Alexander the Meh

https://www.nature.com/articles/s41586-026-10716-z Вот это конечно такой увесистый in your face. Базовая биоинформатика уровня прака 4 курса на ФББ (ну, только отмасштабированная на миллионы инпутов) — в Nature! Понятно, что в первую очередь вследствие того, что найденные ферменты реально новые, реально интересные, много wet-lab работы проведено. Но название-то фокусируется на подходе, а он прям до ужаса примитивен, что и создает когнитивный диссонанс. Есть, конечно, большие такие сомнения, а нет ли внутри скрытого черри-пикинга — что вот взяли, ой как удачно выбрали два сиквенса прокариот, и они, ой как удачно, оба сработали, да еще и очень интересными ферментами оказались. Сразу возникают мысли, не было ли там панели в 100 предсказанных сиквенсов...

Курирую я тут сейчас у нас в лабе стажерку, и там вот точно этот never-skilling случился. Оказалось, что для нее совет "хочешь узнать, что тул способен делать - почитай документацию" это прям вау нетривиально! Пока по ощущениям, навык задать себе вопрос "так, у меня есть задача, какая информация мне нужна, чтобы ее решить, и какая информация мне нужна, чтобы найти эту информацию (и так рекурсивно)" - уже отсутствует. Мне прям страшно стало

Сань, расслабься, я сейчас тебе все заявки сам напишу, точно возьмут

Отказы в грантах, позициях, плохая погода, отмененные трамваи, а тут ещё и Германия вылетела из ЧМ Это все просто черная полоса! Есть тут в подписчиках астрологи, когда там белая попрет? Я близнецы, год крысы, какую там ещё инфу надо?

🏆 Мы и наши коты пережили рекордную жару 🏆 А трамваи в Лейпциге – нет. Вот так вот все пути в городе поплавило.

Провокационный вопрос (не риторический! Извольте пожаловать в чат!) В эру AI, что вообще значит "I have experience with "? Например, как пишут в заявках, "I have experience with PyTorch". Или "advanced Python (scikit-learn)"? Дошли ли мы уже до уровня, что навайбкодить что-то, что использует пакет, это "to have experience"? Или люди все же имеют в виду, что они сами что-то знают? А что, в таком случае? Можно рассмотреть на примере торча — что, по вашему мнению, является основанием написать "I have experience with pytorch"?

Довольно странное чувство — отсматривать и оценивать заявки на воркшоп от людей, работающих в компаниях, которые меня отшили на этапе резюме. Или работающих на позициях в духе "enzyme mining in databases, function annotation, hit discovery". То есть вы хотите сказать, такие задачи реально есть, вау. Просто, почему-то, не для меня. Я, видимо, гораздо полезнее как отсматриватель заявок и организатор кофе-брейков. Эффективное использование моего времени.

Наверное, это было ожидаемо, но я все равно удивился с того, насколько близорукие создатели RFdiffusion2/3. Одна из главных продающих фишек - unindexed scaffolding. Можно задать остатки мотива (и, опционально, подмножество их атомов для учета), не задавая их положения в сиквенсе. Таким образом, как ожидается, они займут оптимальное положение в структуре из геометрических соображений. На деле же это работает ну очень плохо — структура генерируется сама по себе, и то, куда падают остатки мотива, определяется в самом конце по близости Са атомов сгенерированного остова. Что создает ряд проблем. Первая, которую я увидел уже пару месяцев как — вот предположим, мы задали мотив как сайдчейн. В конце он был пришит к ближайшему остову. Разумна ли геометрия этого сочетания метод не парит нисколько, поэтому могут получаться адские франкенштейны. Кажется, должно быть все же не так, геометрия мотива должна в явном виде влиять на то, куда и как диффузится остов. Ну и вторая проблема, которую я увидел сегодня, работая с их собственным валидационным датасетом. Они там в одном кейсе определили unindexed мотив через атомы остова. То есть, по их мнению (и тут мы его примем за данность), для функции в данном случае важно взаиморасположение именно атомов остова данных остатков. Что вообще никак не может быть обработано их кодом! И поэтому в выдаче мы имеем совпадение только по Са атомам, с остальными атомами остова вообще не там, где надо. И это ну довольно неожиданное поведение, если дословно следовать их собственным инструкциям о том, что такое инпут и как его задавать. fixed atoms оказываются вовсе не fixed. Поэтому выясняется, что для практики, по крайней мере пока что, unindexed scaffolding это антипродуктивный гиммик, и лучше потом поверх него сделать перезапуск уже с однозначным контигом, ну или сразу начать с него. Если у вас есть идеи, как можно добиться более корректного поведения в данном случае, давайте обсуждать!

Database X was used to mine cases for the study. Since it is no longer maintained, the access to its contents was recovered with WaybackMachine. Напишу я в одном из будущих препринтов (надеюсь)

Что ж, продолжаю собирать отказы. Несмотря на костюм в +36, грант мне не дали. Параллельно пришел автоматический generic отлуп на тему груплидера в Бельгии. Ранее на неделе пришел отказ с позиции в индустрии, которая ну буквально писалась под мой скилсет. Я не знаю, что им надо. Кажется, что даже сам вопрос "что им надо" это неправильный вопрос. Не тот, который нормальные люди задают. Ожидается, что тебе настолько хочется делать свою науку, что ты будешь делать ее без денег, находя любые возможности. Не знаю, бутылки собирая. И будешь радоваться любой возможности рассказать про свои идеи рецензентам, а продать им проект будешь воспринимать как некую игру, с азартом. Как же не хочется никому ничего продавать. Как же хочется понятные критерии и правила. Но да, совершенно не важно, что там мне хочется, если я не умею хотеть правильных вещей.

Это я на самом деле завидую. Я не могу себя заставить публиковать вот подобного рода результаты. Да иногда даже сделать подобного рода проект не могу, так как он, кажется, не имел изначальной гипотезы/идеи. Просто взяли антифриз и бахнули протеинМПНН "потому что можем". Так можно вообще с любым объектом поступить ведь

Извините, я не могу не смеяться "But perhaps the most interesting result is that мы облажались. Congratulations!" Серьезно, насколько же это уродская продаванская линкедин-культура. Ну ведь можно было бы это написать скромно... ах да, нельзя, тогда не было бы повода вообще это публиковать. Но вообще, это пока препринт, и что-то есть у меня сомнения. Для публикации хотя бы что-то из их "residues ... may help..., or..." должно быть проверено экспериментально. Нужно же дать ответ, что именно пошло не так.

Получил на рецензию обзорную статью, которая явно написана с помощью ИИ - но хорошего ИИ. Стиль не режет глаз, даже читается гладко. Проблема в другом - в нормальной обзорной статье авторы делают синтез информации. Здесь же на протяжении всех 50 страниц одна и та же тактика - найти 1 статью и написать "вот этот один кейс демонстрирует, что <очень генерализованное утверждение>". Постойте, как демонстрирует? Почему? Нет ответа, ты должен просто поверить. Типо, пример: "в работе R с помощью направленной эволюции были найдены мутанты A, B, C белка X, повысившие растворимость. Это показывает, что направленная эволюция является перспективным и эффективным методом в инженерии X". Пустое же утверждение - чтобы заявить, что что-то перспективно/эффективно, нужно хоть как-то очертить критерии. Может, в 8 разных независимых работах, стартуя с разных версий, направленная эволюция оказалась полезной? Ну так другое дело уже. А так - просто поверь. Ну и прям вишенки, с которых я сгорел и отправил статью в реджект: "These modifications illustrate an important principle in X engineering: improving practical usability often requires stabilizing regions outside the catalytic triad rather than altering the catalytic residues themselves." - often. OFTEN. То есть есть случаи, когда мы такие "ох, что-то плохая растворимость, пойду заменю КАТАЛИТИЧЕСКИЕ ОСТАТКИ на что-то другое, авось сработает" Therefore, low catalytic efficiency should not be viewed as a defect caused by a single residue. - а кто так на это смотрит, покажите! Ну и странно называть природный фермент "дефективным". Обидно как-то. "These modifications demonstrated that X could be stabilized without directly perturbing the catalytic triad." - а когда вообще мы для стабилизации что-то делаем с каталитическим сайтом? Опять же, какие-то умозаключения людей, вообще ничего не знающих про ферменты. Ну или ИИ моделей. Я, кстати, скормил Клоду и спросил, что думает. Он сказал, что похоже на ИИ, но вообще ревью нормальное и ссылки расставлены корректно (нет). Кажется, он это и писал. И по итогу это даже хуже распространенного жанра обзорных статей, где люди просто слепо перепечатывают выводы как они написаны в статьях, а не пытаются осмыслить результаты сами по себе. 2 часа жизни вот на это ушло сегодня, ну что за треш(

Что ж, защита гранта прошла, неофициальные результаты завтра При +36, я был единственным в костюме...

Ладно, там все сложнее. Кажется, компания не обрадовалась, что ее сотрудник делает пэт-проекты и выкладывает их в открытую

What a prolific researcher! Ему кто-то рассказал, что gemini писанина это не настоящая статья? Жаль, что сам текст больше не посмотреть

https://inpreparation.substack.com/p/opinion-i-was-not-allowed-to-type Это не может быть не байт, слишком жирно написано

вакансии, которые мы заслужили

Нарабатываем на ПМЖ

Считаю, что любые защиты грантов и консорциумов по климату нужно проводить в июне-июле и, по немецкой традиции, в конференц-зале без кондиционеров. А вот для ИИ методов дизайна белков может не самое лучшее время (в следующий четверг буду защищать свой первый взрослый именной грант).