shameless bacteria: Иммунология с Софьей Лейн

о биотехнологиях Израиля 🧬 В тг-канале Biotech deal watch был недавно пост озаглавленный ни много ни мало как обзор биотехнологического сектора Израиля. Только не обзор, не биотехнологий и не сектора 😂🙈🙅‍♀️ На деле это был перевод англоязычной новости про то, как один акселератор, в который вложились большие компании, дал денег (точнее, шестимесячную программу акселератора) нескольким компаниям в области digital health. У меня хорошо получается что угодно критиковать и находить минусы, слабые точки, но я не то чтобы ставлю целью сказать, что вышеупомянутый канал бесполезное фуфло. Я скорее хочу прояснить терминологию. Когда мы говорим digital health, что это? (и почему это не совсем биотех?) Это, например, электронные медицинские карты пациентов, рекомендательные системы-помощники диагноста по данным КТ, МРТ. Это самая близкая к IT часть биотеха, даже скорее около-биотех. Еще к digital health относятся приложения с wearables и иногда сюда относят инновации в портативной диагностике. В Израиле очень много таких компаний, и есть прямо сильные, которым упомянутые в оригинальном посте не конкуренты. есть vizai, есть aidoc, в качестве примеров. А что включает в себя биотехнологический сектор? Это производство, это диагностика, это разработки. Это гораздо больше, чем узенький digital health. В ранних разработках, что мне ближе всего, есть компании, которые занимаются малыми молекулами, есть разработки онкологические, в основном это не малые молекулы, а моноклональные антитела, влияющие на иммунитет пациента. Здесь, в Израиле, есть клеточная терапия, есть нейроинтерфейсы и биологическая обратная связь. Есть большое количество биотеха/фудтеха - искусственное мясо и веганские белковые субстанции. А еще же близкий и имеющий персечения с биотехом агротех! всякие там патогены растений (привет Ксюша!) То есть мы видим множество сфер внутри большой сферы биотеха, и в каждой сфере не 2-3 игрока, как в России, а больше. В диагностике и генетической диагностике Израиль, кажется, лидирует, это связано со специфической ашкеназской генетикой. Несмотря на религиозный характер основного закона страны, тут очень развиты репродуктивные технологии. Есть и стартапы в этой области на грани опять-таки с digital health - например слежка за эмбрионами в embryonics. В компании Immunai, где я работаю, бывают периоды закупки сторонних активов, это вообще очень распространено в фарме - купить и развить чужую раннюю разработку. И несколько месяцев именно я занималась оценкой таких потенциальных покупок. Я не бизнес-аналитик и не работала в фондах/венчуре, но здесь я делала анализ конкретной разработки или всего стартапа с научной, иммунологической точки зрения. Это, конечно, один из плюсов работы в стартапе - научилась сразу нескольким профессиям. Но странно - и придумывать себе метрики, и проводить анализ! Так какой вывод или результат? У меня сложилось впечатление, что для хорошей современной лаборатории молекулярной биологии - стыдно не иметь IP в стартапе, что своя компания есть у каждого уважающего себя профессора. Это очень отличается от моих представлений до переезда! Я знала, что есть фармкомпания - Teva. Знала, что есть два больших стартапа, которые занимаются клеточными атласами на уровне единичных клеток, и ставят на эту платформу, которая должна дать больше новых молекул-таргетов. Подавалась в оба, работаю в одном из них. А оказалось, что это большой живой растущий сектор биотехнологий. Только это не нагуглишь так быстро и на английском/на русском 🙂 И обзоры израильскому рынку биотеха нужно совсем другие, а не быстрый корявый перевод случайной англоязычной новости) Раз уж я рассказала о работе и упомянула компанию пару раз? посмотрите, кстати, какой у нас новый красивый сайт! https://www.immunai.com/

Другой важный коментарий к новости - автор к сожалению неправильно описал механизм работы лекарства. Это не смесь трёх антител, а trivalent nanobodie - молекула с тремя головами - вариабельными доменами антител. Каждый домен сделан на основе-скаффолде антитела ламы, потому что это гораздо проще и круче, чем основа из антитела мыши или человека. Хвосты этих молекул сшиты вместе, так что получается единый комплекс. Прилагаю картиночку.

В этой новости про новый anti-TNF препарат ozoralizumab мне интересен аспект про пациентов, у которых возникает иммунный ответ на лекарство - это феномен АЛА по-русски, ADA - anti-drug antibodies. Можно ли порадоваться 30% ADA у пациентов? Почему мы такому показателю радуемся? Ну, потому что с предыдущими поколениями терапевтических антител может быть ADA 5-67%. Это разброс для одного препарата! В данном случае для блокбастер препарата Humira, adalimumab. Дело в том, что измеряют ADA очень примитивно и неточно, поэтому разброс больше показателя. Для этого сыворотку пациентов наливают в тесты ELISA (ИФА) и смотрят глазами (спектрофотометром интенсивность цветной химической реакции) связывание сыворотки с препаратом, закрепленным в лунке. Этот тест старый, он никогда не был количественным, сыворотка не обогащается до фракции антител, берут всего 1 мл сыворотки - такое не может хорошо работать. Вот простой момент, который может ускорить разработку лекарств - нужно сделать хороший количественный тест на формирование ADA у пациентов. Хотя бы количественный readout теста, нормально закреплять препарат антитела чтобы разные его части были доступны для связывания сывороткой, нормальные контроли. Это те моменты, которые нужно срочно улучшать в индустрии, простые и многообещающие точки роста.

ХОРОШИЕ НОВОСТИ для больных аутоимунными и аутовоспалительными болезнями Опубликованы результаты КИ озорализумаба, ингибитора ФНО нового (наконец-то) поколения. Почему это важно? Анти-ФНО терапией лечат псориаз, ревматоидный артрит, неспецифический язвенный колит и болезнь Крона, а также многие другие заболевания системной воспалительной природы. Используя при этом биопрепараты первых поколений (ну там где лечили, а не терзали пациентов стероидами и гематотоксическими ядами вроде метатрексата) – инфликсимаб, адалимумаб, этанерцепт. Ингибиторы ФНО первого поколения - моноклональные антитела и гибридные белки, одобренные еще на рубеже XXI века - при первом введении нередко демонстрируют поразительный эффект, устраняя даже самые тяжелые симптомы, но при повторном - камнем преткновения часто становится иммунный ответ. Организм вырабатывает антилекарственные антитела (АЛА), которые выводят препарат и провоцируют системную аутоиммунную реакцию, вплоть до судорог и экстремально высокой температуры, которая может привести к смерти. Это ставило под сомнение потенциал препаратов и давало козыри терапевтам-консерваторам, любителям метатрексата. Параллельно развивались другие виды биопрепаратов и сегодня моноклональные антитела есть почти к каждому из известных цитокинов. Но антиФНО терапия благодаря своей универсальности возбуждала интерес фармацевтов и вот Ablynx, одно из подразделений Sanofi, утверждает, что они нашли решение. Озорализумаб - это т.н. нанотело - гуманизированное антитело верблюдовых, таких как ламы или альпаки. Обычные антитела состоят из 4 субъединиц: 2 тяжелых цепей, образующих Y, и 2 легких цепей, на их концах. Антитела верблюдовых обладают уникальным для млекопитающих свойством - они состоят только из тяжелых цепей и им можно придать другую форму. Нанотела в несколько раз меньше стандартных антител и вызывают менее интенсивную иммунную реакцию. Озорализумаб состоит из 2 антител, связывающихся с ФНО, и 1 антитела, связывающегося с альбумином сыворотки крови, что дольше задерживает его в организме. Фаза II/III КИ проводилась на пациентах с ревматоидным артритом, все они получали разные дозы метотрексата как стандартную терапию. Значимое по отношению к метотрексату улучшение продемонстрировали все пациенты, максимальное – получавшие его в наибольшей дозе в 80мг. Что касается иммунной реакции, авторы утверждают, что хотя у 30% пациентов наблюдалось образование АЛА к озорализумабу, это не привело к снижению эффективности препарата или серьезным побочным эффектам. Примечательно, что в КИ участвовали не просто те, кто раньше принимал другие биоингибиторы ФНО, но и те, у кого в их отношении наблюдался активный иммунный ответ. Авторы препарата легких путей не искали в отличие от многих своих коллег, испытывающих новинки на максимально "чистых" пациентах без истории неудачной терапии. Озорализумаб не вызвал осложнений у этой группы добровольцев, а эффективность среди них была такой же, как и среди остальных пациентов. Похоже на сенсацию, но чтобы в полной мере оценить насколько это важно нужно быть иммунологом или страдать годами хотя бы псориазом. Существуют и другие подходы, призванные обойти побочные эффекты биотерапии. ФНО связывается с 2 типами трансмембранных рецепторов: TNFR1, присутствующим на поверхности почти всех клеток, и TNFR2, который экспрессируется на Т-лимфоцитах, в первую очередь, регуляторных. TNFR1 отвечает за регуляцию воспалительного процесса, а TNFR2 участвует в активации и подавлении иммунного ответа, а также защищает некоторые типы клеток (в т.ч. нейроны) от апоптоза. Фармкомпании сегодня рассматривают возможность “отключать” их по отдельности: ингибиторы TNFR1 представляют еще одно направление в терапии аутоиммунных и аутовоспалительных заболеваний, а ингибирование TNFR2 считается перспективным при лечении определенных видов опухолей, связанных с его гиперэкспрессией. Таким образом, тема ингибиторов ФНО, на которой почти поставили крест, постепенно оживает, и в ближайшие годы мы можем увидеть новые перспективные препараты.

Волна увольнений и отсутствие денег. В израильских стартапах пошли увольнения, компания, где я работаю - не исключение. В нашем Тлв офисе решительно уволили пару людей, и несколько в Нью-Йорке. При этом компания ищет, кто возглавит портфолио, файлы которые будем подавать в FDA - тут нужны опытные люди, которые уже выводили лекарства на рынок, и это стоит дорого. Получается, ушли дорогостоящие сотрудники, от которых было не так много пользы, а других дорогостоящих будущих коллег нанимаем и ищем. Пришла в компанию - было очень мало биологов и много-много программистов и аналитиков данных либо биоинформатиков, которые у нас зовутся computational biology. Пришла в офис после отпуска - а вот, compbio и в целом computational меньше, а биологов если не пол-опенспейса, но существенно больше стало. В целом это связано с движением в сторону от платформы для анализа данных в сторону лекарств; интересно, когда качнется в обратную сторону. Разговоры в целом - Израиль уже сейчас, летом ждёт снижения зарплат на новых позициях в high tech, в Нью-Йорке ждут на пару месяцев позже и не так существенно, но тоже. А, ну и приехавшие русскоязычные программисты наверное снизят в Тель-Авиве ценник на обычного бэкендера. Все на это надеются - а то странно самому молодому сотруднику офиса, сразу после армии, платить как человеку с PhD, 12ти летним опытом и глубокими отраслевыми знаниями после работы в разных биотехах, это уже давно надоело.

как дела в Immunai? Что я делаю на работе? Хочу суммировать опыт работы в крутом биотех-стартапе за полгода, но столько всего происходит, что получается только часть событий отрефлексировать. Стартап Immunai стремится стать фармкомпанией, но параллельно мы делаем много биоинформатического сервиса для других компаний, и это бывает куда интереснее, чем процесс “получили образцы пациентов-обработали-показали заказчику результаты по его гипотезам-добавили интересных инсайтов на сравнении со своим атласом данных”. Сейчас мы закончили проект для R&D отдела JnJ - Johnson&Johnson, это не только шампуни для детей, а большая фармкомпания, в ковид вы точно слышали про их однокомпонентную вакцину. Получилось без денег, зато с выступлением для всего отдела Data Science JnJ, и это был очень интересный проект c TCRами. Проверяли гипотезы как лучше и проще находить антиген-специфичные Т-клетки маленьких кусочках опухолей: и тема прекрасная, и методы интересные, и по команде проекта буду немного скучать. Между проектом и моим отпуском существенно перемешали отделы и людей в компании. В новой структуре я сейчас в External collaborations - изменилось ли что-то в работе? В первую очередь это означает, что я смогу улучшить свои навыки презентаций, чтобы делать внешние презентации результатов. Ну и дедлайны будут ко внешним встречам, но я и так работала в таком режиме. Ещё на этом месте чуть более быстрое и очевидное ощущение value для компании от каждого дня работы, чем глубоко в R&D. А так - работа одна и та же, много биоинформатики, много анализа данных scRNA+CITE-seq, много баз данных своих и общих, много-много слайдов про науку, которые пишешь и рисуешь каждый день. Думаю написать 1)про исследования, которые фарма сейчас делает в онкоиммунологии, 2)что нужно знать и уметь, чтобы быть на такой позиции Systems Immunologist, как у меня. Кому-то из моих читателей это было бы интересно? Какую из тем выбрать?

🔥 Шок-контент 🤯 Курс молодого ученого и Apply2PhD теперь доступны бесплатно 🤗 Это больше 30 часов видео-материалов, все платные вебинары и руководства по CV и мотивационным письмам, разбор принципов построения научной карьеры, возможностей продолжения обучения за рубежом и составления заявок на обучающие программы. Это практические материалы про те самые навыки, которые нужны каждому ученому, но про которые не рассказывают на парах. Про то, как поехать на зарубежную стажировку, подготовить выступление на конференции, и вообще планировать свою карьеру в науке на международном уровне. Материалы этих курсов - это квинтэссенция более чем 6 лет моей практики в качестве консультанта по научной карьере, опыт 250+ выпускников этих курсов (отзывы) и более чем 300 личных консультаций (отзывы). У Курса молодого ученого прошло 8 потоков, у Apply2PhD - 7 потоков. Без лишнего стеснения считаю, что это уникальные для рунета материалы, которые не являются пересказом баек из интернета, а основана на моем личном опыте работы в науке, как в академии, так и вне академии. Поэтому эти курсы всегда были платными. Почему я решила выложить эти материалы в открытый доступ сейчас? Во-первых, хочется поддержать всех русскоговорящих ученых в разных странах, поделиться чем-то, в чем у меня есть большая экспертность. Во-вторых, в этом году проведение курсов вживую маловероятно, а для многих студентов и аспирантов доступ к этим материалам принципиален именно сейчас. Я по-прежнему провожу личные консультации несколько раз в месяц и выступаю с приглашенными лекциями - с запросом можно написать мне в личку @viktoria_korzhova В чем подвох? Как долго буду доступны материалы? Сейчас планирую, что материалы останутся доступными всегда. Никакого подвоха с моей стороны нет, хотя, имейте в виду, что проходить материалы самостоятельно без дедлайнов и живых встреч будет не так просто. Поэтому советую найти себе партнерок по прохождению курса - вместе веселее и будет, с кем обсудить. Получить доступ к материалам можно вот тут: https://classroom.google.com/c/MzU1NzYyMDQwNjI3?cjc=evmzlib Пожалуйста, поделитесь этой информацией с теми, кому она может быть полезна.

Очень рекомендую курсы и консультации Вики для всех молодых ученых. Это невероятно полезная информаци о том, как решиться и поехать на стажировку, найти хорошую лабораторию и менторов. Вика помогла очень многим в том, чтобы поверить в себя и свои силы и не потеряться в академии, которая часто может быть душной и жесткой.

Быстрая репатриация в Израиль Сейчас, как и раньше, нужны всевозможные документы. Да, нужно собирать полный комплект, подтверждающий ваше право на репатриацию. Зато сейчас можно прилететь с ними в Израиль и в ускоренном порядке ваш случай рассмотрят. А еще не нужно делать справку о несудимости с апостилем. Где смотреть какие документы нужны, с чего начать? - Взглянуть на список на официальном сайте и собрать все возможное по максимуму https://www.gov.il/ru/service/confirm_aliyah_rights_for_former_ussr - Пройитесь по тексту Памятки-руководства по репатриации сайта OleHadash - Еще Алина Фукс собрала отдельный гайд по сложным случаям. - Позвоните в Глобальный центр поддержки Сохнута. Там отвечают на 6 языках. Если у вас остались вопросы, обратитесь к нашему боту @konsul_docs_bot Сегодняшние новости ‼️ Граждане Украины, России и Беларуси, приехавшие в Израиль в качестве туристов и желающие изменить статус, не обязаны проходить обычный процесс и не должны обращаться для начала процесса репатриации в отделения МВД. Представители «Натива» могут рассматривать документы потенциальных репатриантов прямо в гостиницах, куда приехавших размещают после быстрой проверки. Министерство алии и интеграции, «Натив» и Управлением регистрации населения открывают семь пунктов приема документов на репатриацию для граждан Украины, России и Беларуси, которые приехали в Израиль с целью получения статуса репатрианта Их адреса: · Ашдод: Центр абсорбции. Ул. Менахем Бегин 1, здание "Цимер" · Беэр-Шева: Центр абсорбции, ул. Шазар, 31 · Иерусалим: Отель Caesar Premier · Нетания: Отель "Леонардо", ул. Усишкин, 1 · Ноф а-Галиль: Отель "Плаза", ул. Хермон, 2 · Тель-Авив: Центр абсорбции, ул. Эстер а-Малька, 6 · Хайфа: Центр абсорбции, ул. Паль-Ям, 15 (откроется 21 марта) Министерство алии и интеграции сообщает, что работает над созданием онлайн-платформы для приема документов. Кроме того, ранее координатор оперативной группы по приему новых репатриантов из Украины и России, генеральный директор «Битуах Леуми» Меир Шпиглер сообщил, что граждан Украины, России и Беларуси, подавших в Израиле документы на получение статуса репатрианта, обеспечат государственной медстраховкой.

​Волонтерство в восточной Европе и вообще Если вы сейчас безостановочно думскроллите и чувствуете бессилие, то есть несколько способов помочь и почувствовать себя лучше. За 19 дней войны из Украины бежало больше трех миллионов человек. Большинство из них уехало в Польшу или в другие страны запада. Одна только Польша принимает по 100 тысяч человек в день. Это огромный поток людей. Всех беженцев размещают в центрах помощи, кормят едой, выдают местные сим-карты, одежду и дают возможность согреться, добраться до места проживания и найти теплую одежду. Все это работает исключительно на волонтерах. Тысячи людей уже помогают на границах и вокзалах. Как приехать помогать: 1. Самый простой вариант — придти на вокзал в своем городе Европы. Там очень легко найти уже работающих волонтеров, которые познакомят вас с командой, проведут инструктаж и помогут начать. Особенно актуально для Польши и Германии. Так же по шенгену можно попасть в Румынию 2. Записаться волонтером в одну из организаций. Например, World Central Kitchen. Они кормят людей на вокзалах и пограничных переходах. Очень вкусно, кстати, кормят. Многие организации тонут в количестве заявок на волонтерство и закрывают формы для записи, но за местах людей бывает не хватает. 3. Помогать в сборе гуманитарной помощи в своем городе. Почти везде процесс курируется либо местными властями либо посольством Украины. Информацию можно найти в местных соцсетях. Например, в Израиле гуманитарку собирают Israeli Friends of Ukraine. Тайм Аут Тель-Авив собрал еще 5 способов помочь из Израиля. 4. Если вы из России/Беларуси и у вас нет ВНЖ или шенгена, то можно приехать в Молдову. Там можно находиться без визы до 90 дней. Записаться волонтером можно тут. Если вы знаете ещё какие-то способы и центры помощи, напишите в комментариях к этому посту.