Конспекты Юджина 📗

Каждую неделю я выписываю интересные публикации в журналах с высоким импакт-фактором себе в заметки. Обычно получается сборник более 100 материалов за неделю, многие из которых могут быть интересны для прочтения. Первая неделя декабря. Более 150 англоязычных публикаций: https://telegra.ph/Nauchnye-publikacii-za-1-nedelyu-dekabrya-2021-291121051221-12-14 Вторая неделя декабря. Около 100 англоязычных публикаций: https://telegra.ph/Nauchnye-publikacii-za-2-nedelyu-dekabrya-2021-061121121221-12-14 Сказать спасибо: 5536 9138 3126 6560

У меня есть паблик в ВК, куда публикуется примерно всё то же, что и сюда. А недавно я создал для ещё один дополнлительный паблик в ВК, куда публикую всё то, что не входит в основной паблик и в канал в телелеграме. Например, краткие заметки по исследованиям, которые читал, cборники исследований на английском, иллюстрации для материалов, которые ещё не вышли. (Дополнительные пояснение, зачем я создал ещё один паблик, если можно было бы публиковать всё в один. Если не интересно, можете пропускать и переходить к следующему абзацу. Причины две. Во-первых, алгоритмы ВК занижают просмотры тех записей, которые содержат ссылки на внешние источники. Во-вторых, если в паблик ВК публиковать не только наиболее резонансный контент, а и многое другое, то наиболее резонансный контент будет получать меньше просмотров. В телеграме таких алгоритмов нет, он более удобен. Например, можно ставить сколько угодно внешних ссылок и просмотры записи не понизятся.) Мне предложили для телеграма тоже создать такой отдельный канал. Но алгоритмы телеграма работают иначе, чем в ВК. Здесь нет надобности в таком разделении. Всё можно публиковать в один канал. И наиболее резонансный контент, и что-то менее популярное, что может кому-то пригодиться. Мне важно ваше мнение: будет ли вам удобно, если я начну публиковать в основной телеграм-канал много дополнительных материалов? Например, оформленные нами иллюстрации или сборники исследований на английском.

Подтверждены ещё два рецептора кроме ACE2, которые SARS-СoV-2 может использовать для захвата клеток: ASGR1 и KREMEN1 SARS-СoV-2 использует ACE2 в качестве основного рецептора для захвата наших клеток. Однако вирус может эффективно инфицировать не только клетки в верхних и нижних дыхательных путях, но и в сердце, печени, почках и желудочно-кишечного тракте. Помимо клеток органов SARS-СoV-2 может поражать некоторые иммунные клетки и нейроны в мозгу. Не у всех из этих клеток есть рецептор ACE2. Поэтому стоит ожидать, что есть другие мишени, используемые вирусом в качестве альтернативных или вспомогательных рецепторов, или корецепторов для прикрепления. Ещё в 2020 году было предложено несколько таких рецепторов в качестве кандидатов для присоединения SARS-СoV-2 [1]. Теперь же мы получили подтверждение двух из таких рецепторов ASGR1 и KREMEN1. Были изучены клеточные линии из лёгких и печени, которые не содержали ACE2, но содержали ASGR1 или KREMEM1. Результаты Спайковый белок (S) можно поделить на субъединицы S1 и S2. В свою очередь S1 можно разделить на N-концевой домен (NTD) и рецептор-связывающий домен (RBD). — RBD может взаимодействовать с рецепторами ACE2, ASGR1 и KREMEN1. — NTD может связываться с ASGR1 и KREMEN1. — S2 может связываться с KREMEN1. Автор текста: Евгений Недильский. Оформление и перевод иллюстраций: Александр Митряшкин. Сказать спасибо: 5536 9138 3126 6560 Источники: 1. https://www.nature.com/articles/s41422-021-00603-9 (13.21.21, обзор на исследование, источник иллюстрации 1) 2. https://www.nature.com/articles/s41422-021-00595-6 (основное исследование) 3. https://www.cell.com/trends/biochemical-sciences/full.. (потенциальные рецепторы, с которыми может связываться SARS-СoV-2, источник иллюстрации 2).

Важность ревакцинации на примере Израиля: третья доза Pfizer снижает шансы заразиться COVID-19 в 7 раз в ближайшие 2 месяца Израиль занимал лидирующие места в мире по проценту вакцинированного населения с самого начала распространения вакцин от COVID-19. Ещё весной 2021 года стали заметны преимущества большой доли вакцинированных в стране. Количество новых заражений стало резко падать (о чём я писал в апреле 2021 года [1]). И в конце концов новых случаев заражения COVID-19 в Израиле стало очень-очень мало. Затем по миру распространился куда более «злой» дельта-штамм. Если в прошлом 1 заражённый человек в среднем передавал вирус 2–3 людям, то сейчас 1 человек стал заражать 3–8 людей [2], что очень много по сравнению с «простудными» вирусами или гриппом. Дельта «пробивал» иммунитет переболевших и вакцинированных гораздо чаще, чем предыдущие варианты SARS-СoV-2. Эффективность вакцины Pfizer против симптоматической COVID-19, которую применяли в Израиле, сильно упала. Большинство вакцинированных по-прежнему были защищены от тяжёлой COVID-19 и летального исхода, но количество новых заражений в стране сильно возросло (иллюстрация 2). Этим стали пользоваться люди, настроенные против вакцин, создавая уйму дезинформации. Вскоре Израиль стал первой страной в мире, начавшей массово применять третью дозу вакцины среди пожилых людей [3]. А c 1 августа третьи дозы стали применяться для широких слоёв населения [6]. Количество новых заражений COVID-19 стало уменьшаться. Начали появляться статистические данные и препринты, показывающие эффективность ревакцинации в Израиле. Затем появились исследования в NEJM [4] и в The Lancet [5], показывающее эффективность третьей дозы Pfizer уже в первые недели после вакцинации (иллюстрация 3). А совсем недавно, 30 ноября, опубликовано исследование в авторитетном журнале JAMA Internal Medicine, показывающее эффективность ревакцинации в течение двух месяцев после третьей дозы Pfizer [6]. Разберём его результаты... — Выборка: 306.710 человек в возрасте 40 лет и старше. — Время: с 1 августа 2021 года по 4 октября 2021 года. Результаты Шанс заразиться COVID-19 через определенное количество дней после третьей дозы по сравнению с привитыми двумя дозами: — 0–6 дней: на 12% меньше. — 7–13 дней: в ~2,5 раз (на 58%) меньше. — 14–27 дней: в ~6,7 раз (на 85%) меньше. — 28–65 дней: в ~7,1 раз (на 86%) меньше. Особенно актуальна ревакцинация в свете начавшего распространяться омикрон-варианта SARS-CoV-2, поскольку новый вариант, скорее всего, пробивает иммунитет ещё лучше, чем дельта-штамм. Пока не обновят вакцины, третья доза вакцины — это лучший вариант минимизировать риски в краткосрочной перспективе [7]. При ревакцинации мы делаем упор в первую очередь на защиту от тяжёлого течения и летальных исходов. Источники: 1. https://t.me/covid19_docmed/227 2. https://academic.oup.com/jtm/article/28/7/taab124/6346388 3. https://www.nature.com/articles/s41591-021-01560-x 4. https://www.nejm.org/doi/10.1056/NEJMoa2114255 5. https://www.thelancet.com/journals/lancet/article/PIIS0140-6736(21)02249-2/fulltext 6. https://jamanetwork.com/journals/jamainternalmedicine/fullarticle/2786890 (основное исследование) 7. https://www.nature.com/articles/d41586-021-03592-2 (про омикрон и третью дозу вакцины) Автор текста: Евгений Недильский. Оформление и перевод иллюстраций: Александр Митряшкин, Игорь Раев. Сказать спасибо: 5536 9138 3126 6560: 5536 9138 3126 6560

Прикрепляю все оформленные иллюстрации в высоком разрешении.

Сравнение 7 вакцин для ревакцинации от COVID-19: уровень антител и Т-клеток после третьей дозы сильно зависит от выбранной вакцины Какую вакцину использовать в качестве третьей дозы? Наконец вышли результаты качественного РКИ в журнале The Lancet, где изучили 7 различных вакцин [1, 2]. Причём изучали как уровень антител, так и уровень Т-клеток. И даже сравнили реакцию уровня антител и Т-клеток против дикого SARS-СoV-2 и против дельта-штамма. Очень рад видеть такие результаты, перейдем к их разбору... Сперва расскажу, какие вакцины сравнивали. Затем разберу, какую вакцину выбрать в качестве третьей дозы, если: — привились двумя дозами векторной вакциной. — привились двумя дозами вакцин на основе мРНК. Читать: https://telegra.ph/Revakcinaciya-ot-COVID-19-uroven-antitel-i-T-kletok-posle-tretej-dozy-silno-zavisit-ot-vybrannoj-vakciny-12-07 Автор текста: Евгений Недильский. Оформление и перевод иллюстраций: Александр Митряшкин. Поблагодарить за подробный разбор темы: 5536 9138 3126 6560

Ревакцинация от COVID-19: уровень антител и Т-клеток после третьей дозы сильно зависит от выбранной вакцины Какую вакцину использовать в качестве третьей дозы? Наконец вышли результаты качественного РКИ в журнале The Lancet, где изучили 7 различных вакцин [1, 2]. Причём изучали как уровень антител, так и уровень Т-клеток. И даже сравнили реакцию уровня антител и Т-клеток против дикого SARS-СoV-2 и против дельта-штамма. Очень рад видеть такие результаты, перейдем к их разбору... Сперва расскажу, какие вакцины сравнивали. Затем разберу, какую вакцину выбрать в качестве третьей дозы, если: — привились двумя дозами векторной вакциной. — привились двумя дозами вакцин на основе мРНК. Читать: https://telegra.ph/Revakcinaciya-ot-COVID-19-uroven-antitel-i-T-kletok-posle-tretej-dozy-silno-zavisit-ot-vybrannoj-vakciny-12-07 Автор текста: Евгений Недильский. Оформление и перевод иллюстраций: Александр Митряшкин. Поблагодарить за подробный разбор темы: 5536 9138 3126 6560

Как сильно вакцины от COVID-19 снижают риск постковидного синдрома? Вакцины снижают риск постковидного синдрома в первую очередь понижая риск заражения COVID-19. Чем меньше риск переболеть коронавирусной инфекцией, тем меньше риск испытать симптомы постковидного синдрома. Но в данном случае мы сравним частоту симптомов постковидного синдрома среди уже заразившихся вакцинированных и заразившихся невакцинированных. Содержание 1. Как часто возникают серьёзные симптомы постковидного синдрома? 2. Из-за чего возникает постковидный синдром? 3. Как вакцина может снижать симптомы постковидного синдрома? 4. Исследования: снижение риска постковидного синдрома. 5. Опрос: снижение симптомов постковидного синдрома уже после их появления. 6. Как примерно рассчитывать риски постковидного синдрома? 7. Резюме. Читать: https://telegra.ph/Kak-silno-vakciny-ot-COVID-19-snizhayut-risk-postkovidnogo-sindroma-12-05 Автор: Евгений Недильский. Корректор: Яна Домбровская, Яна Орешек. Поблагодарить за работу: 5536 9138 3126 6560

Как и где мог возникнуть «странный» вариант SARS-CoV-2 — омикрон? Дополнение к предыдущему сборнику про Омикрон на основе вышедшей менее суток назад новости в журнале Science [1]. Происхождение омикрона — большая загадка. Его последний известный предок мог возникнуть ещё в конце 2020 года. Омикрон — не потомок альфа, дельта и многих других вариантов. Он развивался скрытно вдалеке от остальных вариантов, и мы пока не нашли его промежуточных звеньев. Читать: https://telegra.ph/Kak-i-gde-mog-vozniknut-strannyj-variant-SARS-CoV-2--omikron-12-02 Авторы: Евгений Недильский. Поблагодарить за работу: 5536 9138 3126 6560

Омикрон — что сейчас известно про новый вариант SARS-CoV-2? [сборник] Сперва расскажу про хронологию событий. После чего разберу ответы на важные вопросы. 1. Какие мутации включает и на что они влияют? 2. Как с помощью тестов на основе ПЦР определить омикрон? 3. Насколько эффективно передаётся и как быстро распространится по миру? 4. Повышает ли риск повторного заражения? 5. Влияет ли на тяжесть инфекции? 6. Влияет ли на эффективность вакцин от COVID-19? 7. Как скоро появятся данные из лабораторий и исследований? https://telegra.ph/Omikron--chto-sejchas-izvestno-pro-novyj-variant-SARS-CoV-2-sbornik-12-02 Авторы: Евгений Недильский, Александр Митряшкин. Корректор: Яна Домбровская. Поблагодарить за подробный разбор темы: 5536 9138 3126 6560

[ <<< часть 2 ] III. При дельта-штамме привитые чаще непривитых заражаются COVID-19? Разберу миф на простом примере. У нас есть 100 человек: 10 невакцинированных и 90 вакцинированных. — Из 10 невакцинированных заразились 5 человек (50%). — Из 90 вакцинированных заразились 9 человек (10%). Всего заразилось 14 человек, среди них только 36% (5 человек) — невакцинированные, остальные 2/3 — вакцинированные. — Что говорят люди, настроенные против вакцин: «две трети заражённых вакцинированные! Вакцины не работают и вредны!» — Что происходит на самом деле: «вакцинированные заражаются в 5 раз реже (50%/10%), чем невакцинированные». Пример частично схож с реальным. В Уэльсе (Великобритания) были вакцинированы ~95% человек старше 60 лет и 84% — младше 60 лет. При этом в общих цифрах только чуть больше трети из заражённых COVID-19 были непривитыми. Эта новость тут же была подхвачена людьми, настроенными против прививок, в качестве серьёзного аргумента против вакцинации. Подвох в том, что новость ещё раз продемонстрировала важность вакцинации. Ведь при пересчёте на единицу населения мы видим диаграмму, показывающую, что вакцинированные заражались гораздо реже, чем невакцинированные [5]. *** — Автор текста: Евгений Недильский. — Оформитель и переводчик иллюстраций: Александр Митряшкин. Поблагодарить за подробный разбор: 5536 9138 3126 6560 Источники. 1. https://www.clinicalmicrobiologyandinfection.com/article/S1198-743X(21)00639-X/fulltext (https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1198743X2100639X) 2. https://www.nature.com/articles/s41591-021-01583-4 3. https://www.nejm.org/doi/full/10.1056/nejmoa2108891 4. https://www.science.org/content/article/russia-s-sputnik-v-protects-against-severe-covid-19-delta-variant-study-shows 5. https://www.bbc.com/news/uk-wales-58680204

[ <<< часть 1 ] I. Сравнение эффективности пяти вакцин от COVID-19 в Венгрии [1]. — Вакцины: две на основе мРНК (Moderna и Pfizer), две векторные (Sputnik V и AstraZeneca) и одна инактивированная (Sinopharm). — Выборка: 3.740.066 человек. * Все люди в выборке получили две дозы вакцины. * Люди в возрасте от 16 лет до 65 лет прививались одной из пяти вакцин. * Люди старше 65 лет прививались только одной из двух вакцин — Pfizer или Sinopharm. — Время: с 22 января по 10 июня 2021 года. Результаты Эффективность в предотвращении заражения SARS-CoV-2: — Moderna: 88,7%; — Sputnik V: 85,7%; — Pfizer: 83,3%; — AstraZeneca: 71,5%; — Sinopharm: 68,7%. Эффективность в предотвращении смерти от COVID-19: — Sputnik V: 97,5%; — Moderna: 93,6%; — Pfizer: 90,6%; — AstraZeneca: 88,3%; — Sinopharm: 87,8%. *** II. Эффективность вакцин от COVID-19 после распространения дельта-штамма SARS-СoV-2. Сперва возьмём свежую публикацию за 2 ноября с исследованием в реальных (не клинических) условиях, проведённом в Катаре [2]. Эффективность в предотвращении заражения или симптоматической COVID-19: — Moderna: 73,1%; — Pfizer: 51,9%. Эффективность в предотвращении тяжёлой COVID-19 или смерти: — Moderna: 96,1%; — Pfizer: 93,4%. Я выбрал публикацию, где эффективность защиты против заражения против COVID-19 сильно упала. В некоторых других выборках эффективность против симптоматической COVID-19 падает не всегда столь сильно [3]. Но даже на этом примере из Катара мы видим, что эффективность против тяжёлого течения и смерти после распространения дельта-штамма остаётся на высоком уровне. Теперь возьмём исследование Spuntik V и посмотрим эффективность вакцины после распространения дельта-штамма [4]. — Против симптоматической COVID-19: могла снизиться до ~50% (как и у Pfizer); — Против госпитализации при COVID-19: 81%. Опять же видим похожую картину. Эффективность против заражения значительно уменьшилась. Но эффективность против осложнений при COVID-19 высока. Иначе говоря, Sputnik V, Moderna и Pfizer после распространения дельта-штамма остались одними из наиболее эффективных вакцин против COVID-19. [ часть 3 >>> ]

Сравнение эффективности вакцин Sputnik V, Moderna, Pfizer, AstraZeneca и Sinopharm в стране Евросоюза — Венгрии Свежая публикация по исследованию в Венгрии [1] уже разбиралась в нескольких источниках. Чтобы не повторяться, включу в разбор важные составляющие, которые обычно не упоминались в других разборах публикации. 1. Мы перевели и оформили визуальные данные из публикации: иллюстрацию с диаграммой и две больших подробных таблицы с результатами эффективности вакцин. 2. Важный момент, который до меня не упомянули в анализе исследования из Венгрии — оно проводилось до распространения дельта-штамма. Эффективность вакцин оценивалась против альфа-штамма. 3. Разберу, как изменилась эффективность вакцин после появления дельта-штамма. 4. Расскажу, как люди, настроенные против вакцин, манипулируют статистикой во время распространения дельта-штамма. Разберу популярный миф. [ часть 2, разбор >>> ]