Общество межатомного взаимодействия

Про стипендии Пока в МФТИ стартует приёмная кампания, мы решили собрать список стипендий и выплат, на которые могут претендовать студенты физтеха, плотно занимающиеся наукой. За последние полгода таких стипендий прибавилось, и речь не только о нашумевшей аспирантской в 75к/мес (по которой сегодня опубликовали результаты). С этого года, например, МФТИ планирует ввести минимальный базовый порог выплат для студентов, трудящихся на базовых кафедрах (30к/мес для магистров и 50к/мес для аспирантов – см. новость на сайте). Эпоха мытья пробирок в лабе за еду официально подходит к концу. Про остальное – в заметке. Фокус в первую очередь на магистрах и аспирантах, занимающихся естественнонаучными направлениями. Если забыли что-то полезное – пишите, добавим. https://telegra.ph/Stipendii-v-MFTI-06-17

Админ в конце апреля заехал в ИТМО провести цикл занятий по атомистическому моделированию. За последние годы это уже стало регулярной традицией. В корпусах на “пяти углах” как всегда стильно, модно и молодёжно. Будете рядом - обязательно проситесь в гости. На период сессии и каникул мы притихнем с образовательными мероприятиями, но если в вашем вузе/институте есть запрос на ДПО на стыке моделирования материалов и ML - пишите, может что-нибудь придумаем. Организуем воркшопы, свадьбы, корпоративы.

Мы немного замотались на прошлой неделе и не отметили результаты секции, а они очень даже были. Суммарно в четверг мы заслушали 21 доклад от участников из МФТИ, МИСиС, Skoltech, ИБХФ и ИХР. Для дебюта секции вполне солидно. Итак, призёры среди бакалавров: I) Иван Трофимов "Разработка методов машинного обучения для поиска сталей с оптимальными свойствами" II) Екатерина Спирандэ "Реализация алгоритма автоматического расчета термодинамических характеристик однокомпонентных материалов с применением машинно-обучаемых потенциалов" III) Ирина Ярышева "Построение фазовой диаграммы системы In-Au с учетом статистической погрешности" Лучший доклад секции: Луканов Михаил "Реализация алгоритма для атомистического моделирования высокоэнтропийных карбидов с использованием и без использования эквивариантных представлений" Сколько было кофе и еды в этот раз не считали, но голодным вроде бы никто не остался. Спасибо всем докладчикам и нашим оффлайн/онлайн-слушателям за участие! Ждем вас снова в следующем году.

В этот четверг 04.04 проводим заседание новой секции конференции МФТИ “Современные методы атомистического моделирования в науках о материалах”. Секцию открывает наш хэдлайнер: Андрей Дмитренко, PhD ETH Zurich, старший консультант по Data & AI в компании D ONE (Швейцария), со-руководитель центра ИИ в химии в ИТМО “Методы генеративного ИИ в применении к химии и материаловедению” (онлайн, начало 10:00) Место: Б.Хим. лабораторного корпуса (Институтский переулок, 9с2) Если вы хотите зайти в гости, но нет пропуска в МФТИ: напишите нам до 14:00 03.04 на computational.mipt@gmail.com Если вы хотите послушать выступления через зум (и задать вопросы): напишите нам до 23:59 03.04 на computational.mipt@gmail.com

А мы напоминаем, что завтра (01.03) последний день подачи докладов на конференцию МФТИ и, в частности, на секцию "Современных методов атомистического моделирования в науках о материалах". Помимо самих тезисов надо загрузить скан согласия на публикацию с подписями авторов, так что не откладывайте всё на последние минуты до полуночи.

Ежегодная конференции МФТИ всё ближе, и мы рады анонсировать новую секцию Cовременные методы атомистического моделирования в науках о материалах 04.04 (чт) – заседание в оффлайн режиме в кампусе МФТИ 06.04 (сб) – онлайн формат для тех, кто очень хочет выступить, но не может приехать в Долгопрудный В программе: ▪️разговоры про методы машинного обучения и атомистическое моделирование ▪️кофе/печеньки ▪️приятная компания А для поступающих в магистратуру/аспирантуру МФТИ выступление на конференции это еще и возможность набрать дополнительные баллы. Дедлайн подачи тезисов 01 марта. Регистрация по ссылке. По любым вопросам как обычно computational.mipt@gmail.com

Приглашаем студентов и аспирантов на онлайн-интенсив, посвященный методу молекулярной динамики и машинно-обучаемым потенциалам! Мероприятие будет состоять из двух частей: ▪️Онлайн-лекции и видеоматериалы с домашними заданиями. Формат асинхронный: вы получаете материалы и работаете в удобном темпе, мы консультируем и отвечаем на возникшие вопросы в чате. ▪️Практические занятия для закрепления материала под руководством наших менторов. Будем работать над конкретными мини-проектами в группах по 2-3 человека с регулярными созвонами. Менторов ограниченное количество, так что число мест лимитировано. Когда: 27.01-05.02 Регистрация на сайте до 19 января, подробности там же. По всем вопросам можно писать computational.mipt@gmail.com А за новостями следите в нашем тг-канале

Всем привет! К нашим проектам подключается всё больше людей из других подразделений МФТИ и внешних организаций, так что сегодня произошел небольшой ребрендинг. Не пугайтесь и не теряйтесь. А вместо дежурных новогодних поздравлений у нас для вас маленький подарок в анонсе ниже.

Про методы ML в атомистическом моделировании можно будет узнать много нового в эту среду в 17:00 на семинаре AIRI. Даже если вы уже слушали Александра на нашем воркшопе в сентябре - всё равно присоединяйтесь, тайминг в этот раз будет шире, плюс в программе дискуссия. Ссылка на пост с подробностями и регистрацией

[Q1, Journal of Molecular Liquids, IF=6.633] Пожинаем плоды 🎉 продолжительной работы по локальной структуре водного раствора 1-4 диоксана. В начале мы обнаружили, что не существует моделей, способных аккуратно описывать водные растворы органики. ML потенциалы пока отстают по производительности и имеют ряд методических проблем. Мы долго сопоставляли разные критерии водородных связей. Эта статья в первой версии просуществовала год. Потом мы напряглись и сильно ее доработали. Иван Бакулин разобрался с сеткой водородных связей. При добавлении диоксана она нарушается, что подтверждается экспериментальными данными по перколяции. Совместно с Ильей Копаничуком обосновали связь между энтальпией растворения и размерами кластеров молекул в растворе. Кстати, Grant Smith - автор модели, которая описывает этот раствор лучше всего 🥂🥂🥂 NK

В чт 23 ноября в Научном клубе ИБХФ ждем профессора молекулярной биологии Принстонского университета, заведующего лабораторией сигнальных механизмов Алексея Коренных. Докладчик будет оффлайн (равно как и чай с печеньками). В программе обзорный доклад про актуальные тренды в биологии и дискуссия на смежные темы. Время: 23.11 в 17:00 Место: актовый зал ИБХФ РАН Регистрация по ссылке до 12:00 23.11

А пока мы в агонии финализировали заявки на РНФ, Мария Алексеева и Наталья Касапенко поехали в Санкт-Петербург на Всероссийскую конференцию с международным участием «Современные проблемы науки о полимерах». Эта конференция проводится ежегодно Институтом высокомолекулярных соединений, на ней выступают признанные лидеры данной области. Для студентов и аспирантов есть возможность выступить как с постером, так и с устным докладом. Мария рассказывает работу по керогенам разной степени зрелости. Кстати, РНФ мы подали по этой теме. А в прошлом году Владимир Дещеня получил диплом этой конференции за лучший постер. А еще в Институте высокомолекулярных соединений работает сильная группа по атомистическому моделированию полимерных систем под руководством Сергея Владимировича Люлина. Виктор Назарычев летом рассказал нам, как установить AMBER MD. NK

А у нас отличные новости! Вышли две работы магистров Владимира Дещени и Вячеслава Лукьянчука. Как это было: Осенью 2022 админ выступал на крутой конференции по самоорганизации в "мягких" средах. За лучший доклад пригласили подать статью в Высокомолекулярные соединения - Серия С (один выпуск в год). В итоге с Владимиром Дещеней опубликован миниобзор по моделированию сахаров на временах порядка μs. Мы даже запустили AMBER для тестов производительности наших станций. А Вячеслав Лукьянчук (он еще и вычматы классно преподает) вместе с коллегами создал атомарную модель ДГАЛ-Cl - перспективного сорбента лития из подземных водных источников (на фото). История у работы интересная. Начальную структуру запрашивали у экспериментаторов. А совсем недавно побывали в Институте проблем геотермии в Дагестане. Там этот самый ДГАЛ-Cl применяется в прототипах установок для добычи лития. Оба журнала в списке лучших российских научных журналов. NK

Про доступ к публикациям Так как среди наших подписчиков много студентов, делимся лайфхаками того, как выкачивать публикации (если у института нет доступа) и даже извлекать из этого пользу. Иногда это может превратиться в творческий процесс! Вот список основных: - google scholar. Часто приводит ссылки на pdf статей на сайтах университетов, ResearchGate, Arxiv и проч. Из полезного - кнопка “Цитировать” даст вам ссылку в формате ГОСТ (привет, отчеты!), а также в bibtex - Sci-Hub и Nexus. Отправляйте боту чистый doi и получайте свежие статьи этого года - Sci Journal Club. По запросу коллеги выгрузят невыкачиваемое в течение часа-двух - Личное обращение. Тут можно как через Colab/ResearchGate, так и через почту. Особенно круто для нетворкинга, можно установить переписку с автором. Была у админа история, когда статью на немецком 90-х годов с данными пришлось запрашивать напрямую у учеников! основного автора. Не могу не поделиться шуткой юмора, кто-то узнает в ней себя NK

​​📣❗️ Дорогие коллеги, 19 октября 2023 года состоится очередное заседание Научного клуба ИБХФ РАН❗️ Приглашаются все желающие❗️ Заседание будет посвящено медицинской теме: Поможет ли изучение функциональных элементов генома совершить прорыв в понимании патогенеза заболеваний сердца преимущественно генетического происхождения❓ Перед участниками заседания выступят сразу два докладчика: ✅ Затейщиков Дмитрий Александрович - д.м.н., профессор, Заведующий первичным сосудистым отделением ГБУЗ «Городская клиническая больница №29 им. Н.Э. Баумана ДЗМ», Заведующий кафедрой терапии, кардиологии и функциональной диагностики с курсом нефрологии ФГБУ ДПО «Центральная государственная медицинская академия» УД Президента РФ и ✅ Иван Киселев, к.б.н., старший научный сотрудник лаб. функциональной геномики сердечно-сосудистых заболеваний НИИ экспериментальной кардиологии НМИЦК им. ак. Е.И. Чазова Для организации пропусков просим зарегистрироваться по ссылке ✍ или по QR коду из афиши Более подробная информация о докладчиках - здесь 📎 Объявление в формате pdf 📎 #ИБХФ #ИБХФРАН #научныйклубИБХФ #НаучныйКлубИБХФРАН

ИБХФ сейчас развивает очень правильную тему открытых научных семинаров с приглашенными внешними докладчиками. Спектр топиков достаточно обширный: в предыдущих сериях Денис Баранов рассказывал про свет, а Александр Шапеев про ML-потенциалы в молекулярной динамике. Так что если вечер четверга свободен и есть желание послушать про сердечко – регистрируйтесь по ссылке до 21:00 18.10. Трансляций нет, надо приходить ногами. Чай-печеньки прилагаются.

Очередной пост про соорганизаторов воркшопа посвящен команде LigandPro, которая занимается применением методов машинного обучения и молекулярного моделирования в задачах биохимии. На воркшопе вы могли познакомиться с генеральным директором компании Дмитрием Иванковым. С вопросами про фолдинг белков и драг-дизайн (и с благодарностями за вкусные кофе-брейки) – это к нему. А вопросы непосредственно про LigandPro можно задавать Татьяне Костюченко; если вы были на воркшопе, то скорее всего уже с ней знакомы)

Статьи в журналах с IF=10+ для нас уже давно стали регулярной практикой, но в этом году админ немного (правда совсем чуть, но было интересно) посоавторил в работе, вышедшей вчера в Chem (IF=23.5) Наши друзья из Weizmann Institute of Science создали хитрую химическую систему, в которой за счет автокатализа и фазовых расслоений образуются вложенные микрокапли. Если выражаться более академично -- hierarchical colloids. Т.е. нечто напоминающее клетку с органеллами, но на основе нетипичных для биологии компонентов. Молекулярной динамике и численному моделированию там тоже нашлось место. Логотип канала, кстати, был сгенерирован как раз в первые дни работы над этой темой.

А сейчас будет несколько постов о соорганизаторах недавнего воркшопа, чтобы вы не теряли их из виду С нами был Центр компьютерного моделирования неорганических и композитных наноразмерных материалов ИБХФ РАН в лице его руководителя Дмитрия Квашнина. С вопросами, как опубликоваться в Science - это к нему. Сотрудники центра преподают на кафедре химической физики функциональных материалов (МФТИ/ИНЭОС). Зав.каф. там, кстати, ведет интересный канал про химию в кулинарии. Более подробная информация о Центре по ссылке

Водородная связь - одно из важнейших межмолекулярных взаимодействий, определяющее физические и химические свойства вещества. Например, длина водородных связей между молекулами воды и сахара определяет сладость, это важно в пищевой промышленности. Добавление в воду молекул растворителя может нарушать сетку водородных связей. Приглашаем всех на семинар, Иван Бакулин выступит с докладом Методы структурного анализа на примере водного раствора диоксана На семинаре будут рассмотрены следующие темы - Геометрические критерии водородных связей - Перколяция сети водородных связей - Анализ кластеров молекул в растворе Время: 21.09 (четверг) 17:00 Место: 107, Корпус Био, 1 этаж Ссылка на трансляцию #семинары