Бластим: курсы и работа в биотехе

Друзья, мы много раз замечали, что всегда, всегда уже после начала курса обязательно приходит кто-то, кто узнал о программе в последний момент. 😅 Поэтому напоминаем, что ровно через неделю, 29 января, стартует курс «Анализ NGS-данных» от Бластим! И это будет блокбастер, потому что: 🥇 На курсе работает команда из экспертов (Евгений Герасимов, Алексей Зарубин, Даниил Бобровский и другие преподы — известные имена в отрасли). Вы сможете с ними познакомиться лично и, если у вас уже есть свой вопрос по обработке, то на кофе-брейке всегда сможете его спокойно задать 🥈 Спикеры объясняют сложные концепты понятным языком. Например, вы узнаете про преобразование Барроуза-Уилера, хэш-таблицы или матрицы замен. Для чего? Чтобы разобраться, что под капотом у биоинформатических программ, и научиться их применять осознанно 🥉 Перед стартом курса мы дадим все необходимые материалы и ссылки для плавного погружения: по методам секвенирования, R, Линуксу и молекулярке. А во время занятий рядом с вами будут технические ассистенты, которые помогут в кодинге и окажут поддержку. С занятий вы уйдете с полной последовательностью действий по обработке NGS в голове. 🚀 И главное — после интенсива ничего не закончится! Наоборот, вы начнете свой трек в биоинформатике, получите доступ к чату выпускников и вольетесь в комьюнити. Кроме того, сертификат от Бластим и финальный проект, выполненный для портфолио, откроют для вас новые высокооплачиваемые вакансии. 🔜 Переходите по ссылке и пишите команде Бластима, чтобы принять участие: bit.ly/4aZXoel Необработанные данные секвенирования только копятся, а биоинформатиков сильно не хватает, так что хороший момент войти в отрасль!

Обсуждаем новости природы и науки в уикенд 🐟 Электропорацию, как метод привнесения ДНК в клетки, применяют генные инженеры в лаборатории. Но существует ли она в дикой природе? Японские ученые поместили в один аквариум электрического угря, личинок данио-рерио и свободноплавающую ДНК гена GFP. Под воздействием электрических разрядов угря — а они могут достигать напряжения до 860 вольт — некоторые личинки данио, хотя и мозаично и временно, но стали светиться зеленым. То есть получили и начали экспрессировать чужеродные гены! Многое еще неясно, зато исследование заставляет задуматься о принципиальной возможности приобретения сложноорганизованными эукариотами таким способом новых генов, да еще и передачи их потомству. 💀 Это сейчас у животных нарушение числа хромосом в геноме смертельно опасно, а вот во времена становления позвоночных произошло аж две полногеномные дупликации (WGD). Первая — похоже еще до расхождения челюстноротых (это от рыб до нас) и круглоротых (миноги и миксины). Когда же вторая? Непонятно! Недавно прочитанные геномы двух видов миксин дают ответы. Миксины очень нестандартные организмы: без глаз, челюстей, парных плавников, покрыты слизью. Их соматические клетки выбрасывают лишние хромосомы, поэтому собрать полный геном не так-то просто. В связи с этим в последних работах ученые взяли для секвенирования семенники. Анализ геномов подтвердил, что первая полногеномная дупликация произошла очень рано у общего предка всех позвоночных. А вот 50 млн лет спустя геном круглоротых утроился, тогда как остальных позвоночных — только удвоился. Хотя обычно событие WGD сопровождается бурным видообразованием, у миног и миксин такого не случилось, а жаль. 🤖 Ученые из Google Health разработали чат-бот AMIE на основе LLM, который проявляет большую эмпатию и точнее ставит диагнозы при тестовом общении с пациентами (пока ненастоящими), чем живые доктора. Модель обучалась на расшифровках медицинских интервью и электронных медкарточках, однако данных было маловато. Поэтому разработчики попросили LLM самой сыграть роли больного, чуткого доктора и критика, оценивающего диалог медика с пациентом. После этого уже для тестирования чат-бота привлекли 20 актеров, которые симулировали разные недуги. Актеры прошли онлайн-консультации в чате с ИИ и 20 реальными медиками, не зная, с кем переписываются. В итоге бот выспросил у пациентов такой же объем информации, что и сертифицированные врачи, особенно хорошо диагностировав сердечно-сосудистые и респираторные заболевания. Также ИИ превзошел людей по качеству коммуникации: вежливости, честности и приветливости. #выходные_у_бластим

🔴 Друзья, уже стартовал долгожданный вебинар Бластима, где мы будем тестировать ИИ на решении биоинформатических кейсов. Дмитрий Тычинин, Вита Степанова и ChatGPT-4 ждут вас, подключайтесь! Если вы еще вдруг не успели записаться, скорее сделайте это и проведите ближайшие часы с максимальной пользой: bit.ly/3U43B2F Если вы зарегались, но ссылка почему-то не пришла, проверьте спам и напишите нам в чат!

⚡️Подоспела свежая подборка вакансий в биоинформатике 📌 Биоинформатик в Институт Макса Планка (Германия) Приглашаются биоинформатики для разработки ПО по мультимодальной интеграции данных, анализа методов изучения организации хроматина, структурных вариаций. Требования: PhD-степень, свободное владение Linux, Python, R, опыт в git, Docker, slurm, понимание статистики и омиксных технологий. Опыт в эпигенетике как +. Дедлайн: 22 января 📌 Биоинформатик-технишн в Hur-lab (США) Требуются биоинформатики и вычислительные биологи для изучения противовирусного иммунного ответа. Предстоит собирать и анализировать данные, создавать конвейеры обработки. Квалификация: степень бакалавра в естественной или физмат области, знание статистики, Linux, R, Python. ЗП от $60 тыс./год Дедлайн: 19 февраля 📌 Научный сотрудник, криоэлектронная микроскопия в ISTA (Австрия) Предстоит анализировать данные крио-ЭТ и крио-ЭМ методами глубокого обучения. Требования: PhD-степень, опыт в структурной биоинформатике, SPA, STA, большой опыт работы в UNIX/Linux, написания shell-скиптов, знание Python. ЗП €67 тыс./год Дедлайн: 11 марта 📌 Ученый, химия секвенирования в Оксфорд Нанопор (Великобритания) Разыскивается вычислительный биолог с PhD в области геномики, который присоединится к группе в ONT. Предстоит заниматься разнообразной интересной работой в области технологий секвенирования РНК и ДНК. Нужны навыки в молекулярной биологии, подготовке библиотек для нанопора, знание Python и командной строки UNIX. 📌 Биоинформатик-джуниор, рак простаты, в BostonGene (Армения) Предстоит изучать опухоли и их микроокружение с помощью интеграции NGS, scRNAseq и других омик. Требования: знакомство с ключевыми биоинформатическими тулами и БД, знание Python, NumPy, Pandas, Linux, понимание геномики и молекулярной биологии. #бластим_вакансии

Знакомьтесь, «Соученый» — возможно, скоро ваш новый напарник в лабе 🧪 В конце 2023 года команда химиков-машинлернеров из университета Карнеги-Меллона представили Coscientist — интеллектуального агента, который может сам гуглить, читать технические руководства, планировать, проводить и анализировать сложные химические эксперименты Нобелевского уровня! Coscientist работает на основе LLM: фактически его мозг — самая продвинутая на сегодня модель от OpenAI — GPT-4 (хотя тестировались и GPT-3.5, Claude1.3). Разработчики Coscientist поставили перед собой задачу понять, как далеко ИИ может зайти в научном процессе и какой степени автономии вообще можно достичь? Результат впечатляет. Робот-химик-трансформер состоит из нескольких модулей, которые обмениваются месседжами друг с другом: модуля для поиска в Google, поиска документации, написания кода на Python. И, наконец, он подключается к автоматизированным роботам для выполнения реальных опытов в «облачной лаборатории». Человек пишет ему промпты, а ИИ дальше всё (ну, почти) делает сам 🧑‍💻 Исследователи сначала протестировали каждый модуль отдельно, дав Coscientist соответствующие задачи. Они проверили веб-поисковик, попросив найти и спланировать химический синтез аспирина и ибупрофена. Затем модуль поиска документации искал техническую информацию для взаимодействия с роботами через API. Далее Coscientist поразливал жидкости в 96-луночные планшеты и познакомился со спектрофотометром. Только потом люди объединили модули воедино, поручив ИИ самое сложное — воспроизвести реакцию кросс-сочетания Соногаширы и Сузуки, катализируемую палладием (это очень важная реакция для построения синтетических лекарств и полупроводников, за нее в 2010 году дали Нобелевскую премию). Coscientist ничего подобного не делал — он, как и человек, зашел в Википедию, нашел нужное описание и через 4 минуты разработал протокол с использованием реактивов, которые ему предоставили. Правда, допустил ошибку в коде для нагревателя, но люди немного подсказали. В итоге реакция прошла успешно! ⚗️ Таким образом, косайентист сопоставим по навыкам с неплохим химиком. Специалисты из Карнеги-Меллона надеются, что система поможет сделать химию более доступной: в будущем появятся беспилотные лабы, управляемые дистанционно, где химику достаточно будет набить текст задания на клавиатуре, и машина сама напишет код для роботов, которые проведут синтез. Это позволит значительно бустнуть науку, ведь ИИ и роботам не нужно так долго получать образование, и они не хотят спать 😉 🔬GPT-4 удивляет в химии, а что биоинформатика и сингл-селл? Узнаем на вебинаре в эту пятницу: bit.ly/3U43B2F #бластим_технологии

❗️Друзья, важное напоминание: уже в эту субботу 20 января пройдет интенсив Бластим по Линукс Так сложилось, что Linux — мастхэв для биоинформатики: большинство научных тулов написано под эту операционную систему, а альтернатив на Windows часто просто нет. На первый взгляд может показаться, что команды оболочки выполняют самые элементарные операции, которые мы привыкли делать мышью в пару кликов: переименовать, отсортировать, вырезать. Это правда, однако когда нужно повторить действия с сотнями и тысячами файлов, то без терминала и сервера не обойтись. Для тех, кто сомневается, нужна ли ему командная строка, мы рекомендуем: 🔤 Видео, где Евгений Герасимов объясняет, почему ученые (кстати, не только биоинформатики) предпочитают Линукс! 🔤 From cell line to command line: история о головокружительной карьере студента из Китая, который переехал в США, перешел из науки в индустрию и из мокрой биологии в биоинформатику! 🔤А еще мы ответили на самые популярные вопросы о программе. Смогут ли пользователи Виндовс пройти интенсив, не устанавливая Линукс? (спойлер: да) Что будет по окончании курса? Можно ли посмотреть занятия в записи? 🐧 Ответы на сайте в разделе FAQ: bit.ly/47Fg3Jg

⚡️ Время сессии. Вспомнили универсальный совет, как правильно аргументировать свой ответ на любой билет.

Cлишком много лекарств? Избранные новости фармы💊 🌽В 2023 г. Центр оценки и исследований лекарственных средств (CDER) агентства FDA одобрил рекордно много препаратов — 55. Это второй по величине показатель за последние 30 лет (больше было только в 2018 г. — 59 шт). 20 из 55 препаратов — first-in-class, больше половины — от редких заболеваний. По терапевтическим направлениям в лидерах остается онкология (13 препаратов), далее расположилась неврология (9), потом инфекционные заболевания и гематология (по 5). По видам первенство удерживают малые молекулы (34 лекарства), затем идут лекарства на основе белков — 17 шт, замыкают 4 олигонуклеотидных препарата, в том числе второй в истории РНК-аптамер. Кого хочется отметить отдельно? Leqembi — первый в своем роде препарат от болезни Альцгеймера, разрушающий амилоидные бляшки, Litfulo для лечения очаговой алопеции, Zurzuvae для терапии послеродовой депрессии, Veozah — от приливов. 💉От CDER не отставало и другое подразделение FDA — CBER. Оно одобряет вакцины, средства генной и клеточной терапии, препараты крови. Так, в прошлом году этот центр дал зеленый свет первому продукту для редактирования генов на основе CRISPR-Cas9, двум вакцинам против респираторно-синцитиального вируса и самым разным генным терапиям. Также CBER зарегистрировал Vowst для профилактики рецидивов клостридиальной инфекции после антибиотиков. Vowst — первая разрешенная таблетка на основе фекальной микробиоты! ✨ На этом фоне в TIME вышла любопытная заметка про здравоохранение в США. Оказывается, многим пожилым людям выписывают чрезмерное количество лекарств. Это называется полипрагмазия, и она распространяется. Четыре пациента из 10 принимают 5+ препаратов, а 11 миллионов американцев пьют 10 и более веществ! По оценкам экспертов, в следующем десятилетии это приведет к преждевременной смерти 150 тыс. человек. Причина, почему так происходит, кроется в разрозненности. От каждого специалиста пациенты ждут рецепт, и врачи оправдывают ожидания. Кроме того, люди старшего возраста могут посещать несколько докторов одновременно. А медики не консультируются друг с другом. ✍️Пример: женщина 85 лет с легкой амнезией. На первичном осмотре у нее обнаруживается незначительно повышенное давление. Терапевт назначает пациентке препарат от сердечных приступов и инсульта. Его побочный эффект — отек ног. Поэтому кардиолог прописывает диуретики. От них у женщины начинается инконтиненция. Далее, словно по конвейеру, уролог прописывает ей спазмолитик, побочка которого — легкий бред и беспокойство. Пожалуйста, вот подоспел следующий рецепт — на нейролептики! Так, с нуля человек доходит до целой горсти лекарств: список употребляемых средств растет как снежный ком 🤯 ⚖️ Надеемся, в дальнейшем, чем больше регуляторы будут одобрять новых классных препаратов, тем меньше пилюль нужно будет принимать каждому человеку. #выходные_у_бластим

Откладывание дел на потом, известное как прокрастинация, может быть связано с различными факторами, в том числе и со страхом. Один из самых распространенных страхов — возможная неудача. Люди могут бояться, что не справятся с задачей на должном уровне. Это вызывает тревогу, из-за которой дело откладывается. Есть ли у вас такое по отношению к обучению и развитию в биоинформатике? Если да, то мы хотим помочь! Специально перед курсом по анализу NGS-данных мы решили устроить интенсив «Экспресс Linux для NGS». С помощью него все, кто сомневаются в своих силах, попробуют приручить свои страхи и сделать первые шаги в биоинформатике! 📆 Когда: суббота, 20 января, всего 1 день с 10 до 18 часов, онлайн ❗️Почему это так важно? Потому что здесь вы освоите не только основы Linux и Bash, но и сразу же попробуете себя в анализе NGS данных. Только релевантные навыки и обучение в комфортном темпе. ‼️Почему NGS и биоинформатика? Потому что это не просто направление в биологии, это ключ к перспективам и преимуществам на рынке труда. Работайте в науке удаленно, получайте удовольствие от свободы в исследованиях и от разнообразия задач. Программа самая добрая: >> познать основы Linux, работы в терминале и Bash (подсказка: это не так сложно, как кажется! 😉) >> подружиться с сервером >> поработать с текстовыми файлами и табличками >> скачать файлы из интернета >> разобраться с tmux >> познакомиться с текстовым редактор vim >> решить практическую задачку для вашего первого шага в анализе данных NGS 🔗 Больше подробностей здесь: bit.ly/48Tspyw Пссс ⚡️Начните обучение с курса Linux и, если захотите продолжить, то получите индивидуальную скидку (равную стоимости интенсива) для прохождения полного курса по анализу NGS-данных😏 Не бойтесь быть частью будущего науки! 🐧

Передовая инженерная школа ИТМО открывает Отбор доменов! У вас есть амбиции развиваться в высокотехнологичном секторе? Вы руководитель образовательной программы? Развиваете стартап или крупный научный проект с командой? Мы ждём вас в команде Передовой инженерной школы ИТМО! Что это значит? ⏺ Вы получите инвестиционный буст для работы со стратегическим индустриальным партнером ⏺ Появится возможность принятия решений в управлении ПИШ ИТМО ⏺ Обеспечите устойчивое развитие вашего коллектива ⏺ Усилите свою программу курсами по развитию навыков работы с данными, продуктового и предпринимательского мышления Вся важная информация об Отборе, включая инструкцию по подаче заявок и условия отбора находится на сайте и в приложенном pdf-файле👇 Остались вопросы? Пишите их на почту domen@pish.itmo.ru, а уже 15 января в 16:00 Александр Виноградов ответит на них в прямом эфире. Подавай заявку до 30 января 23:59, стань частью ПИШ ИТМО! Реклама. Университет ИТМО ИНН 7813045547 erid: 2Vtzqwzrcb7 #бластим_рекомендует

💻 Джи-пи-ти... Уже все наслышаны про модели-трансформеры, прекрасно генерирующие текст. Но сверх классического применения, версия GPT4, как говорят, хорошо помогает в задачах кодинга. Бластим решил это проверить. 19 января 19:00 мск мы проведем эксперимент в реальном времени и посмотрим, сможет ли чат-бот воспроизвести или в точности повторить результат труда биоинформатика. Рабочий кейс — сингл селл колоректального рака. Попробуем цикл от контроля качества до оценки лиганд-рецепторных взаимодействий! Настоящая импровизация шаг за шагом. Наш спикер Дмитрий Тычинин будет модерировать работу чата и экспертно оценивать преимущества и недостатки ответов на вопросы, возникающие у людей, которые работают с single cell данными. Кроме того, на мастер-классе любые вопросы аудитории получат ответы в двойном объеме: и от ИИ, и от человека! 🚩Онлайн-встреча будет интересна всем: уже знакомым с нашумевшим чат-ботом, тем, кто никогда не прибегал к помощи GPT, работодателям, которые хотят посмотреть на навыки биоинформатика за 10$/месяц 😉 👉 Регистрируйтесь на мастер-класс по ссылке: bit.ly/3TVqOny И с нетерпением ждем следующую пятницу!

Тоже составляете план на год вперед? А точнее, опять переписываете прошлогодний? 📕 Бластим верит, что если выполнить первые два пункта из списка, то, возможно, третий уже не понадобится. И у нас есть схема, как это сделать: мы разработали необходимую и достаточную программу по искусственному интеллекту и машинному обучению для биологов на Python. Там как раз можно получить релевантные навыки и значительно расширить карьерные возможности. Поспешите записаться 🥰 Ведь сегодня ночью на этот курс грядет повышение цены. Успейте оставить заявку до 0:00 часов мск ❤️

Тим Бластим выходит на газон! Друзья, у нашего курса по анализу NGS-данных появилась полная команда преподавателей. Мы собрали практикующих биоинформатиков, каждый из которых специалист в своей области. Про научные достижения и исследовательские интересы лекторов вы можете узнать на нашем сайте: bit.ly/3TVgGeH А на занятиях они поделятся знаниями и опытом, фишками и лайфхаками. Приходите триммировать, картировать, аннотировать, собирать, снипколлить в компании умных и профессиональных людей. ✅ Если вы еще не уверены, насколько вам подходит курс, Бластим предлагает пройти мини-тест на знание основ секвенирования нового поколения: bit.ly/3Sc76CT

Бодро врываемся в первую рабочую неделю года с мощной подборкой вакансий в машинном обучении 🥸 🇦🇺Постдок в пространственные омики и ML в UNSW Обязанности: создание и тестирование ПО для анализа изображений, разработка конвейеров ML для распознавания изменений в экспрессии. Требования: PhD, опыт в омиках, визуализации одиночных молекул, знание Python, MATLAB. ЗП $106k/год. Дедлайн: 14 января 🇬🇧Специалист по ML в Open Targets Задача: поиск в литературе информации, имеющей отношение к открытию новых лекарств, c помощью NLP. ЗП 3,5k £/мес. Дедлайн: 23 января 🇨🇭PhD-студент в вычислительную биологию в Бернский университет Разработка машинлернинговых моделей хромосомных инверсий. Требования: сильные знания статистики, ML, популяционной генетики. Дедлайн: 1 февраля 🇳🇱Постдок в области ML в Delta Lab 2 Предстоит создавать, оценивать новые ML-модели, участвовать в конференциях. Требования: степень PhD, знание NumPy, PyTorch. ЗП 3,3k €/мес. Дедлайн: 4 февраля 🇺🇸PhD или постдок в области ИИ и биоинформатики в Университет Флориды Предстоит применять ML-модели для биомедицинских задач. Требования: степень магистра/PhD, опыт в Python/R, желательно NGS, GWAS, мультиомике. Дедлайн: 2 апреля 🇫🇷Компьютерный генетик в InstaDeep Задачи: анализ и интерпретация геномных данных с помощью LLM, разработка конвейеров обработки данных. Нужны: степень PhD, знания геномики, опыт в ИИ, навыки программирования на Python, R. 🇬🇧Старший хемоинформатик в BenevolentAI Предстоит заниматься in silico драг дизайном малых молекул, управлять командой. Нужен опыт в компьютерном моделировании лекарств, навыки программирования, внедрения ML, знакомство с фреймворками глубокого обучения. 🇫🇷Исследователь в области биоинформатики и сравнительной геномики в ATLASea Предстоит проводить сравнительный анализ геномов морских организмов, в том числе с использованием ИИ. Требования: степень PhD, знание Python, R, владение биоинформатическими тулами. #бластим_вакансии

🎉 Все-таки GLP, а не NLP Может быть, кто-то ожидал ChatGPT и вообще что-то из области обработки естественного языка (NLP), но научным прорывом года журнал Science признал инновационные препараты от ожирения — агонисты рецепторов глюкагоноподобного пептида (GLP-1)! А редакция Nature в свой ежегодный список Nature's 10 внесла сербскую исследовательницу Светлану Мойсов, которая оказалась в забытьи, несмотря на то, что именно она в 1980-е выполнила пионерские работы, показав существование и активность GLP-1 у млекопитающих. Как раз аналоги этого пептида и легли в основу нынешних лекарств-блокбастеров. 💊Но почему эти препараты — прорыв 2023? Возможно, потому, что мы на Бластиме выпускали отличные посты на эту тему! Зачем мировые селебрити подсели на Оземпик и Вегови? Какие побочные эффекты от инъекций могут быть? Насколько безопасны лекарства для подростков? Что такое «оземпическое тело и лицо»? На эти вопросы ищите ответы тут. В другом посте мы рассказывали о принципе действия и во многом случайной истории обнаружения чудодейственных свойств миметиков инкретинов, а также последствиях внедрения лекарств для экономики здравоохранения и самого отношения к проблеме ожирения. Тексты вышли в августе, но совершенно не потеряли актуальность! Хотя был ряд апдейтов. Так, ученые продолжают находить дополнительные неожиданные (и положительные) побочные эффекты революционной терапии от ожирения и диабета. Например, сейчас препараты на основе аналогов GLP-1 тестируют для лечения различных зависимостей, а также болезней Альцгеймера и Паркинсона. В ноябре 2023 было лекарство следующего эшелона — тирзепатид от Eli Lilly, который обеспечил снижение веса аж на 21% (это больше, чем семаглутид). Новинка имитирует сразу два пептида! Сегодня ажиотаж вокруг препаратов не прекращается. О них шутят на церемонии Оскара, почти 2% населения США врачи уже прописали Вегови или Оземпик, а стоимость датской фармкомпании Novo Nordisk превысила ВВП Дании! Оставайтесь с Бластимом, мы продолжим подсвечивать значимые события биотеха в 2024! 🐲

#бластим_рекомендует замечательный канал Ильи Кабанова про науку и образование. Специально для Бластима Илья собрал небольшую подборку англоязычных курсов — для души. Читайте и подписывайтесь! Привет, меня зовут Илья Кабанов, я научный журналист и за последние 10 лет прошел почти 120 онлайн-курсов, а еще около 70 начинал и забрасывал. Про многие из них я пишу в своем телеграм-канале «Лайфлонг муки» — вот небольшой топ самых интересных и полезных. По ссылкам открываются подробные посты про каждый курс. — The Addicted Brain — отличный курс о том, что происходит в мозге под действием разных веществ. — The Horse Course: Introduction to Basic Care and Management — самое наглядное доказательство того, что увлекательный онлайн-курс можно сделать не только про историю или астрономию. — Wood Science: Beyond Building — теплый ламповый курс: порой кажется, что экран сейчас запахнет древесной стружкой. — Sheep in the Land of Fire and Ice — Исландия. Овцы. Что еще нужно?