Connectosome

آن‌سوی انتخاب رشته | قسمت 9 در این قسمت، دکتر مهدیه سلیمی، عضو هیئت علمی پژوهشگاه ملی مهندسی ژنتیک و زیست فناوری، از مسیر پژوهشی تیم خود در حوزه سرطان می‌گوید. ━━━━━━━━━━━━━━━━━ آن‌سوی انتخاب رشته؛ برای شناختن آنچه در انتخاب‌ها دیده نمی‌شود. تابستان ۱۴۰۵ | کانکتوزوم @Connectosome

آن‌سوی انتخاب رشته | قسمت 8 در این قسمت، دکتر مهوش خدابنده، استاد تمام پژوهشگاه ملی مهندسی ژنتیک و زیست فناوری، از مسیر پژوهشی تیم خود در حوزه فرآیندهای پایین‌دستی و پروتئین‌ها می‌گوید. ━━━━━━━━━━━━━━━━━ آن‌سوی انتخاب رشته؛ برای شناختن آنچه در انتخاب‌ها دیده نمی‌شود. تابستان ۱۴۰۵ | کانکتوزوم @Connectosome

آن‌سوی انتخاب رشته | قسمت 7 در این قسمت، دکتر هدا نوری، عضو هیئت علمی پژوهشگاه ملی مهندسی ژنتیک و زیست فناوری، از مسیر پژوهشی تیم خود در حوزه آنالیز دیتا و مدلسازی می‌گوید. ━━━━━━━━━━━━━━━━━ آن‌سوی انتخاب رشته؛ برای شناختن آنچه در انتخاب‌ها دیده نمی‌شود. تابستان ۱۴۰۵ | کانکتوزوم @Connectosome

آن‌سوی انتخاب رشته | قسمت 6 در این قسمت، دکتر فاطمه تابنده، عضو هیئت علمی پژوهشگاه ملی مهندسی ژنتیک و زیست فناوری، از مسیر پژوهشی تیم خود در حوزه توسعه فرآیندها و سویه‌های زیستی می‌گوید. ━━━━━━━━━━━━━━━━━ آن‌سوی انتخاب رشته؛ برای شناختن آنچه در انتخاب‌ها دیده نمی‌شود. تابستان ۱۴۰۵ | کانکتوزوم @Connectosome

آن‌سوی انتخاب رشته | قسمت 5 در این قسمت، دکتر مریم یاوری بافقی، عضو هیئت علمی دپارتمان میکروبیولوژی دانشگاه تهران، از مسیر پژوهشی تیم خود در حوزه میکروبیولوژی و فاژتراپی می‌گوید. ━━━━━━━━━━━━━━━━━ آن‌سوی انتخاب رشته؛ برای شناختن آنچه در انتخاب‌ها دیده نمی‌شود. تابستان ۱۴۰۵ | کانکتوزوم @Connectosome

آن‌سوی انتخاب رشته | قسمت 4 در این قسمت، دکتر امیر نوروزی، عضو هیئت علمی پژوهشگاه ملی مهندسی ژنتیک و زیست فناوری، از مسیر پژوهشی تیم خود در حوزه بیوشیمی پپتیدها می‌گوید. ━━━━━━━━━━━━━━━━━ آن‌سوی انتخاب رشته؛ برای شناختن آنچه در انتخاب‌ها دیده نمی‌شود. تابستان ۱۴۰۵ | کانکتوزوم @Connectosome

آن‌سوی انتخاب رشته | قسمت 3 در این قسمت، دکتر دینا مرشدی، استاد تمام پژوهشگاه ملی مهندسی ژنتیک و زیست فناوری، از مسیر پژوهشی تیم خود در حوزه علوم اعصاب و بیماری‌های تحلیل‌برندهٔ عصبی می‌گوید. ━━━━━━━━━━━━━━━━━ آن‌سوی انتخاب رشته؛ برای شناختن آنچه در انتخاب‌ها دیده نمی‌شود. تابستان ۱۴۰۵ | کانکتوزوم @Connectosome

آن‌سوی انتخاب رشته | قسمت 2 در این قسمت، دکتر علیرضا نادری سهی، عضو هیئت علمی پژوهشگاه ملی مهندسی ژنتیک و زیست فناوری، از مسیر پژوهشی تیم خود در حوزه سیستم‌های حمل نوکلئیک اسید و دارو می‌گوید. ━━━━━━━━━━━━━━━━━━━ آن‌سوی انتخاب رشته؛ برای شناختن آنچه در انتخاب‌ها دیده نمی‌شود. تابستان ۱۴۰۵ | کانکتوزوم @Connectosome

آن‌سوی انتخاب رشته | قسمت 1 در این قسمت، دکتر بیژن بمبئی، عضو هیئت علمی پژوهشگاه ملی مهندسی ژنتیک و زیست فناوری، از مسیر پژوهشی تیم خود در حوزه بیوتکنولوژی می‌گوید. ━━━━━━━━━━━━━━━━━━━ آن‌سوی انتخاب رشته؛ برای شناختن آنچه در انتخاب‌ها دیده نمی‌شود. تابستان ۱۴۰۵ | کانکتوزوم @Connectosome

هر مسیر علمی، واقعیتی فراتر از نام یک رشته یا گرایش دارد. پشت هر انتخاب، اساتیدی با دیدگاه‌ها و تجربه‌های متفاوت، تیم‌هایی با مسیرهای پژوهشی مشخص و فرصت‌هایی وجود دارند که در معرفی‌های رسمی کمتر دیده می‌شوند. «آن‌سوی انتخاب رشته» روایتی مستقیم از همین بخش کمتر دیده‌شده است؛ از اساتید و تیم‌های علمی فعال و شاخص کشور در حوزه‌های زیست‌شناسی و بیوتکنولوژی؛ از زمینه‌های تخصصی و پروژه‌های پژوهشی تا امکانات، فضای فعالیت تیم‌ها و فرصت‌های پیش روی دانشجویان. این مجموعه برای کسانی شکل گرفته است که می‌خواهند پیش از انتخاب رشته کارشناسی ارشد، کارآموزی یا آغاز یک همکاری پژوهشی، نه فقط نام‌ها، بلکه مسیر واقعی پژوهش را بشناسند. محتوای این مجموعه با دسترسی آزاد و رایگان در کانکتوزوم منتشر خواهد شد. آن‌سوی انتخاب رشته؛ برای شناختن آنچه در انتخاب‌ها دیده نمی‌شود. تابستان ۱۴۰۵ | کانکتوزوم @Connectosome

نتایج اولیه کنکور ارشد وزارت علوم اعلام شد.

CONNECTOSOME CHEAT SHEET: Extraction Yield, Purity & Process Failures ━━━━━━━━━━━━━━━━━━ بازده پایین، نسبت‌های خلوص نامطلوب یا باقی‌ماندن pellet همیشه یک علت واحد ندارند؛ خطا ممکن است از لیز، اتصال، شست‌وشو، الوشن یا خود روش اندازه‌گیری ناشی شده باشد. این ماتریس، خطاهای فرایند استخراج و خالص‌سازی DNA/RNA را به یک مسیر عیب‌یابی عملی متصل می‌کند: ▫️ Yield & Measurement تفکیک بازده پایین واقعی از خطای UV/فلورومتری و اثر blank نامتناسب. ▫️ Purity & Carryover تفسیر A260/280 و A260/230 و بررسی carryover فنول، نمک، الکل و مواد شوینده. ▫️ Pellet, Column & Elution عیب‌یابی pellet نامحلول، گرفتگی ستون، باقی‌ماندن wash و بازیابی ضعیف در elution. همراه با جدول اقدامات ممنوع و اصلاح صحیح برای جلوگیری از تشدید خطا. Prepared by: Connectosome Protocol Troubleshooting & Optimization Desk #Nucleic_Acid #Cheat_Sheet 🔗 High-Resolution Print File 🔗 TROUBLESHOOTING NOTE ━━━━━━━━━━━━━━━━ فراتر از ژورنال‌خوانی روزمره؛ هاب تخصصی پژوهشگران علوم زیستی. @Connectosome

CONNECTOSOME RETRACTION FILES وقتی شواهد «خلوص cfDNA» قابل‌راستی‌آزمایی نیستند ━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━ مقاله‌ای با عنوان: Aging-associated distinctive DNA methylation changes of LINE-1 retrotransposons in pure cell-free DNA from human blood در سال ۲۰۲۰ در Scientific Reports منتشر شد. پژوهشگران گزارش کردند که متیلاسیون LINE‑1 در DNA سلولی خون تقریباً با سن ثابت می‌ماند، اما در cfDNA با افزایش سن کاهش پیدا می‌کند. پیش‌نیاز این نتیجه‌گیری، اطمینان از خلوص cfDNA بود؛ زیرا ورود DNA سلول‌های خونی می‌توانست الگوی متیلاسیون نمونه را مخدوش کند. نقش شکل‌های ۲ و ۵ چه بود؟

▫️در Figure 2، نویسندگان مدعی بودند که cfDNA نامرئی را براساس اندازه از ژل جدا کرده و پس از تیمار بیزولفیت، توالی LINE‑1 و لوکوس OR52J3 را تکثیر کرده‌اند. ▫️در Figure 5 نیز چهار کیت استخراج مقایسه شده بود. براساس مقاله، فقط QIAamp MinElute ccfDNA در حد حساسیت ژل آگارز رنگ‌آمیزی‌شده با اتیدیوم بروماید، آلودگی قابل‌مشاهده با DNA ژنومی ایجاد نکرده بود. اما در ژانویه ۲۰۲۱، چند شباهت تصویری در PubPeer گزارش شد: 🟡 دو لاین cfDNA در Figure 2A بیش از حد انتظار شبیه یکدیگر بودند و یکی از آن‌ها به لاینی در Figure 5 شباهت داشت. 🟣 دو لاین gDNA در Figure 2A نیز مشابه به نظر می‌رسیدند و نمونه مشابهی در Figure 5 دیده می‌شد. 🔵 لدرهای DNA در دو ژلی که باید حاصل آزمایش‌های مستقل باشند، شباهت غیرمنتظره‌ای داشتند. ⚪️ در Figure 2B نیز الگوهای تکراری در حاشیه نواحی ادعاشده به‌عنوان قطعات برش‌خورده ژل مشاهده شد.

مجله چه چیزی را رسماً تأیید کرد؟ Retraction Note وارد جزئیات رنگ‌بندی و نوع هر لاین نشد، اما صراحتاً اعلام کرد که نگرانی‌هایی درباره:

“duplication of lanes within Figure 2 and between Figure 2 and Figure 5”

مطرح شده است. نویسندگان نیز دیگر قادر به یافتن داده‌های اصلی زیربنای این تصاویر نبودند. در نتیجه، مقاله در ۲۲ فوریه ۲۰۲۲ پس گرفته شد. هشت نویسنده با ریترکشن و متن آن موافقت کردند و Wardah Mahmood به مکاتبات سردبیران پاسخ نداد. اثر علمی این مشکل چه بود؟

اشکال ۲ و ۵ پشتوانه تصویری دو ادعای مهم بودند: 1️⃣ جداسازی cfDNA از DNA سلولی 2️⃣ مقایسه عملکرد کیت‌های استخراج با تکراری‌بودن لاین‌ها و نبود داده‌های اصلی، این شواهد دیگر قابل‌راستی‌آزمایی نبودند. بنابراین، ادعای دستیابی به cfDNA کاملاً خالص و برتری گزارش‌شده برای یک کیت، پشتوانه تصویری قابل‌اعتمادی نداشت. این موضوع به‌معنای اثبات آلودگی نمونه‌ها یا نادرستی اصول استخراج cfDNA نیست؛ بلکه نشان می‌دهد شواهد ارائه‌شده برای اثبات خلوص، قابل اتکا نبودند. همچنین نتایج متیلاسیون Figures 1 و 3 مستقیماً موضوع Retraction Note نبودند، اما تفسیر آن‌ها به هویت و خلوص cfDNA وابسته بود. نکته مهم‌تر اینکه ندیدن باند gDNA روی ژل، فقط نبود آلودگی قابل‌مشاهده در حد حساسیت همان روش را نشان می‌دهد؛ نه نبود قطعی هرگونه DNA سلولی.

درس این پرونده: نگهداری داده‌های خام بخشی فرعی از پژوهش نیست. وقتی تصویر منتشرشده محل تردید باشد، داده اصلی تنها راه بازسازی آزمایش و تشخیص خطا از سایر احتمالات است. تصویر بدون داده خام، شواهدی است که امکان ممیزی آن از بین رفته است. 🔗 اطلاعیه رسمی ریترکشن: https://www.nature.com/articles/s41598-022-07275-4 🔗 مقاله اصلی: https://www.nature.com/articles/s41598-020-79126-z #Retraction_Files #Nucleic_Acid ━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━ @Connectosome

وقتی داده خام در دسترس نیست، یک تصویر تا چه اندازه می‌تواند قابل‌اعتماد باشد؟ مقاله‌ای در Scientific Reports ادعا می‌کرد با جداسازی cfDNA خالص از خون، کاهش متیلاسیون LINE‑1 را در روند پیری نشان داده است. اما تنها یک ماه پس از انتشار، شباهت‌های غیرمنتظره‌ای میان لاین‌های ژل در شکل‌های ۲ و ۵ در PubPeer گزارش شد. نویسندگان نتوانستند داده‌های اصلی این تصاویر را برای راستی‌آزمایی ارائه کنند و مقاله در فوریه ۲۰۲۲ پس گرفته شد. در پست بعدی بررسی می‌کنیم: ▫️کدام بخش‌های تصاویر مورد سؤال قرار گرفتند؟ ▫️مجله دقیقاً چه چیزی را تأیید کرد؟ ▫️این مسئله چگونه ادعای «خلوص cfDNA» را تضعیف کرد؟ ━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━ @Connectosome

▫️نتایج اولیه آزمون کارشناسی ارشد اواخر هفته آینده اعلام می‌شود. ▫️آغاز سال تحصیلی نودانشجویان ارشد از اوایل آبان.

تاریخ ثبت‌نام و برگزاری آزمون‌های دکتری و کارشناسی ارشد سال ۱۴۰۶ ‌ دکتری: ▫️ثبت‌نام: ۳ تا ۹ آبان ۱۴۰۵ ▫️آزمون: ۱۶ بهمن ۱۴۰۵ ‌ کارشناسی ارشد: ▫️ثبت‌نام: ۱۶ تا ۲۲ آذر ۱۴۰۵ ▫️آزمون: ۱۶ و ۱۷ اردیبهشت ۱۴۰۶

CONNECTOSOME TECH-RADAR: NUCLEIC ACID EXTRACTION & PURIFICATION معرفی دیتابیس | ردیابی اثر متغیرهای پیش‌تحلیلی با NCI BRD ━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━ آیا کیفیت پایین DNA یا RNA فقط به کیت استخراج مربوط است؟ خیر. زمان سپری‌شده تا تثبیت یا انجماد، دمای نگهداری، نوع ظرف جمع‌آوری، دفعات Freeze–thaw و روش پردازش اولیه می‌توانند پیش از آغاز استخراج، کیفیت اسید نوکلئیک را تغییر دهند. دیتابیس Biospecimen Research یا BRD، متعلق به National Cancer Institute، شواهد منتشرشده درباره اثر متغیرهای پیش‌تحلیلی بر نمونه‌های زیستی را گردآوری می‌کند. این دیتابیس به پژوهشگر کمک می‌کند بررسی کند که یک متغیر مشخص، مانند زمان ایسکمی، دمای نگهداری یا نوع ماده تثبیت‌کننده، در مطالعات قبلی چه اثری بر DNA ،RNA و سایر آنالیت‌ها داشته است. ⚙️ در BRD چه چیزهایی می‌توان جست‌وجو کرد؟

▫️ نوع Biospecimen مانند خون، پلاسما، سرم یا بافت ▫️ نوع آنالیت؛ از جمله DNA و RNA ▫️ شرایط جمع‌آوری و پردازش نمونه ▫️ زمان و دمای نگهداری ▫️ نوع Anticoagulant یا Preservative ▫️ تعداد چرخه‌های Freeze–thaw ▫️ روش استخراج و خالص‌سازی ▫️ روش ارزیابی کیفیت ▫️ پیامد مشاهده‌شده در آزمون پایین‌دستی برای مثال، پیش از طراحی استخراج RNA از بافت، می‌توان شواهد مربوط به تأخیر تا انجماد، شرایط تثبیت و مدت نگهداری را جست‌وجو کرد. در پروژه‌های cfDNA نیز می‌توان اثر نوع لوله، تأخیر در جداسازی پلاسما و شرایط حمل نمونه را بررسی کرد.

📌 دیتابیس Biospecimen Research (BRD) یک موتور جست‌وجوی مقاله عمومی نیست. تمرکز آن بر Biospecimen science و ارتباط میان متغیرهای پیش‌تحلیلی و کیفیت نمونه است. 🔬 مسیر پیشنهادی

تعریف نوع نمونه و آنالیت ⬇️ شناسایی متغیر پیش‌تحلیلی موردنظر ⬇️ جست‌وجوی شواهد در BRD ⬇️ بررسی نوع مطالعه و روش سنجش کیفیت ⬇️ مقایسه شرایط گزارش‌شده با Workflow آزمایشگاه ⬇️ تعریف محدوده قابل‌قبول برای جمع‌آوری، حمل و نگهداری ⬇️ ثبت این متغیرها همراه نتیجه استخراج

▫️ قانون میز کار: اگر تاریخچه پیش‌تحلیلی نمونه ثبت نشده باشد، پایین‌بودن Yield یا Integrity را مستقیماً به کیت استخراج نسبت ندهید. ⚠️ وجود یک ارتباط در مقاله به معنای تعیین یک آستانه عمومی برای تمام نمونه‌ها نیست. اثر متغیرهای پیش‌تحلیلی به نوع نمونه، آنالیت، روش اندازه‌گیری و کاربرد پایین‌دستی وابسته است. آیا هنگام عیب‌یابی استخراج، فقط مراحل کیت را بررسی می‌کنید یا تاریخچه نمونه را نیز در نظر می‌گیرید؟ 🔗 لینک دیتابیس: NCI Biospecimen Research Database: https://brd.nci.nih.gov/ #Tech_Radar #Nucleic_Acid ━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━ @Connectosome