Вениамин Фишман

Your access to Claude is on hold An organization you belong to has been paused because of unusual activity. You can request a review below.

Заставляют пройти верификацию. Прошел с паспортом РФ (загран). Тут же забанили. А как у вас?

Всем рекомендую серию семинаров, которую организует Кирилл Половников. На следующем семинаре выступит наш коллега Тимофей Лагунов - будет возможность обсудить последние новости из области физического моделирования укладки хроматина. -------------------------- Dear colleagues, Please join us for the next Biophysics Seminar with Timothy Lagunov (Institute of Cytology and Genetics, Siberian Branch of the Russian Academy of Sciences). November 2 2026, at 4:00 pm Moscow time (UTC+3) Join online: https://mit.zoom.us/my/polovnik This time, the seminar will also take place in person in Moscow, alongside the Zoom broadcast. If you’d like to attend in person, please get in touch with me. Lampbrush chromosomes offer new insights into the molecular mechanisms of genome folding Abstract: Genome organization involves loop extrusion, a process in which protein complexes fold DNA into loops. Existing models describe transcriptionally active RNA polymerases as moving barriers that restrict extrusion. We tested this framework in lampbrush chromosomes, giant chromosomes in growing oocytes with compact chromatin regions and long, actively transcribed loops. Analysis of spatial chromatin interactions revealed domains with boundaries associated with convergently transcribed genes. However, biophysical computer modeling showed that treating RNA polymerases as the principal extrusion barriers failed to reproduce the observed contact patterns. The best agreement emerged when cohesive cohesin, a protein complex that holds sister chromatids together, acted as the barrier while extruders efficiently bypassed RNA polymerases. In this model, transcription establishes domain boundaries indirectly by pushing cohesive cohesin toward gene ends. Efficient passage through densely transcribed regions also challenges models in which extruders continuously slide along DNA, suggesting that they may instead step across extended transcription loops. These findings reveal how transcription can organize chromatin through the redistribution of cohesin and provide new constraints on the molecular mechanism of genome folding. The talk will last approximately 45 minutes, followed by 15–20 minutes of questions and discussion. Please feel free to share this invitation with colleagues and students who might be interested. We look forward to seeing you next Monday! With best wishes, Kirill Polovnikov

Ещё одна интересная статья нашей группы вышла на этой неделе: https://link.springer.com/article/10.1186/s13073-026-01820-w В этой статье мы проанализировали два способа определить, нарушает ли вариант, обнаруженный у пациента (например, хромосомная перестройка) экспрессию генов в нейрональны клеках. Мы сравнили два подхода - классическая дифференциальная экспрессия vs аллель-специфичная экспрессия. Короткий вывод - дифференциальная экспрессия лучше подходит для большинства генов. Но аллель-специфичная экспрессия может "спасти" когда доступна только одна линия клеток (нет "выборки") или генотип - что часто случается для моногенных болезней. В качестве бонуса - рецепт того, как мы использовали base editors для того чтобы создать SNV, различающий аллели.

Читаю диссертацию Андрея Буяна. Помимо того, что мне не каждый год выпадает такая радость - видеть в списке работ диссертанта статью в Nature - так ещё и нахожу много полезных иллюстраций, которые, по-хорошему, нужно вставлять в лекции по геномике (собираюсь своровать себе на слайды). Выложу несколько сюда - насколько хорошо сходятся данные CAGE vs RNA-seq - насколько плохо (!) сходятся данные о количестве РНК и белка - где чаще всего находятся энхансеры (в интронах) - Насколько много (или мало?) у нас тканеспецифичных генов (моя интерпретация - почти все гены почти во всех клетках работают очень похоже, но для доброй половины генов можно найти несколько редких клеттипов, в которых они имеют специфическую активность)

Срочные новости к Хэллоуину! На днях у нас приняли статью про новый метод определения сайтов интеграции трансгена в геноме. Метод называется MYSTIC-seq (Mapping Your Secret Transgene Integration Coordinates). Статью в Transgenic Research уже можно прочитать по ссылке: https://rdcu.be/fjaZ5AAQkYma Кто пробовал, тот знает, как нелегко бывает найти в огромном геноме точные координаты, по которым произошла случайная интеграция генетической конструкции. Мы предлагаем использовать для этого гибридизацию с зондами, приготовленными из нее же, чтобы обогатить целевые трансген-геномные границы. Это и есть наш модный, стильный, молодежный, но при этом простой и дешевый в использовании метод MYSTIC-seq. Метод и вправду очень удобный и универсальный. Так что пользуйтесь или обращайтесь к нам, если хотите раскрыть тайну интеграции вашего трансгена, лентивируса или транспозона. И да, я буду делать вид, что мы настолько гениально планируем работу, что специально подгадали выход статьи о MYSTIC-seq прямо к Хэллоуину :)

Наш новый препринт об эволюции функции CTCF! Огромная работа, в которой мы показали, как CTCF меняет свои роли: - от вспомогательного белка, ремоделирующего хроматин совместно с другими кофакторами, у дрозофилы —> - к главному архитектору генома, определяющему распределение петель хроматина и тесно ассоциированному с транскрипцией, у челюстноротых Ссылка на препринт: https://www.biorxiv.org/content/10.64898/2026.10.19.760054v1.full.pdf А также на мой короткий пересказ с картинками (на английском): https://x.com/minjaf/status/2114641253350637637 Мы публикуем эту работу в координации с группой Дарио Люпьянца, который одновременно с нами пришел к схожим выводам об эволюции CTCF используя немного другую (хотя и похожую) экспериментальную систему: https://www.biorxiv.org/content/10.64898/2026.10.19.759930v1 Наши препринты вышли в один день и хорошо дополняют друг друга. Рекомендую оба к прочтению!

Мы обнаружены в двух шорт-листах 🔍 ➡️ Семейство языковых моделей GENA-LM команды Центра ИИ-разработки новых лекарственных препаратов попало в шорт-лист премии Сноба «Сделано в России», номинация «Наука и технологии». Поддержать проект своим голосом можно на сайте, голосование открыто до 9 ноября✔️ Победителей объявят 11 ноября. ➡️ За освещение научных достижений и исследовательских проектов наша команда коммуникаций попала в шорт-лист Всероссийской премии «За верность науке» в номинации «Использование технологии искусственного интеллекта в научных исследованиях»🚀 Для нас очень ценно попасть в эти списки, и мы будем продолжать усердно работать, развивать науку в области ИИ и рассказывать про достижения учёных ❤️

Наши геномные модели вошли в шорт-лист премии "Сделано в России"!

Как и со многими другими технологиями, геномные языковые модели ДНК получили буст от перехода из академической среды в среду коммерческую. Только что вышел очередной технический пост от авторов Omni-1- языковой модели ДНК от авторов Evo. Впечатляет победа над AlphaGenome (это совсем непростой бейзлайн), но гораздо интереснее, что находятся все новые коммерческие приложения: от бибезопасности до дизайна фагов. Кстати, это первый случай, когда AI-сгенерированные фаги были введены пациенту. Блогпост, конечно, написан в избыточнопиарном ключе (что типиочно для молодых - и не очень - коммерческих компаний), но можно найти много интересных цифр в бенчмарках. https://www.radicalnumerics.ai/blog/omnii-1 Жаль, что нет бесплатной API, чтобы попробовать

Время ИИшницы! Приглашаем на митап, который пройдёт 22 октября в 18:30⤵️ В честь юбилейного года AIRI мы пересобрали формат ИИшницы и выходим в офлайн. Шесть спикеров выступят в формате печа-куча, а после обсудят тему агентов за круглым столом. Спикеры: ➡️ Артемий Сахаров, специалист по анализу данных и машинному обучению, Р-Фарм 🔖 Цифровой контур R&D: ИИ-агенты для работы с мишенями и базами экспериментов ➡️ Ваня Ершов, руководитель разработки ИИ-агентов в «Алисе AI», Яндекс 🔖 Агент — это не только модель: как устроены современные харнессы ➡️ Владимир Димитров, Senior DS engineer в команде Авито Работа 🔖 AI Recruiter в Авито: агент, который проводит интервью ➡️ Владимир Шапошников, научный сотрудник группы «Мультимодальные архитектуры ИИ» лаборатории «Сильный ИИ в медицине», AIRI 🔖 Агент сказал «готово». Проверяем ➡️ Евгений Володин, Технический директор, Антиплагиат 🔖 ИИ-агенты в образовании ➡️ Борис Заикин, к.т.н., исполнительный директор по исследованию данных, Сбер 🔖 RL агента в исполняемых средах: опыт обучения 9B-модели в харнессе GigaAgent Модераторы мероприятия — директор Центра ИИ-разработки новых лекарственных препаратов в AIRI Артур Кадурин и директор по маркетингу и коммуникациям AIRI Александра Бройтман. Кстати, вы тоже можете стать спикером печа-кучи. Для этого направьте нам тему об агентах, с которой вы хотели бы выступить, и краткое описание к ней на почту event@airi.net. Вместе с модераторами мы выберем двух спикеров и свяжемся с ними для подготовки к докладу🙂 Подробное описание митапа и регистрация на офлайн-формат на сайте. Трансляция на YouTube и VK Видео⏯ #ИИшница

Ура! Нашу статью о роли конденсинов в организации интерфазного хроматина приняли к публикации в Nucleic Acids Research! Не буду пересказывать наши находки потому что они интересны двум с половиной специалистам по организации хромосом, а расскажу насколько итоговая работа отличается от исходной задумки. И сколько времени проходит от идеи до публикации. Идея родилась 2019 из рассматривания карт Hi-C стволовых клеток мыши. На картах была видна "вторая диагональ" - структура характерная для митотических хромосом, а не для интерфазных ядер. В хромосомах ее делает конденсин II, поэтому захотелось проверить, может в стволовых клетках конденсин II работает в интерфазе? Это было бы необычно, а потому интересно. Но поскольку, белок очень важный, просто нокаутировать его нельзя - клетка погибнет. Биология мертвых, это конечно тоже интересно, но это не наш профиль :) Пришлось осваивать систему ауксин индуцируемых дегронов, чтоб быстро и контролируемо убирать конденсины из клеток. В итоге мы поняли, что исходная гипотеза неверна конденсин II не организует вторую диагональ в интерфазе, эта структура наследуется из предыдущего митоза. Чисто в рекламных целях мы назвали этот эффект структурным эхо и вынесли его в название "Condensins-mediated mitotic folding persists as a structural echo in interphase chromatin". Поскольку конденсинов у нас два, то второй из них (конденсин I) все время выступал у нас в качестве контроля, и он действительно оказался не причастен формированию второй диагонали. Но мы случайно, а на самом деле неслучайно, а потому что мы большие профики в геномике и внимательно и всесторонне изучаем полученные данные, обнаружили, что если убрать конденсин I, то эу- и гетерохроматин в ядре перемешиваются сильнее, чем в норме. Мы до конца не понимаем как это работает, но эффект показали уверено. Я думаю, что именно этот результат в нашей работе самый важный, потому, что существующие концепции организации хроматина этот эффект никак не объясняют. Итого от идеи до публикации 7 лет, из них год от первого сабмишена до публикации. Первичная гипотеза  отвергнута, оказалась верна альтернативная. Попутно обнаружился эффект совершенно неожиданный. Для ответа на первичный вопрос освоена технология дегронов, ставшая основой еще для еще 3 или 4 работ лаборатории. Благодарю всех соавторов и восхищаюсь невероятной работой проделанной лидирующим автором этого исследования Анастасией Юнусовой! Препринт

У нас выходит новая статья по 3D укладке хроматина. С удовольствием делюсь комментариями от идеолога и научного руководителя этой работы, Наримана Баттулина! Поздравляю Настю, Наримана и всех соавтров с замечательной публикацией!

Не едет ли кто-то из Берлина в РФ в ближайшее время, в идеале - в Новосибирск? Дайте знать. Нам бы привезти семена арабидопсиса для исследований (это безобидный цветок, семена весят пару грамм, маленький пакетик)

Объединяем исследователей для обучения ИИ долгосрочному планированию Владислав Куренков, руководитель научной группы «Адаптивные агенты» Института AIRI, запустил открытое сообщество людей, работающих над системами планирования ИИ, чтобы вместе решить одну из самых неподатливых для искусственного интеллекта игр — NetHack. У каждого участника будет свой способ получить программу, свои инструменты и своя стратегия, а общая инфраструктура позволит видеть результаты друг друга, сравнивать их между собой и продолжать разрабатывать решения друг друга. Владислав рассказал, почему NetHack весьма полезна для обучения ИИ:

«Одна партия в NetHack — это десятки тысяч ходов. Жизнь у героя одна, сохранений нет, подземелье каждый раз новое, а игра по дороге ничего не подсказывает. Если вы сыграли плохо, то выясняется это тогда, когда ничего исправить уже нельзя. Когда мы запускаем наших ботов играть, то вторая по частоте причина их "смерти" — голод, потому что они не позаботились о еде за несколько тысяч ходов до финального момента. На таких же ошибках спотыкаются ИИ-агенты, когда пишут код: отдельный шаг они выполняют прекрасно, а на длинную дистанцию держать планку не могут. И NetHack в этом плане становится весьма полезной для обучения ИИ».

📎Подробнее про сообщество, игру и «интеллект» агента — в интервью «Ъ-Науке».

Вдруг получится также круто, как с Go =)

Компания Basecamp research, которая создаёт закрытый (частный) датасет, секвенируя геномы огромного количества видов организмов и обучая на этом модели ДНК, сегодня объявила о привлечении 140 миллионов USD в форме инвестиций.

The aim is for its models to go straight from a patient's disease to a new medicine, skipping the long step by step process drug companies use today.

Все больше инвесторов склоняются к мысли, что применение unsupervised подходов к анализу геномных данных станет следующим большим прорывом в области ИИ.

Новая языковая модель ДНК GPN-Star - построенная на информации о выравниваниях геномов - вышла в Nature. https://www.nature.com/articles/s41586-026-11005-5 На некоторых задачах выдает результаты лучше, чем aGenome - в том числе для интерпретации некодирующих вариантов у пациентов с наследственными заболеваниями. Конкретно на картинке с барплотом - классификатор OMIM pathogenic versus gnomAD v.3 common non-coding variants

Ответ на загадку (многие ответили почти правильно в комментариях) Орфография и пунктуация автора эксперимента сохранены: Муха залетела посидеть, я ее выгнала, но она успела отложить яйца. На следующий день увидела ползающие овальные "колонии". Они все съели и умерли. И на третий день после трансформации чашка выглядела как на фото.