Liza Loves Biology

Недавно выяснилось, что оплодотворение у клопов осложняется одним обстоятельством: на его эффективность непосредственным образом влияет микробиота половых путей самки. Если сперматозоиды самца в половых путях самки натыкаются на микробы, с которыми они прежде не встречались, вероятность оплодотворения падает на 20%. Если же сперматозоиды встречают микробы, с которыми раньше встречались, например, развиваясь в организме самца, эффективность оплодотворения не страдает. Мало того, активация иммунной системы самки может снизить шансы на оплодотворение еще на 13 процентов. Вот такая вот запутанная личная жизнь у клопов.

Новость уровень первое апреля. 50-летняя женщина в течение двух лет несколько раз попадала в больницу с алкогольной интоксикацией, хотя, по собственному признанию, вообще не пила. В прошлом пациентка, конечно, позволяла себе бокальчик винца в выходной день, но потом принципиально перестала пить по религиозным соображениям. Началось все с того, что два года назад женщина внезапно стала засыпать во время выполнения ежедневных дел, например, сборов на работу или приготовления пищи. Ее речь внезапно становилась путаной и невнятной, а в ее дыхании непонятным образом стал ощущаться запах алкоголя. Уровень спирта в ее крови достигал 39 ммоль/л, при том что у невыпившего человека это значение не превышает 2. Печеночные ферменты у пациентки при этом были в норме. Врачам ничего не оставалось, как констатировать алкогольную интоксикацию, несмотря на все безумие ситуации. Но, если женщина не принимала алкоголь сама, спирт в ее организме могли теоретически вырабатывать микроорганизмы, живущие в ее кишечнике. Действительно, терапия антигрибковым препаратом фуконазолом с соблюдением режима питания и последующим восстановлением кишечной микробиоты привело к выздоровлению. Вообще, явление алкогольного отравления у непьющих людей известно аж с 1952 года, когда оно было впервые описано в Японии. В 1980-х годах появились сообщения об аналогичных пациентах в США, а в Великобритании, судя по систематическому обзору 2020 года, с 1974 года к врачам обратились 20 пациентов с таким состоянием. И смех, и грех, как говорится.

Переход в состояние глубокого покоя, который находится на границе живого и мертвого, или диапаузы — вещь в целом полезная, и не только у спорообразующих бактерий. Очень важно уходить в состояние глубокого покоя, когда ты живешь в таком месте, которое время от времени становится абсолютно непригодно для жизни. Именно в таких условиях живет нотобранх Фурцера (Nothobranchius furzeri). Ему приходится находиться в состоянии диапаузы аж восемь месяцев! Авторы недавней работы, вышедшей в Cell, решили разобраться, как вообще устроены механизмы диапаузы у этого и родственного видов. Для этого они изучили эмбрионы нескольких видов рода Nothobranchius со всех сторон: и экспрессии генов, и доступности хроматина, и липидного состава. Оказалось, что диапауза — относительно недавнее приобретение: в ее основе лежат перестройки регуляторных областей очень древних генов-паралогов, которые, к слову, есть у всех позвоночных. CRISPR-опосредованный скрининг показал, что ключевыми регуляторами диапаузы выступают транскрипционные факторы REST/NRSF и FOXO, которые, помимо прочего, регулируют экспрессию генов липидного метаболизма — очень важный аспект диапаузы. При диапаузе изменяется липидный состав организма рыбы: повышается доля триглицеридов с жирными кислотами, имеющими очень длинные цепи. Интересно, а у других рыб с диапаузой, а именно, двоякодышащих рыб, механизмы, лежащие в основе диапаузы, такие же?

Недавно на канале выходил пост с рассказом о тернистом пути Альберта Эйнштейна в «академии». Интересно, как бы сложилась жизнь гения в наши дни? Смог бы Эйнштейн сам зафиксировать гравитационные волны? Потенциал ученых прошлого непросто оценить в настоящем. Да и история не терпит сослагательного наклонения. Но мы попробуем! Итак, сложность детекции гравитационных волн заключается в том, что они (как и волны на поверхности воды) угасают — их интенсивность слишком мала. Ученые из Лазерно-интерферометрической гравитационно-волновой обсерватории (LIGO) доказали существование гравитационных волн только в 2015 г. — через 100 лет после предсказания Эйнштейна. Физики зафиксировали волны, порожденные слиянием двух черных дыр 1,3 млрд лет тому назад! Прямое доказательство стало возможным благодаря обработке гигантских объемов данных. Как? С помощью Python и его библиотек: ▫️NumPy и SciPy использовались для обработки и математического анализа сигналов, обнаруженных LIGO ▫️Scikit-learn применялась для разработки алгоритмов машинного обучения, позволяя отсеивать ложные срабатывания и фокусироваться на истинных сигналах ▫️Matplotlib помогала в визуализации данных И еще Python поспособствовал сотрудничеству ученых из разных стран: легкая читаемость кода обеспечила прозрачность и воспроизводимость исследований. Тяжело бы пришлось в наше время Эйнштейну без Python :) А вам? Если вы еще не определились, то обратите внимание на любопытное событие: друзья из Бластим предложили одному везунчику пройти экспресс-курс по Python в науке бесплатно в режиме реалити-шоу. Для зрителей такой формат позволяет понять, нужны ли навыки Python и сложно ли их освоить. Следить за новостями можно тут. А если вы итак знаете, что пора учить Python, но всё никак не начнете, то лето — самый вдохновляющий период времени для чего-то нового в приятной компании. С 1 июля по 3 августа пройдет основной и капитальный курс от Бластим по Python для анализа данных в науке. По промокоду LIZALOVESPYTHON вы получите дополнительную скидку 20%. Больше подробностей о курсе здесь.

Один из самых причудливых симптомов некоторых форм шизофрении — шизофазия, которую в англоязычных источниках еще называют "словесным салатом" (word salad). Больные шизофазией становятся очень болтливы, что называется, фонтан не заткнешь, говорят монологом и совершенно не нуждаются в собеседнике, но самое главное — они произносят абсолютно бессмысленные наборы слов, хотя, и это очень важно, грамматика предложений при этом остается правильной. Порой такие пациенты бывают весьма велеречивы и говорят с большим напором. Изредка пациенты не озвучивают, а выдают такую речь в письменном виде. Самый известный пример речи больного шизофазией, уже ставший медицинским мемом, начинается со слов "Родился на улице Герцена, в гастрономе номер двадцать два...", и стенограмма этого спича даже попала в Большую медицинскую энциклопедию (полный текст есть в Википедии, а послушать можно тут). Сперва речь пациента с шизофазией звучит забавно, но вообще это явление свидетельствует о крайне выраженной патологии. Несмотря на яркость симптома, похоже, физиологические основы такой бессистемной говорливости никто особо не изучал. Может, симптом уж больно редкий, но мне кажется, что его физиологические причины могут быть интересны и с клинической стороны.

Вместе с коллегами из мира науки собрали для вас очень крутую, интересную и полезную папку каналов о науке и для учёных. Благодаря ней вы познакомитесь с Молодёжным научным клубом «Механизм» им. Ж.И. Алфёрова, фильмом Наука женского лица, узнаете из чего состоит жизнь учёных, найдёте выпуски подкаста Учёные жены и Что-то на научном, найдёте полезную информацию про интеллектуальную собственность, разработки учёных и много чего другого не менее интересного. Кликайте сюда и сохраняйте!

И снова о гигантских геномах (спасибо @lazy_fern!). Эта с виду заурядная амеба вида Polychaos dubium обладает просто потрясающим геномом из 670 миллиардов пар оснований! Такой колоссальный размер достигается за счет сумасшедшей полиплоидии: геном этой амебы примерно от 1150 до 23000-плоидный! Важно, однако, отметить, что размер генома P. dubium был определен в еще в 2004 году, когда многие методы геномики не были разработаны, и сами авторы исследования призывают относиться к их данным с осторожностью, но каких-либо опровержений их оценок я найти не смогла.

Хочу познакомить вас еще с одним каналом, который может быть вам интересен. Нейровечеринка – канал, который ведут два нейропсихолога, Надя Стыцюк и Наташа Чижкова, а помогают им эксперты из их команды: клинические психологи, семейный консультант, игровой дефектолог, педиатр, невролог и психиатр. На канале есть ответы на вопросы подписчиков, интересные статьи и авторские мемы. Например, вы можете прочитать там интервью с психиатром Елисеем Осиным, погрузиться в нейробиологию расстройств пищевого поведения, узнать, какие процессы происходят в мозге при нейровоспалении, посмотреть на потрясающие синапсы и скачать бесплатный гайд по паническим атакам. А ещё команда проекта перевела необычную карту мозга и поделилась фактами о её создателе. В общем, подписывайтесь, не пожалеете!

❗️Уже в следующий четверг, 6 июня, в 17:30 пройдет еще одна онлайн-лекция, организуемая совместно с Научным клубом ФББ. 📌 Лектор — Илья Ясный, кандидат химических наук, руководитель научной экспертизы фармацевтического фонда LanceBio Ventures, редактор портала Биомолекула. 💊 Лекция будет посвящена лекарствам для мозга. Чего добилась фармацевтика в лечении заболеваний мозга? Какие типы заболеваний лечатся хорошо, а какие - совсем не лечатся и почему? Какие перспективы существуют в лечении нейрозаболеваний? 📆 Когда: 6 июня, 17:30, онлайн-формат. 💻 Лекция будет транслироваться на Youtube по ссылке: Lv.fbb.msu.ru/sciclubyt. 🎬 Как обычно, запись лекции будет доступна и опубликована на нашей странице в VK, также на канале Нейрокампуса в Rutube.

🚀 @SBERLOGABIO webinar on bionformatics and data science: 👨‍🔬 Robert Hoehndorf, Maxat Kulmanov, "DeepGO-SE - Protein function prediction as approximate semantic entailment" ⌚️ Thursday 6 June, 18.30 (Moscow time). Unusual time - pay attention. Add to Google Calendar The talk is based on Nature Machine Intelligence paper: https://www.nature.com/articles/s42256-024-00795-w#Sec1 presenting a beautiful, original approach to the task to predict protein properties (Gene Ontology terms) based on the protein sequence (like CAFA5 Kaggle challenge). From leading experts in the field. The Gene Ontology (GO) is a formal, axiomatic theory with over 100,000 axioms that describe the molecular functions, biological processes and cellular locations of proteins in three subontologies. Predicting the functions of proteins using the GO requires both learning and reasoning capabilities in order to maintain consistency and exploit the background knowledge in the GO. Many methods have been developed to automatically predict protein functions, but effectively exploiting all the axioms in the GO for knowledge-enhanced learning has remained a challenge. In this webinar, I will present DeepGO-SE, the latest version of DeepGO methods, that predicts GO functions from protein sequences using a pretrained large language model. DeepGO-SE incorporates the knowledge in GO by learning multiple approximate models of GO using an ontology embedding method. Furthermore, it uses a neural network to predict the truth values of statements about protein functions in these approximate models. We aggregate the truth values over multiple models so that DeepGO-SE approximates semantic entailment when predicting protein functions. We show, using several benchmarks, that the approach effectively exploits background knowledge in the GO and improves protein function prediction compared to state-of-the-art methods. Zoom link will be in @sberlogabig just before start. Video records: https://www.youtube.com/c/SciBerloga - subscribe !