Pub Med (First year activities)

🧬 Nucleotides — ملخص النيوكليوتيدات مستوى أول طب بشري | أهم النقاط للـ MCQ/MSQ 1. ما هو Nucleotide؟ Nucleotide = Nitrogenous base + Pentose sugar + Phosphate أي يتكون من 3 أجزاء: الجزء بالعربي Nitrogenous base قاعدة نيتروجينية Pentose sugar سكر خماسي Phosphate group مجموعة فوسفات 🔑 Nucleotide = Base + Sugar + Phosphate 2. الفرق المهم جدًا ⭐ Nucleoside = Base + Sugar فقط Nucleotide = Base + Sugar + Phosphate > إذا لم توجد Phosphate → Nucleoside إذا وجدت Phosphate → Nucleotide --- 3. Nitrogenous Bases 🧪 تنقسم إلى مجموعتين: Purines لها حلقتان (2 rings): Adenine (A) Guanine (G) 🔑 احفظها: AG = Purines Pyrimidines لها حلقة واحدة (1 ring): Cytosine (C) Thymine (T) Uracil (U) 🔑 احفظها: CUT = Pyrimidines --- 4. DNA vs RNA DNA RNA Deoxyribose Ribose A A G G C C T U غالبًا double-stranded غالبًا single-stranded ⭐ DNA → Thymine ⭐ RNA → Uracil --- 5. Pentose Sugar DNA يحتوي على Deoxyribose يوجد H بدل OH عند 2′ carbon. RNA يحتوي على Ribose يوجد OH عند 2′ carbon. 🔑 Deoxy = نقص O عند 2′ --- 6. أهم Nucleotides Adenine AMP = Adenosine monophosphate ADP = Adenosine diphosphate ATP = Adenosine triphosphate Guanine GMP GDP GTP Cytosine CMP CDP CTP Uracil UMP UDP UTP Thymine يوجد بشكل أساسي في DNA. --- 7. ATP ⭐⭐⭐ ATP = Adenosine Triphosphate وظيفته الأساسية: Energy currency of the cell أي أنه مصدر/ناقل مهم للطاقة داخل الخلية. ATP يحتوي على: Adenine Ribose 3 phosphate groups ATP → ADP + Pi + Energy --- 8. روابط مهمة N-glycosidic bond تربط: Nitrogenous base ↔ Sugar Phosphodiester bond تربط النيوكليوتيدات مع بعضها في DNA/RNA. تكون بين: 3′ OH of one sugar ↔ 5′ phosphate of the next nucleotide 🔑 اتجاه السلسلة: 5′ → 3′ --- 9. وظائف Nucleotides النيوكليوتيدات ليست فقط مكونات DNA/RNA، بل لها وظائف أخرى: 1. DNA/RNA synthesis 2. Energy transfer → ATP, GTP 3. Cell signaling → cAMP, cGMP 4. Components of coenzymes NAD⁺ FAD Coenzyme A 5. المشاركة في بعض عمليات metabolism --- 10. Cyclic nucleotides ⭐ cAMP Cyclic AMP يعمل كـ second messenger داخل الخلية. cGMP Cyclic GMP أيضًا يعمل كـ second messenger في بعض المسارات الخلوية. --- 🔥 أهم النقاط Nucleotide = Base + Sugar + Phosphate Nucleoside = Base + Sugar Purines = Adenine + Guanine Pyrimidines = Cytosine + Thymine + Uracil DNA sugar = Deoxyribose RNA sugar = Ribose DNA has Thymine RNA has Uracil ATP = Adenine + Ribose + 3 phosphate Base + sugar = N-glycosidic bond Nucleotides linked by phosphodiester bonds DNA/RNA synthesis occurs 5′ → 3′ ATP/GTP = energy-related nucleotides cAMP/cGMP = second messengers Purines = 2 rings Pyrimidines = 1 ring 🧠 حفظ سريع جدًا Purines → AG → 2 rings Pyrimidines → CUT → 1 ring DNA → Deoxy + T RNA → Ribose + U Nucleoside = No phosphate Nucleotide = Nucleoside + phosphate

ملخص كامل للأحماض الأمينية حسب المصير الأيضي (Metabolic classification)، وهو غالبًا المقصود بـ Glucogenic / Ketogenic: 🧬 Amino Acids — Glucogenic & Ketogenic 1. Glucogenic amino acids Glucogenic = جلوكوجينية هي الأحماض الأمينية التي يمكن أن تتحول نواتجها إلى مركبات تدخل في gluconeogenesis وبالتالي يمكن أن تساهم في تكوين glucose. الأحماض الجلوكوجينية فقط: Alanine Arginine Asparagine Aspartate Cysteine Glutamate Glutamine Glycine Histidine Methionine Proline Serine Valine --- 2. Ketogenic amino acids Ketogenic = كيتوجينية نواتجها تتحول إلى Acetyl-CoA أو Acetoacetate، وبالتالي يمكن أن تساهم في تكوين ketone bodies. فقط Ketogenic ⭐ Leucine Lysine 🧠 احفظ: > Leu + Lys = ONLY Ketogenic --- 3. Both Glucogenic + Ketogenic ⭐⭐⭐ هذه يمكن أن تعطي نواتج Glucogenic + Ketogenic معًا: Isoleucine Phenylalanine Tyrosine Tryptophan Threonine 🧠 احفظها: I P T T T --- 🔥 الجدول الكامل للـ20 Amino Acids Amino acid Classification Alanine Glucogenic Arginine Glucogenic Asparagine Glucogenic Aspartate Glucogenic Cysteine Glucogenic Glutamate Glucogenic Glutamine Glucogenic Glycine Glucogenic Histidine Glucogenic Isoleucine Both Leucine Ketogenic only Lysine Ketogenic only Methionine Glucogenic Phenylalanine Both Proline Glucogenic Serine Glucogenic Threonine Both Tryptophan Both Tyrosine Both Valine Glucogenic 🧠 أسهل طريقة للحفظ ONLY Ketogenic: 🔴 L + L Leucine Lysine Both: 🟠 I + P + T + T + T Isoleucine Phenylalanine Threonine Tryptophan Tyrosine 🟢 كل الباقي = Glucogenic --- ⚠️ نقطة امتحانية مهمة جدًا لا تخلط بين: Glucogenic/Ketogenic ⬇️ تصنيف حسب metabolic fate وبين: Essential/Non-essential ⬇️ تصنيف حسب قدرة الجسم على تصنيع amino acid. وبين: Polar/Nonpolar/Acidic/Basic ⬇️ تصنيف حسب properties of the side chain.

Indole Tryptophan Secondary amino group Proline Phenolic OH Tyrosine Acidic Aspartate, Glutamate Basic Lysine, Arginine, Histidine BCAA Valine, Leucine, Isoleucine Aromatic Phenylalanine, Tyrosine, Tryptophan Peptide bond Amino + Carboxyl Peptide bond formation H₂O removed Physiological form Zwitterion

🧬 Amino Acids — Complete Summary 1. General structure | التركيب العام كل Amino acid يتكون أساسًا من: α-Carbon + Amino group + Carboxyl group + H + R group Amino group: NH₂ / NH₃⁺ Carboxyl group: COOH / COO⁻ R group: تحدد نوع وخواص الـ amino acid. 🧠 R group = Identity --- 2. Glycine ⭐ Glycine = أبسط Amino acid R group = H لا يحتوي على chiral center الوحيد من الـ20 amino acids الذي لا يمتلك optical activity بسبب وجود H كـR group. Glycine → R = H --- 3. Classification by polarity Type Amino acids Nonpolar Glycine, Alanine, Valine, Leucine, Isoleucine, Methionine, Proline, Phenylalanine, Tryptophan Polar uncharged Serine, Threonine, Cysteine, Tyrosine, Asparagine, Glutamine Acidic Aspartate, Glutamate Basic Lysine, Arginine, Histidine 🧠 للحفظ: Acidic = D, E Basic = K, R, H --- 4. Acidic amino acids Aspartate يحتوي على extra carboxyl group Glutamate يحتوي على extra carboxyl group أطول من Aspartate بذرة كربون واحدة. Aspartate + Glutamate = acidic amino acids --- 5. Basic amino acids Lysine يحتوي على amino group إضافية. Arginine يحتوي على guanidino group. Histidine يحتوي على imidazole ring. Lysine + Arginine + Histidine = Basic --- 6. Sulfur-containing amino acids ⭐ Cysteine يحتوي على –SH يسمى Sulfhydryl group يستطيع تكوين Disulfide bond Cys–SH + HS–Cys → Cys–S–S–Cys Methionine يحتوي على Sulfur لكنه لا يحتوي على –SH لذلك لا يكون disulfide bond مثل cysteine. 🧠 Cysteine = SH Methionine = S --- 7. Aromatic amino acids ⭐ الأحماض الأمينية العطرية: Phenylalanine – Tyrosine – Tryptophan Phenylalanine → Benzyl aromatic ring Tyrosine → Aromatic ring + phenolic OH Tryptophan → Indole ring 🧠 FYT = Aromatic --- 8. Hydroxyl-containing amino acids Serine → –OH Threonine → –OH Tyrosine → Phenolic –OH Serine + Threonine + Tyrosine = OH-containing --- 9. Special amino acids ⭐ Glycine R = H → No chiral center Proline → يحتوي على حلقة تربط الـ amino nitrogen بالسلسلة الجانبية → يسمى أحيانًا imino acid → يعطي انحناءات في polypeptide chain. Cysteine → Disulfide bonds Histidine → Imidazole ring Tryptophan → Indole ring --- 10. Branched-chain amino acids — BCAA BCAA = Valine Leucine Isoleucine 🧠 VLI وجميعها nonpolar. --- 11. Essential amino acids ⭐⭐⭐ Essential amino acids = الجسم لا يستطيع تصنيعها بكميات كافية، لذلك يجب الحصول عليها من الغذاء. أهمها: Histidine Isoleucine Leucine Lysine Methionine Phenylalanine Threonine Tryptophan Valine 🧠 احفظها: H I L L M P T T V --- 12. Peptide bond ⭐⭐⭐ يتكون Peptide bond بين: Carboxyl group من amino acid و Amino group من amino acid آخر. أثناء تكوينه: H₂O is removed أي: Condensation reaction / Dehydration reaction --- 13. Zwitterion ⭐⭐⭐ عند physiological pH، توجد الأحماض الأمينية غالبًا كـ Zwitterions. يعني: NH₃⁺ — CH — COO⁻ لذلك يوجد: Positive charge على amino group Negative charge على carboxyl group والجزيء ككل قد يكون electrically neutral. --- 14. Important rings Amino acid Important structure Histidine Imidazole Tryptophan Indole Proline Ring structure Phenylalanine Phenyl ring Tyrosine Phenyl + OH --- 15. احفظ هذه العلاقات: Glycine → H → No chiral center Cysteine → SH → Disulfide bond Methionine → Sulfur but NO SH Histidine → Imidazole Tryptophan → Indole Proline → Secondary amino group / ring Tyrosine → Phenolic OH Aspartate + Glutamate → Acidic Lysine + Arginine + Histidine → Basic Leucine + Isoleucine + Valine → BCAA Phenylalanine + Tyrosine + Tryptophan → Aromatic Serine + Threonine + Tyrosine → OH Peptide bond → removes H₂O Physiological pH → Zwitterion --- 🧠 جدول الحفظ السريع السؤال الإجابة Simplest amino acid Glycine R group of Glycine H No chiral center Glycine –SH Cysteine Disulfide bond Cysteine Sulfur but no –SH Methionine Imidazole Histidine