from PhD import *

У нас с постдоком Моной сегодня случились "Благие знамения"

Помните бота для ежедневных подборок статей из вашей научной области? Теперь он доступен всем! Настроить можно за час, никакой код для этого писать не надо. Буду рад фидбэку, звёздочкам на гитхабе и предложениям по улучшению 🙂 Каждый день бот ищет для вас статьи на препринт-серверах (arxiv, biorxiv, medrxiv) и пабмеде, а затем LLM фильтрует их по вашим интересам. Готовую подборку можно отправить в Slack, телеграм или Zulip, а также она собирается в гугл-таблице Мне лично такие подборки безумно помогают. Во-первых, следить, что происходит в области в удобном формате, а не через тысячу оповещений по почте. А во вторых, благодаря им мне удалось найти настоящий скрытый бриллиант – метод, про который никто не знал, но который лучше всего решает определённую задачу. Об этом расскажу как-нибудь потом, а пока рекомендую завести бота для своих интересов Назвали бота мы PaperBee – на гитхабе есть милое лого. Трудолюбивая пчёлка, собирающая статьи здорово ассоциируется с ботом, а название созвучно с „Paper bot“, как мы называли инструмент прежде. Ещё из забавных историй: мы подали небольшую статью в журнал открытого научного софта (JOSS) и получили самый быстрый реджект в своей жизни. Пожалуй, справедливо: наш инструмент не позволяет напрямую делать научных открытий, но по опыту нескольких лабораторий невероятно помогает учёным Если настроить бота у вас самих не получается, ждите новостей: когда будет время, постараюсь сделать этот процесс более удобным

Сам регулярно пользуюсь ботами Вовы для отслеживания новых статей (слава богу наши научные интересы во много пересекаются). Но теперь вы можете очень легко настроить своего бота для своей сферы! Документация 🔥

✨

Ещё позвольте поворчать. 🥺На днях также расфорсилась работа, в которой учёные решили разобраться в какую сторону кошки сворачиваются в клубок во время сна (спойлер: чаще в левую), и в чем причина такого явления (спойлер 2: позволяет более внимательно относиться к внешним угрозам в силу ассиметрии мозга). 🦈 Но кажется тут случился классический мем про учёного изнасиловавшего журналиста. 📍Авторы утверждают лишь факт 266 левосторонних клубков против 142 правосторонних. Дальнейший вывод, который растащили по новостям - лишь идея занимающая 1 (одно!) предложение в дискуссии, не подкреплённая вообще больше ничем. Ни каким анализом, ни ссылочкой. Сама по себе работа всего лишь Correspondence, а не полноценная статья. Так что ноль претензий к авторам. Но обидно что она так расфорсилась, и люди стали утверждать как факт совершенно мимолётный умозрительный вброс. У той же группы есть полноценные и более заслуживающие внимание публикации: наличие левшей/правшей у кошек собак и мышей, насколько хозяева собак замечают изменения в поведении питомцов связанные с болью, почему коты зарапают своих хозяев и т.д.😉 Линк: https://www.cell.com/current-biology/fulltext/S0960-9822(25)00507-X

И на нашей улице случился DeepMind 😫. Недавно писал тут что играюсь с каким-то машин-лернингом в омиксном контексте. И вот уже сутки как вся область кипит от обсуждений новой гугловской модели - AlphaGenome. Условно говоря, предсказывают "всё" с разрешением вплоть до 1bp. Вот оказывается, что чувствовали структурщики в день выхода АльфаФолда. Хотя в моем случае наоборот всё здорово - я сам нейросетки не собираю, но пытаюсь извлечь какую-то пользу из уже имеющихся. Так что мне AlphaGenome вообще кстати. Дома не ждите, ушел читать 100-страничный препринт 👀

Открываем третий сезон цикла лекций «Личный путь в сеньора биоинформатика» встречей с Никитой Ваулиным. 🔬 Никита - биоинформатик и преподаватель программирования для биологов в ВШЭ и Институте биоинформатики, сейчас PhD-студент в группе Игоря Адамейко в Вене, где изучает механизмы принятия клеточных решений (cell fate decisions). Закончил биофизику в питерском Политехе и магистратуру Сколтеха. Фанат Hi-C и 3D-геномики в целом. Мы пригласили Никиту рассказать, как ему дается обучение в Вене и о чем там мечтают биоинформатики. Начало эфира 25 июня в 19:00 по Мск.

Трансляции проходят в рамках курса «Машинное обучение в биологии и биомедицине» от OpenBio. До старта программы еще далеко, но уже можно записаться по минимальной цене ↗️

На встрече мы обсудим детали карьерного трека Никиты, лайфхаки поступления на PhD, тренды отрасли и образования в области биоинформатики и многое другое. ✔️ Зарегистрируйтесь, чтобы не пропустить напоминание о прямой трансляции и получить запись встречи. ❔ Задавайте вопросы спикеру в комментариях к этому посту, чтобы мы могли их озвучить. Увидимся на эфире! #openbio_career #openbio_webinar #openbio_interview 📌 Машинное обучение в биологии и биомедицине | OpenBio.Edu — подписывайтесь!

Сегодня сделал себе МРТ 🐸 У нас все еще идет ротация, сейчас у нас блок про Magnetic Resonance and Brain Stimulation 🧠. Во-первых, по 3 часа по утрам обсуждали физические принципы лежащие в основе - очень приятно было половить флешбеки из моего биофизического бакалавриата. А во-вторых, сегодня в качестве завершения этого блока нам дали поработать на МРТ-аппарате мощностью 3 Тесла ⚡️. В качестве объекта исследования были мы сами, 4 волонтера из группы, и я оказался первым в их числе. Мне сделали T1 МРТ, коллегам Т2, Proton density и фМРТ. Теперь точно могу сказать, что чернила в моих татуировках не содержат металла 😁. Ну и в остальном все тоже в порядке - никаких патологий (good to know после того как нам дали потрогать менингиому месяц назад), анатомия "как из учебников". Мозолистое тело чуть покороче чем у коллег, зато мозжечок большой.

Цвентендорфская АЭС - наверное, самый дорогой в мире памятник предубеждениям одних и некоммуникативности других. Полностью построенная, наполненная оборудованием и персоналом так и не была введена в эксплуатацию. В 1978 году был проведён референдум, в результате которого в Австрии был введён запрет на всю ядерную энергетику, и к бесчисленным средствам потраченным на строительство АЭС добавились ещё - на еë (уже вечную) консервацию. Во многом причина была не только в страхах людей (n.b. до Чернобыля ещё 8 лет), а в недовольстве правительством. Мирный атом проиграл в Австрии с результатом в 49.53% против 50.47% голосов. Теперь ЦАЭС - площадка для экскурсий, инженерных курсов и ночных рейвов. 🐰

Помните историю про мозги? ☝️ Так вот, с того дня у меня началась лабротация 🥼. С 9 мая до 17 июня мы проходим практику в разных департаментах нашего института. Суммарно 11 лабораторий, по 2.5 дня в каждой. От анатомии и нейропаталогии до МРТ и молекулярки. За прошедшие 2 недели я успел: 🔡Генотипировать мышей с помощью ПЦР 😁🐁 🔡Поснимать мышиный кортекс на light-sheet микроскопе 🔬 🔡Поассистировать в операции по краниотомии семидневному мышонку (мы ставили стеклянное окошко для (Ca2+)-имаджинга астроцитов) 🧳 У него всё было ок и операция ему никак не повредила! 🔡Самостоятельно провести операцию по извлечению мозга мыши🧠😱!!! А перед этим моя коллега делала перфузию. Практика проходит каждый день с 9 утра до 16 вечера, так что спустя 2 недели голова уже совсем кругом (а ведь ещё работать надо!). В общем, удивительнейший опыт для биоинформатика (хотя когда-то я безжалостно лизировал многотысячные колонии кишечных палочек)

Сегодня Австрии проходит Lange Nacht der Kirchen, «Долгая ночь церквей». По дороге с работы зашёл в кирху через дорогу от дома - и в ней всё даже очень здорово сделали. Во-первых, можно погулять по чердаку и выйти на крышу - открывается приятный вид на наш район. А во-вторых, в нашей кирхе есть орган. Сейчас они проводят мастер-классы для всех желающих (правда на немецком), но скоро начнётся концерт. Отличное заверешение безумно насыщенной рабочей недели, о чем скоро расскажу

💮 В августе IBRE проводит Public Health Hackathon 2025! Я сам участвовал в хакатоне 23го года в Ереване (моя команда даже заняла второе место). Поэтому могу дать максимально тёплую рекомендацию со своей стороны. Особенно если вы на уровне "поздний бакалавр - магистр - ранний аспирант", хакатон это отличная возможность: 📍Быстро пополнить своё портфолио чем-то интересным 📍Съездить насладиться природой 📍И самое главное: познакомиться с людьми из области. Быть может, вы ищите себе руководителя для практики, или новую позицию, или, наоборот, студента - хакатоны это прекраснейшее место для нетворкинга. Больше информации: t.me/bioinfinstitute/42 ☁️Регистрация до 25 мая! ☁️Участие бесплатное ☁️8 - 10 августа ☁️Алматы, Казахстан Там и увидимся:)

Завтра в Австрии последний день выборов в ÖH 🧐 - союз студентов Австрии (Österreichische Hochschüler_innenschaft). Пойдём рано утрецом тоже проголосовать, чтобы поддерживать в тонусе электоральную мышцу. Из наблюдений: 🌼Очень сложно сориентироваться что вообще происходит. Выборы проходят на трёх уровнях: в федеральное представительство (по партийным спискам), в университетское представительство (тоже), и в студенческие представительство по трём направлениям: медицина, стоматология и аспирантура (за конкретных кандидатов) . Последние - это именно для моего университета (Medical University of Vienna), в других - по-своему. 🌼Знаете, у меня абсолютно 0 понимая контекста и кандидатов. При чем ещё для студенческих выборов особенно ярко выражена левая повестка: от коммунистов и социалистов 🐰 до неолибералов 🐰. А программы у них ну прям очень сложно отличить если честно. Ну только разве что зелёные 🐸 от них выделяются. В общем, забавные ощущения. В далёком 18 году был ЧПСГ, и помню когда ходили на надомное, то треть людей прямо говорила "Ничего не понимаю. Вы скажите куда галочку ставить". А теперь сам такой 😅

📎Минутка лингвистики📎 Не будем отставать от t.me/chelovek_nauk. Чем больше учу немецкий, тем больше интересно узнаешь про свой собственный язык. Например, слова, которые вполне обиходно уже воспринимаются как русские, а оказывается у них немецкие корни. 🟣Штудировать - от studieren (изучать) 🟣Шпили-вили - от spielen (играть) и will (хочу) Из очевидно немецкого, but still забавного: 🟣Шлагбаум - от Baum (дерево) и Schlag (удар) 🟣Шланг - от Schlange (змея) А вот батончики "Рот Фронт" - о каком рте там идёт речь? Оказывается это Rotfront - название коммунистической партии довоенной Германии ("Красный фронт") 🍬 В конце концов, для всех лыжников: оказывается "волки" (Völkl) - читаются как "Фëлкл", и это от слова народ. Того самого который в "фольклëре". Кто знает что ещё - делитесь в комментах)

Только-только вернулся с лабы по нейроанатомии, делюсь впечатлениями. Друзья, это что-то с чем-то. Впервые в жизни держал в руках настоящие человеческие мозги 🧠. Круто конечно быть студентом на программе по нейросаенсу (даже учитывая что самого нейросаенса я мало делаю) - потому что такие активности в обычной жизни нигде не найдешь. Пришли в департамент нейропаталогии главной венской больницы (AKH), получили перчатки, фартуки и бахилы, и 3 часа обсуждали анатомию человеческого мозга. Подержали мозг в руках, попробовали угадать вес (был около 1.3 кг), посмотрели на срезы. Горжусь тем что смог сходу показать зоны Брока и Вернике, но это все потому-что как-то рисовал мозг для графического абстракта. Но оплошал на задаче показать разные отделы стриатума. А ведь недавно сдавали экзамен по всему этому. Хотя в жизни конечно совсем все иначе смотртися. Но дальше веселее... Потрогали руками ишемический инсульт (я если честно так и не понял в чем разница), менингиому (чисто огромная фрикаделька в мозгу) и глиобластому (вот это самое жуткое, прямо некроз ткани внутри мозга). Теперь стремно думать о том, что никогда не знаешь появится ли что-то такое у тебя 😐 А мы на этом снова возвращаемся к своим питончикам и датасетикам 😊

👩‍💻 Git'у 20 лет! 👩‍💻 Вчера случился большой юбилей в IT-мире - ровно 7 апреля 2005 года был сделан первый коммит в проект Git. Хотя точное время коммита: 15:13 PDT (GMT -7), так что нам в Европейской части мира вполне законно отпраздновать это 8го апреля:) Git был создан Линусом Торвальдсом. Да-да, тем самым который создал Линукс 👩‍💻. Собственно, back then Git был побочным квестом в команде разрабатывающей Линукс, которой нужна была какая-то система контроля версий для работы над таким огромным продуктом. Если вы попытаетесь узнать что значит имя "Git", скорее всего интернет вам выдаст отсылку к сленговому git - обзывательство в духе idiot или arsehole. Хотя кажется сам Линус предлагал выбирать разные варианты в зависимости от настроения:) По этому поводу GitHub 👩‍💻 даже взял небольшое интервью у Линуса. И да, вы же не путаете их? Git отGitHub'а отличается как...

⭐️ Машинлёрнинг ⭐️ На днях на журнальном клубе рассказывал статью от Дэвида Келли про их модель Borzoi которая умеет предсказывать транскриптомные (и другие) профили на основе голой последовательности ДНК. Это на самом деле очень прикольно, как эти модели что-то начинают замечать и понимать в ДНК. Получается, модели приходится самой с нуля прийти к таким вещам как промотор и терминатор, экзоны и интроны, и т.д. Хотя вопрос "начинают ли понимать?" всё еще валидный 😂. Одно из самых простых и очевидных применений таких моделей - In silico эксперименты. Понятное дело, что никто с ходу не поверит в находки, полученные таким способом. Но зато это отличный механизм сократить число потенциальных кандидатов для проверки в реальных экспериментах: найти возможные энхансеры, или фенотип-ассоциированные снипы, или еще чего-нибудь. Собственно, в том числе и мой основной проект нацелен на то чтобы проинтерпретировать как-то решения, которые внутри себя принимает модель. В первую очередь, разобраться насколько близко модель подходит к понятию транскрипционных факторов и можно ли как-то на основе этого вычленить их кооперативность 🤔

🌲Хайкинг🌲 Куда в Австрии без хайкинга, тем более учитывая Альпы под боком. Вчера с коллегами выбрались на горный массив Шнееберг (~1.5 часа на поезде от Вены). 📍19 км 📍9 часов 📍33к шагов 📍1100 м подъема ↗️ Мне кажется я еще никогда не проходил более 1км перепада высот. Все это чтобы подняться на Waxriegel (1888м) . Первая часть маршрута (подъем через лес) - была прямо солнечно летней-летней. Хотя изначально по прогнозу должен был быть дождь. Пообедали у основания вершины и задумались над тем идти ли на самый верх. В итоге пошли, а там нас встретил: снег в который проваливаешься буквально по колено ⛄️, около -5°С, и просто сбивающий с ног ветер до 30мс / 100 кмч (см. видео в комментах). Поели на вершине сосисок и выпили банку пива на всех - как настоящие австрийцы 🍺. В конце даже успели спуститься до заката и поужинать кайзершмаррном🍴.

Сможете ли вы перевести это слово с египетской иероглифики? 🧡 Это - самое ранее задокументированное слово обозначающее ✨Мозг✨ Первые 3 символа читаются как Ais. А вот последний глиф - кажется, не читается но является обозначением на "ткань" или "внутренность". А знаем мы этот иероглиф благодаря папирусу Эдвина Смита - хирургическому документу датируемому примерно 1600 г. до н.э. Он содержал в себе описание 48 случаев травм от некого военного хирурга. Конкретно это упоминание мы знаем благодаря Случаю 6: "Инструкции относительно зияющей раны на голове, проникшей до кости, раздробившей его череп (и) разорвавшей мозг его черепа." Диагноз: "Болезнь, не подлежащая лечению"😐 📍Более подробное описание нескольких случаев 📍Изображение оригинальной части папируса со случаем 6 📍Подробное обсуждение описанных подходов к лечению