Вениамин Фишман

Загадка от коллег из лабы. Что произошло с этой чашкой? Вводные: обычная трансформация компетентных клеток E. coli, прошло 48 часов после высеивания на чашку.

Дорогие коллеги! Команда IBIS (https://ibis.autosome.org) запускает соревнование EPIC (Eukaryotic Promoter and transcription Initiation prediction Challenge): по последовательности ДНК предсказать, где и с какой силой РНК-полимераза II начинает транскрипцию — с точностью до нуклеотида и цепи — у пяти немодельных животных: устрицы, осьминога, амбарной огнёвки, молочайного клопа и катрана. Данные — неопубликованные csRNA-seq из лаборатории Саши Дуттке, тестовые хромосомы закрыты до объявления победителей. Разрешены только геном и наши треки, плюс предобученные геномные модели (AlphaGenome, Evo2 и др.). Две задачи: есть ли инициация (AUPRC) и её сила (Spearman); медали по каждому виду и в общем зачёте. Все, кто обошёл бейзлайн, входят в консорциум EPIC — коллективного соавтора итоговой статьи; медалисты — соавторы лично. Для разминки открыт датасет по Nematostella и скрипты офлайн-оценки. Старт — 4 сентября, дедлайн — 30 ноября 2026. Ссылки: https://epic.autosome.org https://t.me/+lfC17rwA3xszNmZi

С удовольствием распространяю объявление о новом геномном конкурсе от коллег. Опыт проведения таких соревнований у них большой, так что не сомневаюсь, что будет интересно!

Внимание медгенетикам - альфагеном выложил скоры для 9 миллиардов геномных вариантов. Доступ по API https://deepmind.google.com/science/alphagenome/atlas AlphaGenome Atlas is an integrated data resource that predicts the functional impact of all 9 billion possible single nucleotide variants (SNVs) across the human genome. By unifying coding and non-coding predictive models, it streamlines the prioritisation and interpretation of variants. Unified Variant impact scoring: Combines coding and non-coding predictions into a single, standardized AlphaGenome Variant Impact (AVI) score. Genome-wide scale: Access precomputed variant effect predictions spanning the entire human genome. Zero-code exploration: Spot-check individual variants and dive into granular genomic context directly in your browser. Seamless agentic integration: Connect effortlessly with AI agent workflows to scale analyses and transition to Atlas website visualisations. More details: - 🌐 Portal: https://lnkd.in/gEd_9YjY - 🎥 Video: https://lnkd.in/gjCs3y6F - 📖 Blog: https://lnkd.in/gdBM4D7T - 📄 Preprint: https://lnkd.in/gt2pQeZv - 🧬 Motif heatmap: https://lnkd.in/gn826x7c

И ещё о человеке-паукекомаре https://www.mk.ru/science/2026/09/02/v-sibiri-soedinili-na-geneticheskom-urovne-cheloveka-i-komara.html

Завтра я докладываю статью на нашем лабораторном journal club. Пока искал что рассказать - нашел свежую статью из Nature. Ребята культивировали органоид человеческого мозга в чашке 5 лет (!). У меня один вопрос - как они описывали бы заявку в РНФ?

В России соединили ДНК человека и комара: что это дало генетикам https://science.mail.ru/news/55893-dnk-cheloveka-i-komara/

Одна из самых интересных - и необычных - работ нашей группой, под кодовым названием "человек-паук". Действительно, а что будет если целый геном далёкого от человека вида окажется внутри наших клеток? Казалось бы, ужас из самых страшных кошмаров антиГМОшников. Однако спешим успокоить - не говоря уже о том, что в норме клетки прекрасно защищены от проникновения длинных молекул ДНК снаружи, даже если такое произойдёт, весь приобретённый генетический материал клетка упакует в плотный неактивный компартмент. Как клетки опознают чужую ДНК и понимают, что с нее не нужно считывать гены? Сможем ли мы когда-нибудь "пересаживать" большие фрагменты геномов от одного вида к другому (как, например, делает вот эта группа, которая пытается пересадкой генома хлоропластов "научить" клетки животных фотосинтезу)? В общем, наука тогда бывает очень занимательной!

«Лето с AIRI 2026» не заканчивается! Делимся лекциями и семинарами ⏯ Мы записали всё, о чём на протяжении двух недель говорили исследователи и эксперты на летней школе. Собрали целый багаж знаний — 76 видео! — из разных областей ИИ и делимся им с вами, чтобы все могли послушать и узнать для себя что-то новое и интересное. 📎Сохраняйте ссылки на плейлисты: VK Видео, YouTube — и пересылайте их тем, кому тоже может быть полезно)

Меня спрашивают часто, что можно почитать/посмотреть для тех, кто хочет побольше узнать про ML. Рекомендую лекции коллег!

Вот уже несколько лет коллеги-медицинские генетики из центра имени Д.О. Отта в Санкт-Петербурге проводят конференцию с совершенно волшебным - под стать настроению места проведения - названием "Поэзия генома". С большим удовольствием распространяю информацию об этом мероприятии.

Возвращаюсь с конференции в Москве в Сириус. С собой везу образцы на сухом льду. Мало того, что рейс задержали на 10 часов (а после досмотра лед уже не досыпать), так ещё и посадили на два часа в Грозном. Как хорошо, что там есть оборудование для временного хранения экспериментальных образцов!

За последние несколько дней у моих коллег вышло несколько совершенно выдающихся статей, о которых хочется рассказать. 1. The Codebook Consortium, в котором одну из важнейших ролей играет группа Ивана Кулаковского, опубликовала в Nature огромный экспериментальный набор данных о связывании 332 ранее не охарактеризованных транскрипционных факторах с хроматином человека https://www.nature.com/articles/s41586-026-10798-9 Это важнейшая работа, которая существенно расширяет наше представление о том, как регулируются гены, какие мутации могут приводить к болезням и как происходила эволюция факторов транскрипции. Почитайте твитториал авторов (он был написан когда вышел препринт, но основные тезисы статьи там отражены: https://x.com/ArttuJolma/status/1857497666357199171). 2. Леша Комиссаров и его коллеги из Сколтеха, в составе большой международной научной группы, опубликовали в Cell геном зебровой амадины. Амадина - относится к певчим - важнейшая модель среди птиц, на которой изучают нейробиологию. Сборка генома - который, по словам авторов, теперь "второй по качеству после человека" - очень поможет и эволюционным исследованиям, изучающим как менялись системы определения пола, функционирования центромер и теломер и регуляции генов. https://www.cell.com/cell/fulltext/S0092-8674(26)00816-0 Среди авторов этих статей много моих хороших товарищей и коллег (Denis Larkin, Alexander Suh, Vsevolod Makeev, Andrey Buyan, Sergey Abramov, Ivo Grosse) - мои искренние поздравления коллегам, блестящие публикации! И очень приятно видеть, что в России есть группы, которые работают на высочайшем мировом уровне!

Пока я не успеваю написать разбор статьи о создании терапевтических фагов (вирусов бактерий). Но уже вышла статья naked-science, где можно почитать об этом открытии на русском. https://naked-science.ru/article/biology/nejroset-vpervye-sgenerir Также в комментах фултекст для тех, у кого статья закрыта

Пока скептики дискутируют о том, могут ли языковые модели ДНК быть полезны, те, кто собственно работает над их применением, публикуются в Science и создают новые лекарственные препараты: https://www.science.org/doi/10.1126/science.aec2657

Будет ли кто-то на ECCB в Швейцарии в сентябре? Мы не сможем приехать, хотели бы попросить повесить наш постер.

Написал агента, который разбирает мои онлайн-семинары. Скрипт каждые 15 минут проверяет мой календарь -> Если есть событие, ищет пересекающуются по времени зум-встречу -> Забирает аудио и трансрипт от зума -> Расшифровывает звук при помощи Whisper-large -> Отправляет в ChatGPT расшифровку и транскрипт зума -> Промпт: - поправить опечатки, - сверить с контекстом проекта и прошлыми встречами, - сформулировать задачи для каждого участника -> Забирает готовый список задач из GPT -> Отправляет их команде в чат ТГ. Все артефакты сохраняются на гугл-диске. Пока работает чуть криво, нужно донастроить промпты. Но в целом работает.

Коллеги из группы Алексея Константиновича Шайтана попросили распространить информацию о позиции постдока в МГУ:

Лаборатория искусственного интеллекта в геномике и инженерной биологии (AIGEN Lab) Биологического факультета МГУ имени М.В. Ломоносова, созданная под руководством ведущего ученого Сергея Анатольевича Шмакова в рамках масштабного мегагранта Российского научного фонда (РНФ) на 2026–2030 годы. Наша команда работает на стыке ИИ, сравнительной метагеномики и синтетической биологии, занимаясь компьютерным дизайном, структурным моделированием и экспериментальной валидацией принципиально новых инструментов для редактирования геномов и эпигеномов.

Подробнее: https://blastim.ru/job/15856/ и https://aigen.bio.msu.ru/join/

Институт AIRI создаёт лабораторию искусственного интеллекта в НГУ: https://www.nsu.ru/n/media/news/nauka/ngu-i-airi-sozdadut-sovmestnuyu-uchebno-nauchnuyu-laboratoriyu-industrialnogo-iskusstvennogo-intelle/