آکادمی بیوانفورماتیک محققان ایرانی

Science – 14 August 2025 Science is the academic journal of the American Association for the Advancement of Science and is considered one of the world’s most prestigious scientific journals.

تغییر شکل‌های DNA و RNA نقش مهمی در فرآیندهای زیستی مانند بسته‌بندی DNA و شناسایی اسیدهای نوکلئیک توسط پروتئین‌ها دارند. با توجه به دشواری اندازه‌گیری دقیق این تغییرات و پیچیدگی تعاملات مولکولی، درک ما از این پدیده‌ها محدود بوده است. پژوهشگران با استفاده از آزمایش‌های پیشرفته مانند "پنس مغناطیسی"، شبیه‌سازی‌های رایانه‌ای و نظریه‌های علمی، موفق به بررسی دقیق تغییرات پیچشی DNA و RNA تحت تأثیر عواملی مانند نمک، دما و کشش شدند. یافته‌ها نشان می‌دهد که مسیرهای تغییر شکل مشترکی وجود دارند که در پاسخ به محرک‌های مختلف فعال می‌شوند و حتی پروتئین‌ها از این مسیرها برای کاهش انرژی مورد نیاز جهت تغییر شکل DNA و RNA بهره می‌برند.

Proc Natl Acad Sci U S A. 2023 May 8;120(20):e2218425120. doi: 10.1073/pnas.2218425120

نحوه نصب نرم افزار اتوداک 4 بر روی سیستم عامل لینوکس (RHEL OS)

$ sudo dnf update #forFedora $ sudo yum update #forCentOS $ sudo dnf install autodock #Install command $ sudo dnf install -y autodock-vina vina

آموزش لیپیدها و ساختار آنها در 7 دقیقه لینک مشاهده ویدیو

استهکلم زیبا...

ابزار Boltz یک خانواده از مدل‌ها برای پیش‌بینی تعاملات بیومولکولی است. Boltz-1 اولین مدل کاملاً متن‌باز بود که به دقت AlphaFold3 نزدیک شد. جدیدترین نسخه آن، Boltz-2، یک مدل پایه‌ای بیومولکولی است که فراتر از AlphaFold3 و Boltz-1 عمل می‌کند، چرا که به‌طور همزمان ساختارهای پیچیده و تمایلات اتصال (binding affinities) را مدل می‌کند، که این بخش حیاتی برای طراحی دقیق مولکول‌ها است. Boltz-2 اولین مدل یادگیری عمیق است که به دقت روش‌های فیزیکی مبتنی بر Perturbation انرژی آزاد (FEP) نزدیک می‌شود، در حالی که ۱۰۰۰ برابر سریع‌تر عمل می‌کند — این موضوع انجام غربالگری دقیق in silico را برای کشف دارو در مراحل اولیه عملی می‌سازد. دسترسی به ابزار

معرفی نرم افزار Openbabel نرم افزار Openbabel یک نرم‌افزار آزاد و متن‌باز برای شیمی محاسباتی و شیمی‌اطلاعاتی است که به‌طور گسترده برای تبدیل، ویرایش و تجزیه‌وتحلیل داده‌های شیمیایی به کار می‌رود. این برنامه می‌تواند بیش از ۱۱۰ فرمت فایل شیمیایی (مانند SDF، MOL، PDB و غیره) را بخواند و به یکدیگر تبدیل کند. ابزارOpenBabel علاوه بر تبدیل فرمت‌ها، قابلیت انجام عملیات متنوعی مانند ایجاد ساختار سه‌بعدی از داده‌های دو‌بعدی یا متنی، محاسبه خواص مولکولی، فیلتر کردن ترکیبات بر اساس معیارهای مشخص، و انجام بهینه‌سازی هندسی ساختارها را دارد. رابط کاربری آن هم به‌صورت خط فرمان و هم به‌صورت گرافیکی در دسترس است، و به همین دلیل هم برای کاربران حرفه‌ای و هم برای مبتدیان کاربردی است.

حمایت مالی بانک دی از دانشجویان ممتاز و نخبگان علمی دانشجویان مقاطع کارشناسی ارشد و دکترا در دانشگاه‌های معتبر دولتی با معدل کل بالای ۱۸ (در مقطع تحصیلی قبلی و در شروع فرایند گزینش) و فاقد رابطه شغلی دائمی با بخش دولتی و خصوصی و فاقد سهمیه بورسیه، می‌توانند از مزایای این طرح استفاده کنند. افراد برگزیده جشنواره‌های معتبر علمی داخلی و بین‌المللی، افراد دارای مقاله در نشریات معتبر داخلی و بین‌المللی، افراد دارای اختراع ثبت شده و افراد دارای تألیف ، متناسب با فعالیت خود در این طرح امتیاز دریافت می کنند. گسترش فعالیت‌های حیطه مسئولیت‌های اجتماعی بانک دی و ایجاد پایگاه داده ایجاد شده از سوی نیروهای جوان، خبره و مستعد کشور، از اهداف طرح پژوهانه بانک دی است. متقاضیان محترم می‌توانند برای کسب اطلاعات بیشتر به لینک https://day24.ir/Pazhohaneh مراجعه کنند یا با شماره ۰۲۱۲۸۹۳۲۰۳۲ تماس بگیرند.

چرا FDA داروهای حاصل مهندسی ژنتیک در گیاهان را برای استفاده جهانی به صورت گسترده تایید نمی کند؟ سازمان غذا و داروی آمریکا (FDA) هنوز داروهای حاصل از مهندسی ژنتیک در گیاهان را به‌طور گسترده و برای استفاده جهانی تأیید نکرده است، زیرا چند مانع مهم در مسیر توسعه و تجاری‌سازی این محصولات وجود دارد. نخستین چالش، مسائل ایمنی و کیفیت محصول است. گیاهان به‌طور طبیعی ترکیبات ثانویه، آلرژن‌ها و حتی مواد سمی تولید می‌کنند که ممکن است به‌طور ناخواسته در محصول نهایی باقی بمانند. همچنین سطح بیان پروتئین دارویی در گیاه به شرایط رشد، خاک، نور و دما وابسته است و این تغییرپذیری کنترل دقیق دوز دارو را دشوار می‌کند. از سوی دیگر، نگرانی از انتقال ژن داروساز به گیاهان خوراکی یا گونه‌های وحشی نیز مطرح است که می‌تواند پیامدهای زیست‌محیطی ایجاد کند. عامل دوم، الزامات سختگیرانه برای تولید تحت شرایط Good Manufacturing Practice (GMP) است. برای داروها لازم است که تمام مراحل تولید در محیطی کاملاً کنترل‌شده انجام شود تا از آلودگی متقاطع جلوگیری گردد و کیفیت و یکنواختی محصول تضمین شود. در مورد داروهای گیاه‌محور، این موضوع به معنی کنترل کامل مزارع یا گلخانه‌ها، جلوگیری از تماس محصول با زنجیره غذایی، و ایجاد سیستم‌های پیچیده پالایش و تصفیه است که هزینه و پیچیدگی تولید را افزایش می‌دهد. مسئله دیگر، محدودیت داده‌های بالینی است. بسیاری از داروهای گیاه‌محور در مراحل پیش‌بالینی یا فازهای اولیه کارآزمایی بالینی متوقف می‌شوند، زیرا اجرای آزمایش‌های بزرگ انسانی برای اثبات اثربخشی و ایمنی بسیار پرهزینه است و سرمایه‌گذاران به دلیل ریسک‌های مقرراتی تمایل کمتری به حمایت مالی دارند. علاوه بر این، حتی در صورت تأیید یک دارو توسط FDA، استفاده جهانی آن نیازمند هماهنگی با نهادهای مشابه در اروپا، ژاپن، کانادا و دیگر کشورها است، و به دلیل تفاوت قوانین ایمنی زیستی و مقررات دارویی، این هماهنگی اغلب زمان‌بر و پیچیده است. در مجموع، مشکل اصلی این داروها کمبود توان علمی یا فناوری نیست، بلکه عدم انطباق کامل با چارچوب‌های سختگیرانه ایمنی، کیفیت و مقررات جهانی و نیز فقدان سابقه بالینی گسترده است. با این حال، نمونه‌هایی مانند داروی Elelyso که آنزیم درمانی آن در سلول‌های هویج تولید می‌شود و توسط FDA تأیید شده، نشان می‌دهد که با حل تدریجی این موانع، مسیر برای ورود داروهای گیاه‌محور به بازار جهانی هموارتر خواهد شد.

💻اصول ارتباط مؤثر با متخصصان بین‌المللی درلینکدین

✅ با سخنرانی دکتر گادزویل، سردبیر انتشارات اشپرینگر نیچرو کارشناس اتحادیه اروپا در آموزش عالی

✅میزبان:

دکتر محمد علی شریعتی، پژوهشگر و مخترع حوزه صنایع دارویی و غذایی با بیش از ۳۰۰ مقاله علمی وشاخص H-Index برابر با 50 در پایگاه Scopus

📆تاریخ برگزاری:

چهارشنبه پانزدهم مردادماه ساعت 20

نحوه ثبت نام:

جهت دریافت لینک ورود به جلسه در کانال تلگرامی زیر عضو شوید: @Techwritingg

آکادمی مهارت دانشکده کشاورزی دانشگاه تهران

@UT_SkillAcademy @ut_skill

#نکته‌_آموزشی واژه‌ی Abzyme ترکیبی از دو کلمه‌ی "antibody" (پادتن) و "enzyme" (آنزیم) است و به‌صورت علمی به آن "catalytic antibody" یا "enzymatic antibody" نیز گفته می‌شود. Abzymeها، آنتی‌بادی‌هایی هستند که توانایی انجام واکنش‌های شیمیایی مانند آنزیم‌ها را دارند. به طور کلی، Abzyme یا پادتن آنزیمی نوعی آنتی‌بادی است که علاوه بر توانایی اتصال اختصاصی به آنتی‌ژن، قابلیت کاتالیز کردن واکنش‌های شیمیایی را نیز دارد. این ترکیب ویژه از عملکرد پادتن‌ها و آنزیم‌ها، abzyme را به مولکولی منحصر به‌فرد تبدیل کرده است. برخلاف آنزیم‌های طبیعی که توسط ژن‌ها رمزگذاری می‌شوند، abzymeها معمولاً با هدف تقلید آنزیم‌ها و به‌کارگیری سیستم ایمنی برای تولیدشان طراحی می‌شوند. پایه اصلی این طراحی، تولید آنتی‌بادی‌هایی است که بتوانند به حالت گذار (transition state) یک واکنش متصل شوند؛ یعنی همان حالتی که در آن مولکول در حال تبدیل شدن به محصول نهایی است. اتصال به این حالت، انرژی فعال‌سازی واکنش را کاهش داده و سرعت واکنش را افزایش می‌دهد. برای تولید abzyme، معمولاً یک مولکول مصنوعی شبیه به حالت گذار به بدن یک حیوان (مثل موش) تزریق می‌شود تا سیستم ایمنی نسبت به آن واکنش نشان دهد. پادتن‌هایی که در پاسخ ساخته می‌شوند، معمولاً توانایی دارند آن واکنش خاص را تسریع کنند. این روش به دانشمندان اجازه می‌دهد تا پادتن‌هایی بسازند که نقش آنزیمی ایفا کنند، حتی برای واکنش‌هایی که آنزیم طبیعی برای آن‌ها وجود ندارد. اگرچه فعالیت کاتالیتیکی abzymeها معمولاً کمتر از آنزیم‌های طبیعی است، اما مزایایی مانند اختصاصیت بالا، پایداری شیمیایی بیشتر، و امکان طراحی سفارشی آن‌ها را در حوزه‌های گوناگون مفید می‌سازد. کاربردهای abzymeها گسترده و در حال گسترش است. در پزشکی، از آن‌ها برای حذف مواد مضر از بدن مانند داروهای اضافه یا سموم استفاده می‌شود. برخی abzymeها نیز در تحقیقات برای هدف قرار دادن پروتئین‌های خاص ویروس‌ها مانند HIV به‌کار رفته‌اند. همچنین، در برخی بیماری‌های خودایمنی مانند لوپوس یا ام‌اس، abzymeهایی شناسایی شده‌اند که به اجزای بدن خود فرد مانند DNA یا میلین حمله می‌کنند و احتمالاً در ایجاد علائم بیماری نقش دارند. به‌طور کلی، abzymeها ابزاری نوین در تقاطع ایمنی‌شناسی، بیوشیمی و بیوتکنولوژی محسوب می‌شوند که می‌توانند در آینده جایگزین یا مکمل آنزیم‌ها در بسیاری از کاربردهای درمانی و صنعتی باشند. منابع: 1- Mahendra, Ankit, et al. "Antibody-mediated catalysis: induction and therapeutic relevance." Autoimmunity reviews 12.6 (2013): 648-652. 2- Copeland, Robert A. Enzymes: a practical introduction to structure, mechanism, and data analysis. John Wiley & Sons, 2023. 3- Robinson, P. G., S. R. Baker, and B. J. Gibson. "Chapter 1 Introduction." Developing a person-centred approach to oral health, 1st edn. Academic Press, Elsevier, BV, Oxford, UK (2014): 3-20.

A Universal Model for Drug–Receptor Interactions” just dropped! 👩‍🔬🧬 Imagine using the entire genomic landscape of disease as a blueprint for rational drug design. This new model aims to work across drug classes and protein families—not just one receptor, one drug. https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2025.08.01.668090v1

سامانه رایگان گزارشات تحلیلی کشور، پایان نامه‌ها و رساله‌های دکتری https://ganj.irandoc.ac.ir/#/

آغاز ثبت‌نام چهارمین دوره آزمون زبان MSRT از ۲۷ مرداد ماه چهارمین دوره برگزاری آزمون زبان MSRT، چهارم مهر ماه ۱۴۰۴ برگزار می‌شود و نتایج آزمون ۱۳ مهر ماه اعلام خواهد شد. مهلت ثبت‌نام در این دوره از آزمون زبان MSRT از ۲۷ مرداد ماه آغاز می‌شود و تا ۲۶ شهریور ماه ۱۴۰۴ ادامه دارد. متقاضیان می‌توانند با مراجعه به سامانه سجاد به آدرس https://msrttest.saorg.ir/login.aspx نسبت به ثبت‌نام خود اقدام کنند/روزنامه مدرس

به منظور تسهیل خدمات دانشجویی با رایزنی های به عمل امده با مدیر دارلترجمه آریا سلیس در تهران از این پس می توانید با کد تخفیف "irbioinformatics" از خدمات سریع ترجمه بهره مند شوید. در کوتاه ترین زمان ممکن و بهترین کیفیت مدارک خود را ترجمه کنید و در پروسه اپلای و موارد دیگر از آنها استفاده کنید ✅ ترجمه آسان و سریع مدارک دانشگاهی و غیر دانشگاهی ✅ تاییده وزارت علوم و دادگستری برای ترجمه مدارک ✅ مشاوره آنلاین ✅ پیگیری و رفع نواقصی ترجمه مدارک‌دانشگاهی @irbioinformatics