Биоинформатика и лапки

Коллега выдал гениальную фразу, когда говорили об оцифровке старых обскурных журналов и данных из них - "В ближайшие 20-30 лет люди будут переоткрывать то, что не успели отсканить и выложить".

Целые лабы могут кормиться на том, чтобы брать ресерчи из 60х-90х и добавлять к ним compute, говорю об этом уже лет десять.

Все, что я узнал про harness engineering, я узнал не по своей воле

Кстати только что понял... Собака нашел AlkaCas9 белок. Околопротоспейсерный мотив у него... NNGAV. РРрраффф гав гав...

Если вам нужно было еще одно пояснение, почему иноагент ракша некомпетентный долбоеб и иноагентство свое заслужил, то у Дорогого БРАТА Волка есть:

В пятницу надо писать, что-то ободряющее Например, что скоро выходных у нас в привычном понимании не будет. Выходные как аномалия появились во многом благодаря Николаю 2, как и снижение длительности рабочего дня. Благодаря его родственнику принцу Филиппу и образцу ДНК удалось установить принадлежность останков к царской семье. В 2021 Филипп умер. И вполне вероятно началась новая эпоха. *** Нельзя путать причинно-следственные связи. Текущая структурная массовая безработица и поиск работы ITшниками годами не связана с AI. Она связана с феноменом тихого ухода, когда сотрудники уже не верят в карьеру. Их доход их уже не мотивирует, но и уйти они не могут. Это длилось годами. Отсечка в 2008. Просто все шло неравномерно. Аналогия прямая, разросшийся рабочий класс стал агрессивной средой с неадекватными запросами и это закончилось регулярными кризисами, а где-то и Гражданской войной вялотякущей(как в Италии) или интенсивной. Проблема всегда одна, как занять людей. Сейчас нашли занятие жечь токены. Токен это ведь не только щиток и механизм окэшивания LLM, но То́кен

token с англ. — «знак, символ; опознавательный знак; жетон») — термин, в русском языке имеющий несколько узких значений

А также и символ жертвоприношений. Ладно об этом если будет интерес. Пока вернемся к нашим рабочим. Проблема безработицы it кадров, что с ними просто неприятно работать. Зачастую, это даже внешне неприятные персонажи, среди них большое количество охотников на бабки. Они ларпят образы гиков и хакеров чтобы нам понравится, а внутри них что-то среднее между слесарем эпохи застоя и колхозником. Первый воровал с родного завода, бухал и умничал на кухне, а второй сидел без паспорта и не понимал почему этого паспорта у него нет, забыв как он сдал соседа при «раскулачивании». Вот средний айтишник именно таков, зачастую даже с наследством в виде пролетариев-родителей. Сейчас им дали пайку, которую забирают. Им страшно. Они ударяются в прогрессивизм. Технологии нас всех спасут. Поэтому слесарь делающий telegram desk stop и пишет, что всех надо уволить. Пишет с I прописной буквы, понимая свою ограниченность и ничтожность. В его голове он смешно троллит. На деле ему страшно, его трясет. Смех защитная реакция. Не бойся. Нажми пару раз на слот машину и потрать вожделенный токен. Ебаный ты клоун

С увлечением техбро биологией нам ещё предстоит что-то делать... Для начала, как минимум, надо выяснить, каким образом Палмер Лаки узнал про Матвея Колесника

Да, еще веселое про препринт: часть предварительных экспериментов для него котик сделал лапками. Вотб это они. На этом этапе синтез-комада Олега Федорова оптимизировала очистку продуктов синтеза под нашу задачу и вот эти версии ДНК были еще не совсем готовы. В финальную версию работы они не вошли и все гели, которые там есть, сделала питерская команда Александры Васильевой, когда оптимальная очистка получилась но тем не менее. Сам напредсказывал -- сам покапай. Офигенный опыт, всем рекомендую)))

Я календарь переверну И снова тау-агрегат...

По этому графику видно, что Swiper ТУПО ВАНШОТНУЛ PAM NGG для SpCas9. Но для статистики надо кншн гонять гели до сходимости. Вот такие дела, котята.

ВЫШЛО ВЫШЛО ВЫШЛО ВЫШЛО ВЫШЛО ВЫШЛО Но пока что препринт. https://www.biorxiv.org/content/10.64898/2026.10.20.760532v1.article-metrics В зловещих подземельях множества разнообразных капищ науки (питерский Политех, НИИ СБМ и другие места силы), в самом сердце тьмы, мы с 2022 года разрабатывали и валидировали способ определять околопротоспейсерный мотив (Protospacer-Adjacent Motif) для неизученных Cas9-белков БЕЗ СЕКВЕНИРОВАНИЯ. То есть СОВСЕМ БЕЗ СЕКВЕНИРОВАНИЯ. ДАЖЕ БЕЗ СЭНГЕРА. Внезапно оказывается, что для того, чтобы охарактеризовать свеженайденный или свежесгенерированный нейрослоп Cas9-белок для использования в генетическом редактировании, не нужно никакого секвенирования нового поколения. Нужен лишь простой советский российский набор из нескольких последовательных экспериментов по разрезанию белка с последующим гелевым электрофорезом. Пока разные лабы вбухивают газиллионы бабла в секвенирование с рандомизированными библиотеками и покрытием 100, чтобы уж точно ничего не упустить (но это не точно), мы заменяем NGS четырьмя-пятью-десятью гелевыми электрофорезами (с бромистым этидием), парой математических фокусов и смешным лисенком. Да, я назвал этот пайплайн в честь Жулика (Swiper) из мультика про Дашу-путешественницу (Dora the Explora). Потому что могу. Еще я придумал статистический тест для того, чтобы знать, когда сказать “Жулик, не воруй” и остановить эксперименты, потому что достигнута сходимость к самому четкому PAMу. Потихоньку могаем любителей таблиц критических значений ти-теста лмао. Есть нюанс: надо заказывать синтез длинных ДНК где-то за 30 рублей/буква. Но и тут можно сэкономить… Давайте просто тихо, не спеша, пройдемся по всему пространству к-меров иерархической кластеризацией и начнем эксперименты с центров. Получится набор последовательностей, покрывающих пространство поиска, причем НЕ ЗАВИСЯЩИМ ОТ БЕЛКА ОБРАЗОМ. Заказали один раз и гоняем гели, есть шанс, что дозаказывать ничего и не придется. МУАХАХАХАХАХАХАХАХХААХ Еще из веселого то, что эта работа сделана отборным коллективом из админов нишевых телеграмм-каналов про науку. Тут есть Котанчик, Собака, Морковь и Импостор😸🐶🥕🕵️. До полного комплекта не хватает Крысика и Волчары. Но может быть в следующий раз… Кстати, новый белок, который нашел наш фанат горячих источников, вполне себе может быть использован для крутых экспериментов по редактированию ДНК. Он мелкий и уникальный, а еще найден в ОМСКОЙ ОБЛАСТИ. Русский CRISPR идет! Стей тюнед, лапковый out.

Недавно дочитал «Технологическое рабство» Теда Качинского*. Это база. После него уже сложно смотреть на «прогресс» по-старому. Начинаешь замечать то, на что раньше вообще не обращал внимания: как технология принуждает свободу отступать, как люди добровольно лезут в цифровое стойло, как сами ограничивают свою автономию ради «удобства». И самое интересное — ловишь себя на тех же ошибках: рука сама тянется к смартфону, алгоритм решает за тебя, что ты будешь смотреть следующим. Качинский писал: «Не забывайте, что человек с технологией — это точно алкоголик с бочкой вина». Мы не просто используем инструменты. Мы зависим от них настолько, что уже не можем без них обходиться. И это не побочный эффект, а суть системы: она выживет, только если превратит нас в «инженерные продукты и простые винтики социальной машины». Никакой реформой этого не исправить. Можно переслать кому интересно — пишите в личные сообщения🔥 #от_подписчика *осуждаем терроризм, не одобряем вообще никак

Свежее от базированных зоологов: В конфокал смотреть не бросим! AlexaFlour 488

Когда словил депрессивный эпизод

а нет, нашел подвох, писькососиб это явно не химия, а малая молекула для таргетной терапии. я полагаю, что P-DARAZ это RTK (о чем нам намекает эффективность в комбинации с ингибитором HER3), то я бы вообще дал accelerated approval

Онкологическая фарма такая: Новый селективный ингибитор белка P-DARAZ херсосизумаб показал на 1.488% более хорошую выживаемость среди больных пиздецомой Рубчинского. Да, к дизайну исследования могут быть вопросы, например, почему там не было контрольной группы, но тем не менее, это хорошая терапия, особенно в комбинации с блокатором HER3 диптроткамом и химиотерапевтическим агентом писькусосибом.