A Certain Scientific Impostor

Тем временем, книга уже в прессе перед сшивкой.

#цитаты "..фарма она такая, вроде только начал что-то делать, разрабатывать - а глядь, уже судишься!.."

#peptide_synthesis_tips часть 2. #блокнотик Несмотря на привлекательность конвергентной сборки, воспользоваться ей получается редко и в специфических случаях ретросинтетического расчленения. Это объясняется следующим образом. Обращение конфигурации чаще всего не происходит, когда ты пришиваешь к N-концу пептида по одной аминокислоте, так как стереоцентр кислоты стерически экранирован защитной группой. CBz-группа хорошо защищает от рацемизации одной АК в большинстве случаев. * Однако напротив, когда конвергентно сшиваются большие куски, то пептидная цепь на амине кислотной компоненты не защищает его стереоцентр от обращения. Поэтому, когда идет планирование синтеза длинного пептида, то ретросинтетическое расчленение необходимо делать c С-конца по таким аминокислотам, которым нечего рацемизовать или которые редко рацемизуются - в первую очередь это глицин, а также пролин. * Кстати говоря, большие куски сшиваются значительно труднее, и тем труднее чем выше молекулярная масса. В таких случаях надо пользоваться более злым реагентом (типа TBTU, HBTU), или даже греть : но температура повышает степень рацемизации. Впрочем, чаще всего градусов до 50 - 70 можно спокойно погреть. Иногда можно заменить растворитель на DMF и если не помогло - на DMSO и увеличить концентрацию реакционной смеси. * Отдельный вопрос, почему непропорционально труднее пришивается (tBoc)3-DOTA, с которой мы работаем пришивая ее как радионуклидный хелатор к пептидному вектору доставки. Вероятнее всего она комплексуется с катионами присутствующими в исходном или в реакционной смеси, и карбоксильная группа деактивируется пока занята хелатированием гостевого катиона. * Итак, если очень хочется конвергентную сборку, то длинный пептид имеет смысл разбивать в таких местах, чтобы кислотой был глицин или пролин, если они есть в структуре; остальные аминокислоты навешивать максимально осторожно по одной штуке. Пример из жизни - соединение двух кусков (пентапептида-Asn-NH2 в качестве аминной компоненты и тетрапептида-Thr-OH в роли кислотной компоненты) конвергентно для синтеза циклического нонапептида атозибана, рассеченного в неправильном месте привело к совершенно неубираемым 18% диастереомера на пред-пред-предпоследней стадии. Печалька. * Азидный метод сшивки считается самым-самым, в котором ничего не оборачивается. Пентафторфениловый - похуже, но может быть лучше карбодиимидного. * Практически только карбаматная защита не дает пятичленный оксазолон, поэтому карбаматы дают часто лучший результат в плане минимизации обращения.

Да будет теперь импостер с комментами. Suit yourself, feel at home, etc. Группа для дискаса - тут.

#peptide_synthesis_tips часть 1. #блокнотик Пока у подписчиков не сложилось впечатление что я переквалифицировался в погромисты, надо срочно вернуться к ортодоксально-химической тематике. Таким же образом, как у меня сделаны #HPLCtips , поведу некоторое время тезисные заметки по пептидному синтезу. Сначала будет БАЗА. * Одна из ключевых особенностей пептидного синтеза, держащая в напряжении синтетика - рацемизация. Главный путь рацемизации таков: активированный эфир атакуется кислородом карбонильной группы ближайшей пептидной связи, образуя пятичленный оксазолон. У этого оксазолона альфа-водород весьма подвижен (pKa ~9, H2O, 25oC), и в присутствии основания есть равновесие, которое приводит к постепенной рацемизации. * Лайфхаков уменьшающих эту степень и скорость рацемизации множество. Во-первых, использовать при создании пептидной связи стерически затрудненные основания - DIPEA, NMM. Особенно часто используем NMM. * Во-вторых, контроль температуры реакции - чем она меньше, тем менее выражена рацемизация. В реакциях с DCC (сравнительно слабый, стандартный реагент для каплинга - аж со времен первого использования его при замыкании лактамного цикла в полном синтезе пенициллина) меньше -20 температуру опускать смысла нет - может уже сильно тормозиться само создание пептидной связи. Типичный температурный режим ==> -15/-10 пока прикапывается раствор DCC. После этого обычно отогревают самогревом до r.t. и дожимают конверсию. * Разумеется, использование HOBt, HOAt, и прочих. Это все понятно, но лайфхак про который мало кто знает - перед добавлением DCC после смешения кислоты, амина, основания и HOBt выждать некоторое время при r.t. Вероятно, наступает некоторое равновесие в образовании комплекса кислоты с HOBt, и это играет роль в дальнейшей селективности.

Знающие люди подсказали интересный и чуть более технологичный пайплайн для печати книг: epub --> latex --> pdf, пересортировку в тетради делать уже в LaTex собственно, либо самому настроить, либо воспользоваться сделанными заранее шаблонами (наверняка такие есть). Напишу, как разберусь подробнее.

Давненько я вам ничего не рассказывал, давайте-ка я вам расскажу про домашнее книгопечатание, а точнее про один его аспект - верстку и, собственно, печать. Мы с @scihugs решили сделать своими руками книгу. По крайней мере, попробовать. Больно уж дикие цены ломят на иностранную литературу, а уж на английские учебники и научную литературу цена вовсе космическая. Читать научную литературу с читалок сплошное мучение; с планшетов - жалко глаза. Так что мы наверняка не первые, кто задумались о печатании книг самостоятельно. С удивлением для себя мы обнаружили, что это с технической точки зрения гораздо сложнее, чем кажется на первый взгляд. Остановившись в проекте на французском переплете, как на самом эстетически привлекательном и долговечном (кроме того, классический французский переплет не делают промышленно, то есть это кропотливая ручная работа), мы столкнулись с необходимостью перед сшивкой разбить книгу на тетради-брошюры по 4 листа (16 страниц). Дисклеймер - я, возможно что то не знаю достоверно, или не в курсе о наличии какой то программы, но вот что узнали за эту неделю, по пунктам: 1) Epub, к изумлению, не печатают. Вообще. Делают круглые глаза и переспрашивают "какой какой формат? А в pdf есть?" 2) Большинство типографий деградировало до того, что максимальный уровень сложности заказа для них это напечатать автореферат. 3) Книгу могут сделать, но именно уже в готовом формате с заводским переплётом, и это совсем другая цена (к тому же это не спортивно). Французский же переплёт не делает (почти?) никто. 4) В нашем ТЗ было напечатать книгу из Epub ~50-тью брошюрами по 16 страниц - то есть по 4 листа, на каждом из которых с обоих сторон по 2 страницы. Поэтому сначала пришлось самостоятельно верстать и готовить файл к печати, конвертируя epub. Для этого я могу порекомендовать Calibre. 5) Попытка распечатать "линейный" файл с обычной очередностью страниц пятидесятью брошюрами обнаружила то, что никто не знает как это сделать!! Очевидно, что из-за компоновки и очередности печати страниц - так, первая распечатываемая страница должна быть шестнадцатой, потом идет первая, потом вторая, потом пятнадцатая... и тд, а затем после 8ой и 9ой идет тридцать вторая.. в общем нам ничего не смогли предложить, за исключением "гениальной" идеи вручную разбивать файл на 50 отдельных пдф-ок по 16 страниц, и уже их печатать как брошюры. 5) Программ для такой печати книг брошюрами для масс маркета нет! Ну то есть примерно вообще. Fineprint глючный и дорого стоит - но даже в полной версии похоже нет нужного функционала. Я так понял, что программные пакеты позволяющие печатать именно книги довольно дорого стоят и есть только у производителей книг. 6) Окей, я человек упорный, и я решил переконвертировать файл книги таким образом, чтобы страницы поменять местами, чтобы его можно было распечатать "линейно" на обычном софте и оборудовании, а эффект бы получился как от брошюровки. Написал скриптик на питоне, который даёт последовательность страниц для печати, зная сколько страниц в книге и сколько планируется в брошюре. 7) И снова неудача! Вы пробовали когда нибудь в акробате или ворде распечатать 800 отдельных кастомных страниц одним заданием? мы протестировали разные виртуальные принтеры из разных программ - из акробата, хрома, ворда - ни одна из них не позволяет задать последовательность из 800 номеров страниц через запятую!! Спас только PDF-X-Change у которого нет этого дебильного ограничения. TLDR: Компетенции копицентров для печати брошюрами не хватает, а делать полноценный заказ на книгу это оверкилл. В конечном итоге у меня так прикипело от всей этой ситуации, что я написал крохотный проектик для такой конвертации PDF-книг. Скрипт приготовляет пдфки к печати брошюрами под переплет, используя обычный софт и принтеры. Для всех конвертаций на лету используется замечательный бинарник pdftk и его питоновские врапперы. Теперь на входе обычная электронная книга, а на выходе за +-1 один клик - готовая к переплету. чирс. https://github.com/radicalsubject/verstka-pdf.git

Boring reaction made cooler with blue LEDs

Честно стащено из чатика.