Бластим: курсы и работа в биотехе

⚡️Эксклюзив на Бластим! Мы постоянно говорим про хорошую зарплату в биоинформатике и датасайнс. А вот и пруфы: 📌Постдок-биоинформатик в онкогеномику (Нидерландский институт рака) Требования: опыт анализа геномных и протеомных данных, владение R, bash + хорошо бы Python. ЗП до 4600 €/мес. 📌PhD-студент в изучение биоразнообразия пресноводных рыб в Университете Радбауд (Нидерланды) Требования: магистерский диплом, опыт статистического моделирования, знание R/Python/Matlab. ЗП до 3600 €/мес. 📌PhD-студент в изучение биосинтеза сигнальных соединений у растений в Университет Амстердама Требования: степень магистра, опыт в экспериментальной биологии, знание пайплайнов проведения экспериментов в метаболомике, транскриптомике, умение анализировать данные на R. ЗП до 2770 €/мес. 📌PhD-студент в изучение движения животных и биоразнообразия в Университете Радбауд (Нидерланды) Требования: магистерский диплом, опыт статистического моделирования и машинного обучения в экологии. ЗП до 3600 €/мес. 📌Докторант в биоинформатику и микробиологию (медицинский факультет Хельсинки) Требования: магистерская степень, опыт в биоинформатике/биостатистике с R или Python, знание основных методов молекулярной и микробиологии. ЗП 2500 €/мес. 📌NGS-биоинформатик для работы с геномами человека в БФУ (можно удаленно) Требования: уверенное владение Python,R, Bash, знание конвейера анализа NGS-данных, понимание статистики и генетики. ЗП до 130 тыс. ₽/мес. 📌Биоинформатик-джун в BostonGene (Армения) Требования: понимание иммунологии/молекулярной биологии, владение Python/R, Bash, понимание хи-квадрата, корреляции Пирсона, теста Стьюдента, основ машинлернинга. ЗП от 1000 $/мес. 📌Биоинформатик в онкологию лимфомы в BostonGene (Армения) Требования: опыт в биоинформатике рака, знания иммунологии/клеточной биологии, опыт в pandas и matplotlib в Python или/и знание R. ЗП от 1000 $/мес. 📌Мидл-биоинформатик (Санкт-Петербург) Требования: опыт в NGS на пайтоне или баше, знание программных биоинформатических пакетов. ЗП от 80 тыс. ₽/мес. #бластим_вакансии

🌏 Молекулярная диагностика 2023 | Ключевое событие ноября в сфере молекулярно-генетических методов уже скоро! 📍Зарегистрироваться Конференция пройдет с 14 по 16 ноября 2023 г. в ГК «Космос» (м. ВДНХ) и объединит представителей науки, бизнеса и государства для создания коллабораций! Программа🔥Передовые доклады, международные спикеры, баллы НМО и многое другое — это лишь часть того, что приготовили организаторы MDx23. Подробнее читайте в карточках! Больше информации о конференции собрано в канале https://t.me/mdx_2023 — присоединяйтесь и следите за новостями! Реклама. Автономная некоммерческая организация «Центр развития диагностики». ИНН 9710053067. erid:2VtzqvrEtrQ #бластим_рекомендует

👉Как-то мы закружились в череде дел и полезных постов, и совсем не рассказали вам, что через неделю у нас стартует курс по РНК-секвенированию — единственный в этом году. «Анализ данных RNA-seq» — классный лайфхак, как научиться методам обработки, интерпретации данных генной экспрессии, без освоения программы по NGS, которая теперь есть в каждой уважающей себя биологической онлайн-школе. Ну, смотрите сами, на «РНК-сек» Бластима: основные технологии анализа секвенирования рассматриваем, сингл-селл осваиваем, диф-/коэкспрессию и сплайсинг разбираем, визуализировать результаты учимся! 🧬 В общем, то необходимое, что может быть нужно современному биологу, но не на длинном интенсиве, а в уютном онлайн-формате вечерами по средам и субботам. В итоге курс позволит: 📌 внести разнообразие в рабочий процесс 📌 узнать нюансы от практикующих людей 📌 научиться видеть подводные камни транскриптомики 📌 адекватно оценивать научные работы коллег 📌 расширить компетенции, открыв доступ к новым задачам Но и это еще не всё! Мы внимательно слушали советы, как еще улучшить курс, и добавили в разборы новые объекты: помимо человека теперь поработаем с мышью и пшеницей! 🐭🌾 👉Узнать программу и расписание и оставить заявку можно на страничке: bit.ly/45Eb3Ui

#бластим_рекомендует канал Человек наук, который ведет наш друг Владимир Шитов! На канале много полезного о статистике, визуализации данных. А еще там вы узнаете о красоте науки и окружающего мира. Только некоторое любопытное: Как телекомпания CNN искажает данные по абортам в США? 📺 🐴 Почему у лошадей невозможна рвота? Чем отличается научная этика в России и за рубежом? 🧪 🙂Что такое лица Чернова? И даже: как попасть на лохофский народный праздник? 🥳 В общем, советуем всем, а особенно любителям прикольных графиков, диаграмм и табличек!

«Я могу написать софтвер для астронома, но лучше один астроном напишет для другого астронома» 🪐Эти слова создателя Bioconductor и вице-президента 23andMe Роберта Джентльмена, отлично отражают философию экосистемы R, когда эксперты в своей области создают хорошее для коллег. Бластим тоже старается быть полезным. Мы собрали самые популярные пакеты в R. И учим ими пользоваться: bit.ly/3S4uAdt Итак, пакеты: CRAN 💎IPMpack — моделирование численности населения 💎Neotoma 2 — палеоэкология 💎DCluster — пространственные кластеры заболеваний 💎Bchron — углеродное датирование 💎BiocManager — установка пакетов Bioconductor 🌵Популярные пакеты в экологии 📌Ime4 — линейные модели смешанных эффектов 📌vegan — экология сообществ 📌nlme — линейные и нелинейные модели смешанных эффектов 📌ape — филогенетика 🤖Машинное обучение 📌Caret — прогнозное моделирование 📌RandomForest — классификация и регрессия 📌glmnet — лассо и эластичная сеть Bioconductor 📎Genomic Ranges — работа с геномными интервалами 📎AnnotationHub — обеспечение доступа к важным полногеномным ресурсам UCSC Genome Browser, Ensembl 📎Biostrings — манипулирование последовательностями 📎seqinr — анализ биологических последовательностей 📎ChIPseeker — анализ пиков ChIP 📎BSgenome — SNP 📎ChAMP — метилирование ДНК 📎ClusterProfiler — функциональная аннотация 📎Phyloseq — профилирование микробиома 📎ChemmineR — хемоинформатика малых молекул 📎QuasR — анализ коротких ридов Анализ данных RNA-seq 🏳DESeq2 — дифференциальная экспрессия 🏳limma — микрочиповые данные 🏳edgeR — тоже DEG 🏳bayseq — байесовский анализ DEG 🏳Seurat — сингл-селл 🏳rMATS — альтернативный сплайсинг Датавиз 🖍ggplot2 — классика, еще интересное тут 🖍lattice — нестандартная визуализация 🖍EnhancedVolcano — вулкано-плот для визуализации дифэкспресии 🖍ComplexHeatmap — тепловые карты 🖍dendextend — дендрограммы 🖍igraph — графы 🕓Как ускорить выполнение кода: FastR, pqR 🔥Ссылка, если хотите заполучить весь мощный инструментарий себе в скилы: bit.ly/3S4uAdt #бластим_технологии

Три новости, которые нас удивили и вдохновили! 🐈Кошка, которая мурлычет сама по себе Мурлыканье — это характерные низкие звуки, издаваемые любимыми питомцами, когда мы чешем им за ушками. Однако в природе столь низкочастотные колебания обычно генерируют только крупные животные, например слоны, обладающие длинными голосовыми связками. Кошки гораздо мельче, они весят около 5 кг. Но специалисты смогли раскрыть анатомический механизм, как мурлыкают усатые друзья. Оказывается, голосовой аппарат домашних кошек содержит специальные жировые «подушечки», которые замедляют вибрацию связок. Более того, в экспериментах с изолированной кошачьей гортанью (для опытов усыпили неизлечимо больных животных) удалось продемонстрировать, что такие звуки появляются при пропускании воздуха благодаря самоподдерживающимся колебаниям, без ритмичного сокращения мышц и нейронного контроля. Раньше же считалось, что ключевую роль играет именно мышечная работа. Однако еще предстоит проверить гипотезу в лаборатории на живых кошках, что весьма нетривиально, ведь мурлычут они только в безопасности и комфорте. 🥖Ломтик в каждой буханке Как вы думаете, кто занял бы 4 место в списке производителей зерна, если бы был отдельным государством? Правильно, дождевые черви! В статье в Nature Communications экологи впервые оценили вклад этих беспозвоночных в мировое сельское хозяйство. Специалисты совместили карты численности червей с картами урожаев. По расчетам, дождевые черви ежегодно добавляют 140 млн тонн к мировым запасам продовольствия. В частности на червей приходится 7% урожая зерновых, что эквивалентно ломтику хлеба в каждой буханке! Особенно значимы они для агросектора Глобального Юга. Дождевые черви, перерабатывая растительные остатки, перемешивают и аэрируют почву, высвобождают питательные вещества, стимулируют рост растений. Чтобы помочь великим почвенным инженерам, нужно не так много — для начала попросить землепользователей ограничить вспашку. Ведь то, что разрезанные трактором на две половинки черви регенерируют, — популярное заблуждение. 🧮А как вы считаете? Давно подметили, что люди могут легко охватить глазом до четырех предметов, скажем, яблок. Но уже на пятерке мы спотыкаемся, и точно не сможем сказать, сколько фруктов в целой корзине. Было неясно почему: то ли есть разные системы измерения на большое и маленькое, то ли на солидных цифрах мозг теряет точность. Сегодня ученые выяснили, что все-таки существует два механизма: один для подсчета четырех и менее объектов, а другой — для пяти и более. В первом случае специализированные нейроны срабатывают, когда видят любимое ими число предметов. Например, есть нервные клетки, заточенные только на 1, есть на — 2, и так до четырех. А вот когда вещей 5+, работает другая группа нейронов. Они менее избирательны и реагируют не только на предпочтительное число объектов, но и на соседние числа. Такой приблизительный счет. Новое открытие, сделанное при измерении активности отдельных нейронов мозга 17 пациентов-эпилептиков, должно положить конец противоборству двух гипотез мозговой калькуляции. #выходные_у_бластим

🗣Самый лучший курс Бластим стартует через 9 дней! Канал Бластима читают профи в своей отрасли, в этом нет сомнений. Но еще мы точно знаем: у многих пока есть пробелы в статистике. А Бластим здесь «собаку съел». Мы можем и хотим продвинуть вас в науке и на рынке. Мы сконцентрировали наши лучшие наработки в программе «Статистика R и анализ данных», которая стартует 23 октября. Этот курс в самый раз для того, чтобы окунуться в датасайнс и сделать это максимально комфортно: 🐠 9 дней полного погружения, за которые мы дадим понимание «изнанки» статистических тестов, научим писать скрипты в R, строить красивые графики и оформлять крутые отчеты. 🎙 Опытные преподаватели: ученый, R-энтузиаст, психолог Иван Поздняков, биоинформатик Дарья Бородко и аналитик данных Елена Рыбина. 🧬 Гибкость и гибридность: вы можете присутствовать очно в Москве или подключаться онлайн, а также всегда пересматривать лекции в записи. Программа будет полезна всем от биоинформатиков до экологов. Вы разберетесь с p-value, мощностью теста, размером эффекта, поймете, как извлекать максимум из ваших данных, так что больше не нужно будет отдавать их на аутсорс. И главная фишка — это возможность практиковаться в кодинге не на абстрактных датасетах, а прийти со своими данными! 🍀 📍Узнайте больше и спланируйте свое обучение: bit.ly/3rHcCTP Ждем вас на занятиях!

🔴 Друзья, вечернее ток-шоу «Кому на Руси жить хорошо» уже стартовало! Ждем всех, кто записался: присоединяйтесь в онлайне! 🔗Если вы тоже хотите попасть на встречу, скорее регистрируйтесь по ссылке: bit.ly/nightshowBlastim ✨Или заходите в нашего чат-бота: bit.ly/BotBlastim

🤖 ChatGPT, Bard, Claude или LLaMA? Какой чат-бот подходит именно вам? Недавно сотрудники Data Science Lab Центра онкологических исследований имени Фреда Хатчинсона протестировали самые известные чат-боты на основе больших языковых моделей и выделили их плюсы и минусы. Знакомимся: Bard AI (Google) ➕бесплатный ➕дает наиболее человечные ответы, так как для его обучения используются в том числе и неформальные диалоги в соцсетях ➕честно признается, если не может ответить на вопрос ➕имеет доступ в интернет ➖испытывает проблемы с программным кодом Claude (Anthropic) ➕бесплатный ➕хорошо адаптирует тексты под разные аудитории, например, в письмах ➕чуть более формальный, чем Bard ➕может каламбурить и играть со словами ➕справляется с кодом ChatGPT-3.5 (OpenAI) ➕бесплатный ➕пишет очень неплохие тексты на английском ➕отлаживает и оптимизирует код ➖дает неправильные ответы, когда не знает, придумывает ссылки и источники ➖не имеет доступа к интернету, там нет данных после 2021 года Phind ➕бесплатный ➕заточен под разработку ПО и кодинга ➕дает ссылки на интернет-форумы, где задаются аналогичные вопросы о программистских проблемах ➕можно использовать как Википедию ➖страдает плагиаризмом при написании текстов LLaMA (Meta) ➕бесплатный ➕пишет код, работающий с минимальной отладкой ➕имеет выход в интернет ➖новый, пока мало информации ❗️ Пользуйтесь тем, что вам по душе, а также не забывайте про чат-бот Бластима, он на человеческом интеллекте, но не менее полезен: bit.ly/BotBlastim #бластим_технологии

⚡️ Друзья, напоминаем, что уже завтра в 19:00 по мск пройдет вебинар в формате вечернего ток-шоу с соосновательницей Бластима Витой Степановой, преподавателем Иваном Поздняковым и нашими выпускниками. На необычной встрече спикеры обсудят: — как дела у Бластим — почему в науке всё так, а не иначе — какие задачи и исследования вдохновляют нас — есть ли план перехода из разработчика в биоинформатику — как побороть синдром самозванца через освоение статистики Регистрируйтесь на вебинар, если еще не. Будет живо и горячо!💞

Все мы иногда немного Токсинья Мерзоткина. Знакомо? 😎 Хотите больше почитать о том, как вылезти из стереотипов и дальше расти без оглядки на коллег? 👉 Приходите в наш бот: bit.ly/48Ruo7x

💸Кто в лайфсайнс больше всех зарабатывает? Анализируем свежие данные из США и примеряем на себя. Читайте до конца — важная ссылка внизу👇 💬👀Association of Biomolecular Resource Facilities, в которую входят более 700 человек, при помощи международной компании Vault Consulting провела исследование зарплат среди членов организации, состоящих в 55 учреждениях (в основном из академии). Опрос проводился в сентябре-декабре 2022 года, а результаты были опубликованы в мае 2023. Что там любопытного? 💡Четверть респондентов была занята в сфере геномики, 22% занималось визуализацией, 9% — проточной цитометрией, 7% — биоинформатикой, остальное — другие отрасли, например, масс-спектрометрия или нейрофизиология. Одни из самых высоких зарплат, конечно, у биоинформатиков — около $96 тыс. в год, а вот меньше всех зарабатывают занятые в сфере цитометрии и работающие с лабораторными животными (около $66 тыс.). 📈⛔️👨‍💻При этом пандемия ковида привела к тому, что зарплаты ученых выросли, и обострилась конкуренция за таланты. 72% респондентов заявили, что рынок стал гораздо более конкурентным, а число сотрудников останется прежним или будет увеличиваться. Никаких сокращений! 💻Данные из США отражают мировую специфику в науке. Ранее исследование рынка зарплат в России, которое проводил Бластим, показало, что зарплаты биоинформатиков и аналитиков всегда выше, чем у остальных из сферы лайфсайнс, а знание статистики и умение программировать значимо влияют на изменение заработной платы научных сотрудников, увеличивая её на 40%. Кроме того, знание статистики — одно из пяти самых частых требований к компетенциям претендентов на вакансии. 💖👍Чтобы узнать о том, как начать зарабатывать также или даже больше, развить свою карьеру или поменять профессиональное окружение только с помощью своих собственных скилов в датасайнс, переходите по ссылке. Мы запустили крутого бота-помощника: https://t.me/blastim_bot

От УЛЫБКИ станет всем светлей! В учебниках химии органические вещества представляют в виде структурных формул. Это удобно для человека и используется с XIX в. Вообще, в печатной литературе накоплен огромный пласт информации в виде текста и графики, который до сих пор не включен в базы данных. Но почему? Сейчас же эра высоких технологий. Огромная проблема — превратить изображения молекул в машиночитаемый вид. Для алгоритмов рисунки формул не более, чем набор пикселей. Им нужен формат SMILES — упрощенное линейное представление. Скажем, кофеин для компьютера выглядит вот так: CN1C=NC2=C1C(=O)N(C(=O)N2C)C Немецкие химики из Вестфальского и Йенского университетов, вдохновившись историей, где ИИ обыграл человека в го, для извлечения ценных данных создали бесплатное приложение с открытым исходным кодом DECIMER.ai (Deep lEarning for Chemical ImagE Recognition). Разработка впитала последние достижения глубокого обучения, компьютерного зрения и обработки естественного языка. DECIMER — первая автоматизированная и комплексная платформа: туда загружается статья, далее инструмент сегментации находит изображение среди текста, а потом классификатор проверяет, есть ли на картинке химструктура. И, наконец, трансформер с высокой точностью преобразует визуальное преставление в SMILES. Всё благодаря тому, что ученые обучили глубокую нейросеть на 450 млн изображений из PubChem, арендуя вычислительные мощности Google Cloud. Decimer Image Transformer превзошел доступные инструменты оптического распознавания химических структур (OCSR), запрограммированные по жестким правилам. Теперь можно сканировать старые печатные статьи и оцифровывать структуры, в том числе и нарисованные учеными от руки! А еще моментально распознавать молекулы, снятые на мобильный телефон во время конференций. Новинка должна улучшить доступность данных в химии, хемоинформатике и быть полезной для фармы, с/х и биотеха. Веб-приложение уже ждет всех желающих. Вы можете загрузить pdf-файл, и ИИ начинает работать. Рекомендуем затестить! #выходные_у_бластим

⚡️Приглашаем принять участие в главном научном событии этой зимы! 📅 BIOCON пройдет с 18 по 20 декабря в городе Альметьевск, Республика Татарстан. Конференция станет центром притяжения для студентов, молодых ученых, международных экспертов и представителей бизнеса. 🔬Что вас ждет: — Пленарные доклады в стиле TED от топ-спикеров из списка Highly Cited Researchers — Научные и образовательные блоки — отличная возможность проявить себя и узнать что-то новое — Знакомства с коллегами по сфере из разных уголков мира и новые коллаборации для проектов 👩‍🔬 Конференция предполагает 3 типа участия: Attendee, Contributed speaker и Science Slammer. Выбирайте тот, который подойдет вам. 👉 Подписывайтесь на группу, чтобы быть в курсе новостей! А также регистрируйтесь на сайте https://biocon.international/, и не упустите шанс провести три потрясающих дня, окутанные татарской культурой вместе с BIOCON! Реклама. Университет ИТМО ИНН 7813045547 2VtzqvFxNJo #бластим_рекомендация