from PhD import *

«If we don't play God, who will?» https://www.nationalgeographic.com/science/article/james-watson-death-dna-double-helix

Что бы вы изучали, если бы вам дали полную свободу выбора?

Мой выбор бы пал на муравьев. Пусть этот пост будет началом рубрики про муравьев. Например, вот в сентябре в Nature вышла статья про вид муравьев, самки которого практикуют межвидовое скрещивание и клонирование самцов 🤯 Было обнаружено, что типичные европейские муравьи-жнецы Messor ibericus могут давать потомство от самцов другого вида - Messor structor. Это в целом уже прикольно, потому что, например, репродуктивная изоляция это одно из определений того что такое вид. При этом рабочие особи получаются с гибридным генотипом! Наполовину iberus, наполовину structor. Но ситуация эта не очень выгодна - получается самки этого вида зависят от наличия самцов другого. А кстати ареалы обитания у них пересекаются, но не совпадают. Что делать? Так вот самки M. ibericus после спаривания с M. structor сохраняют сперму самца, и уже позже могут использовать ее для оплодотворения. При чем там тоже много интересного: самка уничтожает ядерную ДНК своей яйцеклетки, сохраняя только ДНК спермотазоида, из-за чего на свет рождаются гаплоидные клоны самцов. Которых дальше самка может использовать для спаривания. И в конце концов, благодаря этому механизму после нескольких спариваний самка может выбрать какие сперматозоиды использовать в данный момент: производить на свет рабочих (диплоидов), самцов своего вида (нужных с целью зачатия самок) или самцов чужого вида (нужных с целью зачатия рабочих особей) Феноменально 😛

Угадайте у кого наибольшее число цитирований в Google Scholar? Рекордсмен которого я пока что нашел - с почти 2 M цитирований - некий Et Al. Professor of Professor в University University 😁

Самый волшебный рецензент которого я когда либо встречал... В 2023 году в NatComm вышла статья про метод интеграции single-cell данных, scTriangulate. Что-то он там делает, это не так важно, но важно что авторы решили его описать используя аналогию с теорией игр. В Peer Review файле (спасибо нейчру что публикует их) рецензент 1 дает какие-то замечания по сути и после удовлетворяется исправлениями. Рецензент 2 в свою очередь, помимо прочего критикует саму идею использовать теорию игр в статье, так как она только усложняет понимание для неподготовленного читателя, а не упрощает его. На 30и страницах авторы и рецензент спорят о том как сделать повествование проще и логичнее, но кажется рецензент 2 непреклонен - этот лейтмотив надо просто целиком убрать. И в друг в самом конце дискуссии он пишет:

Ultimately, authors are responsible for the content of their own manuscript. If they think that calling what they are doing "game-theory" is helpful to the reader, then who am I to disagree?

На этом он окончил свое общение и даже не оставил финальный коммент что статью можно отдать на публикацию. Действительно, кто рецензент такой чтобы не соглашаться?)) 😁

А ещё я хочу похвастаться что у меня очень крутая троюродная сестра - она поступила в магистратуру на французскую филологию и лингвистику в Sorbonne Nouvelle. На выходных ездил в Париж повидаться, вкусно поесть и пошоппиться в юникло. Заодно провел лекцию оттуда, и впервые мне сказали что у меня красивое освещение. Видимо все лекции надо вести из Парижа. Btw, если вдруг вам нужен репетитор по французскому - вы знаете к кому обратиться! Качественно и дорого. (иначе парижскую аренду просто не потянуть)

Сегодня в St. Anna CCRI пришел рассказать про свою работу Пётр Харченко. Пётр был профессором в Гарварде и в Альтосе. Например, он внёс большой вклад в развитие анализа ChIP-seq (ENCODE) и scRNA-seq (RNA velocity), и много чего ещё. Сегодня он рассказывал про numbat - метод поиска CNV в scRNA-seq данных, в первую очередь применительно к раковым датасетам. Мы с ребятами устроили огромную делегацию на этот доклад, заняв почти половину зала. В конце поиграли там в кикер, что напомнило мне о моих Сколтеховских годах. Жалко что у нас в MedUni CBR нету кикера...

Одни приключение краше других! На этих выходных с коллегами Тоби и Йоханом пошли в микропоход в Альпы на 2 дня 🏔 Ночевали в палатке на Shneealm на высоте 1800 метров 🏕. Ребята, это просто невероятно! Вечер субботы нам подарил очень атмосферные маршруты по туману. Но самое прекрасное было в воскресенье - встаешь в 6:30, выходишь на улицу. Там просто волшебное рассветное солнце, облака где-то внизу простирают основания альпийских вершин. И фауна - тучи каких-то птиц, какие-то горные козлы носятся туда-сюда. Одна серна, отвечаю, часа 2 просто стояла на горизонте и наблюдала за нами все то время пока мы завтракали и убирали наш лагерь. В какой-то момент уже даже некомфортно стало 😅 Много красивых мест видел, но на рассвете это на порядки ярче дышет красотой и жизнью. Ну и кучу всяких приколов по мелочи: немного заблудились ночью, порассказывали страшилки, ещё я потерял голос. Весело)) В комменты и ниже сейчас ещё что-нибудь пришлю

Удивительны находки Google Scholar'а Оказывается в 2022 году один аспирант из University of Nottingham в своей диссертации сослался на результаты моей бакалаврской работы. Дальше конференции тогда дело не зашло, но с другой стороны получается вот и доложиться где-то онлайн по середине ковида - было не напрасно. Короче вот он рекогнишн 😁, до нобелевки уже рукой подать (может даже успею запрыгнуть в награждения 2025го года)

Отдельная награда это 🥨 хютты 🥨. Это австрийские альпийские домики где есть что перекусить, а иногда даже можно переночевать. Австрийская кухня и без того очень классная, а где-нибудь на обратном пути в горах так и подавно. На мой вкус только можно было бы досолить. Ну и напоследок немного мухоморов 🍄, их просто как-то шибко много. Грибы здесь кстати собирают! Вот так.

В сентябре открыл для себя 🌳соло хайки 🌳 - отлично подходит для того чтобы пройти как следует жесткий маршрут! Сперва прошел самый большой для себя перепад высот - 2155м за 10.5 часов. Забрался на Hochreichhart 🏔. Встретил кучу животных - от альпийских коров до серн и оленей. На одной из фоток - это кормушка для лосей, с солью. Ну и видел самых разных воздухоплавающих, коих так и не разлечу. А вот зато из людей - первого увидел только через 4 часа пути! Стартовал ещё до рассвета, в пол шестого утра. Ради этого из Вены приехал за день до в маленький городок Кальванг в Штирии. Ночевал в спальне в таверне - очень атмосферно ✨! Через пару выходных за то же время прошел свой самый длинный путь - 37.7км с подъемом на Hochschneeberg! По пути даже преодолел одну простенькую виа-феррату 🧗. Из интересного - полное ментальное расслабление. 10 часов ты идёшь, и никакой музыки, никаких видео или аудио-книг, и даже никаких мыслей. Ты просто двигаешь ногами и в голове тишина. 🌱 Соло хайки, соло хайки 🌱

Сходили на монеточку - то ли слетать в 2018й, то ли удариться об 2025й

Удивительный снимок который 6 сентября сделал астрофотограф Andrew McCarthy (видео) - Falcon 9 пролетает на фоне солнца. Особенно конечно поражают детали солнечной хромосферы - а все потому что снимок сделан через специальный Hα-фильтр. Hα это спектральная линия атома водорода, 656,28 нм. Специальные фильтры позволяют пропустить в камеру солнечное излучение именно этой длины волны, ±0,1нм. Готов открыть собственную клинику ЭКО просто чтобы повесить там постер с этим кадром.

✨ Lab retreat ✨ Сразу после конференции уехал на ретрит в Словакии: наша лаба (в лице венской и шведской части) совместно с Jan Krivanek lab выбрались в милый гестхаус где три дня обсуждали науку и развлекались. Было интересно послушать чем занимаются коллеги - все те же вопросы развития и регенерации они изучают на примере зубов. Делают scRNA-seq'и, lineage tracing, микроскопию и даже микро-CT! Особенно забавно было когда они показали микро-CT киндер-сюрприза - отличный способ узнать что за игрушка внутри ничего не вскрывая 😁 Помимо этого гуляли, играли во фрисби, смотрели на звёзды, купались ночью в банном чане (palju). А самое крутое - сгоняли одним вечером в Чехию чтобы поиграть в пейтбол на лесном полигоне около 7к кв.м.! 🌲 В общем, было очень круто ✨ (спасибо Карине и Терезе за то что все это организовали ❤️)

Последние два дня был на конференции "AI for Life Science". Организует ее AITHYRA - новый институт в Вене, который собственно и посвящен приложению машинного обучения к биомедицинскому резерчу. У них кстати сегодня последний день PhD-колла. В целом конечно было прикольно посмотреть что придумывают люди. Отдельным бонусом шли доклад от Френсис Арнольд, лауреата Нобелевской премии по химии 2018 за направленную эволюцию ферментов, а также как всегда прекрасные ланчи европейских конференций с треской, вителло тоннато, рваной свининой и вином ☺️ С другой стороны, все думал о том будут ли кому-то нужны все эти бесконечные модели которые люди тренируют и показывают. А особенно пытаюсь понять что такого нового AI может дать науке. Понятно, что это хороший способ, например, удешевить и ускорить проверку гипотез, тестирование разных кандидатов и т.п.. Но есть что-то, где AI нам даёт новое знание которое без него принципиально не получить? В каком случае он будет не просто помощником, а полноценным инструментом? Ну и хочу заметить тренд на появление и использование AI-чат ботов которые умеют искать инфу, использовать сторонние тулы и т.п. чтобы дать экспертный ответ по заданному вопросу. Пока все немного вилами по воде, но возможно в какой-то момент весь резерч будет построен на этом 🤷‍♂

How it's been ⬆️ #IBRE #IBRE_hackathon @bioinfinstitute

🌼 Первый день Public Health хакатона в Алматы 🌼 Супер рад встретить всех старых и новых знакомых. В прошлый раз хакатон IBRE проходил в 23м в Ереване, тогда я был в качестве участника. Сейчас вот просто как эксперт /фотограф / добрый друг. Заодно прочитал открывающую лекцию про всякие новые ML методы в геномике. Зацените какой классный получился видос! 👎

В разное время разные научпоп площадки имели претензии к моим рисункам к научпоп статьям о моих же научных статьях. По их словам, рисунки были слишком не профессиональные, слишком смешные, слишком несерьёзные для великой науки (с) 😁 Уже тогда я считала, что проблема не во мне, а в их вкусе и насмотренности 😎 К слову, важно отметить, что были издания и площадки, которые оценивали и утверждали мои рисунки 😊 Сегодня коллега прислал показать великолепный пример из только вышедшей статьи в Cell — Neuropeptides specify and reprogram division of labor in the leafcutter ant Atta cephalotes 🐜👻 Смотрите на Graphical abstract (он в превью виден, а в статье можно приблизить и в хорошем качестве посмотреть) и этого будет достаточно вместо тысячи слов 😺 Шедевр! И всё понятно 😄

Когда просто исправил опечатку в документации, но теперь можешь всем хвастаться что контрибьтил в Google DeepMind 😎