Бластим: курсы и работа в биотехе

🌐Коллеги, кому интересна сфера биоинженерии, этот пост специально для вас! Скаффолд, имплантат, тканевый пистолет, 3D-печать донорских органов... Об этом и не только на примерах собственных разработок рассказывают студенты и сотрудники научно-образовательного Центра биомедицинской инженерии Университета МИСИС в своем телеграме. 👀На канале можно увидеть, как создаются материалы и технологии будущего, познакомиться с веселым словариком биоинженера, а также узнать подробности о магистерских программах по биоматериаловедению, биомедицинской инженерии и биофабрикации. Для создания инновационных биомедицинских продуктов нужно быть и инженером, и химиком, и материаловедом, и клеточным биологом, поэтому посты на канале полезны буквально всем! ➡️Кстати, сегодня НОЦ БиоИнж Университета МИСИС — это место с самой высокой концентрацией биопринтеров в России. Советуем следить за работой биоинженеров: https://t.me/bioengineers_MISIS #бластим_рекомендует

Наполним выходные большой наукой вместе с Бластимом! 🚀Илон Маск обещает скоро колонизировать Марс. Но чем должны питаться астронавты, которые отправятся в долгий полет? Можно взять еду в тюбиках, однако нужна и свежая зелень. При поддержке NASA создаются инновационные подходы. Например, предлагается выращивать растения без света. Шутка? Отнюдь, нет. В темном космосе невозможен фотосинтез, но зато можно запустить альтернативную биохимию. Например, химики создали электролизер, эффективно превращающий углекислый газ и воду в ацетат, а биотехнологи готовят ГМ-культуры, которые могут его метаболизировать. Вообще, у проростков растений, особенно с масличными семенами, для преобразования липидов работает видоизменений цикл Кребса — глиоксилатный шунт. С позеленением он отключается. Ученые с помощью генной инженерии активировали этот путь во взрослых растениях и получили на ацетате арабидопсис без единого фотона! А еще им удалось вырастить на подслащенной воде плодоносящие карликовые помидоры-черри. Даже если полет на Марс не состоится, «темновое» культивирование применимо и на Земле для выращивания ценных овощей на недорогих субстратах! https://www.science.org/content/article/crops-grown-without-sunlight-could-help-feed-astronauts-bound-mars 🔧Алфавита в 20 букв ученым оказалось мало. Сегодня вовсю идет работа над расширением генетического кода: в материале Nature описываются смелые эксперименты синтетических биологов. Специалисты уже запросто кодируют стоп-кодонами более 200 неканонических аминокислот. Причем, если сначала модификацию трансляции производили в пробирке, то теперь взламывают код живых организмов: кишечной палочки, нематод и даже мышей. Белковый хакинг имеет прикладное значение: вставка необычных аминокислот позволяет лучше изучать протеины, производить новые нестандартные полимеры в клеточных фабриках или разрабатывать лекарства на основе белков, способных образовывать прочные ковалентные связи. Например, благодаря включению фторсульфат-тирозина в рецептор PD-1 удалось уменьшить опухоли у мышей. А вот группа Джорджа Чёрча из Гарварда решила нарушить правило универсальности: перекодировав некоторые аминокислоты, они вырастили бактерий совершенно невосприимчивых к фагам. Подход получил название генетический файрволл. Другие ученые проводят еще более экстремальные опыты: создают клеточные системы с квадруплетными кодонами или перепрограммируют рибосомы на прием бета- и гамма-аминокислот и даже катализ углерод-углеродных связей вместо обычных пептидных! https://www.nature.com/articles/d41586-023-01980-4 🐐Жизнь в неволе — огромный стресс для диких животных, особенно травоядных. Поэтому в ходе процесса одомашнивания шел сильный отбор на крепость иммунной системы, повышенную репродукцию и психологическую устойчивость к стесненным условиям. Можно сказать, приручаемость — сложный поведенческий признак. Коза была одними из первых одомашненных видов, и ученые решили определить гены приручения. В ходе популяционных исследований обнаружили двухгенный локус STIM1-RRM1, который подвергся сильнейшему отбору при доместикации безоарового козла — предка современных коз. А именно, определенные снипы в гене RRM1 наблюдалась у домашних коз, но не их диких сородичей. Известно, что этот ген кодирует субъединицу фермента рибонуклеотидредуктазы, нужного для поддержания ДНК, особенно митохондриальной, что важно для развития нервной системы. Миссенс-мутация в нем способствует лучшей приручаемости и, по-видимому, быстро распространилась во всей популяции первых одомашненных коз 6500 лет назад. Генетики считают, что описанный локус связан с общим для млекопитающих регулятором поведения: ГМ-мыши с воспроизведенной точечной заменой в поведенческих тестах меньше боялись людей и проявляли большую социальность, а GWAS показал ассоциацию локуса с СДВГ и деструктивным расстройством у человека! https://www.science.org/doi/10.1126/sciadv.adf4068 #выходные_у_бластим

Уже в ближайший понедельник 26 июня на Бластиме стартует курс по анализу данных секвенирования нового поколения. Публикуем заключительный ролик с Евгением Герасимовым для погружения в атмосферу NGS! Биоинформатик рассказывает, как получали знаменитые матрицы замен.

Куда инвестировать? Где есть интересная работа? Стартапы! Смотрите подборку любопытных стартапов в биотехе! 📌Atomwise (Сан-Франциско, США) — биотех-компания, которая занимается разработкой новых низкомолекулярных лекарств с помощью методов машинного обучения и анализа библиотек химических веществ. Последнее финансирование: $123M, август 2020 (серия B). Сайт: https://www.atomwise.com/ 📌Cradle (Нидерланды, Швейцария) — стартап, который занимается дизайном протеинов с помощью ИИ. Последнее финансирование: €5,5M, ноябрь 2022. Сайт: https://cradle.bio 📌Human Immunology Biosciences (Мэриленд, США) — стартап, который разрабатывает таргетную терапию орфанных заболеваний на основе генетики и иммунологии. Последнее финансирование: $120M, ноябрь 2022 (серия D). Сайт: https://hibio.com/ 📌Kingdom Supercultures (Нью-Йорк, США) — фудтех-компания, которая изолирует и изучает штаммы пищевых бактерий для их оптимизации и создания суперкультур, позволяющих производить естественно ферментированные пищевые продукты, напитки и средства личной гигиены без отходов. Последнее финансирование: $24M, октябрь 2021 (серия B). Сайт: https://www.kingdomsupercultures.com/ 📌NuProbe (США, Китай) — биотех-стартап, создающий диагностические панели для выявления рака. Последнее финансирование: $50M, июнь 2022 (серия В). Сайт: http://www.nuprobe.com/ 📌Phenomics Health (США) — компания прецизионной медицины, которая использует биоинформатику, машинное обучение для подбора персонализированной терапии. Последнее финансирование: $11,5M, октябрь 2022 (серия В). Сайт: https://www.phenomicshealth.com/ 📌Seqera Labs (Барселона, Испания) — биоинформатическая компания, которая создает технологии для конвейеров обработки больших данных. От создателей Nextflow. Компания поддерживается фондом Цукерберга. Последнее финансирование: €22М, 2022 (серия А). Сайт: https://seqera.io/ Узнать больше о стартапах в биотехе можно из записей курса Бластима «Биотех глазами инвесторов»: bit.ly/3Pnwuoh #бластим_подборка

Помните схему типичного биоинформатического пайплайна? Там было много-много разных форматов файлов, которыми оперируют биоинформатики. Это вообще нормально? Евгений Герасимов рассказывает!

Как получить качественные NGS-данные, чтобы потом их было интересно и комфортно анализировать in silico? Это главный вопрос, на который ответят спикеры вебинара Бластима «Приготовление NGS-библиотек: преодолеваем наиболее частые трудности». Эксперты с большим стажем в секвенировании Айказ Еремян и Евгения Плаксина уже сегодня в 19:00 (по мск) будут обсуждать ключевые моменты мокрой части NGS-экспериментов. Приходите, будет полезно! Регистрируйтесь прямо сейчас, и мы пришлем вам ссылку для подключения: bit.ly/3Ptv3oe Запись вебинара будет доступна бесплатно всем зарегистрировавшимся в течение 24 часов после мероприятия!

В новом видео жизненный совет для всех биоинформатиков от Евгения Герасимова!

SPLAT Global — компания-производитель средств для гигиены полости рта, натуральной косметики для ухода за кожей и волосами, а также экологичных продуктов для ухода за домом. Компания представлена как в России, так и на мировом рынке! Ведущий специалист по инновациям ООО «Сплат Глобал» Виктор Филатов в рамках Ярмарки Бластима рассказывает о ценностях компании, инновациях и карьерных возможностях. Смотрите наше видео и заходите на карьерный портал Сплат: bit.ly/43RWEUD #бластим_вакансии

Почему математики не всегда могут справиться без биологов, решая, казалось бы, чисто алгоритмическую задачу картирования ридов? Несколько слов о секвенировании РНК, сплайсинге и интронах!

Секвенирование нового поколения — бесценный инструмент для исследований в самых разных областях. Даже если вы не занимаетесь NGS непосредственно, что-то секвенировать может потребоваться на одном из этапов комплексного эксперимента! Бластим приглашает всех открытую встречу «Приготовление NGS-библиотек: преодолеваем наиболее частые трудности». Мы подготовили для вас минимум повторения теории, максимум практики и жизненных советов от экспертов отрасли. На встрече: — сделаем кратчайший обзор методов NGS — обсудим лучшие практики извлечения ДНК и РНК — рассмотрим контроль качества: спектрофотометрию и флуорометрию, электрофорез, Bioanalyzer и TapeStation — поговорим про индексацию и мультиплексирование: основные трудности и неочевидные возможности — затронем ПЦР-амплификацию и измерение количества библиотеки Спикеры мероприятия: эксперт с большим стажем в секвенировании Евгения Плаксина и Айказ Еремян — молекулярный биолог, руководил несколькими лабораториями и компанией С занятия вы уйдете с объемным представлением о том, как получать качественные данные для последующего биоинформатического анализа! Встреча пройдет 22.06 в 19:00 МСК. Вход свободный. ✅Узнать подробности и зарегистрироваться: bit.ly/42IWPjC

Сегодня в ходе контроля качества им часто пренебрегают, но иногда он по-настоящему необходим. В новом видео Евгений Герасимов поведал мораль тримминга!

Новости науки от Бластима, которые заставляют задуматься! 🔍Изучение микробиома человека невероятно популярно: всё благодаря распространению shortgun-метагеномики, когда анализируются не отдельные ампликоны, такие как гены 16s рРНК, а сразу вся ДНК в пробе. Издержка метода в том, что от 10 до 90% последовательностей, которые секвенируются, принадлежат отнюдь не микробам, а их хозяину. Их обычно удаляют. Но интересно, что можно извлечь из этих прочтений? И могут ли крупные метагеномные проекты нарушить конфиденциальность личных геномных данных доноров? Такими вопросами задались японские ученые. Они решили попытаться добыть информацию о людях из исследования метагенома кишечника. На основе всего лишь незначительного количества ридов человека, полученных при анализе образцов фекальной микробиоты, биоинформатики смогли правильно предсказать пол, происхождение человека и повторно идентифицировать индивидов, геном которых был ранее прочитан и доступен, а также оценить риски наследственных патологий! Результаты работы, которая недавно вышла в Nature Microbiology, должны как помочь разрешить вопросы этики, так и пригодиться в медицине и криминалистике. https://www.nature.com/articles/s41564-023-01381-3 🧲Белки состоят из левых аминокислот, а ДНК — правая спираль. Миллиарды лет назад природа выбрала одни оптические изомеры для построения всего живого и отбраковала другие. Хиральная чистота давно в фокусе ученых: ее возникновение у первых молекул жизни пытались объяснить и поляризованным УФ-светом, и космическим излучением. Прорывное исследование, опубликованное в Science Advances, похоже, приблизило нас к разгадке великой тайны пребиотической химии. Молекулярные биологи из Гарварда и Кембриджа в опытах разделяли рацемическую смесь рибо-аминооксазолина (РАО) — соединения-предшественника РНК — с помощью распространенного в земной коре магнетита. При наложении сильного внешнего поля им удалось собрать на поверхности магнитного железняка в 1,5 раза больше молекул одного из стереоизомеров. Достижение хиральной асимметрии в таких экспериментах говорит о том, что в условиях древней Земли магнитные минералы действительно могли приводить к концентрированию на себе только определенных энантиомеров биомолекул. Гомохиральность РАО «открывает дорогу» к хирально чистой РНК, как раз лежавшей в основе жизни во времена РНК-мира! https://www.science.org/doi/10.1126/sciadv.adg8274 ⛩В 2015 году была вручена Нобелевская премия за открытие артемизинина, лекарства против малярии на основе полыни. Идею препарата почерпнули из традиционной китайской медицины. Огромный научный интерес представляет и китайская национальная кухня! В материале Nature разбираются плюсы и минусы ряда популярных в Азии блюд, которые готовят с незапамятных времен. Например, последние исследования зеленого чая — главного напитка в Китае, которому уже более 5000 лет — показали, что он снижает риск смерти от сердечно-сосудистых болезней за счет антиоксидантов катехинов, однако при этом может вести к инсулинорезистентности. Древнейший продукт ферментации, соевый соус, служит хорошим источником дефицитного микроэлемента селена, но способствует избыточному потреблению натрия, приводящему к значительным проблемам со здоровьем. Тофу — будущий заменитель мяса — содержит изофлавоны, которые проявляют фитоэстрогенную активность. Хотя раньше считалось, что из-за них может развиться рак молочной железы, работа 2020 года, наоборот, продемонстрировала, что соевый творог уменьшает риск развития онкологии! https://www.nature.com/articles/d41586-023-01842-z #выходные_у_бластим

⚡️Группа дизайна и инжиниринга молекулярных систем приглашает в аспирантуру! Группа создана на базе сразу трех университетов: Санкт-Петербургского Государственного Университета, Санкт-Петербургского Политехнического Университета и СПбАУ РАН. Направление исследований в аспирантуре — разработка методов компьютерного моделирования и программного обеспечения для изучения сложных молекулярных систем и сетей химических реакций. 📊Группа применяет различные методы вычислительной химии от квантовой химии до coarse-grain подходов, а также эволюционные алгоритмы и методы машинного обучения. Все разрабатываемые методы сотрудники постоянно применяют для изучения конкретных молекулярных объектов и процессов: молекулярного дизайна новых белков для биомедицинских применений, ферментов, фотоактивируемых лекарственных препаратов, процессов мицеллообразования. Группа ищет специалистов из областей физики, вычислительной химии и прикладной математики, которые хотят разрабатывать новые методы для моделирования молекулярных систем, а также применять их для решения конкретных задач! ✔️По всем вопросам, включая прохождение предварительного собеседования, пишите на почту: moldesignresearch@gmail.com #бластим_рекомендует

Illumina стала синонимом самого понятия NGS. Эта технология сверхпопулярна, хотя уже появились методы секвенирования длинными ридами. Тот же нанопор, который, однако, не очень точен. Но ведь и Иллюмина делает ошибки! Почему? Разбираемся с Евгением Герасимовым.

Клонирование — это уже давно не про овечку Долли! Сегодня ученые клонируют прежде всего отдельные клетки, которые имеют широчайшее применение в биотехнологии и медицине. В статье узнаем о методе выделения клеток с помощью суперпипетки и импедансного сенсора. #бластим_технологии

16 июня в 19:00 (мск) на базе экономического факультета МГУ состоится презентационная сессия и онлайн-дискуссия «Биотех в России: современные тренды и карьерные перспективы». Одним из спикеров выступит Наталья Мнафки, партнер и руководитель образовательных проектов Бластима. Узнать программу мероприятия, вопросы дискуссии и зарегистрироваться можно по ссылке: bit.ly/469igx5 К участию приглашаются все заинтересованные слушатели — тоже приходите! #бластим_рекомендует

Почему биоинформатических программ так много? Ведь многие из них выполняют одну и ту же функцию? Смотрите видео про мифы о работе биоинформатиков!

НПО Петровакс Фарм — российская биофармацевтическая компания полного цикла с 25-летним опытом работы на фармацевтическом рынке. Директор по исследованиям и разработкам Петровакса Антон Тихонов рассказывает об особенностях компании и открытых вакансиях, а также отвечает на вопросы и делится своим нетривиальным карьерным треком. Смотрите его выступление (есть таймкоды): bit.ly/3JemJVD А также есть возможность откликнуться на актуальные вакансии, которые были в видео: Биотех • Проектный менеджер (Project manager) • Менеджер по выводу препаратов на зарубежные рынки (National access manager) • Старший менеджер по работе с ключевыми клиентами (Senior KAM): • Старший медсоветник (Senior medical advisor) R&D • Научный сотрудник с опытом клеточной работы • Лаборант-исследователь • Гематолог Отклики можно отправлять на почту: HR-Petrovax@petrovax.ru Даже когда нет открытых вакансий, но вам нравится Петровакс и у вас есть необходимые навыки и интерес, пишите нанимающим менеджерам компании! Сайт: bit.ly/3Nu2iGC #бластим_вакансии

Как вы думаете, что служит центральным элементом любого NGS-эксперимента? Получение ридов? Контроль качества? Или может быть сборка генома? Ответ смотрите в новом видео — он может вас удивить!

Бластим расширяет команду сотрудников в центр дополнительного образования для специалистов биотеха! ⚡️Мы ищем менеджера продаж, в обязанности которого будут входить следующие аспекты: — Вести теплую базу клиентов — Выявлять потребности и отвечать на вопросы клиента — Участвовать в формировании маркетинговых материалов — Вести отчетность и считать метрики ⭐️Требования: — Размещение предпочтительно в РФ — Базовые знания биологии, программирования и отличные коммуникативные навыки — Опыт продаж от полугода или образования/прохождения курсов по продажам — Высокая обучаемость, креативность и дружба с табличками — Опыт удаленной работы (наличие тихого места, компьютера, быстрого интернета и гарнитуры) — Высокий уровень энергии, желание обучаться, хорошо зарабатывать и расти внутри уникального образовательного проекта 💎Условия: — Доход в формате оклад + %, бонусы — Фултайм, но можно начать с парт-тайма с доступом 5/2 с 10:00 до 19:00 — Полностью удаленная работа — Дадим готовые конверсионные скрипты и проведем тренинг по особенностям продаж в нашем секторе — Работаем в удобной и простой CRM-системе AmoCRM с использованием cовременных виджетов — Дадим вспомогательные материалы для презентации программ и мероприятий клиенту — По-настоящему интересная работа, где клиентами являются приятные люди из научного и индустриального сектора — Постоянная поддержка и помощь от руководителя и команды, возможность роста до РОП ➡️Если это про вас, присоединяйтесь к команде Бластима: bit.ly/3qJe0nI