آکادمی بیوانفورماتیک محققان ایرانی

آشنایی با شاخص کیفیت سنجی Q در مجلات علمی #آموزش شاخص Q یا Quartile یکی از معیارهای پرکاربرد در ارزیابی جایگاه علمی مجلات است که بر اساس میزان استنادها و شاخص‌های علم سنجی مانند Impact Factor در Web of Science یا CiteScore در Scopus محاسبه می‌شود. در این روش، مجلات هر حوزه علمی بر اساس رتبه استنادی مرتب می‌شوند و سپس به چهار بخش مساوی تقسیم می‌گردند. به این ترتیب، مجلات برتر در ربع اول (Q1) قرار می‌گیرند و به‌ عنوان معتبرترین نشریات آن حوزه شناخته می‌شوند.

بخش دوم آموزش پایتون: اهمیت کامنت و کاربرد آن در برنامه نویسی پایتون در زبان برنامه نویسی پایتون کامنت‌ها نقش بسیار مهمی در خوانایی و درک بهتر کد دارند. با استفاده از کامنت، می‌توان هدف یا منطق بخش‌های مختلف برنامه را توضیح داد تا هم خود برنامه‌نویس در مراجعات بعدی راحت‌تر متوجه شود و هم سایر توسعه‌ دهندگانی که ممکن است روی همان کد کار کنند، سریع‌تر آن را درک کنند. از آنجا که کامپیوتر کامنت‌ها را اجرا نمی‌کند، این توضیحات فقط برای انسان‌ها هستند و به نوعی به مستندسازی درون کد کمک می‌کنند. این موضوع در پروژه‌های بزرگ یا کار گروهی اهمیت بیشتری پیدا می‌کند، چون بدون کامنت، فهمیدن بخش‌های پیچیده کد زمان‌بر و دشوار خواهد بود. ....ادامه این آموزش را از اینجا بخوانید....

آموزش ساختار داده در پایتون #learn_to_code #part_1_data_types_in_python همانطور که می دانید آشنایی با ساختار داده‌ها در پایتون اهمیت زیادی دارد زیرا نوع داده تعیین می‌کند که اطلاعات چگونه ذخیره، پردازش و مدیریت شوند. هر ساختار داده ویژگی‌ها و محدودیت‌های خاص خود را دارد، برای مثال لیست‌ها برای داده‌های پویا و قابل تغییر مناسب‌اند، در حالی که تاپل‌ها برای داده‌های ثابت و تغییرناپذیر استفاده می‌شوند. انتخاب درست نوع داده باعث افزایش کارایی برنامه، کاهش مصرف حافظه و ساده‌تر شدن کدنویسی می‌شود و به برنامه‌نویس کمک می‌کند مسائل پیچیده را با راه‌حل‌های بهینه‌تر و سریع‌تر حل کند. ....برای دسترسی به آموزش اینجا کلیک کنید...

#معرفی_کتاب کتاب A First Course in Systems Biology برای دانشجویان کارشناسی ارشد و دکتری حوزه علوم زیستی طراحی شده و تمرکز اصلی آن بر توسعه مدل‌های محاسباتی و کاربرد آن‌ها در سیستم‌های زیستی متنوع است. با توجه به پیچیدگی روزافزون علوم زیستی، دیگر هیچ فردی نمی‌تواند به‌تنهایی دانش کامل در یک حوزه تخصصی داشته باشد. بنابراین، آموزش زیست‌شناسان سامانه‌ای آینده باید بر توانایی بازیابی، بازآرایی، ترکیب و تفسیر اطلاعات پیچیده زیستی تمرکز داشته باشد. این کتاب زمینه علمی و مهارت‌های لازم برای انجام وظایف استاندارد زیست‌شناسی سامانه‌ای، درک منابع علمی به روز، و ورود به دوره‌ها یا پروژه‌های تخصصی را فراهم می‌کند که با استفاده از روش‌های نظری و محاسباتی به پرسش‌های زیستی می‌پردازند. ساختار کتاب ترکیبی از متن آموزشی و ارجاع به منابع اولیه است و با مجموعه‌ای از تمرین‌های کوچک برای تجربه عملی و پرسش‌های بزرگ‌تر و اغلب باز برای تفکر بیشتر تکمیل می‌شود.

کرم انگلی شیستوزوما مانسونی و تسکین درد! #دانستنی‌ها کرم انگلی Schistosoma mansoni که در آب‌های شیرین زندگی می‌کند، می‌تواند بدون جلب توجه وارد پوست انسان شود و با مهار گیرنده‌های عصبی خاص، احساس خارش و درد را خاموش کند! یافته‌های جدید نشان می‌دهند این انگل مولکول‌هایی ترشح می‌کند که گیرنده‌های TPRV1 را غیرفعال می‌سازند—گیرنده‌هایی که معمولاً پیام‌های گرما، درد و خارش را به مغز منتقل می‌کنند. هرچند این ویژگی در ابتدا ترسناک به نظر می‌رسد، اما دانشمندان امیدوارند با شناسایی دقیق این مولکول‌ها، بتوانند داروهای ضد درد جدیدی بدون وابستگی به مواد مخدر تولید کنند. این کشف می‌تواند دریچه‌ای نو به درمان‌های ایمن‌تر و مؤثرتر باز کند. ...برای مطالعه بیشتر در مورد این دستاورد اینجا کلیک کنید... منبع: 1- Inclan-Rico et al. The Journal of Immunology, 2025;, vkaf141.

اهمیت شاخص B-factor در آنالیز ساختار پروتئین‌ها شاخص B-factor معمولاً از داده‌های پراش پرتو X در کریستالوگرافی به‌ دست می‌آید، جایی که میزان کاهش شدت پرتوهای پراش یافته نشان‌ دهنده نوسان اتم‌ها در ساختار بلوری است. در این روش با مدل‌سازی ریاضی شدت‌های پراش، فاکتور دمایی محاسبه می‌شود. علاوه بر آن، روش‌های محاسباتی مانند شبیه‌سازی دینامیک مولکولی و تحلیل نوسان‌های ذاتی یا Normal Mode Analysis نیز برای برآورد B-factor به‌ کار می‌روند و امکان مقایسه مستقیم با داده‌های تجربی را فراهم می‌کنند.

اهمیت شاخص B-factor در ارزیابی ساختار پروتئین‌ها #آموزش #not_for_sale شاخص B-factor معمولاً از داده‌های پراش پرتو X در کریستالوگرافی به‌ دست می‌آید، جایی که میزان کاهش شدت پرتوهای پراش یافته نشان‌دهنده نوسان اتم‌ها در ساختار بلوری است. در این روش با مدل‌سازی ریاضی شدت‌های پراش، فاکتور دمایی محاسبه می‌شود. علاوه بر آن، روش‌های محاسباتی مانند شبیه‌سازی دینامیک مولکولی و تحلیل نوسان‌های ذاتی یا Normal Mode Analysis نیز برای برآورد B-factor به‌ کار می‌روند و امکان مقایسه مستقیم با داده‌های تجربی را فراهم می‌کنند.

آلکالوییدها به عنوان امیدهای تازه در درمان دیابت دیابت یکی از چالش‌های جدی سلامت در جهان امروز است که آمار آن روندی نگران‌کننده دارد. بر اساس گزارش‌های بین‌المللی، صدها میلیون نفر در سراسر دنیا به این بیماری مبتلا هستند و پیش‌بینی می‌شود در دهه‌های آینده این رقم به شکل چشمگیری افزایش یابد. تغییر سبک زندگی، کم‌تحرکی، تغذیه نامناسب و افزایش چاقی از عوامل اصلی رشد شیوع دیابت به شمار می‌روند. این بیماری نه تنها بار مالی سنگینی بر سیستم‌های بهداشتی وارد می‌کند، بلکه عوارض جدی مانند بیماری‌های قلبی‌عروقی، نارسایی کلیوی و مشکلات بینایی را نیز به همراه دارد. ....برای مشاهده ادامه مطلب اینجا کلیک کنید...

بیوانفورماتیک و طراحی آفت‌کش‌ها: بخش اول #آموزش_رایگان #not_for_sale ادغام ابزارهای بیوانفورماتیک در طراحی آفت‌کش‌ها، رویکردی پیشرفته برای شناسایی اهداف زیستی در آفات و طراحی ترکیبات مؤثرتر است. این ابزارها با کمک مدل‌سازی مولکولی، تحلیل ژنومی و شبیه‌سازی‌های کامپیوتری، امکان پیش‌بینی برهم‌کنش ترکیبات با پروتئین‌های کلیدی آفات را فراهم می‌کنند. به این ترتیب می‌توان مسیرهای متابولیکی یا پروتئین‌های ضروری برای بقای آفت را شناسایی کرده و مولکول‌هایی را طراحی نمود که به‌طور اختصاصی این اهداف را مهار کنند. این فرآیند باعث کاهش وابستگی به آزمون‌های پرهزینه و زمان‌بر آزمایشگاهی و همچنین سرعت بخشیدن به کشف آفت‌کش‌های نوین می‌شود. ....ادامه این مطلب را از اینجا مطالعه کنید....

شاخص Lipinski's rule of five چیست؟ قانون پنج‌گانه لیپینسکی یا Lipinski's rule of five یک معیار تجربی در طراحی دارو است که برای ارزیابی قابلیت جذب خوراکی ترکیبات شیمیایی استفاده می‌شود. این قانون بیان می‌کند که یک داروی خوراکی معمولاً نباید بیش از یکی از شرایط زیر را نقض کند: بیش از ۵ دهنده پیوند هیدروژنی، بیش از ۱۰ گیرنده پیوند هیدروژنی، وزن مولکولی بیشتر از ۵۰۰ دالتون، و ضریب logP بیشتر از ۵. رعایت این معیارها احتمال جذب مناسب دارو در بدن را افزایش می‌دهد و در فرآیند کشف دارو بسیار کاربردی است. ...ادامه مطلب و آموزش محاسبه شاخص 5 گانه را از اینجا بخوانید...

اهمیت سرور SwissDock: مفاهیم و کاربردها بخش اول: آموزش مفاهیم و کاربردها #آموزش_رایگان #not_for_sale سرور SwissDock یک پلتفرم محاسباتی آنلاین و رایگان برای انجام داکینگ مولکولی است که توسط گروه Vital-IT در مؤسسه علوم زیستی سوئیس (SIB) توسعه یافته است. این سرور بر پایه موتور داکینگ EADock DSS طراحی شده و هدف آن فراهم‌سازی محیطی ساده، سریع و قابل‌دسترس برای پیش‌بینی نحوه اتصال لیگاندهای کوچک به ساختارهای پروتئینی است. SwissDock به‌ویژه برای پژوهشگران حوزه طراحی دارو، بیوانفورماتیک، و بیوتکولوژی و سایر علوم زیستی مرتبط کاربرد دارد و امکان انجام داکینگ بدون نیاز به نصب نرم‌افزارهای پیچیده را فراهم می‌سازد. ....ادامه مطلب را از اینجا مطالعه نمایید.... ◼️◼️◼️◼️◼️◼️◼️◼️◼️◼️◼️◼️◼️ 🆔 Instagram | Telegram

در مورد آنالیز آماری MANOVA چه می دانید؟ #آموزش_رایگان آزمون MANOVA یا تحلیل واریانس چندمتغیره، یکی از روش‌های آماری پیشرفته است که برای بررسی تأثیر یک یا چند متغیر مستقل بر چند متغیر وابسته به‌صورت هم‌زمان به کار می‌رود. برخلاف آزمون ANOVA که فقط یک متغیر وابسته را تحلیل می‌کند، MANOVA به ما اجازه می‌دهد تا روابط پیچیده‌تری را میان متغیرها بررسی کنیم، به‌ویژه زمانی که متغیرهای وابسته با یکدیگر همبستگی دارند. این ویژگی باعث می‌شود که MANOVA در پژوهش‌های علوم رفتاری، پزشکی، روان‌شناسی و مدیریت کاربرد فراوانی داشته باشد. ... توضیحات بیشتر و چگونگی انجام آنالیز MANOVA در نرم افزار R... ◼️◼️◼️◼️◼️◼️◼️◼️◼️◼️◼️◼️◼️ 🆔 Instagram | Telegram

#انگیزشی دانشجویان دکتری، اگر پژوهش‌های امروزتان هنوز کاربرد یا تأثیر فوری ندارند، دلسرد نشوید! علم همیشه به دنبال مد روز نیست، بلکه کنجکاوی و جسارت در کاوش ناشناخته‌هاست که مسیر پیشرفت را می‌سازد. بسیاری از دستاوردهای بزرگ علمی، سال‌ها پس از انتشار اولیه شکوفا شده‌اند—مثل روش تهیه اکسید گرافیت در سال ۱۹۵۸ که با کشف گرافن در ۲۰۱۰ به نقطه‌عطفی تبدیل شد، یا پژوهش‌های فرضی درباره سیاه‌چاله‌ها که دهه‌ها بعد با کشف امواج گرانشی معنا یافتند. تأثیر واقعی زمان‌بر است، اما همین کنجکاوی‌های امروز می‌توانند ستون‌های علم فردا باشند. پس با انگیزه ادامه دهید؛ شما در حال ساختن آینده‌اید. ◼️◼️◼️◼️◼️◼️◼️◼️◼️◼️◼️◼️◼️ 🆔 Instagram | Telegram

🔬 پیشرفت چشمگیر در درمان مسمومیت با مونوکسید کربن محققان با استفاده از مهندسی هموپروتئین موفق به طراحی یک عامل جذب‌کننده مونوکسید کربن با قدرت اتصال بسیار بالا و انتخاب‌پذیری بی‌سابقه شدند. این مولکول جدید با نام RcoM-HBD-CCC در مدل حیوانی توانست به‌طور مؤثر CO را از هموگلوبین پاک‌سازی کرده و با حداقل فشار خون بالا، از طریق ادرار دفع شود. برخلاف درمان‌های فعلی که محدود به اکسیژن‌درمانی هستند، این روش نوین با کاهش عوارض قلبی و عصبی، امید تازه‌ای برای درمان سریع و مؤثر مسمومیت با CO فراهم کرده است. این دستاورد می‌تواند مسیر توسعه درمان‌های نقطه‌ای و ایمن را برای قربانیان این نوع مسمومیت هموار سازد. نتایج این مطالعه در ژرونال PNAS در تاریخ 5 آگوست 2025 منتشر شده است. ....از اینجا متن کامل این مطالعه را مطالعه کنید....

معرفی ابزار تخصصی طراحی اتصال دهنده پروتئینی BindCraft پژوهشگران با معرفی سامانه متن‌باز BindCraft، گام بزرگی در طراحی اتصال‌دهنده‌های پروتئینی برداشته‌اند. این ابزار با بهره‌گیری از مدل AlphaFold2، قادر است بدون نیاز به اطلاعات قبلی از محل اتصال یا آزمایش‌های پرهزینه، اتصال‌دهنده‌هایی با قدرت بالا و دقت نانومولار طراحی کند. ابزار BindCraft موفق شده است برای اهداف پیچیده‌ای مانند گیرنده‌های سطح سلولی، آلرژن‌ها، پروتئین‌های طراحی‌شده و سیستم‌های ویرایش ژن مانند CRISPR-Cas9، اتصال‌دهنده‌های مؤثر تولید کند. این اتصال‌دهنده‌ها توانسته‌اند عملکردهای درمانی مهمی از جمله کاهش سمیت باکتریایی، تنظیم فعالیت Cas9 و کاهش اتصال IgE به آلرژن در نمونه‌های بیماران داشته باشند. همچنین، از آن‌ها برای هدایت دقیق کپسیدهای ویروسی AAV در انتقال ژن استفاده شده است که نویدبخش تحول در درمان‌های هدفمند و بیوتکنولوژیکی است ....ادامه مطلب را از اینجا بخوانید.... ◼️◼️◼️◼️◼️◼️◼️◼️◼️◼️◼️◼️◼️ 🆔 Instagram | Telegram

اطلس جامع فیبروبلاست‌ها منتشر شد فناوری RNA تک‌سلولی نشان داده که فیبروبلاست‌ها از نظر منشأ، عملکرد و فنوتیپ بسیار متنوع هستند. برای درک این تنوع، پژوهشگران ۷۳ مطالعه تک‌سلولی از ۱۰ نوع بافت را گردآوری کرده و اطلس دقیقی از فیبروبلاست‌ها با نام Fibroblast Atlas ارائه داده‌اند که شامل ۱۸ زیرگروه و بیش از ۲۴۹ هزار سلول است. این اطلس اطلاعاتی جامع درباره توزیع، تعاملات سلولی، مقایسه‌ها و ارتباط با پیش‌آگهی سرطان‌ها فراهم می‌کند و بستری برای بررسی دقیق‌تر زیرگروه‌های فیبروبلاست در انواع سرطان‌ها در اختیار کاربران قرار می‌دهد.

معرفی ابزار بیوانفورماتیکی iTOL ابزار iTOL یا Interactive Tree Of Life یک ابزار آنلاین قدرتمند برای نمایش، ویرایش و تحلیل درخت‌های فیلوژنتیک است که در حوزه‌های بیوانفورماتیک، ژنتیک و زیست‌فناوری کاربرد گسترده‌ای دارد. این پلتفرم به پژوهشگران اجازه می‌دهد تا درخت‌های تکاملی را با فرمت‌هایی مانند Newick بارگذاری کرده و به‌صورت تعاملی آن‌ها را بررسی کنند. یکی از قابلیت‌های برجسته iTOL، امکان افزودن داده‌های جانبی مانند ویژگی‌های فنوتیپی، اطلاعات متادیتا، یا رنگ‌گذاری انشعابات درخت است که به درک بهتر روابط بین گونه‌ها کمک می‌کند. همچنین این ابزار خروجی‌های گرافیکی با کیفیت بالا برای استفاده در مقالات علمی، ارائه‌ها و گزارش‌های پژوهشی کاربران را نیز فراهم می‌سازد.