molecular porn

хром постоянно путается в подсказках для заполнения полей, но тут вышло забавно. смешал, помимо прочего, мои зожные запросы с идентификаторами малых молекул и предложил поискать всё это в базе данных DrugBank.

Начинаем🚀

Не знаете, чем заняться в пятницу вечером? Залетайте на мой доклад про проект, о котором писала выше.

🚀 @SBERLOGABIO webinar on bioinformatics: 👨‍🔬 Marina Pak (Skoltech) "ProDDG - база данных эффектов мутаций на стабильность белка (ΔΔG) и предсказателей ΔΔG." ⌚️ Friday 7 July, 20.00 (Moscow time) The talk planned to be in English. (Participants of CAFA5 Kaggle challenge might try to think how apply some ideas from the talk in the challenge, though it is not directly related). Add to Google Calendar Ищете данные об эффекте мутаций на белок для тренировки своей нейросеточки? Собираете независимый набор данных для сравнения предикторов эффекта мутации? Хотите предсказать эффект мутации на ваш любимый белок с помощью state-of-the-art тулов? Тогда сервис ProDDG для вас! ProDDG предоставляет доступ к ΔΔG датасетам для обучения и проверки предикторов и списку популярных ΔΔG предикторов, а также сервису проверки совпадения датасетов по идентичности последовательностей белков. В своем выступлении я представлю сервиc ProDDG, расскажу, какие проблемы он решает, продемонстрирую примеры использования, а также поделюсь опытом разработки подобных сервисов. Zoom link will be available in https://t.me/sberlogabig shortly before start of the talk. Video records: https://www.youtube.com/c/SciBerloga

Ищете данные об эффекте мутаций на белок для тренировки своей нейросеточки? Собираете независимый набор данных для сравнения предикторов эффекта мутации? Хотите предсказать эффект мутации на ваш любимый белок с помощью state-of-the-art тулов? Тогда сервис ProDDG для вас! ProDDG - это база данных эффектов мутаций на стабильность белка (ΔΔG) и предсказателей ΔΔG: 🔷 ΔΔG датасеты для обучения и проверки предикторов Датасеты приведены к единому формату, содержат последовательности белков, а позиции мутаций проверены на соответствие нумерации в структуре и в последовательности. 🔷 Проверка совпадения датасетов по идентичности последовательностей белков Этот функционал полезен для исключения из проверочного датасета белков, похожих на белки из тренировочного набора. 🔷 Список популярных ΔΔG предикторов Все предикторы в одном месте с описанием функционала, train/test сетов и ссылками на скачивание/веб-сервер. ProDDG находится в стадии разработки. Будем признательны за ваш фидбек. 🔗 https://ivankovlab.ru/proddg

Торжественно разрезаю ленточку и представляю миру свой долгострой - базу данных ΔΔG датасетов и предикторов. Проект начался в конце пандемийного 2020-го, заглох летом 2021 (одной из причин стала революция в структурной биоинформатике с релизом АльфаФолда) и возродился в новой концепции и с новой командой прошлым летом. Всё это время проект имел унылое рабочее название database, пока в конце прошлого года база данных не обрела имя ProDDG, от protein ΔΔG (читается как prodigy). Проект всё ещё сыроват - выгружены не все данные и много задуманного функционала ещё не внедрено. Тем не менее базой данной в текущем её состоянии уже можно и нужно полноценно пользоваться. В следующих постах подробнее расскажу про проект и поделюсь опытом: как возникла идея, как надо и не надо делать подобные проекты, как найти разработчиков. А пока заходим, смотрим, кликаем, пользуемся, ставим лайки, рассказываем друзьям. 📍42.978399, 131.749372

#sciart #molvis Молекулярные валентинки с прошлогодней практики по молекулярной визуализации, выпавшей на день влюбленных. Inspiration.

#sciart

В прошлой четверти мы тоже проверяли домашки и радовались жизни. Как же не радоваться, если в каждой видишь свои преподавательские косяки прогресс студентов, большинство из которых не имели опыта программирования до нашего курса. Не без забавных моментов.