Земля без соли

Так много вопросов, что даже не знаю, что и спросить. https://t.me/biomsuabiturient/778 Я бы очень хотел узнать, чем же это так воняет у ботанического сада МГУ в той части, которая примыкает к Университетскому проспекту. Мне поначалу казалось, что это похоже на дохлятину, но временами я различал нотки тухлого сыра и кукурузного силоса. Запах этот держался там как минимум пару лет, а может и сейчас там тоже воняет. Я даже хотел написать в администрацию ботсада, не пожаловаться, а вот чисто поинтересоваться, что у них там такое происходит, но все руки не дошли. А что бы вы хотели спросить?

Складывается впечатление, что разработка оружия массового поражения это одно из благородных дел, какими в то время можно было заниматься. Недаром этим занимались самые умные и самые талантливые люди страны.

Дочитываю сейчас первую часть книжки Б. Чертока «Ракеты и люди», и хочу сказать, что хотел бы ее всем порекомендовать. Это про историю создания советских ракет, в том числе носителей боеголовок и управляемых зенитных ракет. В первом приближении книжку можно читать как сборник охуительных историй от человека, который был непосредственным наблюдателем и участником всех этих событий. Но еще там много говорится о том, как были организованы работы, хотя тут я многое не улавливаю. Ракеты это очень сложные устройства, и их разработка и производство требуют скоординированного действия очень многих отделов. Если попытаться охватить взглядом весь набор задач, которые нужно решить, то кажется, что ракету вообще невозможно построить. Все еще осложняется тем, что у разных людей свои представления о прекрасном, и между конструкторами была страшная грызня. В общем, есть о чем подумать, есть чему поучиться.

Ничего в этом не смыслю, но вот на днях вышла работа в Cell, где мышей обкалывали псилоцибином и при помощи модифицированного вируса бешенства отслеживали изменения в коннективности (даже не знаю, как это нормально на русский перевести - связности?) нейронов в некоторых зонах мышиных мозгов. Понятия не имею, что все это означает, но в общем что-то там у мышей в мозгах меняется, ну вот в Cell опубликовали. https://www.cell.com/cell/fulltext/S0092-8674(25)01305-4 На методы было занятно посмотреть, раз уж в теме статьи я ничего не понимаю. Узнал вот, например, что есть система, активирующая рекомбиназу Cre за счет транслокации в ядро клетки (CreER). В этой системе рекомбиназа Cre слита с вариантом эстрогенового рецептора, который не связывает родной лиганд, зато связывает синтетический (4-гидрокситамоксифен, метаболит тамоксифена). В обычном состоянии такой белок локализован в цитоплазме, но, если в клетку попадает 4-гидрокситамоксифен, то белок транслоцируется в ядро, и там уже проявляет свою активность: https://www.pnas.org/doi/pdf/10.1073/pnas.94.26.14559 Еще в этой работе использовали методы т. н. хемогенетики; в общем, как я понял, можно подобрать вариант рецептора, который при связывании с лигандом будет либо активировать, либо тормозить нейроны, и подобрать лиганд, который в рабочих концентрациях будет действовать в основном на эти варианты рецепторов. Тут использовали систему с вариантами рецепторов, которые связывают десметилклозапин (пишут, что в отношении других рецепторов он существенно слабее клозапина). https://www.nature.com/articles/s41593-020-0661-3 #читаювсякоеговно

Кто-нибудь может вытащить PDF и скинуть мне в ЛС? С меня, как обычно, только благодарность. Обещаю никому не шерить. https://www.cell.com/cell-metabolism/abstract/S1550-4131(25)00387-0 Это что-то про функции сигнального белка GDF15, который вроде как связан с тем, что беременных женщин тошнит, и от этого они блюют (писал про это): https://t.me/eternalblizzard/509

Колпак в самом деле хороший: https://t.me/yourPCRru/67 Мы в какой-то момент лишились нашего гельдока, и этот колпак, еще в виде прототипа, очень нам помог. Если поиграться с выдержкой, то можно получать картинки, которые и в статью вставить не стыдно (точнее, может быть стыдно, но не по причине качества изображения).

Есть и такой момент https://www.biorxiv.org/content/10.64898/2026.01.21.700813v1

А неделю назад вышла работа, в которой описали еще одну CRISPR-Cas систему, которая тоже распознает и связывает РНК, но расщепляет не распознанную РНК, а клеточные тРНК (откусывает CCA хвосты): https://www.nature.com/articles/s41586-025-09852-9 Это эффектор V типа, Cas12a3, белок из совершенно другой группы, нежели Cas13, гомолог TnpB из инсерционных последовательностей. Поразительно, конечно, насколько эти белки пластичные. Они несколько десятков раз независимо становились эффекторами CRISPR-Cas систем, а кто-то потом специализировался еще дальше (например, в регуляторные факторы — репрессоры или активаторы транскрипции). С другой стороны, транспозазы это вообще самые распространенные гены (если считать по числу копий) на Земле, есть из чего эволюционировать.

Что есть хорошего в жизни Когда-то давно, еще пять лет назад, мы определили, что активированный эффектор LshCas13a (т. е. белок, заряженный гидовой РНК в комплексе с РНК-мишенью) in vivo расщепляет не саму мишень, а клеточные тРНК внутри антикодоновой петли: https://t.me/eternalblizzard/643 Каким-то образом это приводит к ингибированию синтеза белка в клетке (не очень понятно, почему так происходит, потому что половина или больше молекул тРНК все-таки остается нерасщепленными). Это еще противоречило результатам лаборатории Марраффини — у них выходило, что Cas13a при таргетировании фаговых транскриптов неспецифически расщепляет и фаговые, и клеточные транскрипты (у них, правда, был другой ортолог, LseCas13a). В общем, результаты у нас были интересные, но роль расщепления тРНК в иммунном ответе была непонятной, и это не очень хорошо складывалось с предыдущими исследованиями, в которых утверждалось, что коллатеральная активность Cas13 нуклеаз неспецифическая по отношению к РНК. В начале декабря вышла работа (пока опубликован препринт) из Австралии, и там они тоже обнаружили, что активированные Cas13 расщепляют тРНК. Они протестировали несколько гомологов — LbuCas13a и RfxCas13d вносят раскус в антикодоновую петлю, а LbaCas13a (но вот его они не исследовали подробно) откусывает от тРНК CCA хвост. А еще они сделали кучу cryo-EM структур, в том числе структуру комплекса LbuCas13a c направляющей РНК + РНК мишени + фрагмент тРНК, имитирующий стебелек с антикодоновой петлей (чтобы фермент его не расщепил, использовались синтетические РНК, где в местах раскуса были внедрены модифицированные нуклеотиды без 2'-гидроксилов). В общем, насколько я понял, в активированном Cas13 формируется ложбинка, которая вот точно по форме подходит под тРНК. Вооружившись такими знаниями, они смогли получить варианты LbuCas13a со сниженной специфичностью коллатеральной активности по отношению к транскриптам, и варианты с активностью, превышающей природную. В общем, здорово, что не только мы одни это увидели. Есть еще один интересный момент — у разных гомологов Cas13 разная специфичность по отношению к расщепляемым тРНК. Они это объясняют тем, что, согласно их структурным данным, высокая специфичность к субстрату (конкретной тРНК) идет рука об руку с высокой активностью (скоростью расщепления субстрата). Фаги, в свою очередь, могут избегать иммунного ответа за счет того, что кодируют нерасщепляемые варианты тРНК или системы репарации тРНК (может такое быть) — и тогда отбор обеспечивает разнообразие. https://www.biorxiv.org/content/10.64898/2025.12.03.690598v1

Рассказ об этой истории я помню довольно хорошо. Мы тогда с уважаемым профессором (тогда еще не профессором) Д. Ю. Травиным шли зимой, кажется, от Таганской до какой-то другой станции метро, и я слушал эту историю. Прикинь, говорит, в этих кластерах есть варианты аминоацил-тРНК-синтаз - и вот это уже просто так совпадением быть не может. Охуеть, думаю я, и почему только я этими вещами не занимаюсь, как так жизнь вот сложилась. А потом Д. Ю. Травин говорит - пойдем я покажу тебе икону Богородицы с тремя руками, ну и показал. https://t.me/chicagobird/789

Да, вот это истории! https://t.me/chicagobird/788 https://t.me/chicagobird/789

Великого якутского философа Нюргуна я читал на протяжении многих лет, и находил в его текстах утешение, ободрение, порой необходимую в жизни злость, а иногда сладкие шизовые загоны. Ну и еще, признаюсь честно, я сдал кандидатский экзамен по философии, просто пересказав пару его постов - но вот это точно не стоит рассматривать как комплимент. https://t.me/post_pikachu_studies/146

Привет, кто-нибудь может pdf скинуть? Я не сука и не крыса, в нексусы кидать не буду, делиться ни с кем не собираюсь. https://doi.org/10.1016/j.tim.2025.11.008

Septu-ретрон тоже расщепляет тРНК при активации. Спасибо ув. проф. Д. Т. за ссылку. Была у меня мысль разобраться во всем этом получше и написать небольшой обзор про иммунные системы, расщепляющие тРНК, раз уж я к этому немного причастен. Знаете, обзоры в "Биохимии" неплохо так цитируются, причем даже серьезными людьми, мне даже неловко как-то. https://www.nature.com/articles/s41467-025-66589-9

Вот это очень интересный торчок. Не знаю, что там он про сознание рассказывать будет, да и что там о нем вообще рассказать можно, но загоны и приколы у него интересные, мне кажется, стоит сходить просто на человека посмотреть. https://t.me/icd11dsm5/2476

А что это за разгон в новостях пошел про то, что в МГУ на биофаке отопления нет? Я помню, на первом курсе тоже в аудиториях дубак стоял лютый, и все в куртках приходили. Единственное заметное отличие от текущей ситуации, пожалуй, в том, что тогда никто никаких обогревателей не приносил. Вот и сейчас не надо было приносить - тогда бы все решили, что все ровно так, как должно. Да и вообще надо carbon footprint редьюсить.

Предлагаю организовать исследование эффективности траты бюджетов в отечественной фундаментальной науке. Суть идеи вот в чем - берем подающий надежды научный коллектив, выделяем ему финансирование размером порядка 100 миллионов рублей в год и наблюдаем за тем, как эти деньги оказываются просранными. Можно взять несколько научных коллективов и исследовать влияние различных KPI на эффективность проеба средств. Конечно, само исследование просирания денег тоже требует финансирования. Если кто предложит, я готов поучаствовать как в роли исследователя, так и в роли члена исследуемого коллектива.

Стафилиниды интересные жуки в плане всякой гадости, которую они в своем организме накапливают. Раньше знал только про кантаридин из т. н. шпанских мушек (говорят, ими маркиз де Сад блядей кормил). Но пишут, что одним кантаридином это семейство не ограничивается. https://en.wikipedia.org/wiki/Pederin Пишут еще, что синтезируют его не сами жуки, а их бактериальные симбионты: https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/PMC137826/

Привет, а кто-нибудь может pdf в ЛС кинуть? Я не сука и не крыса, сливать в нексусы и делиться ни с кем не буду. https://www.nature.com/articles/s41586-025-09750-0

Вот еще один с виду очень приятный и удобный пакет на Python для отрисовки геномных карт. Можно добавлять треки с покрытием, умеет еще рисовать кольца, подписывать нуклеотиды, если это имеет смысл. https://edinburgh-genome-foundry.github.io/DnaFeaturesViewer/