Genomics UA

Відкрита дослідницька позиція з квантової біоінформатики для аспірантів, випускників та магістрантів Команда з КАУ шукає мотивованих постдоків, аспірантів або магістрантів для участі в проекті з проектування та розробки квантових алгоритмів для вирішення біоінформатичних проблем, наприклад, співставлення послідовностей ДНК, вирівнювання послідовностей і тому подібних. На цій посаді ви будете працювати з літературою, аналізувати існуючі схеми, пропонувати вдосконалення, розробляти прототипи алгоритмів на обраній вами мові та комунікувати з командою. Передумови: - знання основних класичних алгоритмів та їх складності; бажано знайомство з динамічним програмуванням - вміння програмувати хоча б однією з мов програмування (бажано Python) - знання лінійної алгебри, основ квантових обчислень (кубіти, квантові вентилі, тензорні добутки) - технічна англійська мова Залучення може бути як на повний, так і неповний робочий день. Ми очікуємо, що проект триватиме 1 рік з подальшими можливостями для досліджень. Ми пропонуємо досвід, підтримку та гідну компенсацію. Будь ласка, надсилайте своє резюме на адресу: Данило Якименко, [email protected], КАУ, ІМ НАНУ Аліна Фролова, [email protected], КАУ, ІМБГ НАНУ

🧬 Запрошуємо на нашу наступну зустріч Журнального клубу Геноміки ЮА! Ми обговоримо нещодавно анонсований інструмент від Google DeepMind AlphaMissense [https://www.science.org/doi/10.1126/science.adg7492].

✍️ Стаття розкриває новітній підхід до передбачення патогенності міссенс-мутацій у всьому протеомі людини. Цей інноваційний підхід базується на прогресі у галузі машинного навчання, навчання на мовних моделях білків та використання структурного контексту з моделей AlphaFold. Результати AlphaMissense вже показали високу точність у клінічних анотаціях, варіантах захворювань та експериментальних випробуваннях.

-- Марина Коршевнюк, організаторка зустрічі ⌛️ Коли: 24 листопада 2023, 19:00 (Київ) / 18:00 (CET) / 12PM (EST) 📍 Де: https://us02web.zoom.us/j/81857634532?pwd=Tm5zT0dBREpWRnI2NEdOTjM1aGwydz09 🔬 Тема обговорення: * Використання AlphaMissense для ідентифікації патогенних міссенс-мутацій. * Перспективи використання AlphaMissense в молекулярній біології та генетиці. Запрошуємо всіх зацікавлених учасників продивитися статтю, приєднатися до нашого обговорення та ділитися своїми ідеями та думками!

Починається останній тиждень нашого курсу, де учасники будуть презентувати результати аналізу даних секвенування РНК. Як того набору даних, який ми аналізували разом, так і тих, що відібрали учасники самостійно. Ми переконані, що ці навички допоможуть у пошуку роботи й для наукових проєктів. Разом з тим, ми відкрили доступ до платформи тестування, і перший учасник вже отримав сертифікат. Вітаємо Святослава! За останній місяць ми переробили сайт і перенесли його на окремий сервер, а разом з тим впровадили GenomicsID. Це - єдиний логін на наші чинні та майбутні сервіси, які ми будемо додавати та розробляти. Наразі це ними є пошта на @genomics.org.ua та платформа для тестування. Якщо раптом комусь з учасників спільноти потрібна така адреса пошти для професійних цілей, можемо надати доступ в обмін на пожертву фонду "Повернись живим". За бажанням, відправляйте скриншот свіжого донату разом зі своїм ім'ям на [email protected]

Колеги рекрутують, ділимося цікавою вакансією. Нумо відправляти CV 📄 Шукаємо в команду для проведення спільного українсько-швейцарського грантового проєкту в галузі ревматології на тему: «IDENTIFICATION OF MOLECULAR TARGETS FOR THERAPY IN EARLY SYSTEMIC SCLEROSIS - THE ROLE OF ADHESION MOLECULES» біоінформатика/біоінформатикиню. 📌Робота – part-time, remote + можливість співпраці з колегами із Центру експериментальної ревматології міста Цюриха. ✍️Виконання проєкту заплановано на жовтень 2024- жовтень 2027 рр. ‼️Вимоги: 1. досвід роботи з R програмування та Python для scRNA-seq, CITE-seq data analysis та proteomics analysis; 2. вільне володіння англійською та українською мовами; 3. наявність публікацій цитованих у Scopus журналах. Якщо Ви бажаєте приєднатися до нашої команди, надсилайте своє резюме на електронну адресу [email protected].

Вітаємо, друзі. Хочемо поділитися новиною. Марина Коршевнюк з команди Геноміки, яка, окрім іншого, ініціювала школу з single-cell RNA sequencing, заснувала стартап з персоналізованої медицини Apixmed і хоче найняти фахівця на позицію Research Manager (part-time, remote). Ми думаємо, що в нашій спільноті є багато людей, яким це було б цікаво. Подивитися на опис вакансії можна ось тут: https://docs.google.com/document/d/1d2Y5dzuQ4b7M8JtlCgTRPlRrsZ6YDbEiHEf_cRmAir0/edit. Також там є контакт для надсилання резюме та/або запитань.

Сьогодні перший день курсу з РНК-секвенування, під час реєстрації на який спільнота Геноміки зібрала 36797.64 грн для БФ "Повернись живим"! Ми вирішили перевести фонду цю частину вже сьогодні, щоб ці кошти працювали на нашу перемогу. Але залишаємо активною банку: https://send.monobank.ua/jar/6aaDHfuuG8 Якщо вам особливо сподобалася певна зустріч під час п'яти тижнів курсу - ви знаєте, куди перевести свої декілька гривень ;). Те, що нам разом вдасться добрати, переведемо наприкінці курсу.

Всім привіт! 1) Ми вже додали відео вчорашньої практичної зустрічі. Подивитися її можна ось тут: https://youtu.be/ET01eAXm1tE 2) Декілька людей написали, що не отримали листа щодо курсу з аналізу даних РНК секвенування. Якщо ви реєструвалися, то були включені у розсилку 19-го вересня, але Gmail іноді ховає розсилки у спам. Якщо листа все ж нема, то напишіть @xander_petrenko і ми це виправимо. З учасниками курсу ми побачимося вже 26-го вересня!

R - база! 📊 Багато зареєстрованих на курс з аналізу секвенування РНК ніколи не працювали із R. Тож ми приготували практичну зустріч, щоб вам допомогти. На воркшопі ви побачите та спробуєте наступне: ➕ Навігація в Rstudio ➕ Корисні стартові команди ➕ Синтаксис R, типи та структури даних ➕ Зберігання та завантаження файлів ➕ Прості маніпуляції із даними ➕ Петлі та галуження коду, написання функцій ➕ Створення графічного відображення даних ➕ Робота із пакетом tidyverse Коли: 23 вересня 2023, о 19:00 (Київ) / 18:00 (CET) Де: Zoom Для участі необхідно попередньо встановити R та Rstudio. Ми рекомендуємо це зробити за зразком цього відео. Якщо ви маєте операційну систему відмінну від Windows, встановлюйте файли із назвою вашої операційної системи. Додати до Google календаря | iCal файл

❤️ Вже маємо 186 реєстрацій на курс та 31 567 грн у банці від спільноти Геноміки, які будуть переведені до БФ "Повернись живим"! Зареєструватися на курс можливо до завтра, 12 вересня, 23:59 за Київським часом. Після завершення реєстрації, ми розішлемо листи з деталями про участь. Також ми побачили, що значній кількості учасників було б корисним розібратися в основах R перед початком курсу. Для цього команда Геноміки зробить відкриту зустріч перед початком курсу, щоб разом з новачками встановити R/Rstudio, необхідні пакети та показати використання функцій, які будуть корисними для участі в курсі. Залишайтеся на зв'язку, анонс буде на цьому каналі.

Привіт, спільното! Як ваші РНК? 👩‍🔬👨‍🔬 Команда Геноміки організовує практичний курс з аналізу даних секвенування РНК і запрошує учасників. Разом ми пройдемо основні етапи аналізу на прикладі опублікованих даних з оглядом на кращі практики, що стане у пригоді учасникам як для наукової роботи, так і для початку роботи в індустрії. Цільова аудиторія курсу — студенти та дослідники, якім цікаво навчитися аналізу РНК-секвенування, або які мають трохи навичок і хотіли б їх структурувати. Деталі: > Курс проходитиме з 26.09 по 30.10, зустрічі заплановані два рази на тиждень. > Разом з відповідним інструктором, учасники будуть аналізувати дані відповідно до теми тижня, щоб презентувати результати наприкінці курсу. Для більш просунутих учасників, буде змога самостійно обрати набір опублікованих даних. > За проходження тестування та презентацію аналізу учасники отримають сертифікат. > Кількість місць лімітована, щоб зберегти інтерактив в роботі. Ми збалансуємо групу, але найбільший шанс потрапити буде в тих, хто зареєструється першими. > Цей курс розроблений pro bono і не має фіксованої ціни за участь. Учасники за бажанням можуть поповнити нашу банку (деталі у формі та на сайті), наприкінці курсу уся сума буде переведена у БФ "Повернись живим" від імені спільноти Геноміки. Більше деталей: genomics.org.ua/rnaseq Форма реєстрації: https://forms.gle/m3yTaRVQ19DYbH3m7 Поповнити банку курсу: https://send.monobank.ua/jar/6aaDHfuuG8