🏅 Genetics A.S 🏅

💥امتحان داری و هیچی نخوندی؟  نگران نباش!  به کمک این فولدر، به تمامی منابع آموزشی (#فایل_جزوه_کتاب_کلاس_کارگاه) دسترسی پیدا کن! ========================= 💢بیوماتست برترین منبع تست سلولی مولکولی منتشر شد (مولف دکتر عرب) @arabbioma

📌 فیچر سلکشن و انتخاب بایومارکرهای پیش‌بینی‌کننده کاندید با روش Boruta 🔴 توضیحات ◀️ 🔴 متود Boruta یکی از الگوریتم‌های قدرتمند فیچر سلکشن هست که بر پایه الگوریتم Random Forest توسعه داده شده. برخلاف بسیاری از روش‌های فیچر سلکشن که فقط به دنبال پیدا کردن کمترین تعداد ویژگی برای بهترین عملکرد مدل هستن، هدف Boruta شناسایی تمام ویژگی‌های واقعاً مهم هست؛ تو این روش اول برای هر ژن موجود در دیتاست، یک نسخه تصادفی و به‌هم‌ریخته از همون ژن ساخته می‌شه که به اون Shadow Feature گفته می‌شه؛ بعد الگوریتم Random Forest روی مجموعه داده شامل ژن‌های واقعی و Shadow Featureها اجرا می‌شه و اهمیت هر کدوم محاسبه می‌شه. اگه اهمیت یک ژن واقعی به طور معناداری بیشتر از بهترین Shadow Feature باشه، اون ژن به عنوان Important تأیید می‌شه؛ اگر کمتر باشه حذف می‌شه و اگر وضعیتش مشخص نباشه به عنوان Tentative باقی می‌مونه تا تو تکرارهای بعدی دوباره بررسی بشه. به زبان ساده، Boruta فقط ژن‌هایی رو نگه می‌داره که واقعاً اطلاعات زیستی ارزشمند برای تفکیک کلاس‌ها دارن و احتمال انتخاب ویژگی‌های تصادفی یا نویز رو تا حد زیادی کاهش می‌ده. 🟡 برای یادگیری تئوری این الگوریتم، اول ویدیوهای زیر رو ببینید: Decision and Classification Trees (Part 1) Decision and Classification Trees (Part 2) Random Forest (Part 1) Random Forest (Part 2) Random Forest in R 🟠 و اما برای اجرای عملی این روش روی دیتای خودتون، یه استراتژی اینه که اول آنالیز افتراقی بیان دیتای خودتون (میکرواری، bulk RNA-seq یا single cell RNA-seq یا ...) رو انجام بدید و ژن‌های up و down رو به دست بیارید؛ بعد مراحل downstream، مثل رسم شبکه PPI و WGCNA رو ادامه بدید تا در نهایت به تعدادی هاب‌ژن برسید. تو مرحله بعد با فیچر سلکشن با روش Boruta می‌تونید از بین این هاب‌ژن‌ها، بایومارکرهای کاندید رو انتخاب کنید. 1️⃣ آماده‌سازی دیتا؛ توجه کنید که دیتاتون باید دیتای بیانی نرمالایزشده باشه؛ دیتای ورودی باید شامل هاب‌ژن‌ها تو ستون‌ها و سمپل‌ها تو ردیف‌ها و همین‌طور حاوی یک ستون که شرایط سمپل‌ها رو نشون‌ می‌ده (مثلا نرمال و تومور)، باشه.

df <- dataset1[rownames(dataset1) %in% hubs, ]
df <- t(df)
df <- data.frame(df)
df$Status <- c(rep("Tumor", 25), rep("Normal", 25))
x <- as.matrix(df[, -ncol(df)])
View(x)
y <- c(rep(1,25), rep(0, 25))

تو کد بالا، hubs یک وکتور حاوی اسامی هاب‌ژن‌ها و dataset1 هم دیتای بیانی نرمالایزشده هست. 2️⃣ اجرای الگوریتم Boruta:

library(Boruta)
df$Status <- as.factor(df$Status)
set.seed(123)
boruta_result <- Boruta(Status ~ .,
                        data = df,
                        doTrace = 2,
                        maxRuns = 500)

🔹 آرگومان doTrace = 2: نمایش روند اجرای الگوریتم و وضعیت فیچرها تو هر تکرار. 🔹 آرگومان maxRuns = 500: حداکثر تعداد دفعات اجرای Random Forest برای تصمیم‌گیری نهایی درباره فیچرها؛ هرچی بیشتر ← احتمال تصمیم‌گیری دقیق‌تر و زمان اجرای بیشتر. 3️⃣ رسم نمودار اهمیت فیچرها؛ این نمودار توزیع اهمیت ژن‌های واقعی رو در مقایسه با Shadow Featureها نشون می‌ده (نموداری که باید تو مقاله بذارید).

par(mar = c(5, 5, 5, 5))
plot(boruta_result,
     las = 2,
     cex.axis = 0.6,
     main = "Boruta Feature Importance")

🟢 فیچر سبز: ژن‌ تأیید شده (Confirmed) 🟡 فیچر زرد: ژن‌ نامشخص (Tentative) 🔴 فیچر قرمز: ژن‌ رد شده (Rejected) 🔵 فیچر آبی: Shadow Feature 4️⃣ تعیین تکلیف فیچرهای Tentative؛ تابع زیر سعی می‌کنه تصمیم نهایی رو برای این فیچرها بگیره که تو بازی باشن یا نه :)

final_boruta <- TentativeRoughFix(boruta_result)

5️⃣ استخراج بایومارکرهای منتخب و قطعی:

selected_boruta <- getSelectedAttributes(final_boruta,
                                         withTentative = FALSE)
print(selected_boruta)

⭐️ به این مقاله که چند ماه پیش نوشتم، توجه کنید؛ یکی از استپ‌ها مربوط به همین روش هست. Machine learning and WGCNA reveal the PVT1/miR-143–3p/CDK1 ceRNA axis as a key regulator in NSCLC ✨ جهت شرکت در دوره برنامه‌ریزی و مشاوره و جزوات جامع و جمع‌بندی ژنتیک پزشکی امری، جرد، تامپسون و جزوه لغات زبان پزشکی پیام دهید : @Cyaxares 💎 جهت مشاهده مصاحبه و کارنامه رتبه برترهایی که از مشاوره و جزوات من استفاده کردن، از این لینک‌ استفاده کنید : 🏆 رتبه‌ها - مصاحبه‌ها 🏆 😢 کپی کردن مباحث و پست‌های کانال، تنها با ذکر نام کانال بلامانع است! ➕ پست‌ها رو برای دوستانتون فوروارد کنید. #بیوانفورماتیک کانال آموزشی آرش صفرزاده (@GeneticsAS 🌐) 🔠🔠🔠🔠🔠🔠🔠🔠 ⚡️ 🔠🔠

📚 امشب از ساعت 22 تا 10 صبح به مدت 12ساعت جزوات رشته های زیر را به صورت رایگان در کانالها گذاشته میشه، عضویت کاملا محـدود https://t.me/addlist/TRp3xECstCo2ZDU5

🤖 هی نوبت | اولین وبسایت تخصصی مدیریت کلینیک 🧪هی نوبت با ترکیب دستیار هوشمند و ابزارهای کامل مدیریت، تمام نیازهای پزشکان و دندانپزشکان و کلینیک‌ها با تمامی تخصص ها را در یک وبسایت یکپارچه فراهم کرده است. ✨ با هی نوبت همه چیز در اختیار شماست: 🤖 دستیار هوشمند پاسخگوی بیماران 📅 نوبت‌گیری آنلاین ۲۴ ساعته 🔔 یادآور هوشمند نوبت‌ها 💬 چت پشتیبان هوشمند 🌐 وب‌سایت اختصاصی پزشک 📱 اپلیکیشن اختصاصی پزشک و بیماران 📊 پنل مدیریت کلینیک 💰 مدیریت مالی، گزارش‌ها 📣ابزارهای تبلیغاتی هوشمند 📁 مدیریت پرونده بیماران 📈 مدیریت افزایش درآمد کلینیک با استفاده از هوش مصنوعی و... 💡همین الان مشاوره رایگان دریافت کنید @heynobat_bot کانال رسمی هی‌نوبت @heynobat @heynobat

کانال اموزشی صفر تا صد اپلای کاملا رایگاااااااان https://t.me/addlist/uE2bFpIhr3AzMGQ0 https://t.me/addlist/zA9dO1ceo9NhOTg0 الکی پول به موسسات نده اینجا برات رایگان جمع اوری کردیم هر انچه ک نیاز دارید رو ❌😻

لطفا روی گزینه مورد نظر خود کلیک کنید 😢

📚 امشب از ساعت 22 تا 10 صبح به مدت 12ساعت جزوات رشته های زیر را به صورت رایگان در کانالها گذاشته میشه، عضویت کاملا محـدود https://t.me/addlist/TRp3xECstCo2ZDU5

🔹 بررسی تست ⇐ ✏️ باستان‌شناسان از اینکه در محل حفاری فسیل‌های باستانی را به خاطر فراهم آوردن اطلاعات ارزشمند درباره زندگی ماقبل تاریخ، از زیر خاک بیرون آوردند، بسیار هیجان‌زده بودند. ✅ Conceal: پنهان کردن ❌ Unearth: از زیر خاک بیرون آوردن، کشف کردن ✅ Fabricate: جعل کردن، ساختن ✅ Disintegrate: متلاشی کردن، متلاشی شدن 🔊 Archaeologist: باستان‌شناس 🔊 Thrill: هیجان، به هیجان آوردن 🔊 Ancient: باستانی، کهن 🔊 Excavation: حفاری، کاوش 🔊 Site: محل، مکان 🔊 Provide: فراهم کردن 🔊 Valuable: ارزشمند 🔊 Insight: نگرش، دیدگاه 🔊 Prehistoric: ماقبل تاریخ 🔹 این واژه‌ها رو اشتباه حفظ نکنید: Conceal به معنی پنهان کردن - Conceive به معنی تصور کردن، باردار شدن - Concise به معنی مختصر - Concentrate به معنی تمرکز کردن - Conceptualize به معنی مفهوم‌سازی کردن. 💯 مباحث و تست‌ از جزوه لغات زبان پزشکی. 🖥 جهت مطالعه لغات بیشتر، این هشتگ را دنبال کنید ⇦ #لغات_زبان ✨ جهت شرکت در دوره برنامه‌ریزی و مشاوره و جزوات جامع و جمع‌بندی ژنتیک پزشکی امری، جرد، تامپسون و جزوه لغات زبان پزشکی پیام دهید : @Cyaxares 💎 جهت مشاهده مصاحبه و کارنامه رتبه برترهایی که از مشاوره و جزوات من استفاده کردن، از این لینک‌ استفاده کنید : 🏆 رتبه‌ها - مصاحبه‌ها 🏆 😢 کپی کردن مباحث و پست‌های کانال، تنها با ذکر نام کانال بلامانع است! ➕ پست‌ها رو برای دوستانتون فوروارد کنید. #تست_زبان کانال آموزشی آرش صفرزاده (@GeneticsAS 🌐) 🔠🔠🔠🔠🔠🔠🔠🔠 ⚡️ 🔠🔠

فرصت را از دست ندهید! 💥 تا 2 ساعت دیگر لیست حذف می‌شود. https://t.me/addlist/IXRKmeyHcBgxZDJk https://t.me/addlist/8_2sKKdP5dBiMmQ0 سریع‌تر عضو شوید و از مزایای آن بهره‌مند شوید!👆👆🌺🌺

🔥💥 دانشجویان عزیز برای دسترسی به اطلاعات تحصیلی و منابع کنکور ارشد وزارت بهداشت ،پزشکی و علوم آزمایشگاهی و همچنین اطلاع از اخبار استخدامی عضو کانال های زیر بشید لینک‌های عضویت فوری:👇 https://t.me/addlist/IXRKmeyHcBgxZDJk https://t.me/addlist/8_2sKKdP5dBiMmQ0

⏳تدریس سلولی با مولف کتاب جامع پرفروش ترین کتاب سلولی کشور 💯 @arabbioma ⏳آموزش#رایگان ژنتیک همراه با استاد(فراهانی) @genemedia ⏳استخدام در (( آزمایشگاه، بیمارستان و شرکت های دارویی سراسر کشور)) @labtel ⏳پکیج طلایی زبان ارشد و دکتری (دکتر مهاجرنیا) @drmohajernia_eng_acdmy ⏳از تست تا نکته؛ هرآنچه برای جمع‌بندی هماتولوژی نیاز دارید در یک کتاب 👇🩸🩸 @heamato ⏳استخدام (تکنسین دارویی و کارآموز داروخانه) @niazpharma ⏳مباحث رایگان #امری، #جرد، #تامپسون و #استراخان | مشاوره و برنامه‌ریزی بهداشت و علوم | مهارت‌های بیوانفورماتیکی @geneticsas ⏳همه رتبه برترهای امسال اینجان😍 @hematology_dr_namjoo ⏳کانال ویژه آزمایشگاهیان( آموزش مورفولوژی )🩸👇 @hematologyatlas ⏳همایش نکات داغ ابوالعباس 2026 @abstract_of_immunology ⏳مشاوره و تدریس زبان وزارت بهداشت @safdari_english ⏳ایمنولوژی دکتر محمودی @tam_edg ⏳گروه رفع اشکال ژنتیک استاد فراهانی👇 @farahani_genetics ⏳کلاس کنکور بیوشیمی بالینی @biochemistry1367 ⏳بانک کتب و پاورپوینت @ketabjozvehpowerpoint ⏳استخدام (کارشناس مامایی و پرستاری) @parastar_mama_jobs ⏳مشاوره رتبه های برتر ارشد و دکتری @manafif ⏳بالاترین پوشش دهی هماتولوژی @hemato_case ⏳پک کامل جزوات ارشد و دکترای ویروس با دکتر مرادی @virology_moradi ⏳دورهمی ایمونولوژیستاااا 🎖 @immunotalk ⏳نکته و تست ایمنی بر اساس ابوالعباس @imonology_2022 ⏳مهاجرت آسان به کانادا @canadafathi ⏳زبان ارشد و دکتریMHLE, IELTS, EPT بردیا مهاجرنیا @drmohajernia_mhle_ielts_ept ⏳استخدامی پرستاری و مامایی @estekdamy ⏳آزمون های توجیهی وزارت بهداشت وتامین اجتماعی @azmonolompezshki ⏳نیازمندی های دندان پزشکی @dandanpzshke ⏳زبان انگلیسی ارشد و دکتری وزارت بهداشت و علوم @zabanbahirad ⏳علیرضا خادمی رتبه 5 بیوشیمی بالینی؛ مشاوره و فلش کارت‌های جمع بندی و خودخوان @alirezakhademi045 ⏳فاگوسیتوز ایمونولوژی برای کنکور✅ @immunoradio_talk ⏳تحلیل 💯تست‌های #احتمالی 🔥باکتری @bacteriology_doping ⏳پکیج علوم پایه تا دستیاری پزشکی @medical1405 ⏳کانال(جامع)نیازمندی های علوم پزشکی وعلوم پایه @kadradarman ⏳سوپر❌گروه #مشاوره #درسی با حضور 🔥رتبه‌های برتر @cafe_reghabat ⏳کاریابی علوم پزشکی ایران @karyabeirn ⏳گروه مشاوره ارشد و دکترای وزارت بهداشت @moshavere_group1403 ⏳ایمونولوژی رو فاگوسیتوز کن🟢 @immunoradio ⏳هر روز یک نکته و تست از ابوالعباس 🦠🦠🦠 @dr_immunology ⏳یادگیری روزانه زبان انگلیسی @englishvocabtest ⏳کانال سلولی و مولکولی  منافی @manafi_cell ⏳اخبار کنکور های وزارت بهداشت @aznorooztakonkoor ⏳ارسال انواع کتب کنکوری ارشد ودکتری علوم پزشکی و سایر شاخه ها و زیر شاخه های علوم پزشکی @book_shop2020 ⏳بانک کتاب علوم پزشکی گروه آموزشی دکتر یزدان دوست @medbookkk ⏳پرفروش‌ترین کتابای تست علوم پزشکی با ارسال رایگان @brinsicabooks ⏳کانال مشاوره تخصصی کنکور استاد فراهانی @farahani_moshavereh ⏳درصد ۱۰۰ هماتولوژی @naderi_gp ⏳کتاب تست رتبه برتر ها اینجاست📚 @arso0ketabkade ⏳کانال آموزشی ارشد و دکتری @manafi_academy ⏳کارشناسی و ارشد و دکتری با رتبه های برتر @basic_sciences_virtual_society ⏳جابجایی کادر درمان @jabejaikadrdarman ⏳سوپر گروه ژنتیک پزشکی با مترجمین کتابهای ژنتیک پزشکی ۲۰۲۴ @medical_human_genetics ⏳رفع اشکال رایگان سلولی با دکتر عرب  @arabbioma2 ⏳استخدام دستیار و منشی مطب پزشکی‌ و دندانپزشکی @monshi_dastyar ⏳سوالات شبیه سازی شده دکتری علوم آزمایشگاهی ۴۰۵ 🔬 @laboratoryfellowship ⏳استخدام نیروی در (( بیمارستان ها، کلینیک‌های معتبر و مراکز درمانی در سراسر کشور،،،)) @medical_niazmandiha ⏳نکته و تست زبان ویژه وزارت علوم 👇👇👇 @medicallanguage ⏳دانلود #رایگان کتاب و نمونه سوالات ارشد پزشکی و وزارت بهداشت @ketabepezeshki =========================== @starh20

🔥💥 دانشجویان عزیز برای دسترسی به اطلاعات تحصیلی و منابع کنکور ارشد وزارت بهداشت ،پزشکی و علوم آزمایشگاهی و همچنین اطلاع از اخبار استخدامی عضو کانال های زیر بشید لینک‌های عضویت فوری:👇 https://t.me/addlist/IXRKmeyHcBgxZDJk https://t.me/addlist/8_2sKKdP5dBiMmQ0

⏳آموزش#رایگان ژنتیک همراه با استاد(فراهانی) @genemedia ⏳استخدام در (( آزمایشگاه، بیمارستان و شرکت های دارویی سراسر کشور)) @labtel ⏳پکیج طلایی زبان ارشد و دکتری (دکتر مهاجرنیا) @drmohajernia_eng_acdmy ⏳تدریس سلولی با مولف کتاب جامع پرفروش ترین کتاب سلولی کشور 💯 @arabbioma ⏳از تست تا نکته؛ هرآنچه برای جمع‌بندی هماتولوژی نیاز دارید در یک کتاب 👇🩸🩸 @heamato ⏳استخدام (تکنسین دارویی و کارآموز داروخانه) @niazpharma ⏳مباحث رایگان #امری، #جرد، #تامپسون و #استراخان | مشاوره و برنامه‌ریزی بهداشت و علوم | مهارت‌های بیوانفورماتیکی @geneticsas ⏳همه رتبه برترهای امسال اینجان😍 @hematology_dr_namjoo ⏳کانال ویژه آزمایشگاهیان( آموزش مورفولوژی )🩸👇 @hematologyatlas ⏳همایش نکات داغ ابوالعباس 2026 @abstract_of_immunology ⏳مشاوره و تدریس زبان وزارت بهداشت @safdari_english ⏳ایمنولوژی دکتر محمودی @tam_edg ⏳گروه رفع اشکال ژنتیک استاد فراهانی👇 @farahani_genetics ⏳کلاس کنکور بیوشیمی بالینی @biochemistry1367 ⏳بانک کتب و پاورپوینت @ketabjozvehpowerpoint ⏳استخدام (کارشناس مامایی و پرستاری) @parastar_mama_jobs ⏳مشاوره رتبه های برتر ارشد و دکتری @manafif ⏳بالاترین پوشش دهی هماتولوژی @hemato_case ⏳پک کامل جزوات ارشد و دکترای ویروس با دکتر مرادی @virology_moradi ⏳🔻دورهمی ایمونولوژیستاااا 🎖 @immunotalk ⏳نکته و تست ایمنی بر اساس ابوالعباس @imonology_2022 ⏳مهاجرت آسان به کانادا @canadafathi ⏳زبان ارشد و دکتریMHLE, IELTS, EPT بردیا مهاجرنیا @drmohajernia_mhle_ielts_ept ⏳استخدامی پرستاری و مامایی @estekdamy ⏳آزمون های توجیهی وزارت بهداشت وتامین اجتماعی @azmonolompezshki ⏳نیازمندی های دندان پزشکی @dandanpzshke ⏳زبان انگلیسی ارشد و دکتری وزارت بهداشت و علوم @zabanbahirad ⏳علیرضا خادمی رتبه 5 بیوشیمی بالینی؛ مشاوره و فلش کارت‌های جمع بندی و خودخوان @alirezakhademi045 ⏳✅فاگوسیتوز ایمونولوژی برای کنکور✅ @immunoradio_talk ⏳تحلیل 💯تست‌های #احتمالی 🔥باکتری @bacteriology_doping ⏳پکیج علوم پایه تا دستیاری پزشکی @medical1405 ⏳کانال(جامع)نیازمندی های علوم پزشکی وعلوم پایه @kadradarman ⏳سوپر❌گروه #مشاوره #درسی با حضور 🔥رتبه‌های برتر @cafe_reghabat ⏳کاریابی علوم پزشکی ایران @karyabeirn ⏳گروه مشاوره ارشد و دکترای وزارت بهداشت @moshavere_group1403 ⏳🟢ایمونولوژی رو فاگوسیتوز کن🟢 @immunoradio ⏳هر روز یک نکته و تست از ابوالعباس 🦠🦠🦠 @dr_immunology ⏳یادگیری روزانه زبان انگلیسی @englishvocabtest ⏳کانال سلولی و مولکولی منافی @manafi_cell ⏳اخبار کنکور های وزارت بهداشت @aznorooztakonkoor ⏳ارسال انواع کتب کنکوری ارشد ودکتری علوم پزشکی و سایر شاخه ها و زیر شاخه های علوم پزشکی @book_shop2020 ⏳بانک کتاب علوم پزشکی گروه آموزشی دکتر یزدان دوست @medbookkk ⏳پرفروش‌ترین کتابای تست علوم پزشکی با ارسال رایگان @brinsicabooks ⏳کانال مشاوره تخصصی کنکور استاد فراهانی @farahani_moshavereh ⏳درصد ۱۰۰ هماتولوژی @naderi_gp ⏳کتاب تست رتبه برتر ها اینجاست📚 @arso0ketabkade ⏳کانال آموزشی ارشد و دکتری @manafi_academy ⏳کارشناسی و ارشد و دکتری با رتبه های برتر @basic_sciences_virtual_society ⏳جابجایی کادر درمان @jabejaikadrdarman ⏳سوپر گروه ژنتیک پزشکی با مترجمین کتابهای ژنتیک پزشکی ۲۰۲۴ @medical_human_genetics ⏳رفع اشکال رایگان سلولی با دکتر عرب @arabbioma2 ⏳استخدام دستیار و منشی مطب پزشکی‌ و دندانپزشکی @monshi_dastyar ⏳سوالات شبیه سازی شده دکتری علوم آزمایشگاهی ۴۰۵ 🔬 @laboratoryfellowship ⏳استخدام نیروی در (( بیمارستان ها، کلینیک‌های معتبر و مراکز درمانی در سراسر کشور،،،)) @medical_niazmandiha ⏳نکته و تست زبان ویژه وزارت علوم 👇👇👇 @medicallanguage ⏳دانلود #رایگان کتاب و نمونه سوالات ارشد پزشکی و وزارت بهداشت @ketabepezeshki =========================== @starh20 📆 1405/04/05

📚 امشب از ساعت 22 تا 10 صبح به مدت 12ساعت جزوات رشته های زیر را به صورت رایگان در کانالها گذاشته میشه، عضویت کاملا محـدود https://t.me/addlist/TRp3xECstCo2ZDU5

📌 فیچر سلکشن و انتخاب بایومارکرهای پیش‌بینی‌کننده کاندید با روش Random forest (RF) 🔴 توضیحات ◀️ 🔴 متود RF یکی از الگوریتم‌های یادگیری ماشین هست که از تعداد زیادی درخت تصمیم (Decision Tree) استفاده می‌کنه. هر درخت روی زیرمجموعه‌ای از داده‌ها و ژن‌ها آموزش داده می‌شه و در نهایت خروجی نهایی با رأی‌گیری تعیین می‌شه. در مطالعات سرطان و بیوانفورماتیک، Random Forest علاوه بر اینکه برای پیش‌بینی (مثلاً Tumor vs Normal) استفاده می‌شه، یک ابزار بسیار قوی برای Feature Selection هم هست، چون می‌تونه اهمیت هر ژن رو بر اساس میزان کاهش خطا یا کاهش ناخالصی (Gini impurity) محاسبه کنه. به زبان ساده اگه هزاران ژن داشته باشیم، این روش به هر ژن یک امتیاز اهمیت می‌ده و ژن‌هایی که بیشترین نقش رو در جداسازی کلاس‌ها دارن به عنوان بایومارکرهای کاندید انتخاب می‌شن. 🟡 دوستان در ادامه این آموزش اصطلاحاتی مطرح می‎شه که برای درکشون باید جزییات متود RF رو به صورت تئوری بلد باشید؛ برای این مورد، به ترتیب ویدیوهای زیر رو ببینید: Decision and Classification Trees (Part 1) Decision and Classification Trees (Part 2) Random Forest (Part 1) Random Forest (Part 2) Random Forest in R 🟠 و اما برای اجرای عملی این روش روی دیتای خودتون، یه استراتژی اینه که اول آنالیز افتراقی بیان دیتای خودتون (میکرواری، bulk RNA-seq یا single cell RNA-seq یا ...) رو انجام بدید و ژن‌های up و down رو به دست بیارید؛ بعد مراحل downstream، مثل رسم شبکه PPI و WGCNA رو ادامه بدید تا در نهایت به تعدادی هاب‌ژن برسید. تو مرحله بعد با فیچر سلکشن با روش RF می‌تونید از بین این هاب‌ژن‌ها، بایومارکرهای کاندید رو انتخاب کنید. 1️⃣ آماده‌سازی دیتا؛ توجه کنید که دیتاتون باید دیتای بیانی نرمالایزشده باشه (اگه دیتای کانت RNA-seq دارید، با متود VST پکیج DESeq2 نرمالایز کنید)؛ دیتای ورودی باید شامل هاب‌ژن‌ها تو ستون‌ها و سمپل‌ها تو ردیف‌ها و همین‌طور حاوی یک ستون که شرایط سمپل‌ها رو نشون‌ می‌ده (مثلا نرمال و تومور)، باشه.

df <- dataset1[rownames(dataset1) %in% hubs, ]
df <- t(df)
df <- data.frame(df)
df$Status <- c(rep("Tumor", 25), rep("Normal", 25))
x <- as.matrix(df[, -ncol(df)])
View(x)
y <- c(rep(1,25), rep(0, 25))

تو کد بالا، hubs یک وکتور حاوی اسامی هاب‌ژن‌ها و dataset1 هم دیتای بیانی نرمالایزشده هست. 2️⃣ ساخت مدل Random Forest:

library(randomForest)

rf_model <- randomForest(Status ~ .,
                         data = df,
                         importance = TRUE,
                         ntree = 120)

🔹 آرگومان ntree: تعداد درخت‌ها (هرچی بیشتر ← پایدارتر ولی زمان بیشتر) 🔹 آرگومان importance = TRUE: فعال‌سازی محاسبه اهمیت ژن‌ها 3️⃣ بررسی خلاصه مدل؛ این خروجی شامل دقت مدل (OOB error) و عملکرد کلی طبقه‌بندی هست.

print(rf_model)

4️⃣ رسم نرخ خطا؛ این نمودار تغییر خطا را با افزایش تعداد درخت‌ها نشان می‌دهد (اولین پلات مهم برای مقاله).

plot(rf_model)

5️⃣ محاسبه اهمیت ژن‌ها؛ این مرحله یکی از کلیدی‌ترین بخش‌هاست. هر ژن بر اساس دو معیار اصلی رتبه‌بندی می‌شه: MeanDecreaseGini (کاهش ناخالصی) و MeanDecreaseAccuracy (کاهش دقت در صورت حذف ژن) (دومین پلات مهم برای مقاله).

importance_vals <- importance(rf_model)
varImpPlot(rf_model)

6️⃣ مرتب‌سازی ژن‌ها بر اساس اهمیت (از مهم‌ترین به کم‌اهمیت‌ترین).

important_genes_rf <- importance_vals[order(importance_vals[, "MeanDecreaseGini"], decreasing = TRUE), ]

7️⃣ انتخاب بایومارکرهای کاندید؛ می‌تونید از دو روش برای این کار استفاده کنید: روش اول: آستانه روی MeanDecreaseAccuracy (Z-score):

z_scores <- scale(important_genes_rf[, "MeanDecreaseAccuracy"])
selected_genes <- names(z_scores[z_scores > 1])
selected_genes

روش دوم: انتخاب ژن‌های برتر (Top genes)؛ مثلا ده ژن برتر:

top_genes_rf <- rownames(important_genes_rf)[1:10]

⭐️ به این مقاله که چند ماه پیش نوشتم، توجه کنید؛ یکی از استپ‌ها مربوط به همین روش هست. Machine learning and WGCNA reveal the PVT1/miR-143–3p/CDK1 ceRNA axis as a key regulator in NSCLC ✨ جهت شرکت در دوره برنامه‌ریزی و مشاوره و جزوات جامع و جمع‌بندی ژنتیک پزشکی امری، جرد، تامپسون و جزوه لغات زبان پزشکی پیام دهید : @Cyaxares 💎 جهت مشاهده مصاحبه و کارنامه رتبه برترهایی که از مشاوره و جزوات من استفاده کردن، از این لینک‌ استفاده کنید : 🏆 رتبه‌ها - مصاحبه‌ها 🏆 😢 کپی کردن مباحث و پست‌های کانال، تنها با ذکر نام کانال بلامانع است! ➕ پست‌ها رو برای دوستانتون فوروارد کنید. #بیوانفورماتیک کانال آموزشی آرش صفرزاده (@GeneticsAS 🌐) 🔠🔠🔠🔠🔠🔠🔠🔠 ⚡️ 🔠🔠