Почти доктор

Практика по микроскопии В прошлом году мы организовали очень мощную летнюю практику для студентов, которые закончили второй курс. И в этом году мы проводим ее снова! 💪 Вы думали, что наши студенты летом отдыхают? Ничего подобного! 😈 Они почти весь июль осваивают молекулярную и клеточную биологию, биоинформатику, спектроскопию и, конечно, микроскопию 🔬 Сегодня я проводил занятие по атомно-силовой микроскопии. Микроскоп был в удивительно хорошем настроении и показал нам красивую картинку 🤩 Это крупный ДНК-белковый комплекс, ювелирно собранный моим коллегой с кафедры. Ниточка - это кольцевая молекула ДНК, а округлые объекты - связанные с ней белки. Размер кадра составляет 420х420 нм (это мало, бактерия туда не поместится). Круто, правда? 🤩 #профессиональное #микроскоп

💥Вакансии! 🔥 Я редко выкладываю тут объявления, но сейчас очень подходящий момент. На базе нашей кафедры создали новую супер-лабораторию, она называется Лаборатория искусственного интеллекта в геномике и инженерной биологии. Ее возглавляет ведущий ученый Сергей Анатольевич Шмаков. Он набирает себе в команду студентов и сотрудников, кто занимается биоинформатикой, вычислительной биологией, применением искусственного интеллекта в биологии и смежными научными дисциплинами. Формальные описания вакансий тут: https://blastim.ru/job/15856/ - для постдоков https://blastim.ru/job/15857/ - для магистрантов/аспирантов Я считаю, что для биоинформатиков это потрясающая возможность войти в очень сильный коллектив на старте проекта 👍 Если бы я занимался биоинформатикой, уже сидел бы у Сергея Анатольевича на собеседовании 👨‍🎓

Быстрый ответ Я давно заметил странную особенность деловой переписки. Если ты получил сообщение, то на него необходимо ответить в течение суток. Если ты этого не сделал, то партнер, коллега, клиент или другой адресат может решить, что с тобой не следует иметь дела 🤷‍♂ Я предполагаю, что это пришло из практики работы интернет-магазинов. Допустим, кто-то складывает товары в онлайн-корзину, выбирает способ оплаты и доставки - и хочет совершить покупку 🤗 И наверняка нужно что-то обсудить, например, подтвердить заказ голосом или выбрать день и время доставки, и если магазин не перезвонит в течение суток, то клиент, скорее всего, пойдет заказывать у конкурентов. Я думаю, что мысль "ответь в течение суток - или с тобой не следует иметь дело" выросла именно оттуда: жизнь быстрая, и если ты не выдерживаешь темпа "одно сообщение в день", то ты совсем уж безнадежный тормоз (или начальник очень высокого уровня). Посмотрим на это с другой стороны. Отправил я письмо и жду ответа. Получаю ответ через неделю - спокойный, содержательный, но ЧЕРЕЗ НЕДЕЛЮ. Да я за это время уже забыл, что вообще письмо писал 😑 Слышали такое: "лучше один раз вовремя, чем два раза правильно"? Эту фразу я узнал от одного знакомого маркетолога, и она удивительно часто применима далеко за пределами маркетинга. Понятно, что бывают разные ситуации и что иногда человек не может ответить сразу. Понятно, что разные способы коммуникации предусматривают разные скорости обмена сообщениями: мессенджеры быстро, мейлы сравнительно медленно, а бумажная почта вообще хорошо, если дойдет 😅 Понятно, что в некоторых случаях ответа нужно ждать определенное время, потому что оно предусмотрено процедурой или регламентом (мы ответим вам в течение двух недель). А в некоторых сферах, наверное, и суток на ответ нет, а если не ответил в течение часа, то аврал, жесть и катастрофа 😱 Но это все, на мой взгляд, исключения, а обычно работает "сутки на ответ". Есть один организационный прием, который часто работает. Допустим, я получил мейл 📩 пробежал глазами заголовок и, возможно, текст письма. Если я могу ответить сразу - отвечаю сразу. Если не могу, то пишу что-то вроде "Вася, привет, получил твое письмо, отвечу ближе к концу недели". Я считаю, что это в десять раз лучше, чем заставлять Васю просто ждать ответа до конца недели ⏳ В вашей сфере так? Сколько времени негласно дается на ответ? #оффтопик #текст

Очепятки 👀 Вычитываю диссертацию, чтобы получился самый-последний-и-окончательный чистовик 🙈 Из необычных формулировок: 👉 эксперимент был проводили следующим образом... 👉 раствор обладал был достаточно вязким... 👉 но теме не менее... 👉 мы, как как и ранее, пренебрегаем... 👉 связана с адсорбцией на внутреннюю поверхностью трубок... 👉 и самое лучшее: cos(t)=60 🥴 #почтидоктор #текст #селинаписал

15 октября на физическом факультете МГУ я буду защищать докторскую диссертацию ☺👨‍🎓 Канал нужно будет переименовать 😅 Он будет называться "Теперь доктор" или как-то так 😃 https://istina.msu.ru/dissertations/820107920/ #почтидоктор

На этой неделе я много сидел за микроскопом. И он иногда показывает красивые штуки ☺ #профессиональное #микроскоп

Д - диффузия Сегодня мы поставили такой эксперимент. Мы сравнивали проникновение различных веществ через поры в геле 👀 Берем краситель, у него молекула сравнительно маленькая, он при диффузии проникает быстро через поры. Берем липосомы (это такие шарики из липидов), внутри которых находится тот же самый краситель. Размер липосомы примерно в 100 раз больше, чем размер молекулы красителя, поэтому липосомы должны проникать через поры гораздо медленнее или не проникать вовсе. В эксперименте видим, что они проникают практически одинаково 😮 На фотографии в каждой ячейке - гель, а на него нанесли либо суспензию липосом (опыт), либо раствор красителя (контроль). Диффузия шла сверху вниз (гравитация роли не играет, растворы очень устойчивы). Мы пробуем разные концентрации, поэтому и для опыта, и для контроля у нас по четыре ячейки. Ожидали, что в опыте цвет так и останется в верхней части ячейки, но нет! То ли гель слишком рыхлый, то ли липосомы выпустили краситель. Будем разбираться.

Предзащита Перед защитой выпускной квалификационной работы и, тем более, диссертации проводят предзащиту. Это стрессовое мероприятие 😬, на котором докладчика слушают опытные специалисты, преподаватели и профессора, выявляют слабые места работы и дают рекомендации о том, что и как улучшить, чтобы на защите не ударить в грязь лицом. Предзащиту проводят для того, чтобы докладчик получил жесткую критику и постарался не получить ее на защите. В редких случаях бывает, что работу не одобряют в принципе: выясняется, что она совсем не по теме, или в ней находят критические ошибки. Однажды у нас за месяц до защиты диплома выяснилось, что у студента не сделано примерно ничего. Но это исключительные ситуации, и большинство предзащит все-таки ведут к благополучной защите. Студенты часто боятся получить критику на предзащите. Поверьте, это не то, чего следует опасаться! 👌 #профессиональное

Банка с реактивом сегодня задала нам задачку по химии. Кто заметит, что не так? 👀 #специализированное

Повышай квалификацию! Я продолжаю учиться! Я три дня был на семинаре по кинезиологии. Это был, наверное, самый сложный медицинский семинар из всех, на которых мне довелось побывать 🤯 Мы учились оценивать состояние височно-нижнечелюстного сустава, жевательных мышц и костей черепа. Я выучил словосочетание сфенобазилярный синхондроз 🤓 Если вы не знаете, что это такое, считайте что это скороговорка 😜 А если серьезно, семинар был очень полезный, и я рад, что сходил туда 👍👍👍 И я уверен, что буду использовать некоторые методики, которые мы там отрабатывали. #почтидоктор

Бактериофаги существуют! #микроскоп

Смотрите, какой потрясающий флюгер у нас стоит перед оранжерейным корпусом! 🔥

Праздники близко 😃 На этих выходных в МГУ будет сразу два праздника 🔥 Завтра, в субботу 23 мая, будет день физика, а в воскресенье 24 мая - день биолога. Здорово, правда? 🎉🎉🎉 vk.com/df_msu vk.com/msubioday

С изображения, полученного на микроскопе, нечто смотрит на меня как на добычу #микроскоп

Оценка за диплом Приближается горячая пора - защита дипломов! Студенты часто спрашивают о том, как преподаватели выставляют баллы. Надо немного приподнять завесу тайны над этим неведомым процессом 😏 Оценку за диплом выставляет комиссия, опираясь на три составляющие: саму защиту, рекомендацию научного руководителя и мнение рецензента. На защите комиссия смотрит на презентацию и ответы на вопросы (бегло пролистать диплом могут, но на вдумчивое чтение времени нет). Здесь оценивают работу в целом - ее масштаб, сложность, логику и проверяют, насколько хорошо студент ориентируется в теме (по ответам на вопросы после защиты). Научный руководитель характеризует студента: насколько он активно и ответственно работал (или не работал вовсе, а когда приходил в лабораторию, пил чай и смотрел рилсы), рассказывает о достижениях, и предлагает свою оценку. Рецензент примерно за неделю до защиты читает диплом - и предлагает свою оценку, сформировав ее на основании текста работы. В результате появляются три оценки: от комиссии, от руководителя и от рецензента. 👨‍🎓👨‍🎓👨‍🎓 Интересная закономерность: оценки рецензента и руководителя обычно совпадают 😉 Я могу вспомнить буквально пару случаев, когда они различались, но это большая редкость. А вот впечатление от доклада может быть разным. Например, человек может переволноваться и сделать слабую презентацию при хорошей работе или, наоборот, при отвратительно написанной работе сделать мощный и эффектный доклад. В этом случае после защиты члены комиссии обсуждают, какой балл выставить, и обычно решения принимают в пользу студентов 🤗 Я не помню ни одного случая, чтобы человек не защитился (вышел на защиту и получил "неуд"). Был случай, когда человека не допустили до защиты и порекомендовали ему уйти в академический отпуск. За пару недель до защиты выяснилось, что у студента не сделано примерно ничего. Его следовало бы отчислить, но кафедра пошла ему навстречу. "Тройки" за дипломы бывали, в основном, за яростное раздолбайство. Если вы добежали до защиты, то наверняка получите четыре или пять (я же не буду здесь писать, что обычно всем ставят пятерки ☺). Дорогие студенты, мы в вас верим, вас поддерживаем и о вас заботимся ❤ Но испытать стресс вам все равно придется 😈

Разложение цветного изображения на три канала Цветные изображения обычно хранятся на электронных устройствах в формате RGB. Это значит, что устройство хранит три канала (красный, зеленый и синий), а цветная картинка является результатом их объединения. Каждый из каналов сам по себе можно рассматривать как изображение в оттенках серого. Хотите задачку? Цветная фотография - это улица в Нью-Йорке. Три черно-белые изображения - это ее каналы (красный, зеленый и синий). Они очень похожи между собой, но между ними есть небольшие различия. Попробуйте угадать, какое из трех изображений 1-2-3 какому каналу соответствует.

У нас перед корпусом был один истукан, а теперь целых два 😁🗿🗿 https://t.me/drbagrov/102?single

Нам нужно больше нейросетей 🤖 В последние полгода предложения отрецензировать рукопись приходят ко мне с неожиданно высокой интенсивностью. Они приходят из разных журналов, и рукописи посвящены разным темам. Тем не менее, бросается в глаза специфическая логика многих работ (она легко прослеживается по аннотациям). 1. Есть научно-технологическая проблема X. Например, нужно спроектировать новые частицы для адресной доставки лекарства или сделать сенсор для обнаружения токсина в воде. 2. Для решения этой задачи мы возьмем метод Y. Он не очень хорошо подходит, потому что вообще-то он предназначен для решения совершенно других проблем, эффективность сомнительная, сигналы зашумленные, и т.п. И мы научим нейросеть, которая будет решать почти все наши проблемы 😃 3. Далее идет описание деталей эксперимента и нейросети 4. Сногсшибательные перспективы 😏 Я допускаю, что некоторые научно-технологические задачи и проблемы действительно таким подходом решаются. Говорят, диагностика заболеваний кожи отлично работает через анализ фотографий, выполненный ИИ. И в целом интеграция ИИ в повседневную научно-технологическую деятельность нужна и полезна. Но в то же время интуиция говорит, что огромный процент работ, выполненных в этой логике, будет провальным (перспективы переоценены) 🤷‍♂️ Это связано с тем, что во-первых, ИИ не шагнет за физические, химические и биологические ограничения методов, к которым его цепляют. И во-вторых, создается впечатление, что в погоне за нейросетевым хайпом люди забывают о физическом мире и его особенностях: необходимости подготовить образцы и провести измерения, а не только обработать данные, о том, что статистически обоснованные выводы всегда имеют не 100% вероятность и т.п. В общем, используйте ИИ аккуратно. Он полезен, но в меру. #ИИ #текст

Рецензирование Мне тут прислали на рецензию рукопись с необычным названием. Она называется так: The "Quantum Dots" (Chemistry Nobel Prize 2023) as an "Application” of My Non-Orientable Space Groups (Published in 1983-84) with Mistakes Improved Перевод: «Квантовые точки» (Нобелевская премия по химии 2023 года) как «применение» моих неориентируемых пространственных групп, опубликованных в 1983–1984 годах, с исправлением ошибок. #профессиональное

Пороговая фильтрация В обработке изображений часто используют прием, который называется пороговая фильтрация. Допустим, у нас есть изображение в оттенках серого, и на нем показаны темные частицы на светлом фоне. Мы выбираем порог яркости и говорим: каждый пиксель, который ярче этого порога, будет считаться фоном, а каждый пиксель темнее - объектом. Мы мгновенно отделили объекты от фона! И никаких нейросетей! 😅😅😅 Результатом пороговой фильтрации является двухцветное (бинарное) изображение. По нему удобно измерять размеры объектов, их расположение, форму и т.п. На деле этот прием не всегда работает так хорошо, как хотелось бы. Контур объекта может быть зашумленным или размытым, а результат фильтрации зависит от выбранного порога (взял один порог - получил частицы покрупнее, взял другой - получил помельче). Если объекты расположены слишком близко (касаются или перекрываются), пороговая фильтрация не может их разделить, и они будут восприниматься как один объект. Чтобы их разделить, нужно использовать дополнительные шаги (например, на картинке выше использовали алгоритм watershed). Но несмотря на указанные сложности пороговая фильтрация является незаменимым инструментом для обработки изображений 👍 #микроскоп #профессиональное # специализированное