Science ⌬🥼

إنا لله وإنا اليه راجعون فارقت العزيزة امي في ذمة الله

كل عام وجميع المعلمين بألف خير❤️📚

جامعة بابل الدفعة الثانية عشر الأصدقاء الأحبة مبارك لكم جميعاً هذا الانجاز ومنها للأعلى ان شاء الله، شكراً لمن هنّأ وبارك وشكراً لمن حضر 🙏❤️

مساء الخير، منهج الفارما الوزاري للمرحلة الثالثة مسجل من الكورس الخاص ومفتوح بشكل مجاني للجميع وبالتوفيق ❤️🧬

Pharmacology / المرحلة الثالثة وزاري | يوسف سجاد https://www.youtube.com/playlist?list=PL7P_zf70LWe8YmZ11NK1mukc0B5BrrIg0

صور ثلاثية الابعاد لتركيب عدد من البروتينات، هذا النموذج هو الي نعتمد عليه بدراسة تفاعل الادوية مع مستقبلات و قنوات او انزيمات معينة الموضوع طويل جداً بس يستحق القراءة اتمنى تبحثون عنه اكثر لانه للاسف قليل جداً التطرق لمثل هاي المواضيع بجامعاتنا بمختلف اسمائها وما اعرف السبب صراحة

Alpha-Fold برنامج ذكاء اصطناعي طوره فريق Google Deep Mind للتنبؤ بالشكل ثلاثي الابعاد للبروتين ومحاولة حل المشكلة المستمرة منذ اكثر من 50 سنة! "كيف يأخذ البروتين شكله وهل يمكن التنبؤ به؟" مبدأ العمل يعتمد على تدريب الكمبيوتر على شكل البروتينات المكتشفة سابقاً بالطرق التقليدية مثل (X-ray crystallography / NMR) وتعليمه على خصائص وطرق تفاعل الحوامض الأمينية فيما بينها وينطلق من مسلمة مهمة جداً بالاحياء الجزيئية وهي : البروتينات التي تؤدي وظيفة معينة تكون متشابهة جدا باختلاف انواع الكائنات او على الاقل مناطق معينة بالبروتين بمعنى تسلسل عدد من الاحماض الامينية لابد من تكراره بدرجة كبيرة بهذا البروتين حتى يؤدي الوظيفة نفسها "Evolutionary Relationship” البرنامج هذا صار محترف جداً لان تدرب على تحديد شكل اكثر من 200 مليون بروتين منشورة على مختلف قواعد البيانات للبروتينات مثل PDB و Uniprot بالخطوة الاولى ندخل تسلسل الاحماض الامينية المكونة للبروتين المطلوب تحديد شكله، وعندها تلقائياً Alpha-Fold سيقارن التسلسل مع كل التسلسلات المشابهة له والموجودة في البروتينات المكتشفة والمنشورة وتسمى Multiple sequence Alignments MSA المرحلة الثانية البرنامج يتنبأ بطريقة تفاعل الحوامض الأمينية المدخلة بهذا التسلسل مع بعضها البعض بناء على ما تعلمه سابقاً عنها مثلا يعرف الحامض الاميني رقم 1 يتفاعل مع رقم 2 بنوع رابطة معين مثلاً Hydrogen Bond ومع رقم 3 بطريقة Hydrophobic Interaction او Ionic Bonds وزيادة عليها يعرف الزوايا بين الروابط وشكل وترتيب حوامض هذا التسلسل بالفراغ بناء على معرفته المدرب عليها! للعلم هو يفاعل الجزيئات حتى اذا كانت بعيده عن بعضها البعض بالسلسلة المدخلة وهذا هو الصحيح لان شكل البروتين يتحدد بلحظة ينطوي بيها (لحد الآن غير مكتشف بالتفصيل كيف ينطوي وياخذ شكله!) للتقريب اذا رسمنا خطين على ورقة 📄 واحد ببداية الصفحة والثاني بنهايتها نظرياً تفصل بينهم مسافة لكن البروتين مو شكل مستقيم او خطي وانما ينطوي "Folding” ونفس الشي اذا طوينا ورقتنا 📃 راح يكون الخط الاعلى قريب او منطبق تماماً على الخط السفلي! تخيل خطوط الورقة هي تسلسل الاحماض الامينة لهذا البروتين فأثناء عملية الانطواء تتقارب وتتفاعل الأحماض الأمينية مع بعضها البعض وحسب نوع الروابط الزوايا بينهم وهذا ما يحدد الشكل النهائي له بعدها يدخل بالمرحلة الثالثة وهي مرحلة “التعلم العميق “Neural network يحلل البرنامج كل معلومات الخطوات 1/2 وبناء على المقارنة والتدقيق يرسم الشكل النهائي "المتوقع لهذا البروتين" تتبع الخطوة الثالثة بعد عدة خطوات تتضمن اعادة المقارنة وتصحيح بعض الاخطاء الواردة او استبعاد بعض التفاعلات لزيادة الدقة بالنموذج المقترح وبنسبة دقة تتجاوز 90%وبوقت خيالي تقريبا العملية تأخذ من دقائق لساعات وممكن يومين بحالة كثرة تعقيد بتسلسل البروتين وقوة الكمبيوتر المستخدم 💻 بإستعمال هذا النظام صار من الممكن التنبؤ بشكل اي بروتين سواء كان يصنع من الخلايا بشكل طبيعي وغير مكتشف شكله لغاية اللحظة او بروتين غير موجود بالطبيعة أساساً وتفكر انت بصناعته وتجربته لهدف علاجي مثلاً. -استلموا عليها نوبل للكيمياء 2024 ويستاهلون طبعاً🙏❤️

قصة الحضارة

Renal function Tests Part 2/ كلية الصيدلة المرحلة الخامسة https://youtu.be/KolO_OkMQBI

Renal Function Tests-Clinical Biochemistry/ كلية الصيدلة المرحلة الخامسة https://youtu.be/W_Hkx91xk7g

طريقة X-Ray crystallography عملية بطيئة جداً تاخذ أشهر او سنوات حالياً اكو طريقة حديثة تعتمد عليها بشكل غير مباشر طورتها شركة Google deep mind تكدر تتنبأ بشكل البروتين خلال ساعة تقريباً! لذلك السنة استلموا عليها جائزة نوبل اوضحها بوقت ثاني ان شاء الله

X-Ray crystallography اهم وأقدم طريقة يتم من خلالها معرفة الشكل ثلاثي الأبعاد للبروتين وبدون مبالغة من غير هاي الطريقة ما كان من الممكن الوصول لهذا العدد الرهيب من الادوية الموجودة اليوم! مبدأ العمل ببساطة يتم أخذ البروتين المراد تحديد شكله (تؤخذ الآف النسخ منه بعد زراعة الجين المسؤول عن تشفير هذا البروتين بخلية معينة غالباً بكتريا E.coli) وتحويلها الى بلورات عالية النقاوة بشكل متقن جداً وبعدها تسلط عليها الاشعة السينية X-Ray "ابرز خصائصها هي القابلية على اختراق المواد" وعليه راح تمر خلال البلورات الي بداخلها يتواجد آلاف النسخ من البروتين، أثناء عملية الاختراق الذرات المكونة لهذا البروتين راح تشتت الاشعة وتكون نمط حيود “Diffraction pattern " بسبب التشتت الحاصل او الحيود والذي يتم رصده بكاشف متخصص. الحيود هذا راح نحصل منه معلومات مهمة عن توزيع الذرات في البروتين من خلال تحويل معلومات حيود الاشعة الى “خريطة كثافة الالكترونات Electron Density Map (تمثيل ثلاثي الأبعاد لتوزيع الالكترونات داخل جزي او بروتين معين) الغرض منه معرفة المسافات بين الذرات وبنفس الوقت تمييز ذرة عن ذرة اخرى بمعنى الاختلاف بالكثافة الإلكترونية يعكس الاختلاف بعدد الالكترونات الموجود بداخل ذرة معينة مثلا الكاربون 6 الكترونات والهيدروجين 1 واحد فقط بالتالي الكثافة الإلكترونية لذرة الهيدروجين تعطي كثافة اقل مقارنة مع الكاربون وهكذا بالنسبة للنيتروجين والاوكسجين. وكنتيجة لحيود الاشعة السينية بفعل تصادمها مع الالكترونات راح تظهر "مناطق عالية الكثافة" (من خلالها نعرف مواقع الذرات بالتحديد ) ومناطق منخفضة الكثافة الإلكترونية (تمثل فراغات او مناطق جزيئيات اخرى ) بعد اخذ معلومات الكثافة الإلكترونية يصير معلوم توزيع ونوع الذرات بالتالي من الممكن رسم شكل دقيق جدا للبروتين. تلاحظ ما ذكرنا شي عن تسلسل Amino Acids المكونة للبروتين مع العلم تسلسل الاحماض الامينية راح يكمل معلوماتنا عن البروتين ولحسن الحظ هي النقطة الأسهل بالموضوع (قياساً بباقي الخطوات) لانه من المعروف سابقاً بأن كل عدد من القواعد النيتروجينية (A,U,C ,G) في جزيء RNA هو مسؤول عن ترجمة Amino Acid محدد في الرايبوسوم "Ribosomes “ بمعلية تصنيع البروتين وهذا نسمي Codon ثابت لكل حامض اميني (نعرفها من خلال عمليات تسلسل الحمض النووي DNA-Sequencing ) https://youtu.be/RUok4O9oovQ?si=E0X_y4InBcdudoZt

استبيان بحث التخرج لأحد الاصدقاء، اذا عندكم احد من معارفكم تنطبق عليه النقاط شاركوا وياهم. وبالنسبة الكم هم اي استفسار بخصوص بحوثكم اكدر اساعدكم بي اكتبولي وتدللون❤️

السلام عليكم إحنا طلاب من جامعة بابل كلية الصيدلة بحث تخرجنا عن سلوك الأم في إعطاء فيتامين D لطفلها الرضيع كمكل غذائي الي يعرف مرأة طفلها  أكبر من سنه  منطيته الفيتامين خلال اول سنتين من عمره نكون  ممنونين إذا يملاها 🌷🍀 Untitled form https://docs.google.com/forms/d/e/1FAIpQLSft_WABt1wQAEn6XYAJaW3p-N4WWBE73Q85pMRv4JiNcR_cMw/viewform

منحت جائزة نوبل للطب هذا اليوم لكل من جاري روفكون وفيكتور أمبروس لاكتشافهما micro-RNA ودوره في تنظيم الجينات.