Бластим: работа и курсы в биотехе

ИИ «на массе»: машинлернерам нужны белки 🐿 Как всякий фанат ждет выхода очередной серии любимого сериала, так и каждый структуральщик хочет скорее увидеть новый AlphaFold. И вот в мае команда из Google DeepMind во главе с Джоном Джампером представила AlphaFold3. Модель предсказывает пространственную укладку белков еще точнее, чем AF2. Но главная фишка — это способность прогнозировать структуру белковых комплексов и взаимодействия между белками и малыми лигандами или ДНК/РНК. AF3 принимает на вход последовательности нескольких молекул и выдает совместные 3D-картинки. Нейросеть превосходит как классические программы докинга (Vina), так и новаторские тулы прогнозирования структур мультибелковых комплексов (AlphaFold-Multimer). Обгоняет AF3 и аналогичную модель RoseTTAFold All-Atom — ее в марте выпустила конкурирующая лаборатория небезызвестного Дэвида Бэйкера. Чтобы добиться таких результатов, пришлось существенно доработать архитектуру нейросети AF2 🤖 Например, прибегнуть к диффузионным моделям. Однако в отличие от прошлого раза компания не открыла исходный код и веса модели, а только предоставила доступ к веб-сервису и поделилась «псевдокодом», поскольку не хочет, чтобы фармкомпании коммерциализировали инновацию. Сторонники open-source в бешенстве, энтузиасты пытаются воссоздать алгоритм и сделать его полностью доступным, были даже взломы сервера AF3 😱 На этом фоне DeepMind обещала поделиться кодом с академическими исследователями в течение 6 месяцев. 🧬 Если AlphaFold и другие структурные модели, требующие для обучения экспериментальные данные, — уже давно на слуху, то сейчас набирает популярность другой подход — искать скрытый смысл в аминокислотных последовательностях, подобно тому как ChatGPT постигает закономерности человеческих текстов. Речь про белковые языковые модели (pLM). Они уже показали очень любопытные результаты, в том числе для предсказания фолдинга и de novo дизайна белков. Так, недавно ученые из стартапа Profluent под руководством Али Мадани получили с помощью pLM первые искусственные CRISPR-ножницы ✂️ и даже «порезали» ими гены человека! Известно, что для генно-инженерных целей наиболее удобен белок SpCas9, хотя в природе много и других систем, которые ученые продолжают интенсивно искать в сообществах микроорганизмов 🧫 Но машинлернерам из Беркли естественного разнообразия оказалось мало. Специалисты, проанализировав сотни известных микробных геномов и метагеномов, обнаружили более миллиона оперонов и создали целый Атлас CRISPR-Cas. Далее они дообучили белковую языковую модель ProGen, которая умеет предсказывать следующие аминокислоты в цепочке, на собранных данных и попросили сгенерировать миллионы новых Cas-нуклеаз. Потом 200 наиболее перспективных последовательностей они синтезировали в лаборатории и трансфицировали плазмидами с ними (+гидовой РНК) человеческие клетки линии HEK293T. Многие ИИ-редакторы эффективно отредактировали гены, а один, названный OpenCRISPR-1, показал даже меньшую офф-таргет активность, чем природный белок. Разработчики надеются, что ИИ CRISPR-системы будут точными и универсальными и однажды дойдут до клиники. #выходные_у_бластим

Где учиться на биотехнолога в России? В ALMET TECH уже начался прием документов в магистратуру! Индустриальная биотехнология — образовательная программа магистратуры домена ПИШ ИТМО — ALMET TECH. За время обучения вы пройдете путь от студента до востребованного специалиста-биотехнолога в крупной компании, способного взаимодействовать с бизнесом и создавать собственные биотех-стартапы. О всех преимуществах программы и домена рассказываем в карточках. Если у вас нет времени готовиться к вступительным экзаменам, вы можете их не сдавать и поступить по итогам Конкурса портфолио. Узнайте больше о программе и возможностях поступления по ссылке: clck.ru/3BYgtk Реклама. Университет ИТМО ИНН:7813045547 erid:2VfnxxwmApx

🐹 Хватит тапать хомяка, лучше приходите на Питон! Питон совсем не за горами, уже 1 июля, поэтому пришло время ответить на самые частые вопросы, которые нам задают про курс: 🎯 Возможно ли успешное прохождение курса с нулевыми знаниями в программировании? Да, курс рассчитан на участников без навыков кодинга. На занятиях вы получите все необходимые материалы и помощь преподавателя и ассистентов 💻 Что нужно для комфортной учебы? Компьютер или ноутбук, подходящий для просмотра видео в интернете 🌐 Нужен ли сервер для прохождения курса? Нет, сервер не требуется 📝 Как проходит обучение? Ключевые моменты обучения: занятия, где сочетаются теория и практика, с трансляцией в Discord и YouTube; выполнение коротких домашек и сдача итоговых проектов; доступ к памятке в Notion, где собраны все материалы; Telegram-чат для обсуждения вопросов и получения помощи от препода и учебных ассистентов 🏠 До какого числа можно сдать все проекты и домашние задания, чтобы успешно пройти курс? Дедлайны будет указывать куратор в телеграм-чате 🛶 Будут ли записи занятий, если у меня параллельно летняя практика? Да, все занятия будут доступны в записи. Вы получите материалы и сможете задать свои вопросы в чате 🧠 Что считается успешным прохождением курса? Успешным прохождением курса считается освоение навыков программирования. Главное — знания и умения 📲 Что если я не смогу посетить все занятия или выполнить итоговое задание? Вам будет нужно написать куратору курсов, он поможет найти индивидуальное решение 📜 Какой документ я получу в конце обучения? Удостоверение о повышении квалификации — если у вас есть высшее образование и вы успешно сдали итоговое тестирование. Или сертификат (на английском) — если нет 🎓 Если я заканчиваю вуз в июне, смогу ли я получить удостоверение? Да, если вы успешно завершите курс и сдадите итоговое тестирование, вы получите удостоверение о повышении квалификации гособразца, даже если диплома бакалавра у вас нет на руках 👛 Можно ли разделить стоимость курса и оплатить частями? Есть несколько вариантов оплаты: 1. оплата банковской картой всей суммы. 2. в рассрочку: от 3 до 12 месяцев, проценты мы берем на себя. 3. через компанию на р/с: ваш работодатель может оплатить обучение. Если у вас затруднения, напишите нам — мы поможем 📎 Можно ли получить налоговый вычет за обучение? Да, вы можете получить налоговый вычет за образование и вернуть до 13% стоимости. Подробности о необходимых документах можно найти на сайте У нас осталось 2 свободных места и 3 дня до старта занятий 🔥

Врач-водолаз? Медицинский кибернетик? Или бизнесмен? Друзья, сегодня делимся записью очень полезной и емкой лекции Ильи Нечаева про карьерные пути для людей с медицинским бэкграундом 🩺 Илья сам медик по образованию, прошел через науку и большую фарму, сейчас работает Medical Affairs Head в BostonGene. Поэтому он знает, о чем говорит. В своей презентации на конференции «Мир биомедицины» Илья поведал о разных направлениях, где может найти себя выпускник медицинского факультета: клиника, индустрия, наука или разворот на 180 градусов. А также разложил по полочкам все pros and cons того или иного выбора. Из лекции вы поймете, что в биомедицине невероятно много возможностей, и познакомитесь с инструментами развития карьеры. Илья оставил на слайдах массу полезных ссылок, в том числе на истории известных клиницистов, которые не побоялись сменить карьерный вектор и добились успеха. Лекцию посмотрело не так много людей, между тем, в ней квинтэссенция многолетнего опыта и знаний эксперта отрасли. Поэтому рекомендуем видео всем-всем-всем! 👉 Ссылка: https://youtu.be/_Hr5hVHhyEo

🐾 Оправдание „у меня лапки“ больше не прокатит: оказывается, у питона, в отличие от других, эволюционно более молодых змей (например, гадюк или кобр), сохраняются рудименты конечностей! И вы посмотрите каких успехов он добился в программировании :) Зачем питону кодить? Возможно, ему пригодится скрипт на Python для автоматизации поиска лучшего места под солнцем. Пусть это мы не можем утверждать наверняка, зато мы точно знаем, для чего Python нужен нашим коллегам. Читайте причины идти на курс от студентов Бластима на карточке! Попасть на курс

🧵В дополнение к нашему вчерашнему треду: вот что говорят о курсе по пайтон те, кто его уже прошел. Смотрите на карточке скрины отзывов участников прошлых потоков! Кстати, свободных мест всего 6️⃣ Успейте записаться сегодня до 23:59 мск: ссылка

Рапид Био разрабатывает и производит иммунохроматографические и иммуноферментные тест-системы, а также работает в направлении создания POC тест-систем на основе микрофлюидики и электрохимии. Сейчас компания в поиске Технолога! Обязанности: 🔹 разработка производственных документов 🔹 глубокое погружение в специфику работы производственных процессов Необходимые знания и компетенции: 🔸 образование высшее (техническое), как преимущество биотехнологическое 🔸 опыт работы технологом, техническим писателем от 3-х лет (производство, медлаборатории) 🔸 знание производственных и лабораторных процессов (обязательно) 🔸 опыт работы на производстве, в лаборатории 🔸 опыт разработки и перевода производственной и лабораторной документации (СОП, инструкции) 🔸 скрупулезность и внимательность к деталям в работе с документами 🔸 умение работать в команде и готовность стать частью коллектива Рапид Био 🔸 внимательность, ответственность Условия: ▫️ график работы: 5/2 с 9:00-18:00. Возможен гибкий и гибридный график ▫️ работа в Технопарке Сколково, офис в 7-ми минутах от станции МЦД «ИЦ Сколково»* ▫️ получение опыта работы в инновационной биотехнологической компании ▫️ изучение и совершенствование английского и обеды за счет компании ▫️ социальные гарантии *Если добираться в Сколково неудобно, компания готова компенсировать 30% аренды жилья рядом с работой (от 1 года работы в компании по решению внутреннего жилищного комитета) Откликнуться на вакансию: u.to/sgvAIA #бластим_вакансии

❗️И самое важное! Курс по питону ровно через неделю! Осталось всего 16 свободных мест Следующий такой курс запланирован только на 2025 год 25.06 повышение цены Забрать свое место!

🥳 Хорошие новости: нет необходимости изнурять себя таким марафоном. Комфортный вариант — полноценный курс Blastim «Python для анализа данных в науке». За месяц вы освоите «второй английский» для академии и индустрии. 4 недели по 3 занятия в понедельник, среду и субботу + недельный перерыв для перезагрузки — оптимальный формат для совмещения с работой или учебой. На занятиях будем писать программы для выполнения самых популярных задач биоинформатики: обработки матриц, поиска мотивов в последовательностях, расчета расстояний между гомологичными генами, визуализации результатов, создания command-line интерфейса. После обучения вы сможете рассчитывать статистические показатели, решать рутинные задачи с помощью Python, понимать чужие скрипты и адаптировать их под себя, получать красивые картинки для визуализации данных. В результате курса — решение трех кейсов из мира актуальной науки, применяя полученные навыки. После такого забыть новые скилы невозможно — захочется использовать их на новых задачах снова и снова. А главное — не придется стоять с протянутой рукой у биоинформатиков: теперь вы на равных! 👇

🌱Классические «естественники» сталкиваются с проблемами при работе с большими датасетами. Обычно у них нет формального образования в области датасайнс, что затрудняет использование инструментов для интерпретации и визуализации. Как же выйти из этого круга? Идти получать еще одно высшее техническое? Да, это даст фундаментальные знания, но потребует массу времени и вряд ли принесет релевантные скилы для естественнонаучной сферы. 🙊 Секрет: для эффективного анализа данных не обязательно знать высшую математику. Современные высокоуровневые тулы проще и доступнее: они как щит закроют вас от жесткого матана и необходимости разбираться, что у них под капотом. Команда Blastim в июне провела эксперимент и доказала, что даже довольно далекий от айти врач может освоить популярный язык программирования Python для решения научных задач за неделю! Да, путь сложный, однако карьерные перспективы того стоят. Но обязательно учиться так экспрессно?👇