Лаборатория ЛАБИД
Open in Telegram
Лаборатория анализа биомедицинских изображений и данных, Политех Петра Заведующая лабораторией - @katrin_pch GitHub - https://github.com/Biomed-imaging-lab HuggingFace - https://huggingface.co/Biomed-imaging-lab
Show moreThe country is not specifiedThe category is not specified
217
Subscribers
No data24 hours
+27 days
+430 days
Data loading in progress...
Similar Channels
No data
Any problems? Please refresh the page or contact our support manager.
Tags Cloud
No data
Any problems? Please refresh the page or contact our support manager.
Incoming and Outgoing Mentions
---
---
---
---
---
---
Attracting Subscribers
September '26
September '26
+3
in 1 channels
August '26
+2
in 0 channels
Get PRO
July '26
+23
in 0 channels
Get PRO
June '260
in 1 channels
Get PRO
May '26
+8
in 0 channels
Get PRO
April '260
in 1 channels
Get PRO
March '26
+12
in 0 channels
Get PRO
February '260
in 0 channels
Get PRO
January '26
+11
in 0 channels
Get PRO
December '250
in 0 channels
Get PRO
November '25
+50
in 0 channels
Get PRO
October '25
+29
in 1 channels
Get PRO
September '250
in 1 channels
Get PRO
August '25
+82
in 1 channels
| Date | Subscriber Growth | Mentions | Channels | |
| 07 September | 0 | |||
| 06 September | 0 | |||
| 05 September | +2 | |||
| 04 September | +1 | |||
| 03 September | 0 | |||
| 02 September | 0 | |||
| 01 September | 0 |
Channel Posts
🌟ТЕСТ «КАКОЙ ТЫ ШИПИК?»🌟
🌟Вот и началась учебная пора, а вместе с ней потихоньку подступает и осенняя хандра. Чтобы скрасить начало сентября и немного отвлечься от рабочих будней, предлагаем вам пройти небольшой тест!
Каждый шипик, как тип личности. Быстрее переходите по ссылке и узнавайте ваше состояние под начало учебного года🐀
| 2 |  +4🌟НейроБайкал 2026: Наука на берегу озера 🌟
На прошлой неделе прошла Всероссийская конференция на Биостанции ИГУ в посёлке Большие Коты по нейробиологии и биофотонике «НейроБайкал 2026»!
🌟Екатерина Игоревна выступила с докладом: «Искусственный интеллект и алгоритмы анализа нейрональных данных: от синапса до поведения».
Конференция уникальна своей локацией — прямо на берегу озера Байкал. Именно поэтому получилось создать невероятную, очень камерную и тёплую атмосферу, где послушали очень много интересных докладов и обсудили будущее науки.
Возвращаемся в работу с новыми силами🐀 | 148 |
| 3 |  Екатерина Пчицкая в подкасте «Говорим ОБ ИТ»🎙
🌟Если вы хотите узнать, как научные исследования и искусственный интеллект меняют привычный бизнес и технологии, этот выпуск обязателен к просмотру🌟
Екатерина Игоревна ответила на вопросы:
🌟Как ИИ помогает исследовать болезнь Альцгеймера;
🌟Почему качественные данные — это главный актив будущего;
🌟Оцифруют ли когда-нибудь наше сознание.
Разговор получился очень захватывающим!
Ссылки на ресурсы
Видео: Подкаст:
YouTube Яндекс.Музыка
ВКонтакте Все площадки
RuTube | 223 |
| 4 | 🌟ЛЕТНЯЯ ПРАКТИКА🌟
Если вы хотите пройти практику у нас в лаборатории и подавали заявку в посте выше, то эта информация для вас:
В понедельник состоится очное собрание:
🌟Когда? — в понедельник (29.06) в 13:00
🌟Где? — 1 корпус, ВШ ПМ И ВФ, 2 аудитория (между этажами кафедра находится)
🌟Что будет? — Объявим задачи, расскажем про процесс и саму работу!
Очень ждём свежие умы🐀 | 229 |
| 5 |  +4🌟СЪЕЗДИЛИ В МОСКВУ🌟
С 19 по 20 июня прошла lll научная конференция «Биофизика и физиология клетки» в Москве от организатора Центр теоретических проблем физико-химической фармакологии Российской академии наук🔬
Наши достижения:
🌟от нашей лаборатории было 4 стенда
🌟Екатерина Игоревна выступила с докладом «От оптической визуализации к цифровому анализу синапсов: количественная 3D морфология дендритных шипиков»
🌟Валерия Твердохлебова заняла 2 место в номинации «Лучший постер»! Поздравляем с заслуженной победой постера с милыми цветочками🕊️
В свободное время наша команда посетила выставку «Жириновский навсегда», где получили яркие эмоции и незабываемые впечатления!
Ждём новых поездок в другие города🎉 | 177 |
| 6 |  +1🌟NEuRT: Модель на основе трансформера для объяснимого анализа нейрональной активности🌟
🎉 У нас новая публикация в журнале IEEE Transactions on Neural Systems and Rehabilitation Engineering. Мы разработали и обучили NEuRT — универсальную базовую модель на основе искусственного интеллекта для анализа активности реальных нейронных сетей мозга.
🌟Изучение активности нейронов в мозге — очень важно для понимания того, как мы мыслим, и почему возникают нейродегенеративные заболевания, такие как болезнь Альцгеймера. Благодаря современным микроскопам мы можем отслеживать активность в головной коре, но этого не достаточно, так как связи между нейронами динамически меняются.
NeuRT - нейросетевая модель, обученная на открытом датасете MICrONS (зрительная кора мыши, ~270 ГБ), достраивает скрытые фрагменты записи мозговой активности.
Важные особенности:
— Универсальность: Модель уже прошла процесс предобучения, поэтому можно дообучить на своей небольшой выборке собственных записей активности для своих конкретных задач. При этом этого будет достаточно, чтобы получить хороший результат.
— Объяснимый ИИ: Модель не просто выносит вердикт, а объясняет своё решение с помощью методов интерпретации (в частности, Attention Rollout). Она буквально показывает, какие именно моменты в работе нейронных сетей указывают на патологию.
— Точность диагностики: NEuRT отличает мышей с болезнью Альцгеймера от здоровых с точностью свыше 91% (а в расширенной версии эксперимента — свыше 98%).
Прочитать статью можно тут! Также появились в РИА новости.
Поздравляем авторов с публикацией🐀 | 233 |
| 7 |  +3ТАК ВСЁ-ТАКИ ГОД ИЛИ ДВА?🥳🥳
🌟29 мая была знаменательная дата — ровно 1 год с официального открытия ЛАБИД и 2 года с момента выхода приказа об открытии лаборатории🌟
За этот период нам удалось сформировать работоспособный дружный коллектив, наладить рабочие процессы и, что не менее важно, закончить ремонт!
27 мая мы дружно подняли бокалы за открытие и желали новых побед. Нам подарили очень необычные подарки, например, как настольный футбол😅
Принимаем поздравления с первой годовщиной!🥳
🌟Также хочется сказать большое спасибо за вклад в развитие нашей лаборатории.
Коллегам — за профессиональную работу, ответственность и преданность общему делу. А также нашим читателям — за интерес, поддержку и доверие🐀
🌟Новых нам свершений🌟 | 229 |
| 8 |  🌟ЛАБИД ЖДЁТ НОВЫЕ УМЫ🌟
Приглашаем мотивированных студентов на летнюю практику (в первую очередь ИТ-направления: программирование, машинное обучение, компьютерное зрение, анализ данных) присоединиться к нашей команде. Мы работаем с реальными биологическими данными: флуоресцентная микроскопия, 3D-меши нейронов, видео поведения животных, нейрональная активность, медицинские документы и многим другим.
🌟Актуальные проекты 2026 года🌟
— DENDRSTAT25: Графовый вариационный автоэнкодер (VGAE) для анализа и генерации формы, расположения и ориентации дендритных шипиков и синапсов. Работа с датасетом MICrONS.
— DENDRSEG26: Улучшение и дообучение моделей сегментации дендритов и шипиков на микроскопических изображениях. Интеграция активного обучения в SpineTool.
— DENDRTIF26: Получение реалистичных микроскопических снимков дендритов с помощью 3D-мешей и различных методов конволюции. Расширение датасетов для обучения нейросетей.
— DENDRGEN26: Генерация синтетических дендритных шипиков и реалистичных поверхностей дендритов с помощью сферических гармоник и других методов.
— BIOBERT27, MMBERT26: Мультимодальные модели (BERT + CNN/YOLO), объединяющие нейрональную активность мозга и поведение мышей для анализа болезни Альцгеймера. Объяснимый ИИ, поиск биологически значимых паттернов.
— MAS27: Проекты по мультиагентным системам в науке (автоматизация исследований и работы с данными) и клинических испытаниях.
— FRT26: БФМ улучшения изображений в микроскопии.
— FRT27: Улучшение качества микроскопических изображений через деконволюцию и денойзинг, развертывание сайта с веб-сервисом для обработки изображений (в сотрудничестве с Яндекс)
*На данный момент проблемы с сайтом и с проектами можно ознакомиться, только заходя с компьютера*
🌟Если ты готов быть активным и инициативным в проектах — вступай к нам!
Здесь ты сможешь применять современный ИИ к реальным научным задачам, работать в междисциплинарной команде и вносить вклад в исследования нейродегенеративных заболеваний.
→ Заполняй форму
Ждём тебя в уютную и дружелюбную лабораторию! 🐀 | 994 |
| 9 |  No text... | 306 |
| 10 |  +3🌟НАУКА x Парламент x НАУКА🌟
🌟22–24 апреля прошла lll Всероссийская конференция в Институте цитологии РАН «Внутриклеточная сигнализация и метаболизм, транспорт, цитоскелет».
Итоги конференции:
🌟Всего мы выступили с 3 постерами и 1 докладом
🌟Пчицкая Екатерина презентовала доклад «Нейросетевые методы восстановления трехмерных изображений для количественного анализа внутриклеточных структур и процессов»
🌟 Волкова Екатерина заняла 3 место ⭐️️️️ в конкурсе постеров и получила много подарков от партнеров!
🌟Также 24 апреля 2026 года в Мариинском дворце в Санкт-Петербурге состоялся Петербургский научный форум «Наука × Парламент».
На мероприятии прошло 4 стратегические сессии: «Искусственный интеллект: от лаборатории до производства», «Технологический суверенитет: кадры, компетенции, вызовы», «Наука и здоровье: от исследований к терапии», «Ресурсы и экология: наука для устойчивого развития». Завлаб Екатерина Пчицкая выступила с докладом на 3 стратсессии «Искусственный интеллект и цифровые лаборатории: смена парадигмы научных исследований в биомедицине»!
Екатерине Игоревне вручили благодарность от председателя Законодательного Собрания Санкт-Петербурга А.Н.Бельского за «…значительный вклад в развитие отечественной науки и укрепление научного потенциала Санкт-Петербурга»
🌟 Продолжаем расти и удивлять! | 478 |
| 11 | Перчатки.pdf | 389 |
| 12 |  +3🌟ПРЕДСТАВЛЯЕМ КОЛЛАБ «МОКРОЙ» БИОЛОГИИ И ИСТОРИИ 🌟
🌟В коллективе с доктором исторических наук Ильей Сидорчуком мы готовим подачу междисциплинарного РНФ на тему «Проблема визуальных и семантических аллюзий в эстетике эпохи заката постмодерна (на примере рекламы силиконовых перчаток на маркетплейсе Ozon)»🌟
Данный грант был вдохновлен необходимым предметом обихода в лаборатории – перчатками, которые не только защищают от вредностей, но и являются деталью публичного образа завлаба.🐀😜 Как отмечает Илья Викторович, в результате поиска и изучения ассортимента перчаток на всем известном маркетплейсе в голову полезли оммажи, отсылки и прочие следствия интертекстуальности, которые вызывали поток вдохновения, результатом чего стала презентация (в приложении к посту).
🌟Научная эвристика в действии! | 429 |
| 13 |  +2🌟НОВАЯ СТАТЬЯ В «BIOINFORMATICS»🌟
🌟3D-дескрипторы формы дендритных шипиков для эффективной классификации и анализа морфологии в контроле и при моделировании болезни Альцгеймера на нейронах🌟
В прошлом посте мы рассказывали, как дендритные шипики непрерывно меняют форму — от тонких выростов до грибовидных «головок» — и как важно уметь это точно измерять,особенно при болезни Альцгеймера. Классический способ – изменить шипик (длина,объём и тп) или определить его тип (грибовидный/тонкий/пеньковый») либо слишком грубо упрощает, либо зависит от субъективного взгляда исследователя. Поэтому тонкие патологические изменения часто остаются незамеченными👀.
В новой статье нашей лаборатории мы впервые предложили два полноценных 3D-дескриптора формы дендритных шипиков:
1. Сферические гармоники (SphHarm)Представьте, что сложную 3D-форму шипика мы раскладываем на сумму простых «базовых» трёхмерных фигур (как разложение звука на синусоиды). Каждая фигура умножается на свой коэффициент — и в итоге получаем компактный вектор чисел, который полностью описывает форму. А ещё из этого вектора можно восстановить точную 3D-модель шипика.
2. Light Field на основе моментов ЦерникеЗдесь мы смотрим на шипик с пяти разных ракурсов (как будто фотографируем его «тень» с разных сторон). Каждую 2D-проекцию раскладываем на базовые геометрические паттерны — моменты Цернике. Получаем набор коэффициентов, который тоже отлично кодирует форму, но уже через проекции.
🌟Оба метода инвариантны к повороту и масштабу, не требуют ручной классификации и позволяют чётко разделять нормальные и патологические шипики в модели Альцгеймера in vitro. Различия между группами стали статистически более выраженными — именно то, что нужно для доклинических испытаний лекарств🌟
🌟Прочитать статью можно тут!
🌟Также наши шипики появились тут и тут!
#публикации@labidlaba
#интересности@labidlaba | 799 |
| 14 |  +4🌟ОДЕЖДА БУДУЩЕГО ДЛЯ УЧЁНЫХ🌟
🌟Наша лаборатория выступила партнёром федерального конкурса «Дизайн молодых / Young Design». Это масштабный проект, который даёт молодым дизайнерам шанс пройти путь от идеи до прототипа🌟
🌟Дизайнерам была дана задача, разработать концепцию современного образа учёного через одежду🌟
Были созданы:
• функциональный халат, учитывающая специфику работы;
• фирменная одежда нашей лаборатории, которые выглядят стильно и отражают концепцию «ЛАБИД»;
• один дополнительный элемент одежды на выбор участника: худи / толстовка; жилет; накидка; арт-объект одежды; элемент в стиле высокой моды или экспериментального дизайна, включающий визуальные элементы микроскопии живых клеток.
🌟20 февраля состоялась церемония награждения и выставка проектов победителей. В нашем треке куратором был Зелепухин Никита (куратор бакалавриата и ДПО НИУ ВШЭ Петербург направления «Мода»), а стала победителем — Волохова Кристина. Поздравляем с победой и желаем дальнейших успехов!🌟
🌟Спасибо всем участникам за стильные идеи!
Проект реализуется Фондом Инициатив Санкт-Петербурга и при поддержке Фонда Президентских грантов
#новости@labidlaba | 409 |
| 15 |  Поздравляем с Международным днём женщин и девочек в науке!
🌟Мы очень гордимся девушками нашей лаборатории и восхищаемся их пытливостью ума, целеустремленностью и упорством🐀. И уверены, в современной научной сфере таких женщин немало! Желаем вам научной смелости, профессионального признания и возможностей для реализации самых амбициозных идей. И пусть ваше любопытство никогда не угасает! 🌟
А еще, в такой важный праздник у нас есть две новости:
🌟Наша коллега Анастасия Раковская одержала победу в конкурсе СПбПУ «Аспирант года» 👩🏼🔬. От всей души поздравляем и желаем еще больших успехов в дальнейшем!🌟
🌟Сегодня опубликована статья про методы анализа дендритных шипиков, авторства Дарьи Смирновой и Аниты Устиновой 🐀 (под руководством заведующей лаборатории Екатерины Пчицкой и научного сотрудника Вячеслава Чуканова). Подробнее о теме публикации мы расскажем в следующем посте. Поздравляем коллег! 🌟
#новости@labidlaba | 403 |
| 16 |  🌟На научно-популярном портале «Биомолекула» вышел текст наших сотрудниц про анализ морфологии дендритных шипиков методами ИИ! Статья опубликована в рамках ежегодного конкурса «Био/Мол/Текст» в спецноминации «Искусственный интеллект в биологии» 🌟
Дендритные шипики — это выступы плазматической мембраны нейронов на их отростках (дендритах), отвечающие за синаптические связи с другими нейронами. Считается, что морфология (форма) дендритных шипиков тесно связана с тем, как они функционируют. Область исследования формы шипиков и их расположения при различных состояниях и заболеваниях поистине безгранична.
Ранее разработанные математические методы и ПО для анализа изображений шипиков с ростом объема данных теряют свою актуальность. На сцену выходит искусственный интеллект: нейросетевые методы сегментации дендритов и шипиков, машинная классификация шипиков и дендритов на основе математических метрик, графовые нейронные сети для классификации нейронов. Об этих методиках и их перспективах в исследованиях дендритных шипиков расскажем ниже.
🌟Прочитать можно тут!
#интересности@labidlaba | 608 |
| 17 |  +1🌟ОКНО В A*: ЛАБИД на конференции в Сингапуре! 🌟
🌟20-27 января прошла ежегодная конференция по Искусственному Интеллекту в Сингапуре, организаторы — Ассоциация Содействия Развитию Искусственного Интеллекта (AAAI). Программист нашей лаборатории Александр Сачук прошел отбор на студенческий трек и представил на постерной сессии свой проект "SciDataMAS: LLM-Driven MAS for Scientific Data Management"! 🌟
🌟SciDataMas — система для автоматического аккумулирования научных данных и удобной работы с ними. Все операции происходят автоматически при помощи агентов на базе LLM, одна модель на каждую операцию:
🌟создание датасетов
🌟добавление данных с разметкой
🌟получение аннотированных данных и т.д.
При работе с SciDataMas исследователям не требуется много времени и специальных знаний для сохранения данных. Такая система видится нам важной, поскольку решает проблему потери драгоценных данных для многих областей науки🌟
🌟Не можем не отметить, что Александр Сачук — первый человек из Политеха Петра, попавший на конференцию уровня A* 🐀. Делимся его впечатлениями о конференции:
Мне показалось, что AAAI интересна прежде всего вариативностью задач — гуляя просто среди постеров можно вдохновляться различными практиками, которые могут найти отклик в собственных работах. Ну и приятное место заряженное энергией амбициозных ресерчеров, куда без этого.
В основной сессии постеров прежде всего смотрел методы CV, среди них были релевантные нам работы.
Также отмечу интересные доклады Mateo Espinosa Zarlenga и Pietro Barbiero на тему интерпретируемого машинного обучения (в частности про feature bottleneck) и команду Артема Шелманова за доклад по оценке неуверенностей языковых моделей.
На воркошопах мое внимание прежде всего было обращено парадигмам и идеям в автоматизации научных исследований, где были представлены интересные работы от IBM и TUM.
🌟Гордимся Александром! И продолжаем расти!
#новости@labidlaba | 614 |
| 18 |  +8Последний рабочий день в этом году....
🌟И мы подводим итоги 2025 года!🌟
🌟Главное, что произошло в 2025 году — мы официально открылись! У нас появились собственные помещения: офис, семинарская, коворкинг и кухня — места для сбора и обсуждений текущих проектов и будущих планов! Помимо этого мы опубликовали 5 статей и посетили множество конференций, как биологической тематики, так и айтишной🌟
Подробнее смотрите в карточках к посту! (часть цифр выдумана🐀)
🌟Поздравляем всех коллег и читателей с Наступающим Новым Годом! Желаем новых свершений и крутых проектов в 2026 году! Спасибо, что читаете нас!🌟
#новости@labidlaba | 523 |
| 19 |  +1🌟ПОЛОЖЕНИЕ ШИПИКОВ НА ДЕНДРИТАХ И СИНТЕТИЧЕСКИЕ ДАННЫЕ🌟
🌟В прошлом посте упоминали международную научную конференцию «Системы и технологии цифровой медицины» (International Conference on Systems and Technologies of the Digital HealthCare - 2025). В конце ноября вышли публикации в IEEExplore, в том числе две наши. Рассказываем подробнее!🌟
Первая работа посвящена анализу пространственного распределения дендритных шипиков в норме и при моделировании болезни Альцгеймера.
Дендритные шипики не появляются случайно вдоль дендрита, они образуют "горячие точки оборота" - места, где наиболее часто вырастают шипики. При этом формируются пространственные кластеры - 2 и более шипиков на расстоянии 5-10 мкм.
🌟В нашей работе для характеристики пространственной организации дендрита для начала трехмерная модель дендрита была перведена в цилиндрические координаты, каждый шипик представляет собой набор из координат. К этим данным была применена кластеризация методом DBSCAN, который cгруппировал шипики по близости в 5 мкм в пространстве и выделил одиночные. Для всех шипиков в каждом кластере был проведен анализ их морфологических метрик и принадлежности к конкретному классу, на основании чего были построены таблицы, показывающие вероятность, с которой два шипика определенных классов склонны располагаться в одном пространственном кластере🌟
🌟В результате данного подхода к анализу дендритных шипиков было выявлено, что корреляция между морфологическими характеристиками шипов и их взаимным расположением отличается у нормальных нейронов и нейронов модели болезни Альцгеймера. Сама разработанная методика может использоваться для анализа изменения дендритов при разных патологиях и воздействиях, а получаемые данные можно использовать для обучения классификаторов🌟
Вторая публикация посвящена алгоритмическим методам для реалистичного создания поверхности синтетических дендритов.
Процесс получения нейробиологических данных трудоемок и дорого, а для проверки гипотез/работы алгоритмов и обучения нейросетей могут потребоваться большие датасеты. Качественные сиинтетические данные могут ускорить упомянутые процессы.
🌟В работе предложен новый алгоритм для генерации синтетических трехмерных моделей дендритов. На реальных данных была изучена естественная изменчивость длины и углов ветвления дендритов, на основе которых был разработан метод реконструкции поверхности, создающий гладкую, биологически правдоподобную 3D-модель, лишённую артефактов. В завершении алгоритмически размещаются дендритные шипики на поверхности, соблюдая геометрические и пространственные ограничения🌟
🌟Валидация сгенерированных синтетических дендритов проводилась путём их сравнения с реальными данными по нескольким параметрам:
🌟Распределение геометрических параметров, таких как длины сегментов и углы между сегментами
🌟Статистические свойства последовательностей сегментов дендритов в логарифмическом масштабе
Текущая методология присоединения шипиков обеспечивает визуально согласованную интеграцию, а не полную биологическую точность, получаемые синтетические дендриты успешно улавливают основные характеристики целостных нейронных структур🌟
🌟Поздравляем коллег с публикациями!
#публикации@labidlaba
#интересности@labidlaba | 362 |
| 20 |  +3Мы к вам с новостями за последний месяц!
Что было интересного:
🌟 26-28 ноября прошел V Конгресс Молодых Учёных в Сириусе! Традиционное мероприятие, где становится понятно куда "дует научный ветер" в стране. В этом году было значительное количество сессии про ИИ в акцентов на науку и технологии, например «Трансформационные достижения в области искусственного интеллекта: формирование будущего науки, исследований и образования. На стенде Политеха была лекция от нас и СНО Политеха подготовили мероприятие по ИИ в науке на примере кейсов лаборатории. + обсудили потенциальные совместные проекты с коммерческими компаниями🐀 здесь у нас большая зона роста🌟
🌟 2-3 декабря посетили IV ежегодную Всероссийскую молодежную конференцию по методам и приборам для анализа биологических🌟объектов, Е.И. Пчицкая в докладе поделилась современными методами предобработки и обработки биомедицинских данных, разработки ПО в контексте приборостроения. Уже очевидно, что прибор+ПО должны разрабатываться синергично чтобы создавать максимальную ценность для потребителя. А если потребитель является ученым - то нужно наглядно показывать какие данные и информацию он может получить🌟
🌟Ещё летом проходила международная научная конференция
«Системы и технологии цифровой медицины» — STDH 2025. На ней мы представили два доклада, а сейчас вышел сборник публикаций в IEEExplore: тут можете прочитать про методы пространственного анализа расположений шипиков на дендрите, а тут — про методы генерации синтетических моделей дендритов! 🌟
#новости@labidlaba
#публикации@labidlaba | 499 |
