово, все должно быть в шоколадеА, и да, я если что понимаю, что в других сферах свои проблемы, я говорю лишь о своем опыте.
Repost from Machinelearning
🌟 Boltz-1: открытая модель для предсказания структуры биомолекулярных комплексов.
Boltz-1 - первая доступная модель с открытым исходным кодом, которая достигает точности AlphaFold3 в прогнозировании 3D-структур белков, РНК, ДНК и небольших молекул. Boltz-1 основана на архитектуре AlphaFold3, но включает ряд модификаций, повышающих точность и общую эффективность модели.
Архитектура состоит из модуля множественного выравнивания последовательностей (MSA), модуля PairFormer и диффузионной модели, работающую на двух уровнях разрешения: тяжелые атомы и токены. Токены представляют собой аминокислоты для белков, основания для РНК и ДНК, а также отдельные тяжелые атомы для других молекул.
Boltz-1 использует диффузионную модель, аналогичную AlphaFold3, но Boltz-1 использует жесткое выравнивание с помощью алгоритма Кабша после каждого шага процедуры вывода, чтобы гарантировать, что интерполированная структура более похожа на очищенную от шума выборку. Это уменьшает дисперсию потерь денойзинга и предотвращает переобучение модели.
Обучение модели проводилось на структурных данных из PDB, выпущенных до 30 сентября 2021 года, с разрешением не менее 9Å. Чтобы ускорить обучение, разработчики Boltz-1 применили алгоритм сопряжения MSA с использованием таксономической информации, унифицированный алгоритм кадрирования и алгоритм определения кармана связывания. Обучение модели заняло 68 тысяч шагов с размером пакета 128, что меньше, чем у AlphaFold3.
Оценка Boltz-1 была выполнена на датасете CASP15 и на наборе PDB, специально созданном разработчиками для тестирования.
Результаты показали, что Boltz-1 сопоставима по точности с Chai-1, закрытой репликацией AlphaFold3. Обе модели демонстрируют схожие показатели среднего LDDT и среднего TM-score.
Boltz-1 продемонстрировала преимущество в предсказании взаимодействия белок-лиганд на наборе данных CASP15.
Прикладная реализация инференса, доступная в репозитории на Github, может принимать на вход форматы:
🟢Fasta file, для большинства кейсов использования;
🟢Комплексная YAML-схема для более сложных случаев;
🟢Каталог с файлами для пакетной обработки.
Подробные инструкции для процесса прогнозирования и дообучения опубликованы в репозитории с кодом.
▶️Локальный инференс:
# Install boltz with PyPI
pip install boltz
# run inference
boltz predict input_path
📌Лицензирование: MIT License.
🟡Модель
🟡Техотчет
🖥GitHub
@ai_machinelearning_big_data
#AI #ML #Diffusion #3D #BiomolecularЯ очень сильно устаю каждый день, совмещая все и сразу, но при этом все равно чувствую воодушевление.
Учусь не тратить время зря и обращать внимание на неадекватов, а вместо этого фокусироваться на себе.
За прошедший год сильно поменялись ценности:
хочется просто быть здоровой и заниматься честным трудом в окружении порядочных людей со здоровой психикой.
Звучит скучно? Наверное, зато практично😂
