آزمایشگاه پارس سیلیکو

🔔 دانلود جدیدترین نسخه نرم افزار #گرومکس 📥 #gromacs v5.1.3 (linux) ✨ #Molecular_dynamics (MD) 💾 25 MB 🏆ParsSilico Laboratory 🌐www.DrugDesign.ir

🔔 وبینار رایگان Upcoming Webinar 💎با موضوع : Crystallography as a Drug Design and Delivery Tool 📢 سرفصل ها: 🔸How and why we use Protein X-ray Crystallography 🔸How we apply it to drug discovery and design 🔸What is fragment-based drug discovery ... 🔸Case studies of crystal form changes during development 🏆مجری برگزاری: American Chemical Society 🕘 پنجشنبه 28 مرداد ساعت 22:30 الی 23:30 🌐 لینک ثبت نام https://attendee.gotowebinar.com/register/7516179394736264450 ⏳ آزمایشگاه بیوانفورماتیک پارس سیلیکو

🔔 موقعیت دکترا ⏳ موضوع:Pathogen Genomics and Metagenomics 🕘 استخدام کننده: University of Canterbury in New Zealand 🏆 شرایط و توانایی های لازم: An honours or masters degree in a biological or mathematical discipline such as biochemistry, genetics, molecular biology, maths, statistics, physics, computer science or equivalent, and a demonstrated interest in developing bioinformatic skills. 🌐 وب سایت http://www.canterbury.ac.nz/courses/grad_postgrad/phd.shtml ✨ آزمایشگاه بیوانفورماتیک پارس سیلیکو

http://goo.gl/L9lpcR ⁣💥توالی یابی نسل جدید NGS 🔔 بخش دوم کنترل کیفیت و حذف و فیلتر کردن دیتاها ارزیابی کیفیت اولین مرحله در مسیر بیوانفورماتیک RNA-seq می باشد. اغلب، برای فیلتر کردن داده، حذف توالی با کیفیت پایین و یا بازها (پیرایش)، آداپتورها ، آلودگی ها ، overrepresented و یا تصحیح اشتباهات و برای اطمینان از داشتن نتیجه نهایی دقیق ، لازم است. 💎 (2-1) معرفی ابزار های کنترل کیفیت Quality control ✔️پکیج dupRadar : یک پکیج R برای کنترل کیفیت و انالیز میزان Duplication برای دیتا های RNA-seq ✔️ابزار FastQC : ابزار جامعی برای کنترل کیفیت دیتا های NGS بر پایه جاوا . نسخه ویندوز لینوکس و مک موجود می باشد. فرمت فایل های ورودی میتواند BAM, SAM و FASTQ باشد ✔️ابزار RNA-SeQC : ابزار کنترل کیفیت دیتا های RNA-seq که بر پایه جاوا می باشد. ورودی نرم فزار یک یا چند فایل BAM می باشد 💎 (2-2) حذف اداپتور ها و فیلتر کردن 🔷ابزار Trimmomatic : نرم افزار بر پایه جاوا که برروی هر دو نوع (single or pair-ended) فایل های fastq عمل Trimming و حذف اداپتور ها را انجام می دهد 🔷ابزار clean_reads : ابزاری برای تمیز کردن دیتا های NGS . حذف نواحی با کیفیت پایین، اداپتور ها و.. 🔷ابزار cutadapt : ابزاری برای حذف اداپتور ها از دیتا های NGS 🔷ابزار FASTX : بسته نرمافزاری جهت تبدیل فرمت FASTQ به FASTA ، دریافت اطلاعات کیفیت فایل و حذف و فیلتر کردن باز ها و توالی ها 🔷پکیج ShortRead : یک پکیج R برای کنترل کیفیت دیتا ها و دستکاری و فیلتر کردن آن ها می باشد. 🖥 آزمایشگاه بیوانفورماتیک پارس سیلیکو

💡مجموعه کارگاه های آموزشی پارس سیلیکو ✨طراحی دارو ✨طراحی واکسن ✨بیوانفورماتیک عمومی ✨بیوانفورماتیک سرطان ✨بایو لینوکس ✨دینامیک مولکولی ✨مدلسازی پروتئین ✨برنامه نویسی پایتون و R ✨و . www.DrugDesign.ir

🔔 موقعیت پسا دکترا ⏳ موضوع: Genomics of adaptation in fungi at ULaval 🕘 استخدام کننده: Landry Laboratory at Universite Laval in Quebec City ✨ رشته متقاضیان: PhD in biology, bioinformatics or computational biology 🏆 شرایط و توانایی های لازم: strong background in bioinformatics and statistics (R, Python) 🌐 وب سایت http://landrylab.ibis.ulaval.ca/?page_id=10 ✨ آزمایشگاه بیوانفورماتیک پارس سیلیکو

Science Magazine – 8 July 2016 English | 114 pages | True PDF | 48 MB 🖥 آزمایشگاه بیوانفورماتیک پارس سیلیکو https://telegram.me/joinchat/BAf7RjvM0GlPgHBuk_JBEQ

⚜با raybot آشنا شوید!! 🔰نیمه ماشین! نیمه موجود زنده اطلاعات بیشتر درباره این موجود در مجله Science 🖥 آزمایشگاه بیوانفورماتیک پارس سیلیکو https://telegram.me/joinchat/BAf7RjvM0GlPgHBuk_JBEQ

🔔 مقاله برتر ماه ⬅️در این مقاله مروری که در مجله Nature Reviews Genetics چاپ گردیده Hubert Hackl و همکارانشان اقدام به معرفی و بررسی ابزارهای ژنومیک محاسباتی مختلفی کرده اند که برای مطالعات ایمونولوژی سرطان کاربرد دارند. 📝 Computational genomics tools for dissecting tumour–immune cell interactions 💾 Nature Reviews Genetics (2016) 💡 doi:10.1038/nrg.2016.67 ⏳Published online: 04 July 2016 ✨ #genomics 🌐 www.ParsSilico.com 🖥 آزمایشگاه بیوانفورماتیک پارس سیلیکو

تصویری جالب از لحظه دیدار اسپرم و تخمک عکاس: لینارت نیلسون 🖥 آزمایشگاه بیوانفورماتیک پارس سیلیکو https://telegram.me/joinchat/BAf7RjvM0GlPgHBuk_JBEQ

لینارت نیلسون ( Lennart Nilsson ) دوازده سال از عمر خود را صرف تهیه تصاویری از رشد نوزاد درون رحم کرده است . این تصاویر پایین یکی از لحظات باورنکردنی با استفاده از دوربین های مجهز به لنز ماکرو و همچنین میکروسکوپ الکترونی گرفته شده است. در تصویر زیر اولین دیدار بین اسپرم و تخمک را ملاحظه می کنید. 🖥 آزمایشگاه بیوانفورماتیک پارس سیلیکو

http://goo.gl/I2Z8cK 📂 بلاست (Basic Local Alignment Search Tool) 🔹بعد از شناسایی یک ژن یا پروتئین جدید، جستجوی بانک های اطلاعاتی برای یافتن توالی های همسان یا مشابه انجام می شود. 🔹آنجه در برنامه بلاست انجام می شود پیداکردن جفت قطعاتی از توالی است که امتیاز همردیفی آن ها از یک آستانه مشخص بالاتر است که این قطعات HSP یا (high scoring segment pairs) نامیده می شوند. 🔸با توجه به طول بلند توالی ها و امکان جایگزینی و حذف و اضافه در آن ها، جستجوی یک توالی میان میلیون ها رکورد در بانک های اطلاعاتی نیازمند عملیات سنگینی است که از عهده ی رایانه های امروزی خارج است و برنامه ریزی پویا برای برون رفت از این مشکل است. 🖥 آزمایشگاه بیوانفورماتیک پارس سیلیکو 📚 انواع بلاست 🔸بر اساس نوع توالی مورد نظر و نوع پایگاه مورد جستجو برنامه های بلاست طراحی شده اند. در هر مورد نتیجه جستجو، توالی های مشابه توالی الگو است که بر اسا شاخص های آماری، میزان شباهت و همسانی آن ها نشان داده می شود. 🔹بلاست BLASTN : در این نوع بلاست، توالی مورد جستجو نوکلئوتیدی است و جستجو در پایگاه توالی های نوکائوتیدی انجام می شود. 🔹بلاست BLASTP : در این نوع بلاست توالی مورد جستجو پروتئینی است و جستجو در پایگاه توالی های پروتئینی انجام می شود. 🔹بلاست BLASTX : در این نوع بلاست توالی مورد جستجو نوکلئوتیدی است که در شش قالب خواندنی ترجمه شده و به صورت توالی پروتئینی در پایگاه توالی های پروتئینی جستجو می شود. 🔹بلاست TBLASTN : در این نوع بلاست توالی مود جستجو پروتئینی است که در شش قالب خواندنی ترجمه معکوس شده و به صورت توالی پروتئینی در پایگاه توالی های نوکلئوتیدی انجام می شود. 🔹بلاست TBLASTX : در این نوع بلاست توالی های مورد تقاضا نوکلئوتیدی است که در شش قالب خواندنی به پروتئین ترجمه می شود و در پایگاه توالی های نوکلئوتیدی که ان نیز در شش قالب خواندنی به پروتئین ترجمه می شود، مورد جستجو قرار می گیرد. 🖥 آزمایشگاه بیوانفورماتیک پارس سیلیکو

http://goo.gl/tSFdKI ☀️ مراحل ساخت درخت فیلوژنتیک 🔹 1- استخراج، جمع آوری داده ھای مورد بررسی Acquiring the Sequences 2- ھمردیفی چندگانه مناسب و دقیق توالی ھا Multiple alignment strategy (MSA) 3- انتخاب روش مناسب ساخت درخت Neighbor Joining, UPGMA, Maximum Parsimony, Maximum Likelihood 4- ساخت درخت Tree-building/Construction 5- ارزیابی و اعتبارسنجی درخت فیلوژنتیکی Tree evaluation 6- بھینه سازی نحوه نمایش درخت Make it pretty 7- تفسیر صحیح و علمی درخت 🖥 آزمایشگاه بیوانفورماتیک پارس سیلیکو

🔔پایتون برای زیست شناسی 🕘 18 جلسه 27 ساعت ⏳ 26 تیر ماه 🌐 سایت www.DrugDesign.ir آزمایشگاه بیوانفورماتیک پارس سیلیکو

📚 کتاب هفته: 📙 Big Data Analysis for Bioinformatics and .. ✒️ Author: Ye, Shui Qing ⏳ Year: 2016 💾 Size: 6 MB ✨ #NGS #Book 🌐 www.DrugDesign.ir https://telegram.me/joinchat/BAf7RjvM0GlPgHBuk_JBEQ