from PhD import *

POV: днём ты прогаешь сайт, вечером ведешь пару, а ночью... (обживаем квартирку в Вене)

30 минут назад я сделал глобальнейший форс-пуш на сайт лабы. Задача была обновить систему под капотом, а ей уже чуть ли не 10 лет. И при этом надо оставить сам сайт точно таким же. Ну и заодно содержание тоже актуализировать. Живём, живём...

🏔 Альпы 🏔 На выходных меня вытащили в Тирольские Альпы (спасибо, Карина за мотивацию, и спасибо Лиза и Алекс за такую возможность). Покатались в двух по-своему удивительных местах: 🤍Stubaier Gletscher - ледник с довольно крутыми и самыми высокими (3210м) в Тироле склонами 😀Zillertal - долина с 150км трасс, из которых мы даже половину не проехали По ценам конечно подороже чем в Турции, ~50 евро аренда лыжи+ботинки+шлем, ~70 евро скипасс на день и обед на горе ~25 евро (с огороменными порциями еды). Но оно того стоит. Счастлив! ⛄️

🏔

Отдельная часть моей PhD-программы - это журнальные клубы. Я с октября начал ходить на JC: Hot Topics in Bioinformatics, который организует прекрасная Дорис Чен. Всё это время мы встречались в зуме (что весьма удобно), но у Дорис есть традиция собрать в конце курса всех очно и просто поболтать о жизни за чашкой кофе 🌼 Слава богу этот курс можно брать несколько раз 😌

🥳 Оказывается, в Европе новоиспечённые студенты могут получить бесплатные стартер-паки от разных биотех-компаний! За наводку спасибо Dr. Ксении ⭐️ (кстати, grats с защитой!) К моменту как я собрался заказывать большинство офферов закрылись (обычно где-то до конца осени), так что попробуем в следующем году. Но вот ProteinTech до меня таки доехал. Так что держите распаковку 😁 💜Шоппер. Думал 5/10, но на самом деле 7/10 за удобные ручки. А ещё через месяц выступаю на конференции SY-Stem, как раз будет в тему 💜Ручка - ок норм гуд 6/10 💜Протокол вестернблота - у нас в даже никто не вестерн, но подойдёт чтобы издеваться над коллегой который называет это устаревшей технологией 9/10 💜Белковый маркер 10-180 кДа - тоже к сожалению не пригодится, но пусть будет для протеин-шейков, 4/10 💜Штатив-изофриз - просто пушка! Мне не нужен, поэтому отдал Карине, Карина довольна, 10/10 Кстати, @xenos1, смотри, получается они несколько меняют содержание! Вот такие пироги с котятами, stay tuned ❤️

Мне слишком часто приходилось настраивать свое рабочее пространство на новом сервере (а еще чаще помогать кому-то с этим). Поэтому решил собрать всё в коротенькую инструкцию: "Что делать сразу после того как вам создали пользователя на сервере?" 😫 Любые замечания и советы приветствуются:)

Сегодня вышли в свет других посмотреть и себя показать ❤️. Показал первые месяцы работы над PhD-проектом на ретрите в Vienna BioCenter (о котором писал пост назад). Послушали что делают другие люди в нашем консорциуме, преимущественно в изучении развития нервной системы от человека до червей. А ещё я впервые увидел живых оксолотлей 🐠! Лицом к лицу! (Но там попросили не фотографировать). В комментах закинул pdf-версию постера, как и обещал, если кому будет интересно

😫 Вы ещё не биоинформатик? Тогда мы идём к вам! Институт биоинформатики открыл прием заявок на годовую программу 2025/26. В том числе я там веду курс по программированию на Python 💻. Будет много всего веселого, от какого-нибудь пандаса и параллельных вычислений до тг-ботов и парсинга сайтов. Всё исключительно в приложении к исследовательской работе! В общем, кидайте заявки и буду рад увидеться на парах в сентябре:) Подробнее почитать (и задать вопросы) можно в чате абитуриентов.

🐼 На следующей неделе предстоит ретрит консорциума Neuro Stem Modulation - именно из него и идёт финансирование моей PhD-позиции. А там с каждого PhD-студента - постер про свою работу. Вот сегодня весь день как раз этим и занимался. Отдельный челендж - освоить Adobe Illustrator после многих лет использования CorelDraw 🐠. Если честно, всë на-а-астолько по-другому! Поразительно. Но, покуда контора платит - будем пользоваться. Как доделаю обязательно скину 👀

🧳 Shit happens Через неделю у нас будет PhD ретрит где надо будет рассказывать про свою работу. Абсолютно случайно сегодня выяснилось что я не послал информацию про свой доклад, а сделать это надо было крайний-крайний-крайний срок до 18 декабря. 😊👍 Надо будет наверное собрать дайджест каких-нибудь ещё своих академических факапов

🧑‍🎨 Как вы отрисовываете свой GO-анализ? 🧑‍🎨 Многие здесь делали сами или хотя бы сталкивались с функциональным анализом генов: GO, KEGG, ... Но какие графики вы строите чтобы продемонстрировать результат? На днях, наткнувшись на очередной бешеный пример, решил собрать целую галерею:

🖊 Как люди отрисовывают GO-термины?

Тот самый график который сподвиг меня на этот пост - под номером 22. Заодно поэкспериментировал с постами в телеграфе. Может, у вас есть еще какие-то поразительные примеры?

👨‍💻 Очные возможности для биоинформатиков 👨‍💻 ➡️Зимний лекторий Института биоинформатики г. Санкт-Петербург, 20 — 25 января Моя альма-матер и прекрасная Полина Кучур из ИТМО предлагают отличную возможность согреть зимние вечера лекциями и семинарами по анализу омиксных данных! В программе: транскриптомика, метагеномика, протеомика 🧬. Дедлайн подачи - 15 января, следить за обновлениями можно в телеграмм-канале ИБ ➡️Очный курс Python от LearnPython г. Москва, 1 марта - 10 мая Друзья из LearnPython 💻 (я рассказывал про них ранее) запускают новый набор с очными занятиями по субботам в офисе компании Realweb. В программе telegram-боты, data science и веб-разработка, и всё это в рамках лично вашего проекта под кураторством опытных питонистов. Также ребята готовят к запуску оффлайн-курсы в других городах (если вы заинтересованы в партнёрстве, то можете написать @v_dombrovsky) Дедлайн подачи - 27 февраля, кстати учиться можно также и онлайн)

🔭 Наука на банкнотах 🔭 На днях вернулся из новогоднего отпуска, в ходе которого посетил Турцию и Сербию, и удалось продержать в руках лиры и динары соответственно. И не просто подержать, а разглядеть. И в итоге я задался вопросом:

💶 А как вообще отражена наука на действующих банкнотах мира?

Вот вам несколько интересных примеров: 💶 (1) ДНК! Нашел ей сразу на 4-х банкнотах. Собственно, 5 турецких лир и стали отправной точкой этого микро-исследования 🧬. 💶 (2) Химия и физика Вообще банкнот с различными элементами науки оказалось не мало. А еще тут есть 5я купюра с ДНК - 2000 аргентинских песо, где маленькая иконка ДНК спряталась у верхнего края. Знаете, 2000 аргентинских песо - восхитительная купюра! Очень советую поразглядывать её. Там есть иконки микроскопа, атомов и пипетирующей руки! И всё это выполнено в стиле лого пакетов на 💻 . 💶 (3) Математические формулы Я нашел только 3 банкноты которые осмелились нести на себе настоящие математические формулы ➕. И от того вдвойне рад что у меня оказались две из них! 💶 (4) Спутники, антенны и телескопы Вот тут произошло какое-то буйство фантазии. Около-космическая тема оказалась сверх популярна. Я добавил лишь только небольшую часть примеров 🛰. Пожалуй, чаще только можно встретить такие технические объекты как ГЭС, порты и мосты 🌉: для каждого из них я насчитал более 15 банкнот и на том, если честно, сдался. Даже не стал делать про это слайд. Но если интересно, могу покидать в комменты. 💶 (5) Ученые с микроскопами Как оказалось, если и наносить какой-то научный сюжет на банкноту - то непременно ученого смотрящего в микроскоп 🔬! Тут вам и канада с сингапуром, и алжир с эфиопией. Но знаете что? Оказалось некоторые страны вообще настолько фанаты науки, что могут похвастаться целыми выпусками банкнот! ➡️...

Всем привет 👋 Много новых людей, поэтому небольшое знакомство 🔬 Я Никита Ваулин, биоинформатик и преподаватель 🔬 PhD-студент в группе Игоря Адамейко в Вене, где изучаю механизмы принятия клеточных решений (cell fate decisions) 🔬 Закончил биофизику в питерском Политехе и магистратуру Сколтеха 🔬 Веду курс по Python на годовой программе Института биоинформатики. Кстати, уже скоро стартует новый набор! 🔬 А еще провожу лекции и воркшопы по различному анализу омиксных данных. Сам я огромный фанат Hi-C и 3D-геномики в целом 🧬. Если интересно познакомиться с этой областью (и со мной) поближе, то можете посмотреть:

🎥 Открытая лекция 3D геномика: следим за укладкой в домашних условиях | 03.07.2024

Добро пожаловать! ❤