Master Omics

🎓 Преподаватели магистратуры: Константин Оконечников Продолжаем рубрику «Наставники». Сегодня познакомим Вас с преподавателем магистерской программы «Биоинформатика: мультиомика единичных клеток» Константином Оконечниковым. — Магистратура Томского НИМЦ открывает широкие возможности как для научной карьеры, так и для работы в высокотехнологичных направлениях биомедицины, фармацевтики и IT. Это время, когда можно углубиться в выбранную специализацию, получить практический опыт исследований, научиться работать с современными данными и технологиями, а также сформировать профессиональные связи с научными группами и индустрией. Особенно важно понимать, что технологии сегодня развиваются очень быстро: инструменты анализа, методы секвенирования и вычислительные подходы постоянно меняются. Однако базовые навыки, полученные в магистратуре такие как умение анализировать данные, критически мыслить, работать с научной литературой, решать сложные задачи и быстро осваивать новое, остаются актуальными на протяжении всей карьеры. Именно они дают устойчивую основу для профессионального роста. Мой курс «Использование методик секвенирования единичных клеток в исследованиях и диагностике рака» посвящён современным подходам к изучению онкологических заболеваний на уровне отдельных клеток. В рамках курса рассматриваются вопросы гетерогенности опухолей, их эволюции и метастазирования, а также роль геномных, транскриптомных и эпигеномных изменений в развитии рака. Особое внимание уделяется методам single-cell секвенирования (ДНК, РНК, эпигеномика), мультиомиксным подходам и пространственной транскриптомике, а также их применению в диагностике и прецизионной онкологии. По итогам курса магистранты формируют понимание современных технологий анализа опухолей на уровне единичных клеток, осваивают базовые подходы к работе с соответствующими данными и учатся применять эти методы для решения исследовательских и клинических задач в онкологии. Желаю нашим магистрантам не бояться сложных задач и новых областей знаний. Биоинформатика находится на стыке биологии, медицины, математики и программирования, поэтому сначала может казаться, что нужно знать слишком много. Но именно постепенное освоение разных направлений делает обучение особенно интересным и перспективным. Я бы посоветовал больше пробовать самостоятельно: запускать программы, анализировать реальные данные, читать современные статьи, задавать вопросы и не бояться ошибок. Практика даёт гораздо больше, чем пассивное изучение теории. Также важно сохранять любопытство — именно оно помогает двигаться вперёд, замечать новые возможности и находить нестандартные решения. Магистратура — это хорошее время, чтобы экспериментировать, искать свою специализацию и закладывать фундамент будущей карьеры. 🔗 Подробнее о программе магистратуры

🎓 Мы запускаем цикл открытых онлайн-лекций! Приглашаем студентов и всех заинтересованных присоединиться к первой лекции. 🧬 Тема: Поиск антивирусных препаратов широкого спектра для подготовки к будущим пандемиям 🧑‍🔬Лектор: Александр Яневски, PhD, Европейский университет в Санкт-Петербурге 📅 Дата: 5 мая 🕒 Время: 12:00 Мск 💻 Платформа: Zoom На лекции будут рассмотрены современные подходы биоинформатики к разработке противовирусных препаратов, а также роль вычислительных методов в подготовке к будущим эпидемиологическим вызовам. 🔗 Регистрация по ссылке 🎓 Подробнее о магистратуре

🧬 От клеточных моделей к биоинформатике единичных клеток Магистрант Томского НИМЦ Роза Сарыглар рассказала о своем опыте обучения по программе «Биоинформатика: мультиомика единичных клеток» и исследованиях на стыке экспериментальной биологии и анализа данных.

«Программа «Биоинформатика: мультиомика единичных клеток» закрывает именно тот разрыв, который я ощущала в своей подготовке: она объединяет глубокое понимание биологии с современными вычислительными подходами. Для меня важно, что нас обучают преподаватели, которые сами активно работают в области single-cell исследований».

🔗 Подробнее в материале 🎓 Подробнее о программе магистратуры

🧬 Транскриптомика единичных клеток 📚 Один из ключевых курсов магистратуры - «Транскриптомика единичных клеток» (2 семестр, 108 часов), посвящён современным подходам к анализу данных single-cell RNA-seq. В рамках курса студенты знакомятся с основными технологиями секвенирования РНК единичных клеток и возможностями их применения, осваивают полный цикл анализа данных: от предобработки, контроля качества и нормализации до кластеризации, визуализации и анализа дифференциальной экспрессии. Особое внимание уделяется задачам идентификации клеточных типов, анализу траекторий развития, а также изучению межклеточных коммуникаций. Практическая часть курса включает работу с реальными биомедицинскими данными. ✨ Курс ведёт Хозяинова Анна Алексеевна, младший научный сотрудник лаборатории биологии опухолевой прогрессии НИИ онкологии Томского НИМЦ. Среди приглашённых лекторов Alexander Predeus (Principal Bioinformatician, Wellcome Sanger Institute) с лекцией о деконволюции клеточного состава и биологической интерпретации данных РНК-секвенирования при помощи референсных транскриптомных атласов единичных клеток и Roman Sankowski (Medical Professional, University Medical Center Freiburg), прочитает лекцию о коррекции батч-эффекта в данных РНК-секвенирования. Подробнее о программе магистратуры: https://master-omics.ru/

🌊 На гребне науки: Мария Королева о том, как совмещать магистратуру и профессиональный спорт Мария Королева проходит обучение по новой магистерской программе Томского НИМЦ «Биоинформатика: мультиомика единичных клеток». В интервью она рассказала, как удается совмещать науку с профессиональным спортом, а также о планах на будущее и перспективах применения знаний из области биоинформатики в своих исследованиях.

Важное преимущество магистратуры — уникальный материал лекций: нас учат ведущие ученые, которые строят курсы на основе актуальных мировых статей, а не базовых учебных пособий. Программа очень интенсивная — порой поток информации кажется запредельным, однако при подготовке к экзамену или зачету по конкретным темам как будто все встает на свои места. Особенно ценно, что Томский НИМЦ делает ставку на практику и активно развивает сотрудничество между научными центрами Томска и Москвы.

🔗 Подробнее в материале 🎓 Подробнее о магистратуре Томского НИМЦ

Преподаватели магистратуры - Марат Сабиров 🎓 Продолжаем знакомить вас с преподавателями магистратуры Томского НИМЦ! Сегодня в рубрике «Будем знакомы» канд. биол. наук Марат Сабиров. Программа магистратуры «Биоинформатика: мультиомика единичных клеток» позволяет овладеть актуальным набором знаний и умений для работы в разных областях науки и индустрии. Кроме этого, она дает возможность познакомиться со специалистами, которые непосредственно применяют эти знания и навыки в своих исследованиях.

Я веду курс «Эпигеномика единичных клеток». Он посвящен современным подходам к изучению регуляции экспрессии генов на уровне отдельных клеток. В рамках курса магистранты знакомятся с основами регуляторной геномики, разнообразием регуляторных элементов и методами их изучения как в bulk-, так и в single-cell разрешении. Особое внимание уделяется анализу данных современных технологий, таких как scATAC-seq, а также методам реконструкции взаимодействий между регуляторными элементами генома. По итогам курса студенты формируют понимание принципов эпигенетической регуляции, осваивают навыки работы с данными эпигеномных исследований на уровне единичных клеток и учатся применять эти подходы для решения актуальных задач. Хочу пожелать нашим магистрантам каждый день сталкиваться с задачами, которые они не знают, как решить. Успешно с ними справляться и не бояться трудностей, ведь именно сложные новые вызовы помогают профессиональному росту.

Подробнее о программе магистратуры: https://master-omics.ru/

🔬 «Знания из области биоинформатики сейчас не только преимущество, но и необходимость» Магистрант Томского НИМЦ Елена Кравченко о том, как технологии анализа отдельных клеток могут помочь пациентам с кардиологическими заболеваниями. 📍 Елена Кравченко, научный сотрудник отделения клинической лабораторной диагностики НИИ кардиологии Томского НИМЦ. В 2025 году стала обладателем Стипендии Президента РФ.

— Тема моей магистерской диссертации «Мета-анализ данных РНК-секвенирования отдельных клеток при атеросклерозе коронарных, сонных и бедренных артерий». Мы видим интерес со стороны клиницистов к результатам исследования, поскольку они ежедневно сталкиваются с тем, что течение и симптомы атеросклероза варьируются в зависимости от локализации поражения. Результаты нашей работы помогут усовершенствовать подходы к лечению атеросклероза, — поделилась Елена Кравченко.

🔗 Подробнее в материале 🔹 Узнать больше о магистратуре Томского НИМЦ

Продолжается регистрация на VII Международную научно-практическую школу «Анализ единичных клеток» Студенты магистратуры "Биоинформатика: мультиомика единичных клеток", а также все заинтересованные приглашаются принять участие в научно-практической школе “Анализ единичных клеток” (ASCA WORKSHOP 2026), которая пройдет 27-29 мая в Томске. Школа посвящена современным single-cell и пространственным омиксным технологиям и биоинформатическим методам анализа данных. Участники смогут познакомиться с актуальными инструментами и подходами в обработке биомедицинских данных, а также опробовать их на практических занятиях. Мероприятие полезно студентам, магистрантам, аспирантам, а также научным сотрудникам, работающим на стыке биологии, медицины и биоинформатического анализа данных. ❗️ Регистрация до 23 марта. Международные научно-практические школы «Анализ единичных клеток» проводятся с 2019 года и традиционно собирают ведущих ученых России и зарубежья, специалистов в области молекулярной и клеточной биологии и биоинформатики. За семь лет школа сформировала профессиональное сообщество, Ассоциацию анализа единичных клеток, объединившую уже более 400 человек из 48 стран. Подробнее в карточках.

⚡Азбука Томского НИМЦ: Биоинформатика 💬 Директор Томского НИМЦ, академик РАН Вадим Степанов: – Мы научились генерировать огромное количество больших биологических данных: это и полные геномы, и транскриптомы, и экзомы, их количество в наших базах измеряется десятками тысяч. Но мы не всегда в состоянии извлечь весь заложенный в них смысл – это задача биоинформатиков. Подробнее в карточках! 📍 Проект посвящен 10-летию Томского НИМЦ #Азбука_ТомскогоНИМЦ #ТомскийНИМЦ_10_лет 🔹 Томский НИМЦ в MAX

Преподаватель магистратуры – Евгений Денисов 🎓 Мы начинаем серию постов про преподавателей и студентов магистратуры! Чтобы лучше познакомить вас с программой и людьми, которые ее создают, мы подготовили небольшие интервью с преподавателями и студентами. Первый герой рубрики - руководитель и преподаватель магистерской программы, Денисов Евгений Владимирович. - Расскажите о Вашем курсе. Чему он посвящен? Какие навыки освоят магистранты по окончании курса?

Мой курс «Омиксные технологии» в 1 семестре программы является вводным и посвящён современным высокопроизводительным технологиям анализа генома, эпигенома, транскриптома, протеома и метаболома, в том числе на уровне единичных клеток и пространственного разрешения. Курс также включает практические занятия по различным вариантам секвенирования (NGS).

- Как Вы думаете, какие потенциальные возможности открывает магистратура?

Программа магистратуры открывает доступ к современным высокотехнологичным методам анализа генетической информации; дает возможность принимать участие в самых передовых научных проектах и получать знания от ведущих ученых в сфере биоинформатики единичных клеток.

- Что бы Вы пожелали абитуриентам и первокурсникам программы?

В нашей сфере технологии развиваются стремительно, желаю нашим абитуриентам и первокурсникам не терять энергии и жажды получать новые знания, делиться опытом. Как очень точно отметил Льюис Кэрролл в книге «Алиса в Зазеркалье», «нужно бежать со всех ног, чтобы только оставаться на месте, а чтобы куда-то попасть, надо бежать как минимум вдвое быстрее!»

Подробнее о программе магистратуры: https://master-omics.ru/

Томский НИМЦ: базовая площадка магистратуры Базовой площадкой магистерской программы является Томский национальный исследовательский медицинский центр Российской академии наук (Томский НИМЦ) - крупнейший академический медицинский научный центр в системе Минобрнауки России. Томский НИМЦ был основан в 2016 году, он объединяет академические институты медицинского профиля: НИИ онкологии, НИИ кардиологии, НИИ психического здоровья, НИИ медицинской генетики, НИИ фармакологии и регенеративной медицины имени Е.Д. Гольдберга (г. Томск) и филиал в г. Тюмень - Тюменский кардиологический научный центр. В составе Томского НИМЦ функционируют порядка 50 научных лабораторий, а также 6 специализированных клиник на 1086 коек, обеспечивающих ежегодно обследование и лечение около 150000 пациентов по таким профилям медицинской помощи как кардиология для взрослых и детей, кардиохирургия, реанимация, онкология, педиатрия, неврология, терапия, психиатрия, радиология. В настоящее время практическая подготовка студентов проходит на базе НИИ медицинской генетики, НИИ онкологии и Центра системной биоинформатики Томского НИМЦ, где обучающиеся включаются в действующие научные проекты и получают опыт работы с современными лабораторными и аналитическими технологиями. Подробнее о программе магистратуры: https://master-omics.ru/

Студенты презентовали результаты ознакомительной практики Студенты магистерской программы "Биоинформатика: мультиомика единичных клеток" успешно защитили результаты своей ознакомительной практики по биоинформатике. В ходе практики они погрузились в реальные исследовательские задачи, познакомились с современными подходами к анализу биомедицинских данных и работой научных подразделений Томского НИМЦ, МГУ, РУДН, Института цитологии и генетики и НМИЦ онкологии им. Н.Н. Блохина. Практика была направлена на формирование ключевых профессиональных компетенций: - понимание современных достижений и методологических основ биологии и смежных дисциплин и их применения в омиксных исследованиях - умение использовать компьютерные технологии для решения задач анализа биомедицинских данных - знакомство с принципами и возможностями омиксных технологий и приобретение навыков их выбора под исследовательские задачи Защита прошла в формате презентаций, где студенты представили полученный опыт и первые шаги в работе с реальными научными данными. Подробнее о программе магистратуры: https://master-omics.ru/

Зачем биоинформатику «мокрая» биология? Рассказывает руководитель Центра системной биоинформатики Томского НИМЦ Павел Ямщиков:

Не обязательно (и чаще всего невозможно) быть экспертом одновременно и в «мокрой», и в «сухой» биологии. Зато для эффективного сотрудничества и корректного анализа данных биоинформатику полезно разбираться в том, как работают «мокрые» биологи.

Уже на этапе планирования эксперимента биоинформатик может предложить экспериментальные решения (например, дополнительные контроли или сбор дополнительной информации для метаданных) для того, чтобы потом было проще и надёжнее анализировать данные. Кроме того, понимание лабораторных этапов и знание сильных и слабых сторон «мокрых» методик помогает корректно интерпретировать результаты: видеть, как протокол подготовки библиотеки влияет на результаты секвенирования и отличать настоящую биологическую вариабельность от экспериментальных ошибок. Лабораторная практика – один из лучших способов разобраться в тонкостях экспериментальной части. В рамках Магистерской программы "Биоинформатика: мультиомика единичных клеток" такая возможность доступна студентам на первом курсе обучения. Так, студенты проходят практику по различным вариантам NGS, включая секвенирование единичных клеток и пространственную транскриптомику, на базе лаборатории биологии опухолевой прогрессии НИИ онкологии Томского НИМЦ (Томск) или лаборатории биологии единичных клеток НИИ молекулярной и клеточной медицины Медицинского института РУДН (Москва). Подробнее о программе магистратуры: https://master-omics.ru/

В Томске работает первая в России магистерская программа по биоинформатике с фокусом на мультиомику единичных клеток Первая в России магистерская программа "Биоинформатика: мультиомика единичных клеток", сочетающая в себе теоретическое и практическое обучение в области мультиомики единичных клеток, была открыта на базе Томского национального исследовательского медицинского центра Российской академии наук (Томского НИМЦ) в 2025 году. Программа нацелена на подготовку специалистов, способных использовать самые современные подходы в биоинформатике. Курс обучения охватывает полный цикл подготовки - от фундаментальных дисциплин, таких как молекулярная биология, генетика человека и молекулярная эволюция, до прикладных направлений биоинформатики и анализа данных. Студенты осваивают программирование, работу с Linux-системами и биостатистику в R, изучают омиксные технологии, методы анализа геномных и транскриптомных данных, а также специализированные курсы по геномике, транскриптомике и эпигеномике единичных клеток. Преподаватели программы - это эксперты из Томского НИМЦ, МГУ, РУДН, Института биологии развития, ЦСП ФМБА России, Harvard Medical School, Hopp-Children's Cancer Center Heidelberg, Wellcome Sanger Institute и других ведущих научных и медицинских учреждений, которые обладают богатым научным и педагогическим опытом в области биоинформатики, генетики и молекулярной биологии. Если вы хотите стать экспертом в области биоинформатики, работать с передовыми технологиями и внести свой вклад в развитие медицинской науки, поступайте на магистерскую программу в Томском НИМЦ. В 2025 году к обучению приступили 9 человек; следующий набор начнется в июне 2026 года. Подробнее о программе магистратуры: https://master-omics.ru/