from PhD import *

ИИ-нейрослоп в ваших лентах инстаграмм, в отчетах ваших студентов, и вот теперь файналли - в ваших лекарствах! 💊 Команда Radical Numerics публикует новую модельку Omnii-1, что-то на стыке S2F и gLM, учится и на ДНК и на модальностях. По собственным бенчам во всем SOTA, но даже не везде они смогли сделать честные сравнения (например, AlphaGenome они не могли запускать т.к. коммерческая компания). И вот с этой Omnii-1 ребята делают дизайн бактериофага (точнее, кажется, оптимизацию ножек фага T7), проверяют in vitro после чего вводят пациенту с антибиотико-резистентной бактериальной инфекцией. Ни что за инфекция, ни даже каков был исход - не раскрывают в силу клинической тайны:

To protect the patient's privacy, we are not disclosing details of their clinical course or outcomes, as even limited clinical information could make the patient identifiable.

Буквально, может лечение и не закончилось успехом))) В общем пока это даже не статья. Звучит конечно многообещающе, хотя для прикладной биоинформатики гораздо ценнее будет вчерашний релиз пик-коллера MACS3 версии 3.1.0: с помощью Джейкоба Шрайбера (писал про него) ускорили работу в 40-60 раз! И в целом манускрипт MACS3 оказывается был вот только-только опубликован: Doherty P. et al., GPB, 2026. Нам тут кстати свежие Hi-C пришли, надо поставить выравниваться... пойду работать

Ребятки, наш дружный коллектив, исследующий мембраны и мембранные белки запустил игру-аркаду Don't Get Solubilised 🤩🥳🤩 В ней вы - мембранный белк по имени Mr Membrane Protein. Задача - выживать в липидном бислое, собирать молекулы и ионы, переносить их через мембрану и избегать веществ, которые могут нарушить твоё счастливое мембранное существование 👁 Главная угроза - это детергенты и другие молекулы, способные взаимодействовать с мембраной и мембранными белками. Если на персонаже накапливается слишком много врагов, он становится solubilised 👾 Так чтоdon't get solubilised и good luck! 🧕 https://pstansfeld.github.io/Dont-Get-Solubilised.html

Октябрь - начинается бешеная пора ретритов. Сегодня мы с Кариночкой ездили на ретрит нашего консорциума SFB NeuroStem который нам организовали в спа-отеле в прекрасном городке Мауербах под Веной 🏡 Помимо обычных докладов и постерных сессий Том, менеджер консорциума, заготовил нам крышесносное развлечение. Всех студентов разбили на команды, каждая команда получила случайный набор биологических методов (у нас был пэтч-кламп и рэбис-трейсинг), моделей (у нас был С.елеганс) и крейзи-предметов (у нас была древняя ДНК). На основные этого набора надо было на пустом листе бумаге собрать научный постер на любую тему ограниченную лишь рамками приличия (рамок не оказалось). Все пустились во все тяжкие и было великолепно и смешно 😆 Ну а завтра начинается четырехдневный ретрит моей лабы, и у меня есть эта ночь чтобы допилить презентацию к нему 🤪

В области геномных ML моделек долгое время был сильный провал в понимании как их вообще можно адекватно использовать после того как они натренированны: что и как тестировать, как их интерпретировать и т.д. 2 года назад Джейкоб Шрайбер начал разрабатывать свой пакет tangermeme который закрывает ровно этот гэп. И вот в конце концов его работа выходит в Nature Methods: www.nature.com/articles/s41592-026-03254-z. Что в этом удивительного? Он буквально один единственный автор в этой работе! Шок что в 2к26 можно сделать NatMeth статью в одиночку. 👏

Частый вопрос на засыпку в свете Нобелевской премии: "каких вы знаете ученых, кто получил ее дважды?". А у меня для вас другой вопрос:

Знаете ли вы ученых, кто дважды не получил Нобелевскую премию?

Встречайте: Фэн Чжан. В 2020 году мимо Фэна прошла Нобелевская премия за CRISPR. Премию получили Дудна и Шарпантье за открытие и концептуализацию способа редактирования генома. Фэн же на полгода позже опубликовал инженерную адаптацию этого метода к эукариотам. И вот вчера была вручена Нобелевская премия 2026 за оптогенетику. Один из лауреатов - Карл Диссерот у которого Фэн был аспирантом первого года на момент выхода их ключевой статьи в Nature Neuroscience. И снова его вклад - это инженерно-прикладное отлаживание открытого механизма. Конечно, я не предлагаю давать премию второму автору в статье, там сейчас идет бойня за то что комитет прокатил Эда Бойдена (первый автора). Это скорее пост-appreciation человека который умело сёрфит на фронтире науки переходя из области в область и просто делает "так чтобы все работало".

Это ведь даже просто красиво

Ю-хууу, прошло 2 года и вот моя первая публикация в рамках моего аспирантского проекта! (если прям очень широко его трактовать, ха-ха) 🥰 И где-где, сразу в Nature Genetics: https://www.nature.com/articles/s41588-026-02748-y Хотя мне-то скорее повезло немного дополнить крутую историю которую Алек, Розалина и Яков делали несколько лет. Описали огромное разнообразие клеточных типов в человеческих лицах, показали какие гены и энхансеры участвуют в нормальном и патологическом развитии лиц и как из этого всего рождается наше разнообразие и индивидуальность. А мы тем временем с Надей и Михаэлой уже готовим небольшой сиквел-спинофф про то на какие глобальные регуляторные программы можно разделить эти энхансеры и как они эволюционируют 🔜🔜

За что я отдельно ЛЮБЛЮ свою лабораторию - так это за то как классно мы проводим время даже во время перерывов в рабочее время. Особенно во время обедов: 🌼Играем в metazooa - игра загадывает некое животное, и надо его отгадать делая свои догадки. На каждую догадку игра дает ближайшего общего предка между ее животным и твоим. 🌼Играем в Хайф / Улей - офигенная игра 1:1 которую Кариночка привнесла в лабу. Так клево когда буквально вся лаба забивает очередь на матч и следит за парой находящейся сейчас за доской. 🌼Разгадываем Minute Cryptic - лингвистические загадки которые мы буквально брейнштормим все вместе. Я открыл их для себя совсем недавно, показал Тоби и Маттие, и далее оные распространились став нашей новой традицией. Очень приятно когда твои коллеги зажигаются чем-то чем зажегся ты. Помимо этого просто регулярно играем в самые разные настолки или обсуждаем просто какие-то очень кринжовые темы. Счастье.

Знаете сколько видов кошек существует на нашей планете? 💩 Что ж, с сегодняшнего дня на один больше! 🍒 Ученые из Боливии опубликовали в Cell Current Biology биоинформатический анализ 38 геномов котиков из рода Леопардовых. Помимо общей детализации и уточнения филогенетики в этом роду им удалось генетически подтвердить особенность одной из изучаемых кошек. Еще в 2016 году один из сотрудников местного заповедника нашел на улице, казалось бы по внешним признакам, домашнего кота, который, однако, вел себя как дикий. Он связался с местной сотрудницей NatGeo биологом Паолой Ногалес-Аскаррунс, которая после тщательного морфологического анализа отметила 🐰, что фенотипические признаки этого конкретного кота не идентичны ни одному из ранее задокументированных видов. 👹 Паоле потребовалось еще несколько лет чтобы устроить коллаборации с биоинформатиками и даже самой освоить какие-то шаги анализа (поступайте к нам в ИБ btw!), чтобы провести подробное финальное филогенетическое исследование этой кошки и ее со-родичей. 👯‍♀ Встречайте, Leopardus tilcayo! 🥬 (Видовое имя соответствует тому как местные называли эту кошку и само слово не значит ничего). L. tilcao - новый вид кошачьих описанный впервые более чем за сто лет! 😉

Писал я про документалку про DeepMind, и был там один забавный и в то же время поражающий момент. В самом конце показывают лабмит команды AlphaFold, ребята обсуждают следующие шаги по развитию проекта после победы на CASP14.

Джон Джампер впроброс говорит фразу: - We can easily predict all known sequences in a... month. Демис: - All known sequences in a month? Джон: - Yeah, easily. A billion, two billion. And they are... Демис его перебивает: - So why don't we just do it?

Другое направление DeepMind помимо предсказания структуры белков - предсказание эффектов однонуклеотидных полиморфизмов. Две их рабочие лошадки на этом направлении - AlphaGenome и AlphaMissence. (мы кстати в ИБ недавно делали интро-воркшоп во все 3 модели). С помощью них каждый ученый может прогнать любую мутацию через модель и посмотреть на результат. Ровно то, о каком применении и мыслил Джон Джампер для AlphaFold пока Демис его не перебил. Сегодня DeepMind выпустили AlphaGenome Atlas - карту предсказаний эффектов замен для всех 9 миллиардов возможных однонуклеотидных замен в геноме человека (по 3 альтернативных нуклеотида на каждую из 3х миллиардов позиций). Эффект мутации они оценивали с помощью новой метрики AlphaGenome Variant Impact (AVI), которая комбинирует в себе оценки aM и aG. Прямо в браузере можно посмотреть на результаты предсказания и построить профили экспрессии / открытости хроматина / ... для референсной и альтернативной аллели. Также есть хитмап мотивов, который я сам пока не особо понял. А еще Кайл и Наташа, ко-первые авторы aG, выложили мини-туториал на YouTube как использовать их Atlas внутри Antigravity. В общем, если вы не МЛщик - биоинформатик, но работаете с человеческой генетикой - это может быть еще более удобный способ познакомиться с возможностями биологических моделей DeepMind :)

Открытая онлайн-дискуссия «AI-агенты в single-cell»

Использование ИИ-агентов в анализе single-cell данных - это уже необходимость или просто информационный пузырь?

Приходите 12 августа в 19:00 МСК (18 CET) на нашу онлайн-дискуссию в Бластим О чем будем говорить : — насколько можно доверять результатам AI-агентов — где AI действительно экономит время, а где требует больше перепроверки — как меняется подход к обучению биоинформатиков — останется ли место человеческой экспертизе и творчеству в анализе данных 📣 Участники: Вадим Чечехин, Екатерина Маркелова, Дмитрий Пензар, Зоя Антышева и я (Никита Ваулин) Модератор — Дмитрий Тычинин 📎 Ссылка на регистрацию (также зарегистрироваться можно тут: agency.blastim.ru/sc_battle)

Сегодня последний шанс присоединиться к летнему воркшопу ИБ по гугловским моделям! Завтра утром начинаем с AlphaGenome 👀

Сережа нашаманил нам Claude-расширение прямо в лабном Jupiter Hub. Возможности клода изучены лишь на 0.0001%

1/2 done!

Примерно такой вайб последнее время. Лечиться надо вам всем

Здесь прекрасно всё… 🐙 Начиная с того что у осьминогов обнаружилась эволюционная адаптация в самой консервативной из возможных машин - рибосоме! Продолжая тем что это просто мутация проводящая к разламыванию 28S rRNA на две части. И это разламывание увеличивает точность рибосомы!! Вдобавок еще это проверили заклонировав этот сайт разлома в E. coli и обнаружили 30% повышение точности без ухудшения скорости. В другом домене жизни!!! И это еще зачем-то нужно, так как такая поломка есть только у видов осьминогов с большой нервной системой!!!! А более того нашли это вообще случайно: просто на геле рРНК все время шла фрагментами а не целиком. Вот честно, кто бы не подумал что это просто руки кривые??! Так они даже так и пишут:

Here, we serendipitously discovered that octopus ribosomes contain a structural break in the core ribosomal RNA that is unique among all animals.

Serendipitously!!!!! Ко всему прочему от препринта до публикации у них меньше месяца прошло, что так мило видеть в наши дни. И чтобы уж добить посмотрите какооой обалденский графический абстракт!!!!!!!

Открыт набор на Летний онлайн воркшоп 2026 «Альфа, альфа, альфа»! bioinf.me/education/workshops/alpha_workshop | Регистрация до 7 августа Модели семейства Alpha от Google DeepMind стали ключевыми инструментами современной биоинформатики. На воркшопе мы разберем принципы их работы и освоим их на практике: от анализа регуляторных свойств генома до предсказания структуры белков и оценки эффектов мутаций. Воркшоп пройдет онлайн 8 и 15 августа и будет состоять из двух больших блоков: 🌑 8 августа – AlphaGenome (преподаватель Никита Ваулин): предсказание функциональных свойств генома по ДНК, variant scoring и in silico мутагенез. 🌑 15 августа – AlphaFold & AlphaMissense (преподаватель Александра Мамчур): предсказание белков и комплексов через AlphaFold Server/DB, оценка метрик качества и предсказание патогенности миссенс-вариантов. Все задания выполняются в Google Colab. Для работы с AlphaGenome рекомендуется заранее получить API-ключ. Стоимость: • 9 000 рублей – при ранней оплате до 4 августа • 14 000 рублей – при оплате с 5 по 7 августа • 25 000 рублей – для юридических лиц ⭐️Особая цена для выпускников Института биоинформатики на все время набора – 9 000 рублей. Рады видеть наших студентов снова! Специальная стоимость доступна всем, кто успешно окончил наши программы переподготовки или интенсивы и получил диплом. Будем рады видеть вас среди участников! ❤️ ✨ Мы в VK | Мы в почте | Мы в Telegram #bioinf_online #bioinf_education @bioinformatics_institute

Думаю кто-то успел заметить, что автор данного канала очень увлечен тем как глубокие нейросетки могут помочь нам с пониманием биологии. Возможно для кого-то даже не прошла мимо публикация модели AlphaGenome от Google DeepMind! 🔲

Если вам интересно разобраться что можно на практическом уровне для себя (для своего диплома / курсовой / ...) получить от того, что кто-то где-то опубликовал еще одну еще более глубокую сетку с еще более крутыми метриками качества - обязательно обратите внимание на следующий пост!!

🌸 Мы с Сашей Мамчур собрали целый воркшоп по 3м основным life science моделям гугла: AlphaFold, AlphaMissense и AlphaGenome! Покажем прямо на практике что и как запускать, чего можно добиться и чего добиться не получиться. До 4го августа будет открыта ранняя регистрация. Приходите! 😁

Рандомная мысль Возможно это лишь привилегия работы в академии, хотя хочется верить мне повезло так настроить себе режим, но…. Какое счастье жить уже примерно год так что единственные дни (буквально единственные) когда я ставлю будильник - это дни когда я иду в хайки. И не подумайте, я держу режим. Всю весну я приходил на работу к 08:00 и все лето я прихожу к 09:30 (кроме спонтанных кофе-прогулок-спорта по утрам, но и там я встаю в то же время). И никогда не позволяю себе спать меньше 7 часов (хайки - исключение, ха-ха). Когда-то я не верил что вообще можно будет жить эту жизнь без будильника. Может меня сильно напугали истории про PhD и ментальное здоровье - так сильно что я переборщил с осторожностью - но настроенные режим, питание и спорт и правда делают свое дело. Несмотря на то что на канал подписаны родители все равно не могу не похвастаться тем как мы сегодня с коллегами вылезли на крышу нашего института 🙂