أدلة التطور

في الدراسة رقم 5 زعموا أن الفيروسات القهقرية تلعب دورا مهما في تنظيم التعبير الجيني للعديد من الجينات، وأن 1.6% من الفيروسات يتم نسخها وتغطي علامات النسخ الخاصة بها حوالي 22.4% من الجينوم. والحقيقة أن الدراسة التي أرفقوها فحصت حوالي 51147 فيروس قهقري داخل الجينوم، فقط 114 منها كان لها دور في تنظيم التعبير الجيني لحوالي 97 جينا بشريا أي حوالي 0.2% منها فقط يظهر أنها وظيفية. والسبب في كون 1.6% من الفيروسات يتم نسخها هو أنها تمتلك بالفعل محفزات خاصة بها على مستوى LTRs المحيطة بتسلسل الفيروس. وذلك ما وضحته الدراسة نفسها التي استشهدوا بها : This intergenic ERV promoter activity is likely to be a relic of the ERVs’ ability to drive transcription of their own genome sequences from LTR promoters and may not necessarily be related to the transcription of human genes. https://academic.oup.com/bioinformatics/article/24/14/1563/ ما معناه أن نشاط البروموترات هذه مرتبط بقدرة الفيروسات القهقرية على نسخ جينومها الخاص وليست مرتبطة بنسخ الجينات البشرية. وحدوث عملية نسخ الفيروس لا يعني بالضرورة كونه وظيفي، فنحن نعلم أن قسما كبيرا من الجينوم البشري يتم نسخه، لأن مواقع ارتباط عوامل النسخ منتشرة بشكل كبير على مستوى الجينوم، والقليل فقط مما يتم نسخه من الجينوم هو الذي يعتبر وظيفيا ومعظمه لا يغادر النواة ويبقى مجرد ضوضاء، وحتى في هذه الحالة فحتى تلك النسبة التي تساهم المحفزات التي تتواجد في LTRs الفيروسية في نسخها يعتبر معظمها مجرد ضوضاء حسب الدراسة نفسها التي استشهد بها الباحثون المسلمون : it is a formal possibility that many of the ERV derived promoters identified here represent leaky transcription, i.e. noise, which is not functionally significant ما معناه أن العديد من المحفزات الفيروسية التي تم تحديدها في الدراسة تنسخ الحمض النووي وتجعل منه ضوضاء دون أي أهمية وظيفية. وهذا ما تحدثنا عنه حين قلنا بأن النسخ لا يعني بالضرورة وجود وظيفة. أما في الدراسة رقم 6 والتي ادعوا فيها أن الفيروسات القهقرية داخلية المنشأ تلعب دورا في مقاومة العدوى الفيروسية القهقرية العادية في الخرفان والفئران ، فيتضح من خلال الدراسة أن الباحثون قاموا بفحص 20 نسخة من الفيروس القهقرية داخلية المنشأ في الخرفان فوجدوا أن نسخة واحدة فقط enJS56A1 هي التي تملك هذه الوظيفة، بل جزء نمنها فقط، وهو جين gag الذي يشفر لبروتين gag، هو المسؤول عن هذه الوظيفية وليس الفيروس بكامله، مجددا هذه ستسلسلات قليلة جدا مقارنة بحجم الفيروس القهقري، فما بالك بحجم 20 نسخة أخرى من نفس الفيروس لا تمتلك هذه الوظيفة، فما بالك بعدد 98000 ألف فيروس قهقري ؟؟؟ https://www.pnas.org/doi/full/10.1073/pnas.0402877101 أما في الدراسة رقم 7 في منشورهم، فإنها تتحدث عن بروتين syncytin الذي يتم انتاجه في المشيمة وله دور مهم في تغدية الأم لجنينها، اتضح أن الأساس الجيني لهذا البروتين هو فيروس قهقري داخلي النشأ HERV-W وبالتحديد جين خاص بهذا الفيروس يدعى env وهو في الأصل يشفر للبنية الخارجية للفيروس، فتطور عن طريق الخيار المشترك co-option ليشفر لبروتين syncytin في مشيمة الثدييات. هذه الأمثلة تشكل تحديا كبيرا للخلقيين، فهم أمام سؤال كبير يجب عليهم أن يجيبوا عنه، ما مصدر هذه التسلسلات الوظيفية؟ إذا كان مصدرها فيروسات قهقرية داخلية المنشأ (كما تقول الدراسات التي يستشهدون بها) فقد اعترفوا ضمنيا بالتطور، واعترفوا كذلك بقدرة التطور على إنتاج بنى وظيفية من تسلسلات فيروسية، أما إن كانت اجابتهم غير ذلك فعليهم تبرير بنية الفيروسات القهقرية داخلية المنشأ وتشابهها مع الفيروسات القهقرية العادية. أما بالنسبة لكمية الفيروسات القهقرية الوظيفية في الجينوم البشري فهي قليلة جدا، تخيل من بين 98000 فيروس ليس بحوزتنا سوى القليل جدا جدا من السلسلات الفيروسية الوظيفية فبالرغم من أننا على علم بوظيفة أكثر من 20000 جين مشفر للبروتينات إلا أن هذه النسبة لا تشكل سوى 1% من جينوم الإنسان تقريبا، فما بالك ببضع تسلسلات للفيروسات القهقرية. بل وحتى لو قمنا بإحصاء كل التسلسلات الوظيفية في الجينوم (بما فيها الجينات المشفرة للبروتينات، وكل التسلسلات الوظيفية المعروفة للعناصر الناقلة، وكل التسلسلات المسؤولة عن التعبير الجيني، وكل التيلوميرات وكل السينتروميرات .... الخ) فإن نسبة الجنينوم البشري الوظيفي لا تتجاوز 8.2% وما يقارب 90% من الجينوم البشري مجرد خردة في نهاية المطاف. لا يزال أمامنا الكثير من الوظائف لنكتشفها حتى نبلغ 8.2% من الجينوم الوظيفي. https://journals.plos.org/plosgenetics/article?id=10.1371/journal.pgen.1004525

#منكوشات_تطورية الرد على #الباحثون_المسلمون بخصوص الفيروسات القهقرية (الجزء الثاني) يتكون جينوم الإنسان من 8% من الفيروسات القهقرية داخلية المنشأ، مكونة من 98000 فيروس موزعة على مستوى الجينوم، أي أكثر من 240 مليون قاعدة من تسلسل الجينوم البشري، وهذه كمية كبيرة جدا جدا من الحمض النووي البشري. في محاولة من الباحثون المسلمون للرد على الدليل المقدم من الفيروسات القهقرية لإثبات حدوث التطور قاموا بعرض مجموعة من الدراسات العلمية التي تنسف هذا الدليل حسب زعمهم، وقسموا ردهم الى جزئين، الجزء الأول رددنا عليه في منشور سابق تجدونه في الرابط الأول أسفل هذا المقال، أما في الجزء الثاني من ردهم فقد قدموا مجموعة من الدراسات التي تبين بأن الفيروسات القهقرية هي تسلسلات وظيفية وليست مجرد خردة في الجينوم. وسنحاول توضيح سوء فهمهم للموضوع في هذا المنشور. المشكلة الأولى في طرحهم هي غياب أي توضيح للعلاقة بين امتلاك الفيروسات القهقرية لوظيفة ما وكونها دليلا على وجود سلف مشترك، كيف تؤثر الوظيفة على تشارك نوعين أو أكثر في نفس الفيروس القهقري في نفس المكان من الجينوم بالضبط ؟ حتى لو افترضنا جدلا أن نوعا ما أصيب بفيروس قهقري وتحول جزء من هذا الفيروس ليخدم وظيفة لصالح الكائن المصاب، فكيف يمكن أن يصاب نوع اخر بنفس الفيروس فيكتسب نفس الوظيفة ؟ ربما يحاجج أحدهم بالقول بأن تلك التسلسلات الوظيفية خلقت مع الكائن الحي كما خلقت معه الجينات المشفرة للبروتينات، ولكننا نعلم أن هذه التسلسلات خاصة بفيروسات قهقرية فهي تتكون من نفس التركيب الجيني (جينات gag و pol و env محاطة بتسلسل طويل يدعى LTRs بل ونجدها بين المنطقة المستهدفة Target site والتي تتكون من ست قواعد مضاعفة ) هذه بالفعل فيروسات قهقرية دخلت للكائن الحي واخترقت الجينوم الخاص به. لأننا بالفعل نتعامل مع فيرسات قهقرية نشطة الى يومنا هذا ونرصد كل هذه الأمور بشكل مباشر مثل فيروس HIV و hepatitis B . المشكلة الثانية هي أن بنية العناصر الناقلة (بما فيها الفيروسات القهقرية) وسبل انتقالها وتكرارها داخل الجينوم يقتضي بالضرورة كونها غير وظيفية، بمعنى أنه عند إدراج ينقول جديد داخل الجينوم فإنه مبدئيا يكون غير ظيفي، أي أنه لا يؤثر على صلاحية الكائن الحي إلا في حالات قليلة جدا. TEs in eukaryotic genomes typically operate in full agreement with the neutral paradigm. That is, the majority of TE insertions is selectively neutral or slightly deleterious. "تعمل العناصر الناقلة في جينوم حقيقيات النوى عادة في اتفاق كامل مع النموذج المحايد (نظرية التطور المحايدة)، أي أن أغلب إدراجات العناصر الناقلة تكون إما محايدة انتقائيا أو مضرة قليلا." https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC6455905 وهذا معناه أن العناصر الناقلة التي يتم إدراجها في الجينوم لا وظيفة لها بالنسبة للكائن، وهذا ما تؤكده دراسة أخرى نشرت عام 2011 فحصت أكثر من 7300 إدراج للعناصر الناقلة (لم تشمل الفيروسات القهقرية) أظهر أن الغالبية العظمى من هذه الإدراجات لا تؤثر على بقاء الكائن الحي ويتم إدراجها خارج الإكزونات (المناطقة المترجمة)، وتنتشر داخل المجموعات السكانية بشكل يتوافق مع النموذج المعياري المحايد في التطور. MEI alleles propagate within population groups much like other predominantly neutral polymorphisms. MEI allele frequency spectra from the low coverage samples are in general agreement with expectations from the standard neutral model for allele drift in a population. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3158055 فهل ذلك يعني أن جميع العناصر الناقلة بما فيها الفيروسات القهقرية لا تمتلك وظيفة على الإطلاق؟ بالطبع لا. فنحن على علم بالكثير من وظائف هذه العناصر، لأنها مادة خام من الحمض النووي يمكن للتطور أن يعمل عليها لإنتاج وظائف جديدة من خلال عملية تعرف باسم الخيار المشترك Co-option، وهذا بحد ذاته يشكل مشكلة للباحثون المسلمون، فإما أن يعترفوا بأن وظائف جديدة يمكن أن تتطور من تسلسل الفيروسات القهقرية التي اجتاحت الجينوم، أو أن ينكروا بأن هذه التسلسلات لا تخص الفيروسات القهقرية، ومهما كان موقفهم فسوف يكون موقفا لا يحسد عليه. المشكلة الثالثة هي أن عدد الفيروسات القهقرية التي تم تحديد وظائف لها قليلة جدا، فلو بحثت عن جميع الوظائف المكتشفة للفيروسات القهقرية ستجدها قليلة يمكن عدها على أصابع اليد مقارنة بعدد الفيروسات القهقرية الذي يبلغ 98000 في الجينوم البشري، بل وحتى الفيروسات الوظيفية المكتشفة لا تعد وظيفية بالكامل، وإنما أجزاء صغيرة منها فقط هي التي تمتلك الوظيفة. لنفهم الأمر جيدا من خلال منشور الباحثون المسلمون أنفسهم في هذا المقال : https://www.ashrafkotb.com/1451/retroviruses/