Microbiologist

بسم الله الرحمن الرحيم Inducible clindamycin resistance in staphylococci: Introduction: أول ما اكتشفوا ال MRSA وخاصاً النوع حق CA_MRSA و انو هو في ال recent years widely resistance to vancomycin ، هنا العلماء عملو تجربة ولقو انو ال clindamycin كان very effective against MRSA and MSSA وكان مناسب جدا لعلاج بعض الامراض الكان بتسببها البكتريا دي مثلا زي skin and soft tissue infections, abscesses, decubitus ulcers, osteomyelitis, head and neck, pleuropulmonary, abdominal and pelvic infections طيب الclindamycin دا كان هو شنو ؟ عبارة عن semisynthetic drug يعني مكون من مواد طبيعية و كبميائية و بشتغل انو بعمل لي inhibit protein synthesis. ، تم تصنيعو في عام 1966 بواسطة تلاته علماء اللي هم: Barney J. Magerlein Robert D. Birkenmeyer Fred Kaganat لقو انو عندو المقدره على انو بقدريعمل لي decreasing toxin production and increase microbial opsonization and phagocytosis طيب ال mechanism of resistance بتحصل كيف ؟🤔 قبل ما نتكلم انو بتحصل كيف لازم نعرف انو ال macrolides هو عبارة عن مجموعة من ال antibiotic البتشتغل على ال inhibit protein synthesis ومن ضمنهم ال clindamycin وفي كمان ال erythromycin and streptogramins و ال resistance بالنسبه لي ال clindamycin بتحصل بطريقتين الاوله وهي The erm gene codes for methylation of 23 srRNA وبتظهر لي انو الresistance occur to erythromycin وهنا بتقول كيف انا اكون مقاومة براي لازم كمان الclindamycin يكون resistance الحاجه بتقول عليها inducible or constitutive resistance to clindamycin الطريقة التانيه The msrA gene codes for an efflux mechanism, تؤدي انو يحل لي resistance only in erythromycin but not clindamycin Method : كيف اقدر اعرف انو ال resistance phenomena دي حصلت لي بي erm or msrA gene بجيب muller Hinton agar وبعمل seeding لي ال S.aureus واهم حاجه بعملها انو ال erythromycin و ال clindamycin بكونو جنب بعض مسافة 15mm وبعمل ليها incubation at37C for 24hrs الresult اذا جاتني زي ما شايفين في الصورة رقم واحد انو ال ال erythromycin resistance و ال clindamycin بي جه susceptible و بي جهه ال erythromycin بقت resistance بتلاحظو انو الشكل بقى عامل زي حرف ال D كدا في الانجليزي كدا معناها انو ال mechanism of resistance occur by encode of erm gene طيب في الصورة رقم اتنين بنلاحظ انو ال erythromycin جاني resistance لكن ال clindamycin بقى susceptible عادي كدا معناها انو ال mechanism of resistance occur by encode of msrA gene #SirAMR_Rounds

طيب نجي لي ال genotypic detection : اول حاجه نعمل purification لي البكتريا اذا كان الplate فيهو mix organism نجي نعمل الخطوه حقت ال DNA extraction ومعروف طبعا انو في كذا طريقة عشان نعمل extraction بعد خطوة ال extraction نمشي نعمل ال conventional PCR اذا افترضنا انو حنشتغل في النوع دا من الPCR طيب المكونات حقت الPCR reaction هي شنو ؟🤔 consisted of plus 45 µl of master mix containing PCR buffer (1X), dNTP mix (0.2 mM of each), primer (0.5 µM), Taq DNA polymerase (0.25 U), and MgCl 2 (1.5 mM) with 5 µL of template DNA. ال primer دا انا بستخدمو على حسب الحاجه الانا دايرها مثلا هنا انا عاوز mecA gene طيب خطوات ال PCR هي 1/first denaturing 95c _2_5min الخطوة الاوله دي زي عملية الاحماء في الكوره 2/Denaturing 94C 30_60sec 3/annealing. 47_70C 30_60sec 4/ Extension. 72C. 30_90sec 5/بدي الجهاز امر انو يرجع لي الخطوة التانيه من 25 لي 35 مره 6/last extension 72C. 5_10min بعد كدا ال cycle بتكون خلصت الحمدلله ، البطلع بكون اسمو DNA product بشيل ال product دا و بمشي اعمل ليه running طيب مصطلح running دا بتلقى كتير من الباحثين بستخدمو ( معليش مستعجل عندي running وانت ما فاهم حاجه بتقول دا شنو 😅) الrunning دا بكون قاصد بيه انو حاليا شغال بعمل الخطوة حقت ال Gel electrophoresis في العملية دي بكون عندي حاجه اسمها DNA ladder عندها اسم تاني برضو هو Sticky yard الحاجه دي بتكون زي المسطره كدا مثلا المسطرة مكتوب فيها 5cm هنا التمييز حقها هو base pair و الشرح يطول في ال gel electrophoresis دا اذا الواحد عاوز يشرحو الا يكون براهو كدا😅 المهم بعمل ال gel وبعمل ال wells بواسطة ال comb زي ما في الصورة تحت اول ال well رقم واحد بتكون فيها ال DNA ladder و باقي ال well برقمها برضو زي ما في الصورة على ويكون عارف مثلا انو ال well رقم 2 دي حقت السامبل رقم كم . النتيجه بعدين اذا انا مثلا ال gene حق ال MRSA دا كان في ال bp رقم 30 مثلا اذا لقيت السامبل الختيتها جات في نفس الخط و بنقول عليها lane معنا كدا انو ال organism عبارة عن MRSA كدا نكون خلصنا الجزئية البتتعلق ب ال MRSA لا تنسونا من الدعوات 🤲🏽💛 #SirAMR_Rounds

بسم الله الرحمن الرحيم نبدا الجزئية التانية Note: قبل ما ابدا ضروري جدا تكون عارف ال PCR و ال gel electrophoresis

Methicillin-Resistant Staphylococcus aureus(MRSA) معروف إنو الS.aureus هي من ال major pathogen ال بتسبب : Hospital acquired infection (HAI) Community acquired infection (CAI) ال CAI هي more susceptible to antibiotics في حين ال HAI بتكون resistance to different class of antibiotics اول عام اكتشفوا فيه ال MRSA كان في بداية ال 1960s. طيب اكتشفوها كيف ؟ لقو انو في البكتريا دي بتفرز إنزيمات بقت مضاده لي اول حاجه اكتشفتها العالم الكسندر فيليمنج الي هو ال penicillin عن طريق حاجه اسمها penicillinase-resistant penicillins مثلا زي methicillin, nafcillin, and oxacillin . لقو البكتريا بحصل تغيرات في ال penicillin binding protein PBP يعني بدا تنتج PBP عادي بقت تنتج PBP2a بتخلي المضادات الذكرتها فوق resistance Mechanism: ال strains كانت بتحمل ال mecA gene which encodes for penicillin binding protein 2a تليكوم موجد في ال cell wall حق البكتريا يلا ال mecA gene is carried على ما يسمى ب SCC اختصار staphylococcal cassette chromosome mec و دا عباره عن mobile DNA element دا بأدي انو يحصل لينا wide dissemination of the antibiotic resistance. How to detect it : وقلنا الحاجه دي دائما بتكون يا أما phenotypic او ممكن genotypic نبدا ب ال phenotypic detection: 1.plate contain Muller Hinton agar supplemented with 4%Nacl and 6ug/ml oxicillin has been used to detect MRSA دخلو ناس ال CLSI اختصار لي clinical laboratory standard institute قالو انو ال oxcillin دا ما بعمل لي detection to oxicillin resistance coagulate negative staphylococci (CoNs) طيب نعمل شنو في الحاله 🤔 قالو افضل انو نستخدم 30ug/ml of cefoxitin طيب ليه دا بالضبط🤔 الاجابة كانت Because cefoxitin serve to induce greater expression of PBP2a in mecA containing strains of staphylococci and also function as test reagent to detect resistance والحاجه التانيه كمان بعمل لي detect to CoNs produce mecA gene 2/ microdilution method: في الطريقة دي ممكن نستخدم ال oxicillin او ال cefoxitin For S.aureus اذا استخدمنا cefoxitin ولقينا انو MIC (minimum inhibitory concentration) greater or equal 8ug/ml دي معناها انو البكتريا دي MRSA اذا استخدمنا oxicillin ولقينا انو MIC (minimum inhibitory concentration) greater or equal 4ug/ml دي معناها انو البكتريا دي MRSA 3/ CHROM agar ودي اكتشفها لينا Alain Rambach وهي عباره عن selective and differential media Selective because it contain 30ug/ml of cefoxitin و هي differential because of Chromogenic substrate that presence in the media help to differentiate between the organism according to colors ايوه دا هو ال استخدمنا قبيل زاتو ، بس هنا بكون من ضمن مكونات الميديا . الميديا دي بقى استخدامها واسع نسبة لانو بقت اعمل لينا direct detection of nasal colonization اذا ال organism حصل ليه growth وكان لون الميديا mauve كدا ال organism بكون resistance to cefoxitin لانو في وجود المضاد دا برضو البكتريا حصل ليها growth كدا طوالي تتصنف انها MRSA يتبع.. #SirAMR_Rounds

جمعة مباركة عليكم إن شاء الله 🤲🏽💛 بسم الله نبدأ

بسم الله الرحمن الرحيم السلام عليكم ورحمة الله وبركاته نعتذر عن الانقطاع المفاجئ دا نسبةً لظروف البلد ولكم العتبى حتى ترضو 🙏 ربنا يحفظ البلاد والعباد و نمرق من المحنه دي اقوى بإذن الله ح احاول الفترة دي ابدا حاجه جديده و مهمه ليكم كلكم بإذن الله حتكون شرح لي جميع انواع mechanism of Resistance وممكن تساعد طلاب البحوث انو يشتغلو عليها بأذن الله. كل الmechanism دي حتكون تحت هاشتاق #SirAMR_Rounds عشان اذا في يوم احتجت ليها حتكتب الهاشتاق الفوق و تظهر ليك بإذن الله. ح احاول بقدر الامكان أتكلم عن الجانبين ال phenotypic و الGenotypic detection

Cystic fibrosis او كما يسمى التليف الرئوي هو عبارة عن مرض جيني بحصل ب سبب defective gene الجين دا بقوم بكون لب thick and sticky mucus بتأدي انو يحصل لي clogs the air passageways and tubes ال mucus دا ما بس بأثر اي على ال lung بس ، لا و هو كمان بمشي يعمل obstructionism pancreas و كدا بعدي انو بوقف الإنزيمات المسؤلة من انو تعمل breakdown في الجسم ال symptoms بتكون عبارة عن salty-tasting skin, frequent lung infections, chronic cough and a poor growth rate in children. Causative agents : S.aureus لقوها بنسبة 55% في الاعمار ما بين 0_9 من الاعمار مرتبطة مع البكتريا دي Pseudomonas areuginosa بنسبة 81% من older children Other causative agents H.influenzae, S.pneumoniae, Stenotrophomonas maltophilia, Achromobacter xylosoxidans, Ralsotnia spp. Cupriavidus spp.,E. coli, strains of Burkholderia cepacia complex, fast growing mycobacteria, RSV, influenza,Aspergills, Scedosporium spp. #summary_time🕰️ بالنسبة لي الصورة الفوق دي هو فيلم ممتاز و اظن حتفهمو اكتر لما ستيلا تحكي ليكم عنو😅😂

HIV and AIDS thread 🧵 👇

WORLD AIDS DAY _ December 1,2023 Let’s empower communities to take on leaderships roles against HIV

#Antimicrobial_resistance_week

#Antimicrobial_Resistance_week

Antibiotics and most common indications #summary_time🕰️

المتلازمة دي اسمها ☑️Gray baby syndrome الحاجه دي بتحصل لي ال infants لما ياخد chloramphenicol عشان كدا دائما بقولو انو ال pregnant women 🤰او ال breast feeding 🤱 الأعراض بتكون عبارة عن hypotension ,cyanosis و ممكن توصل لي مرحلة frequently death الحاجه دي بتحصل لي ال infant 👶 عشان هو لسه ما اتكونت عندو ال liver enzymes اللازمة عشان تعمل metabolization لي ال drug #summery_time 🕰️

في البوست دأ، إن شاء الله حنتطرق لِ HOST-PARASITE RELATIONSHIPS - يعني العلاقة بين الطفيل و المأوي شنو !؟ . - ولي أصلا بتطفّل علي Host 🤔 ?!. - كمان هل كل باقي الأحياء الدقيقة بتعيش جوه جسمنا بنفس الطريقة البعيش بيها الطفيّل ؟! . - بإضافة لي عدّه تساؤلات حنحاول كلها نتطّرق لها ... بإذن الله 《 البوست دا مهم جدا في فهم أنواع العلاقات البتعيش بيها الأحياء الدقيقه》. *️⃣ The following are the three common symbiotic relationships between two organisms: يعني عندنا ثلاثة أنواع للعلاقة البتكون بين الكائن الحي والأخر . نبدأ بأول نوع وهو :- 1️⃣ Mutualism :- an association in which both partners are metabolically dependent upon each other and one cannot live without the help of the other. العلاقة دي انا بسميها (ما بقدر أعيش من غيرك 😆)... بالمعنى الحرفي والحقيقي، لأن بكون الكائن الحي معتمد علي الأخر في العمليات الاستقلابية وكل شي . however, none of the partners suffers any harm from the association. لكن !! من غير ما يحدث أي ضرر لكلّ مِنْ الكائن الحي ... يعني بختصار كأن كل كائن حي بقول لي التاني (ما بقدر أعيش من غيرك لان يستفيد منك في اهم شي "العمليات الاستقلابية" ؛ من غير ما أعمل ليك أي ضرر ) علاقة حلوة الصراحه مبنية علي التكافل 😆 التام . يلا العلاقة دي مثلا ذي شنو ؟! ح اضرب ليكم مثلا بي علمنا حق الطفيليات دا the relationship between certain species of flagellated protozoa living in the gut of termites. The protozoa, which depend entirely on a carbohydrate diet, acquire their nutrients from termites. In return they are capable of synthesizing and secreting cellulases; the cellulose digesting enzymes, which are utilized by termites in their digestion. 👌 طيب نشوف النوع الثاني من العلاقات ... 2️⃣ Commensalism :- ودي عبارة عن an association in which the commensal takes the benefit without causing injury to the host. هنا العلاقة ذي مسالمة ؛ يعني كائن حي واحد بستفيد من التاني ،وبعيش معاهو بس من غير ما يحدث جواهو أي ضرر . بإختصار (كائن حي يستفيد من الاخر من غير أن يحدث له أي ضرر ) وهذا الكائن الحي يمكث لبعض الوقت داخل ال Host من غير اي إعتمادية علي الكائن الأخر. ودا ممكن نترجو بالانجليزي :- A commensal is capable of living an independent life also . ❗ننتبه ❗ بعيش... لكن ما بعتمد عليك في العمليات الاستقلابية ; لان لو في إعتمادية أوما بقدر أعيش من غيرك تبقي دي ما Commensalism. ،،،، طيب نضرب مثل لي العلاقه ال Commensalism ذي Most of the normal floras of the humans’ body can be considered as commensals. لانها بتعيش جوانا من غير ما تحدث أي ضرر . بعد كدا ممكن نشوف النوع الاخير وهو 3️⃣ Parasitism:- ودي أهم نوع ، والبهمنا نحنا في التخصص حقنا . وهي عكس العلاقة رقم 2️⃣. طيب ناخد تعريف بسيط عنها an association where one of the partners is harmed and the other lives at the expense of the other. بمعني؛ يكون الكائن الحي عايش علي حساب التاني لا وما بس كدا ؛ بعمل ليه مرض. بالترجمة العربية بتتطفل علي ال (host). وما كدا بس ... ♻️ The parasite cannot live an independent life . ما بِقْدر لازم يتطفل وكدا ،،، عشان كدا سمو طفيل🙃 . طيب والأمثله للعلاقة دي كثيرة شديد . مثلا الطفيل يعيش جوه جسم الإنسان أو أي host تاني ويحدث جواه مرض. مثال :- Worms like Ascaris lumbricoides reside in the gastrointestinal tract of man, and feed on important items of intestinal food causing various illnesses. . ⚘في الخلاصة⚘ ممكن نلخص البوست دا بأن عندنا ثلاثة علاقات بتكون بين الكائن الحي والأخر. ⚪أولها علاقة بتكون إعتمادية، وبعتمد فيها الكائن الحي علي الاخر وما بقدر يعيش من غيرو وهي تسمي علاقة تكافل ( Symbiosis) . ⚪النوع الثاني علاقة بكون فيها الكائن الحي متعايش مع الأخر من غير ما يحدث في داخله أي مرض أو ضرر ودي تسمي علاقة التعايش (Commensalism). ⚪النوع الثالث والأخير علاقة بكون فيها واحد عايش علي حساب التاني ومستفيد، والأخر متضرر منه وتسمي علاقة تطفلية (Parasitism). م ذي ما بحصل بين الطفيل والانسان . ◇◇◇◇◇◇◇◇◇◇◇◇◇◇◇◇◇◇◇◇◇ خلصنا 🥰 .

Very scary story 😰🤯

You don't stop learning because you grow old. You grow old because you stop learning. 🧠

#summary_time 🕰️ Differentiation between exudate and transudate pleural effusion and key feature to know the most common type of infection

Lab diagnosis of UTI ◦ Specimen collection and transport ◦ Direct visualisation ◦ Culture ◦ Interpretation ◦ Antibiotic sensitivity test(AST) Day1 Specimen collection and transport: Give the patient sterile , transparent and leak prof container and ask for 15 to 20 ml of urine There are for type to collect urine : 1. Clean catch midstream urine (MSU) 2. Suprapupic aspiration: this done when the patient represent with anuria(inability to urination) or from neonate 3. Cathetrized urine : collect of urine from patients with catheter at hospital 4. Indwelling catheter: patient at home with disease who have nurse at home Transportation You can add boric acid or Formic acid to container to preserve the urine but also research discover that boric acid can inhibit growth of some microorganisms like pseudomonas and enterococci Also can refrigerate the specimen A. Macroscopically The normal appearance of urine is pale yellow. Cloud or turbid indicate for abnormal change in the urine mainly bacterial infection Also some medication 💊 like rifampin can change colour of the urine to red B.Microscopically: Pyuria (10 or more for un centrifuged urine per HPF) Hematouria presence of RBCs in urina (mainly in S. haematobium eggs) WBCs cast indicate for pyelonephritis while RBCs cast indicate for gleomelularnephritis Direct Gram stain not helpful for detection because present of normal flora at the urethra can interfere with true pathogen 🦠 C. Enzymatic reaction Incorporate in urine strip include Glucose Protein Leukocytes estersse (enzyme in WBCs produce in case of infection ) Nitrate test ( ability of microorganisms to change from nitrate to nitrite by enzyme called Nitrite Reductase Mostly changed by enterobacteriace Catalase test : present in somatic cell also some organism have this enzyme to convert hydrogen peroxide to oxygen and water (S.saprophytic and s.aureus) D. Urine culture: Before inoculation you should mix the sample well and insert the wire loop vertically then culture in Blood and MaCconkey agar But now a day used CLED agar , the European prefer to use Chromogenic media The calibrated wire loop should be range between 0.01 to 0.004 (semi quantitative method ) ارفاق الصوره الكلشر و اليورين Day2 1.Examine the growth of the microorganisms on culture media and comment on colony morphology on CLED or Blood and MaCconkey You can review the Etiological agent on the previous thread 2. Reporting bacteria by using formula: CFU/ml in original sample = No of colonies counted/ (dilution)(volume plated,in ml) Report the bacterial count as: Less than 10,000 organisms/ml (104/ml), not significant. • 10,000–100,000/ml (104–105/ml), doubtful significance (suggest repeat specimen) • More than 100,000/ml (105/ml), significant bacteriuria. 3. Identification using conventional biochemical test or API 21 for Gram negative 4. Antibiotic sensitivity test (AST) Using Kirby Bauer using Mueller Hinton agar to identify if the bacteria is susceptible or intermediate or resistance according to existing chart Antibiotic selection : Three N( nitrofurantion , nalidixic acid and norofoloxacin ) ,amoxicillin/clavulanic acid, cephalosporins and ampicillin +gentamicin

#summary_time 🕰️ UTI https://twitter.com/siralkhtim11?s=21

#summary_time🕰️ Vibrio cholerae